Molecular detection and prevalence of Rotavirus with acute gastroenteritis among the children of rural and urban areas / Detecção molecular e prevalência de rotavírus com gastroenterite aguda entre as crianças de áreas rurais e urbanas

Rotavirus is the main infective agent of acute gastroenteritis (AGE) in children under the age of five years and causing significant morbidity as well as mortality throughout the world. The study was carried out to detect the prevalence rate, genotypes strain and risk factors of Rotavirus among the children of rural and urban areas of district Bannu Khyber Pakhtunkhwa Pakistan. A total of 180 stool samples were collected from children under the age of 5 years from two major hospitals of Bannu from January to December (2015). The samples were analyzed by Reverse-transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) for the detection of Rotavirus, positive samples were further processed for genotyping (G and P type) through specific PCR. Of the total, 41 (23%) samples were positive for Rotavirus. The most prevalent G genotypes found were: G3, G8, G9 (each 29%), followed by G10 (15%), and G11 (10%). Whereas the prevalent P genotypes were: P-8 (25%), P-4 and P-10 (each 20%), P-9 (15%), followed by P-6 and P-11 (each 10%). Moreover, Rotavirus infection was more prevalent in summer (23.73%) and winter (22.7%) than spring (20%) and autumn (21.4%). Rotavirus infection exhibited high frequency in June (14%), October (8%) and November (6%). It is concluded that Rotavirus is more prevalent in children and various genotypes (G and P) of Rotavirus are present in the study area. Lack of studies, awareness and rarer testing of Rotavirus are the principal reasons of virus prevalence in district Bannu, Pakistan.

O rotavírus é o principal agente infeccioso da gastroenterite aguda (AGE) em crianças menores de 5 anos e causa de morbidade e mortalidade significativas em todo o mundo. O estudo foi realizado para detectar a taxa de prevalência, cepa de genótipos e fatores de risco de rotavírus entre as crianças de áreas rurais e urbanas do distrito de Bannu Khyber Pakhtunkhwa, Paquistão. Um total de 180 amostras de fezes foi coletada de crianças menores de 5 anos de dois grandes hospitais de Bannu de janeiro a dezembro (2015). As amostras foram analisadas por reação em cadeia da polimerase transcriptase reversa (RT-PCR) para detecção de rotavírus; as amostras positivas foram posteriormente processadas para genotipagem (tipo G e P) através de PCR específica. Do total, 41 (23%) amostras foram positivas para rotavírus. Os genótipos G mais prevalentes encontrados foram: G3, G8, G9 (cada 29%), seguidos de G10 (15%) e G11 (10%). Considerando que os genótipos P prevalentes foram: P-8 (25%), P-4 e P-10 (cada 20%), P-9 (15%), seguido por P-6 e P-11 (cada 10%). Além disso, a infecção por rotavírus foi mais prevalente no verão (23,73%) e inverno (22,7%) do que na primavera (20%) e no outono (21,4%). A infecção por rotavírus apresentou alta frequência em junho (14%), outubro (8%) e novembro (6%). Conclui-se que o rotavírus é mais prevalente em crianças e vários genótipos (G e P) do rotavírus estão presentes na área de estudo. A falta de estudos, conhecimento e testes mais raros de rotavírus são as principais razões da prevalência do vírus no distrito de Bannu, Paquistão.

Adenoviruses of canine and human origins in stool samples from free-living pampas foxes (Lycalopex gymnocercus) and crab-eating foxes (Cerdocyon thous) in São Francisco de Paula, Rio dos Sinos basin / Adenovírus de origens canina e humana em fezes de graxains (Lycalopex gymnocercus) e cachorros-do-mato (Cerdocyon thous) de vida livre em São Francisco de Paula, bacia do Rio dos Sinos

The spread of enteric viruses of domestic animals and human beings to wild species can be facilitated by the resistance of these viruses on the environment and their ability to be transmitted by water and contaminated food. The health status of the populations of pampas foxes (Lycalopex gymnocercus) and crab-eating foxes (Cerdocyon thous) is largely unknown and the landscapes occupied by these animals in southern Brazil have been threatened by human occupation and expansion of agriculture. In this work, the search of genomes of human and canine adenoviruses in feces from these wild carnivores was used to track the dissemination of domestic animals and human pathogens to the free-living populations in a wildlife reserve located in southern Brazil. This was performed by virus-specific differential real-time polymerase chain reactions (qPCR) on stool specimens, avoiding capture and additional stress to the animals. Genus-specific conventional reverse-transcriptase PCR (RT-PCR) was complementarily performed aiming the detection of enteroviruses (EV) and rotaviruses (RV) on these same samples. HAdV genomes were found on 14 out of the 17 (82.35%) stool samples analysed, whereas CAV was found co-infecting 5 of these samples. RV genomes were detected on 7 of the 17 samples (41.18%) and all samples were negative for EV. The results point to the dispersion of HAdV and RV at a high rate to these species of South American wild carnivores, which can be an effect of growing anthropisation of the habitat of these animals.

