Dificultades en la detección de genomas del nuevo coronavirus 2 (SARS CoV-2) / Pandemic and social inequiality: the popular neighborhoods of the Buenos Aires suburbs in preventive social isolation

RESUMEN El manejo de las infecciones virales respiratorias, tanto a nivel nacional como a nivel mundial, requiere resultados científicos de calidad. La reacción en cadena de la polimerasa de transcriptasa inversa (rRT-PCR, por su sigla en inglés) es considerada el "patrón de oro" para detectar el genoma del nuevo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), agente causal de la enfermedad por el nuevo coronavirus (COVID-19) sobre todo en la fase aguda de la infección. Su uso es controvertido fuera de un contexto de exposición viral. El objetivo del presente trabajo es analizar escollos encontrados durante la detección del genoma del SARS-CoV-2 que pueden producir resultados falsos. Los falsos negativos de rRT-PCR pueden deberse al momento y la eficacia de la toma de la muestra, la congelación, el almacenamiento y la descongelación, y a la inactivación térmica de la virulencia. Además, las señales retardadas de los controles internos invalidan la negatividad. Por otra parte, las muestras con escaso material biológico llevan a conclusiones negativas falsas, por lo que determinar un umbral (número mínimo de células epiteliales) contribuirá a reducirlas. Sin embargo, la mayoría de los kits detectan ADN humano, pero no fueron calibrados para cuantificar carga celular. Los ácidos ribonucleicos nucleares (ARN) virales adheridos a guantes, tubos y gorros, -entre otros elementos-, son fuente de falsos positivos. Las farmacopeas sugieren que la contaminación externa se controle en series de 100 muestras con al menos una representatividad del 10%. Si se extrapola esta aproximación al laboratorio de análisis clínicos, en lugar de uno se deberían procesar al menos 10 controles negativos contiguos a 10 positivos cada 100 pruebas. Mejorar la detección por rRT-PCR implica un aumento de al menos 20% en el costo de los reactivos, por lo que se necesitan recursos adicionales.

ABSTRACT Emerging respiratory viral infections like the severe coronavirus disease (CoVID 19) caused by novel coronavirus 2 (SARS-CoV-2) require quality results for science-based responses. The reverse transcriptase polymerase chain reaction (rRT-PCR) is considered the gold standard for detecting SARS-CoV-2 (particularly in the acute phase of infection). The aim of the present work was to analyze pitfalls during the search of viral genomes. False negative conclusions are result of sampling timing, performances of swabbing, storage, and thawing and heat-infectivity inactivation. Samples with low biologic material also lead to false negatives. Qualitative controls to detect the presence of human DNA are available in several kits but they were not calibrated for quantification of human cell loads. Moreover, negativity cannot be reported for samples with delayed signals for the internal control (due to deficiency in extraction and/or retro transcription and/or or to the presence of rRT-PCR inhibitors). The viral RNA that may have stick on gloves, on tubes, caps, etc. may produce false positives. The International Pharmacopoeias recommend for external contamination to test at least 10% of the samples. Couples of 10 negative contiguous to 10 positive controls randomly distributed should be therefore included in each series of 100 rRT-PCR tests. These improvements increase the cost of each determination (at least by 20% only for the reactants) and require additional resources.

Dificultades en la detección de genomas del Nuevo Coronavirus 2 (SARS COV-2) / SARS Coronavirus 2 (SARS CoV 2) genome detection pitfalls

El manejo de las infecciones virales respiratorias, tanto a nivel nacional como a nivel mundial, requiere resultados científicos de calidad. La reacción en cadena de la polimerasa de transcriptasa inversa (rRT-PCR, por su sigla en inglés) es considerada el "patrón de oro" para detectar el genoma del nuevo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), agente causal de la enfermedad por el nuevo coronavirus (COVID-19) sobre todo en la fase aguda de la infección. Su uso es controvertido fuera de un contexto de exposición viral. El objetivo del presente trabajo es analizar escollos encontrados durante la detección del genoma del SARS-CoV-2 que pueden producir resultados falsos. Los falsos negativos de rRT-PCR pueden deberse al momento y la eficacia de la toma de la muestra, la congelación, el almacenamiento y la descongelación, y a la inactivación térmica de la virulencia. Además, las señales retardadas de los controles internos invalidan la negatividad. Por otra parte, las muestras con escaso material biológico llevan a conclusiones negativas falsas, por lo que determinar un umbral (número mínimo de células epiteliales) contribuirá a reducirlas. Sin embargo, la mayoría de los kits detectan ADN humano, pero no fueron calibrados para cuantificar carga celular. Los ácidos ribonucleicos nucleares (ARN) virales adheridos a guantes, tubos y gorros, -entre otros elementos-, son fuente de falsos positivos. Las farmacopeas sugieren que la contaminación externa se controle en series de 100 muestras con al menos una representatividad del 10%. Si se extrapola esta aproximación al laboratorio de análisis clínicos, en lugar de uno se deberían procesar al menos 10 controles negativos contiguos a 10 positivos cada 100 pruebas. Mejorar la detección por rRT-PCR implica un aumento de al menos 20% en el costo de los reactivos, por lo que se necesitan recursos adicionales.

