Descripción de características demográficas y clínicas de una cohorte pacientes fallecidos por infección respiratoria aguda en Colombia durante los años 2009 a 2013 / Description of demographic and clinical characteristics of a cohort of patients with mortality due to acute respiratory infection in Colombia during the years 2009 to 2013

Objetivo: Describir las características clínicas, demográficas, aislamientos virales y hallazgos de histopatología de individuos que fallecieron por Infección Respiratoria Aguda (IRA) y que fueron notificados al Instituto Nacional de Salud (INS) entre los años 2009 y 2013. Métodos: Estudio observacional, descriptivo, retrospectivo, basado en la revisión de fichas epidemiológicas y reportes de estudios de virología e histopatología de muestras respiratorias de individuos fallecidos con diagnóstico de IRA. Resultados: De 1604 personas fallecidas se encontró que, 55% fueron hombres, 46,5% de los individuos tenía entre 20 y 59 años. La RT-PCR fue positiva en 18,3% de los casos, los virus más frecuentes fueron: influenza A(H1N1)pdm09 13,9%, A(H3N3) 1,9% e influenza B 0,5%. La letalidad de IRA fue mayor en los individuos que recibieron antiviral o antibiótico OR 2,80 (IC 95% 2,29 - 3,43) y 3,19 (IC 95% 2,63 - 3,86), respectivamente. Conclusión: El virus influenza A(H1N1) pdm09 fue el principal agente identificado en los casos fatales de IRA confirmada por laboratorio durante los años 2009 a 2013, con mayor letalidad en individuos entre 20 y 59 años; 64,7% de los casos fatales presentaron neumonitis. Se debe aclarar si el inicio de antivirales afecta el pronóstico en los casos graves de IRA.

Objective: To describe the clinical, demographic, viral isolates and histopathology findings of individuals who died of acute respiratory infection (ARI) and were reported to the National Institute of Health during the years 2009-2013. Methods: Observational, descriptive, retrospective study based on the review of epidemiological records and virology and histopathology reports of respiratory samples from deceased individuals diagnosed with ARI, that were received at the Colombian National Institute Health's Virology Group. Results: 1604 deaths, 55% were men, 46.5% of subjects were between 20 and 59 years, 13,5% received oseltamivir. RT-PCR was positive in 18,3% of cases, the most common viruses were: influenza A (H1N1)pdm09 13,9%, A(H3N3) 1.9% and influenza B 0,5 %. The lethality of ARI was higher in individuals who received antiviral or antibiotic OR 2,80 (95% CI 2,29 - 3,43) and 3.19 (95% CI 2,63 - 3,86), respectively. Conclusion: Influenza A (H1N1) pdm09 virus was the main agent identified in fatal cases of laboratory-confirmed ARI during the years 2009 to 2013, with the highest lethality in individuals between 20 and 59 years; 64.7% of fatal cases had pneumonitis. It must be clarified if the initiation of antivirals affects the prognosis in severe cases of ARI.

Etiología viral de las infecciones agudas del tracto respiratorio inferior en Cuba / Viral etiology of the acute infections of the lower respiratory tract in Cuba

RESUMEN Fundamento: las infecciones respiratorias agudas constituyen la causa principal de morbilidad a nivel mundial, al ser sus principales agentes etiológicos los virus respiratorios. Objetivo: determinar el papel de diferentes virus respiratorios en la causa de la infección respiratoria aguda grave durante el período mayo 2012 - junio 2013, en Cuba. Métodos: se realizó un estudio analítico transversal, el universo fueron las muestras clínicas recibidas en el Laboratorio Nacional de Referencia (LNR) de Virus Respiratorios del Instituto de Medicina Tropical Pedro Kourí (IPK) como parte de la vigilancia de las IRA de posible etiología viral, desde el 1 de mayo de 2012 y el 30 de junio de 2013. Se estudiaron 1 604 muestras procedentes de pacientes de todas las edades con manifestaciones clínicas. Para el diagnóstico se emplearon tres ensayos de TR-RCP múltiple de tipo anidado y un TR-RCP en tiempo real. Resultados: los rinovirus fueron los agentes más identificados, seguidos de los virus Influenza y del virus sincitial respiratorio. Los de mayor frecuencia en los pacientes con infección respiratoria aguda grave fueron los virus Influenza se demostró asociación significativa (OR 6,437; 95 % IC: 3,407-12,159; p=0,000) y en los pacientes <1 año se encontró también asociación con la detección del virus sincitial respiratorio; hubo correlación también en la población de 15-59 años con los virus Influenza (p=0,000). El virus Influenza B circuló entre los meses de mayo y septiembre del año 2012, mientras que el virus Influenza A (H1N1) pdm09 predominó en la circulación durante el 2013. Conclusiones: los resultados de esta investigación permiten esclarecer la contribución específica de los diferentes virus respiratorios en la causa de dicha enfermedad. Al mismo tiempo alertan a los programas nacionales la necesidad de centralizar los esfuerzos de la vigilancia en este tipo de infección para la identificación oportuna de eventos de salud inusitados por los virus Influenza.

ABSTRACT Background: acute respiratory infections are the main cause of mortality and morbidity worldwide, with respiratory viruses as main causative agents. Objective: to determine the paper of different respiratory viruses in the etiology of the severe acute respiratory infections during the period May 2012- June 2013, in Cuba. Methods: a transverse analytical study was carried out, the universe there were the clinical samples received in the National Laboratory of Reference (LNR) of Respiratory Viruses of the Institute of Tropical Medicine Pedro Kourí (IPK) as part of the alertness of the IRA of possible viral etiology, from May 1, 2012 and June 30, 2013. There were studied 1 604 samples proceeding from patients of all the ages with clinical declarations. For the diagnosis, there were used three essays of multiple TR-RCP of sheltered type and a TR-RCP in real-time. Results: rhinoviruses were the agents largely identified, followed by the Influenza viruses and the respiratory syncytial virus. The ones of bigger frequency in patients with severe acute respiratory infection were Influenza viruses demonstrating significant association (OR 6,437; 95 % CI: 3,407-12,159; p= 0,000) and in patients <1 year old it was also found association with the detection of respiratory syncytial virus; correlation was also in the population of 15-59 years with the viruses Influenza (p= 0,000). The Influenza virus B circulated mainly between the months of May and September of the year 2012, while the virus Influenza A (H1N1) pdm09 predominated during 2013. Conclusions: the results of this investigation allow explaining the specific contribution of the different respiratory viruses in the etiology of said pathology. At the same time, they alert the national programs of the need to centralize the efforts in vigilance of this type of infection to achieve opportune identification of health events unusual for the viruses Influenza.