A disseminação de vírus entéricos de animais domésticos e seres humanos para espécies selvagens pode ser facilitada pela resistência desses vírus no ambiente e sua capacidade de ser transmitida por água e alimentos contaminados. O estado de saúde das populações de Graxains-do-campo (Lycalopex gymnocercus) e Cachorros-do-mato (Cerdocyon thous) é em grande parte desconhecida e as paisagens ocupadas por estes animais no sul do Brasil têm sido ameaçadas pela ocupação humana e a expansão da agricultura. Neste trabalho, utilizou-se a pesquisa de genomas de adenovírus humanos (HAdV ) e caninos (CAV-1 e -2) em amostras fezes desses carnívoros selvagens com vistas a diagnosticar a disseminação de patógenos de animais domésticos e seres humanos às populações de vida livre em uma reserva de vida selvagem, localizado no sul do Brasil. Foram realizadas reações em cadeia da polimerase diferenciais e em tempo real (qPCR) de adenovírus específicos em amostras de fezes, evitando a captura e estresse adicional para os animais. PCRs gênero-específicas convencionais com transcrição reversa prévia (RT-PCR) foram ainda realizadas visando a detecção de enterovírus (EV) e rotavírus (RV) nestas mesmas amostras. Genomas de HAdV foram encontrados em 14 a 17 amostras de fezes (82.35%) analisados, Considerando que o CAV foi encontrado coinfectando 5 destas amostras. Genomas de RV foram detectados em 7 das 17 amostras (41.18%) e todas as amostras foram negativas para EV. Os resultados apontam para a dispersão de HAdV e RV em uma taxa elevada para estas espécies de carnívoros selvagens sul-americanas, que podem ser um efeito da crescente antropização do habitat desses animais.

[Epidemiological features of rotaviral, bacterial, and parasitic infections among hospitalized children in Jahrom [2006-2007]]

Rotavirus is one of the most common cause of diarrhea and one of the major causes of severe gastroenteritis in very young children. To follow up and genotype the agents of rotavirus infection as well as assessing the bacterial and parasitic organisms among hospitalized children with gastroenteritis in the city of Jahrom, Iran. This cross-sectional descriptive study was carried out during October 2006 to October 2007. A total of 163 stool samples from hospitalized children less than 5 years old with severe diarrhea were collected from two hospitals in Jahrom. Culture, microscopy, EIA, and RT-PCR were used for detection of bacterial, parasitic and rotaviral agents. Data were analyzed using SPSS 14 and descriptive statistics including chi-square test, ANOVA, and Fisher exact test. A p value less than 0.05 was considered to be statistically significant. Of total samples, 46.02% were positive for group A rotavirus by EIA. The predominant genotypes were G[1] [17.33%], G[4] [30.66%], and nontypable [30.66%]. Also, E.coli, Shigella spp., Shigella spp. + E.coli, E.coli + rotavirus, Salmonella spp., E. histolytica/E.Dispar, and other infectious agents were identified in 7.97%, 17.18%, 1.83%, 15.20%, 3.66%, 10.84%, and 6.28% of cases, respectively. According, to the data obtained from the present study, rotavirus infections in Jahrom mostly occur within the cold months of the year, epidemiologically

Diversidade genotípica de rotavírus suínos no Estado de São Paulo / Diversity of porcine rotavirus genotypes in São Paulo State, Brazil