Hallazgos patológicos en 100 biopsias prostáticas por punción y diagnóstico original de benignidad / Histological findings in 100 NEEDLE prostatic biopsies and original diagnosis of benignity

Introduction. Detailed revision of prostate biopsies with benign alterations may show potentially malignant lesions limited to isolated fields, which may be overviewed in routine analysis. Aim. To exam the morphological alterations in patients with suspicious of prostatic carcinoma and benign diagnosis in needle biopsies. Materials and methods. During 2000-2001, one hundred consecutive patients with first prostate biopsy diagnosed as benign were included. Biopsies were performed by sextants or modified sextants technique. Slides were reviewed by two observers with knowledge of original diagnosis and this was accepted or modified in accordance to the findings found during the review. Results. Patients age ranged between 57 and 79 years old. Nine per cent of biopsies originally diagnosed as benign revealed different potentially malignant lesions, which should be noted due to possible association with carcinoma. In this group, there were five biopsies with atypical small acinar proliferation, three with few isolated glands with xanthomatous cytoplasm, and one with scarce atypical cells in the prostatic stroma. In contrast with Caucasian and Afro-American population, frequency of high grade intraepithelial neoplasia in needle biopsy seems to be very low and this lesion was not found in any of the 100 biopsies reviewed. Some lesions that simulate carcinoma, as atypical basal cell hyperplasia, post-atrophic hyperplasia, and adenosis were diagnosed as benign, and there was none false positive result. Conclusions. A small but significant group of the biopsies originally diagnosed as benign lesions, showed atypical lesions in isolated fields that were overlooked in the routine analysis. It is necessary the urologist to ask for a directed review of the biopsies if clinical and laboratory data strongly suggest prostatic carcinoma. Additional histological cuts, immunohistochemical studies and more than one observer may increase the frequency of detection of potentially malignant lesions.

Introducción. La revisión detallada de las biopsias prostáticas consideradas benignas, en ocasiones puede mostrar cambios histológicos con potencial maligno limitadas a campos aislados, que pueden ser pasadas por alto en la interpretación rutinaria. Objetivo. Examinar las alteraciones morfológicas en pacientes con sospecha de carcinoma prostático con diagnóstico de benignidad en biopsias prostáticas por punción. Material y métodos. En el periodo 2000-2001 se incluyeron 100 pacientes consecutivos cuya primera biopsia se interpretó como benigna. Las biopsias fueron por sextantes, o sextantes modificadas. Se revisaron las laminillas por dos observadores con el conocimiento del diagnóstico original y éste se aceptó o modificó de acuerdo con los hallazgos encontrados. Resultados. La edad varió de 57 a 79 años. Nueve de las 100 biopsias diagnosticadas como benignas revelaron alteraciones histológicas potencialmente malignas que debieron anotarse en el reporte de patología por su posible asociación con carcinoma. Éstas incluyeron cinco biopsias con proliferaciones acinares atípicas, tres con glándulas de aspecto xantomatoso en campos aislados y una con escasas células atípicas en el estroma prostático. En contraste con la población caucásica y afroamericana, la frecuencia de neoplasia intraepitelial prostática en biopsias por punción en nuestra población parece ser muy baja y ninguna de las 100 biopsias mostró esta alteración. Algunas lesiones que simulan carcinoma como la hiperplasia atípica de células básales, la hiperplasia postatrófica y la adenosis fueron reconocidas como benignas, y no hubo ningún resultado falso positivo. Conclusiones. Un porcentaje significativo de las biopsias con el diagnóstico original de patología benigna, mostraron en la revisión dirigida lesiones focales que fueron pasadas por alto en la práctica cotidiana, incluidas algunas con potencial maligno. El urólogo debe solicitar una revisión dirigida en búsqueda de lesiones sugestivas de malignidad si los datos clínicos y de laboratorio sugieren fuertemente la posibilidad de carcinoma. En estos casos, los niveles histológicos adicionales, los estudios inmunohistoquímicos y la revisión por más de un observador podrían incrementar la detección de lesiones potencialmente malignas.