Detección molecular de patógenos en deposiciones en niños consultantes por diarrea aguda en Servicios de Urgencia / Molecular detection of pathogens in stool samples of children consulting for acute diarrhea in emergency services

INTRODUCCIÓN: La diarrea aguda continúa siendo una de las principales causas de morbilidad en niños; sin embargo, el diagnóstico etiológico presenta limitaciones dada la baja sensibilidad de los métodos tradicionales. OBJETIVO: Describir los microorganismos identificados en niños que acudieron al Servicio de Urgencia (SU) de un hospital universitario en Santiago, Chile, por diarrea aguda y a los que se le solicitó panel molecular gastrointestinal. MÉTODOS: Se revisaron fichas clínicas y resultados de panel gastrointestinal realizados entre junio de 2017 y marzo de 2020. RESULTADOS: Se incluyeron 198 pacientes, edad promedio de 54,5 meses y 60,6% (120/198) de sexo masculino. La positividad del panel fue de 78,8% (156/198) con 35,3% (55/156) de las muestras polimicrobianas. Se identificaron 229 microorganismos, de los cuales 72,9% (167/229) corresponden a bacterias, 25,8% (59/229) a virus y 1,3% (3/229) a parásitos. Destacaron Campylobacter spp. y Escherichia coli enteropatógena (ECEP) como las bacterias más frecuentemente identificadas. Los pacientes con detección de Campylobacter spp. presentaron con mayor frecuencia fiebre (p = 0,00). ECEP se aisló principalmente (82,5%) en muestras polimicrobianas. DISCUSIÓN: Los resultados enfatizan el potencial que poseen los estudios moleculares para mejorar el diagnóstico etiológico de la diarrea, pero a la vez llevan a cuestionar el rol patogénico de algunos microorganismos identificados.

BACKGROUND: Acute diarrhea continues to be one of the main causes of morbidity in children, however the etiologica diagnosis presents limitations given the low sensitivity of traditional methods. AIM: To describe the microorganisms identified in children who attended the emergency department (ED) in Santiago, Chile, due to acute diarrhea and to whom a gastrointestinal panel was requested as part of their study. MATERIAL AND METHODS: Clinical records and results of the gastrointestinal panel carried out between June 2017 and March 2020 were reviewed. RESULTS: 198 patients were included, the average age was 54.5 months and 60.6% (120/198) were males. Positivity was 78.8% (156/198) with 35.3% (55/156) of the samples being polymicrobial. 229 microorganisms were identified, of which 72.9% (167/229) corresponded to bacteria, 25.8% (59/229) to viruses, and 1.3% (3/229) to parasites. Campylobacter spp. and enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) were the most frequently identified bacteria. Patients with detection of Campylobacter spp. presented a higher frequency of fever (p = 0.00). EPEC was isolated in 82.5% of the cases in polymicrobial samples. DISCUSSION: The results emphasize the potential of molecular studies to improve the etiological diagnosis of diarrhea and at the same time lead to question the pathogenic role of some microorganisms.

Experiencia de dos años con el uso de panel de RPC múltiple de meningitis-encefalitis en pacientes pediátricos en un hospital de tercer nivel en Argentina / Two-year experience with the multiple PCR panel meningitis-encephalitis panel in children in a third level hospital in Argentina

INTRODUCCIÓN: La meningitis bacteriana aguda (MBA) y la encefalitis son infecciones graves y el retraso en el tratamiento determina mayor morbimortalidad. En 2015 la FDA. aprobó un panel de RPC múltiple, BioFire® Filmarray® meningitis-encefalitis (FA-ME), que desde el 2019 se encuentra disponible en nuestro hospital. OBJETIVOS: Estimar número de determinaciones positivas mediante FA-ME, evaluar concordancia con cultivo convencional (CC) y describir si FA-ME permitió realizar cambios en el tratamiento. MATERIAL Y MÉTODOS: Estudio retrospectivo, descriptivo, realizado durante 2019-2021 en el Hospital de Niños Pedro Elizalde. Se revisaron reportes de niños con meningitis, encefalitis y meningoencefalitis y líquido-cefalorraquídeo patológico a quienes se les realizó FA-ME. RESULTADOS: Se incluyó a 32 niños, edad promedio: 48 meses. Fueron positivas 13 determinaciones de FA-ME: siete bacterias y seis virus. En dos MBA obtuvo desarrollo mediante CC. Con FA-ME se ajustó el tratamiento en dos MBA y se acortó el tratamiento intravenoso (IV). DISCUSIÓN: Nuestro trabajo permitió conocer la etiología de cinco MBA con cultivo negativo, de las cuales dos habían recibido antimicrobianos, administrar quimioprofilaxis a contactos epidemiológicos, acortar el tratamiento IV y suministrar menos dosis de aciclovir; en concordancia con la literatura médica. CONCLUSIONES: FA-ME permitió identificar la etiología en cinco MBA que no desarrollaron en CC, ajustar tratamientos empíricos inadecuados y acortar duración del tratamiento parenteral.

