RESUMEN
Abstract The principle and the techniques applied in DNA extraction play a pivotal role in the obtention of a purified genetic material. The present study investigates the efficiency of eight protocols in the DNA extraction of Hypostomus commersoni, an essential component of South American freshwater ichthyofauna. The quality of samples was assessed through spectrophotometry, gel electrophoresis, and PCR-RAPD markers amplification. The efficiency of DNA extraction was influenced both by the method applied and the target-tissue of choice. Higher concentrations and yield of DNA were obtained from ocular tissue, with a positive spectrum of incubation in lysis buffer for up to 36 hours after sample collection, using fresh tissues and in the presence of a high concentration of Proteinase K (20 mg.ml-1). In these conditions, samples were successfully amplified. To date, there is no record of description for the parameters analyzed in this work, neither the description of RAPD markers for the species H. commersoni.
Resumo Os princípios e as técnicas aplicadas na extração de DNA desempenham um papel crucial na obtenção de material genético purificado. O presente estudo investiga a eficiência de oito protocolos na extração de DNA de Hypostomus commersoni, um importante componente ictiofaunístico de riachos da América do Sul. A qualidade das amostras foi avaliada por espectrofotometria, eletroforese em gel e amplificação por marcadores de PCR-RAPD. A eficiência da extração de DNA foi influenciada tanto pelo método aplicado quanto pelo tecido-alvo de escolha. Maiores concentrações e rendimento de DNA foram obtidos a partir do tecido ocular, com um espectro positivo de incubação em tampão de lise por até 36 horas após a coleta da amostra, utilizando tecidos frescos e na presença de alta concentração de proteinase K (20 mg.ml-1). Nestas condições, as amostras foram amplificadas com sucesso. Até o momento, não há registro de descrição para os parâmetros analisados neste trabalho, nem a descrição de marcadores RAPD para a espécie H. commersoni.
Asunto(s)
Animales , Bagres/genética , ADN/genética , Técnica del ADN Polimorfo Amplificado Aleatorio , GenómicaRESUMEN
Abstract The principle and the techniques applied in DNA extraction play a pivotal role in the obtention of a purified genetic material. The present study investigates the efficiency of eight protocols in the DNA extraction of Hypostomus commersoni, an essential component of South American freshwater ichthyofauna. The quality of samples was assessed through spectrophotometry, gel electrophoresis, and PCR-RAPD markers amplification. The efficiency of DNA extraction was influenced both by the method applied and the target-tissue of choice. Higher concentrations and yield of DNA were obtained from ocular tissue, with a positive spectrum of incubation in lysis buffer for up to 36 hours after sample collection, using fresh tissues and in the presence of a high concentration of Proteinase K (20 mg.ml-1). In these conditions, samples were successfully amplified. To date, there is no record of description for the parameters analyzed in this work, neither the description of RAPD markers for the species H. commersoni.
Resumo Os princípios e as técnicas aplicadas na extração de DNA desempenham um papel crucial na obtenção de material genético purificado. O presente estudo investiga a eficiência de oito protocolos na extração de DNA de Hypostomus commersoni, um importante componente ictiofaunístico de riachos da América do Sul. A qualidade das amostras foi avaliada por espectrofotometria, eletroforese em gel e amplificação por marcadores de PCR-RAPD. A eficiência da extração de DNA foi influenciada tanto pelo método aplicado quanto pelo tecido-alvo de escolha. Maiores concentrações e rendimento de DNA foram obtidos a partir do tecido ocular, com um espectro positivo de incubação em tampão de lise por até 36 horas após a coleta da amostra, utilizando tecidos frescos e na presença de alta concentração de proteinase K (20 mg.ml-1). Nestas condições, as amostras foram amplificadas com sucesso. Até o momento, não há registro de descrição para os parâmetros analisados neste trabalho, nem a descrição de marcadores RAPD para a espécie H. commersoni.
RESUMEN
A new species of Rineloricaria Bleeker from the rio Vermelho, Araguaia basin, Goiás, Brazil is described. Rineloricaria osvaldoi, new species, can be distinguished from its congeners by the combination of the following characters: surface of thoracic area trapezoidal with greatest width between pectoral fins, up to 13 premaxillary teeth, largest body width at the section of the canal plate, anterior profile of the head of mature males semicircular in dorsal view. Although eight genera of Loricariinae are known from the rio Araguaia basin, R. lanceolata was only species of Rineloricaria previously reported from that basin. Therefore, the discovery of the R. osvaldoi increases the scenery of diversity of Loricariinae within this drainage basin.
Uma nova espécie de Rineloricaria Bleeker, proveniente do rio Vermelho, bacia do Araguaia, Goiás, Brasil, é descrita. Rineloricaria osvaldoi, espécie nova, distingue-se de suas congêneres pelos seguintes caracteres: superfície da região torácica trapezoidal com maior largura entre as nadadeiras peitorais, máximo de 13 dentes pré-maxilares, maior largura do corpo na seção da placa protadora de canal, perfil anterior da cabeça semicircular, em vista dorsal, em machos sexualmente maduros. A despeito de serem conhecidos oito gêneros de Loricariinae para a bacia do rio Araguaia, somente uma espécie de Rineloricaria era formalmente registradas para esta bacia, R. lanceolata. Deste modo, a descoberta de R. osvaldoi enriquece o cenário da diversidade de Loricariinae para esta bacia de drenagem.