Rotavírus é uma das causas mais comuns de diarréia tanto em humanos quanto em diferentes espécies animais. Foi conduzido um estudo transversal a partir de 144 amostras fecais diarréicas colhidas de leitões, provenientes de 16 criações comerciais distribuídas por 10 municípios do Estado de São Paulo, Brasil, com o objetivo de se detectar a ocorrência de rotavírus e realizar sua caracterização molecular quanto seus genotipos G e P. Um total de 43 amostras (29,86 por cento) foram positivas para rotavírus por Eletroforese em Gel de Poliacrilamida (PAGE) e ELISA, num esquema de triagem em paralelo. A caracterização mediante reações do tipo nested-multiplex RT-PCR demonstrou que, isoladamente, o genotipo P[6] foi o mais frequente, detectado em 25,58 por cento das amostras, seguido pelo P[1] (11,63 por cento) e P[7] (9,3 por cento). Infecções concomitantes de genotipos P[6]+P[7] (9,3 por cento), P[1]+P[6] (4,65 por cento), P[1]+P[6]+P[7] (2,33 por cento) foram também observadas. Analogamente, o genotipo G[5] foi detectado em 30,23 por cento das amostras, seguido pelo G[10] (20,93 por cento) e G[6] (4,65 por cento) e G[5]+G[10] (18,6 por cento). O genotipo G[5]P[6] foi o mais frequente (11,63 por cento), porém outras combinações e amostras não tipificáveis também foram observadas. Considerando-se a diversidade de rotavírus suínos encontrada na população estudada, medidas profiláticas específicas devem levar em conta, para sua efetividade, o grau de proteção cruzada entre os genotipos presentes nas formulações vacinais e aqueles que realmente são circulantes numa região.

Rotavirus is one the most common causes of diarrhea both in humans and different animal species. It was carried out a transversal study with 144 diarrheic fecal samples of piglets, from 16 commercial swine-producing units distributed among 10 municipalities of São Paulo State, Brazil, aiming at the detection of rotavirus occurrence and its molecular characterization according to G and P genotypes. A total of 43 samples (29.86 percent) were positive for rotavirus by Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE) and ELISA, in a parallel screening scheme. The nested-multiplex RT-PCR characterization revealed that, separately, the P[6] genotype was the most frequent, detected in 25.58 percent of the samples, followed by P[1] (11.63 percent) and P[7] (9.3 percent). Concomitant infection of the genotypes P[6]+P[7] (9.3 percent), P[1]+P[6] (4.65 percent), P[1]+P[6]+P[7] (2.33 percent) were also found. Similarly, the G[5] genotype was detected on 30.23 percent of the samples, followed by G[10] (20.93 percent), G[6] (4.65 percent) and G[5]+G[10] (18.6 percent). The genotype G[5]P[6] was the most frequent (11.63 percent), but other combinations and untypeable samples were also observed. Considering the diversity porcine rotavirus found in the surveyed population, specific prophylactic measures should take in charge, for its effectiveness, the cross-protection degree between the genotypes present on vaccine formulations and those that really circulates on a region.

Vacunas anti-rotavirus: al fin una realidad / New rotavirus vaccines: a reality at last

Rotavirus es la primera causa de diarrea aguda grave en niños bajo 3 años de edad en el mundo. Esta infección es responsable de 25 millones de consultas, 2 millones de hospitalizaciones y 440.000 muertes por año en niños con menos de 5 años. El desarrollo de vacunas anti-rotavirus ha sido un camino largo y tortuoso marcado por la abrupta caída de Rotashield® en 1999 debido a su asociación con invaginación intestinal. Luego de seis años de intensa investigación, el mundo celebra la licencia de dos nuevas vacunas que, a pesar de ser diferentes en su formulación y forma de administración, han demostrado ser seguras y no asociadas a invaginación intestinal, en estudios de Fase III de gran magnitud, que enrolaron más de 60.000 niños. Estas dos vacunas, Rotarix® de Glaxo SmithKline Biologicals y Rotateq® de Merck Sharp & Dohme son altamente eficaces contra diarrea grave causada por rotavirus de los serotipos más prevalentes en el mundo. La incorporación de estas vacunas, más temprano que tarde, especialmente en los países más pobres del mundo, requerirá de un esfuerzo conjunto de los gobiernos, laboratorios productores, organismos internacionales y no gubernamentales y fundaciones de beneficencia.

Bovine rotavirus in the stat of Goias

Esse estudo foi conduzido para obtençäo de dados sobre infecçäo por rotavirus no gado bovino do Estado de Goiás, Brasil. 223 amostras de fezes diarréicas de bezerros de gado leiteiro foram coletadas em diferentes regiöes do Estado. Quando a eletroforese em gel de poliacrilamida foi utilizada, 16 (7,17 por cento) das amostras coletadas acusaram a presença de rotavirus. Entre essas, apenas 11 puderam ser analisadas quanto ao RNA viral e os resultados indicaram a existência de 3 tipos eletroforéticos: "A" (uma amostra), "B" (duas amostras) e "C" (oito amostras). As diferenças ocorreram no segmento 1 do tipo "A" e nos segmentos 7,8 e 9 dos tipos "B" e "C". De acordo com os resultados do Ensaio Imunoenzimático (EIA) todas as amostras pertenceram ao grupo "A", dos rotavirus típicos