BACKGROUND: Bacterial meningitis and encephalitis are life-threatening infections, a delay in its treatment is associated with high mortality. In 2015, FDA approved the Multiplex PCR FilmArray™ meningitis/encephalitis syndromic panel (FA-MEP), and it is available in our hospital since 2019. AIM: To estimate the number of positive FA-MEP, to evaluate the correlation to conventional culture (CC) results and to describe if the FA-MEP technology allowed changes in the treatment. METHODS: Retrospective analysis of children with meningitis, encephalitis and meningoencephalitis and pathological cerebrospinal fluid analysis between 2019-2021, who were subject to FA-MEP testing at the Pedro Elizalde Children's Hospital. RESULTS: 32 children, mean age: 48 months. 11 patients had positive FA-ME tests: 7 bacterial, 6 viral. 2 patients correlated with CC. Based on the FAMEP results, treatment was adjusted in 2 bacterial meningitis and the duration of intravenous treatment was shortened. DISCUSSION: Our study allowed to establish the etiology of 5 culture negative bacterial meningitis, (2 had prior antibiotics), administer chemoprophylaxis to close contacts, and to administer fewer doses of acyclovir. CONCLUSIONS: The FA-MEP allowed us to identify 5 bacterial meningitis that tested negative by CC and early adjustment of inappropriate empirical antibiotics and to shorten the duration of parenteral treatments.

Evaluación de un ensayo de RPC múltiple para diferenciar micobacterias del complejo Mycobacterium tuberculosis en un laboratorio de referencia / Evaluation of a multiplex PCR assay to differentiate mycobacteria of the Mycobacterium tuberculosis complex in a reference laboratory

Mycobacteria that cause tuberculosis in animals and humans belong to the Mycobacterium tuberculosis complex. Techniques for conventional diagnosis are time-consuming and do not differentiate between different strains belonging to the M. tuberculosis complex. The aim of this study was to evaluate a multiplex PCR assay applicable to mycobacteria in culture with the capacity to differentiate different strains belonging to the M. tuberculosis complex in a reference laboratory. Primers based on genomics regions of difference (RD) consisting in DNA segments that are present in M. tuberculosis, but differentially deleted in several members of M. tuberculosis complex were used in a PCR assay. The test was applied to 86 clinical isolates of mycobacteria. The pattern of amplification allowed differentiating between M. tuberculosis, M. bovis and M. bovis BCG in a single PCR reaction. This PCR multiplex assay may be used in a Reference Laboratory of Tuberculosis Diagnosis as a complementary test to differentiate mycobacteria strains belonging to the M. tuberculosis complex. This test significantly reduces the time period between culture and strain identification, and thus for could favor the adoption of better strain specific antimycobacterial regimens as well as identification of zoonotic transmission of M. bovis to humans.

Las micobacterias que causan tuberculosis en animales y humanos pertenecen al complejo Mycobacterium tuberculosis. Las técnicas de diagnóstico convencional, además de ser lentas y laboriosas, no permiten diferenciar entre miembros de este complejo. El objetivo de este estudio fue evaluar ensayos de RPC múltiple para contribuir a la identificación diferencial de micobacterias del complejo M. tuberculosis a partir de cultivos, en un laboratorio de referencia. Se utilizaron oligonucleótidos partidores basados en regiones de diferencia (RD) que consisten en segmentos de ADN que están presentes en M. tuberculosis, pero que han sido eliminados diferencialmente del genoma de otros miembros del complejo M. tuberculosis. El ensayo se aplicó sobre 86 aislados clínicos de micobacterias. El patrón de amplificación permitió diferenciar entre cepas de M. tuberculosis, M. bovis y M. bovis variedad BCG en una única RPC. Este ensayo de RPC múltiple puede ser utilizado en el Laboratorio de Referencia de Diagnóstico de Tuberculosis como prueba complementaria para diferenciar micobacterias del complejo M. tuberculosis, contribuyendo a un acortamiento en el período de reporte de resultados y un tratamiento adecuado del paciente, y podría ser aplicado también en estudios epidemiológicos de transmisión zoonótica de M. bovis a humanos.