Detección, identificación y localización geográfica de Begomovirus que afectan al tomate en Colombia / Detection, identification and geographical localization of tomato-infecting Begomovirus in Colombia

En la actualidad, los Begomovirus (Familia Geminiviridae) se han convertido en la mayor amenaza para los cultivos de interés agrícola ubicados en las zonas tropicales y templadas del planeta. Estos virus son transmitidos por la mosca blanca Bemisia tabaci, la cual en los últimos años en Colombia ha tenido un aumento significativo en sus poblaciones y se ha asociado con la aparición de síntomas virales en cultivos de tomate. Muestras de tomate con síntomas virales típicos fueron recolectadas en las cinco principales zonas productoras de esta solanácea en el país. Los Begomovirus fueron detectados por medio de la técnica de hibridación de ácidos nucleicos tipo Dot blot así como por medio de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en todas las muestras colectadas. Con la excepción de un reporte previo en el Valle del Cauca, este es el primer reporte de Begomovirus afectando cultivos de tomate en los departamentos de Antioquia, Santander, Boyacá y Cundinamarca. Asimismo, es la primera vez que se informa sobre Begomovirus que afectan cultivos de tomate localizados por encima de 1500 msnm en Colombia.

The begomoviruses (Family Geminiviridae) have recently emerged as samples with typical Begomovirus symptoms were collected in five different departments, comprising the mayor tomato growing areas of the country. Begomovirus were detected by Polymerase Chain Reaction (PCR) or Dot Blot Hybridization in all tomato samples collected in whole tomato growing areas of the country. With exception for Valle del Cauca, this is the first report of tomato-infecting Begomovirus in Antioquia, Santander, Boyacá and Cundinamarca departments. Also this is the first report of tomato-infecting Begomovirus crops located above 1500 masl in Colombia.

Desenvolvimento de uma PCR multiplex capaz de detectar e classificar cepas de Trypanosoma cruzi em amostras clínicas e de campo / Development of a PCR multiplex capable to detect and to classify cepas of Trypanosoma cruzi in clinical samples and field

Nesse trabalho, descrevemos a busca por marcadores moleculares que permitam simultaneamente o diagnóstico da doença de Chagas e a classificação das cepas segundo o fenótipo de susceptibilidade a drogas, zimodema e/ou grupos I e II do T. cruzi. [...], selecionamos seqüências repetitivas do DNA do T. cruzi e iniciadores descritos para o diagnóstico da doença de Chagas. Analisamos as seqüências do elemento repetitivo E13, kDNA e o DNA satélite (195 pb). Os resultados com o elemento repetitivo E13 e seqüências do kDNA, mostraram uma grandevariabilidade dessas seqüências, inviabilizando a busca de marcadores. Analisamos 160 seqüências do DNA satélite de 195 pb de 12 cepas do T. cruzi previamente caracterizadas segundo o fenótipo de susceptibilidade a drogas e zimodema. Estudos de filogenia mostraram a existência de dois grupos distintos, associados com os grupos I e II do T. cruzi. Observamos a presença de 8 polimorfismos exclusivos das cepas do grupo I do T. cruzi. [...] . Umsistema de PCR multiplex constituído pelos iniciadores TcSat 4 e Diaz 7 e 8 permitiram a classificação das cepas de T. cruzi nos grupos I e II. A sensibilidade foi de 10 fg, o que corresponde a 1/30 do DNA de um parasito. Amostras de DNA de outros tripanosomatídeos não produziram produto amplificado. Comparamos o perfil de amplificação do DNA satélite de 30 cepas de T. cruzi e 24 amostras de sangue de camundongos experimentalmente infectados com as cepas Colombiana (grupo I) e Y(grupo II) em papel de filtro. Em todas as amostras positivas foi possível a identificação dos grupos I e II. Para validarmos a técnica com amostras de campo, utilizamos 7 amostras de DNA do creme leucocitário de pacientes na fase aguda da doença deChagas e 15 amostras de fezes de Triatoma infestans em papel de filtro. As amostras de pacientes foram grupo II e as amostras de T. infestans grupo I. Esses resultadosestão de acordo com os dados descritos na literatura que mostram uma associação entre cepas do grupo I do T.

Localización molecular mediante PCR inverso del sitio de inserción de un transposon TN 10 ligado a gntS en mutantes de Escherichia coli / Molecular location by inverse PCR of the insertion site of a Tn10 transposón ligated to gntS in Escherichia coli mutants

La vecindad del sitio de inserción del transposón Tn10, portado por la mutante de Escherichia coli DF601, contiene el gene gntS, un presunto regulador positivo involucrado en el metabolismo del gluconato en E. coli. Aunque el análisis molecular de la región del minuto 95.3, señalado originalmente como el sitio de inserción del transposón, reveló el ORF f251 con características de regulador, transformaciones con éste y otros ORFs de la región, una vez clonados, no complementaron la función perdida en mutantes gntS. El presente trabajo racionaliza la causa de tales resultados. Con base a la secuencia nucleotídica suministrada por GenBank y la aplicación de la técnica de PCR inverso, se encontró que el sitio exacto de inserción del transposón Tn10, portado por la mencionada mutante y sus derivadas TetR, es la posición 4442377, la cual interrumpe el ORF ytfN en la región del minuto 95.8 del mapa genético y no en la del minuto 95.3, como fue originalmente establecido. Los resultados, además de señalar sin ambigüedad la región cromosómica a investigar para lograr los fines propuestos, indican la conveniencia de aplicar la técnica sencilla de PCR inverso, para ubicar elementos genéticos antes de emplearlos en estudios moleculares.

The vicinity of the Tn10 transposon insertion site, carried by the Escherichia. coli mutant DF601, contains the genegntS, a putative positive regulator involved in the metabolism of the gluconate in E. coli. Although the molecular analysis of the 95.3 minute region, originally reported as the transposon insertion site, revealed the ORF f251 as one with regulator characteristics, transformations with this and other ORFs associated with the region, once cloned, did not complement the lost function in gntS mutants. The present work rationalizes on the cause of such results. Based on the nucleotide sequence provided by GenBank and application of the inverse PCR technique, it was found that the exact site of the Tn10 transposon insertion is in the position 4442377, interrupting the ytfN ORF at the minute 95.8 of the E. coli genetic map and not at minute 95.3, as it was originally established. The results indicate the precise chromosomal region to investigate in order to obtain the initially proposed aims and the convenience of applying the simple technique of inverse PCR to locate genetic elements as well.

Diferenciación de especies de Rhodococcus mediante una prueba de PCR-RFLP basada en los genes codificantes para la subunidad 16S ribosomal / Differentiation of Rhodococcus's species by means of a test of PCR-RFLP based on the genes codificantes for the subunit 16S ribosomal

Dada la dificultad en diferenciar las especies de Rhodococcus por pruebas bioquímicas, se desarrolló unaprueba de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR), seguida de un ensayo de Polimorfismo de Longitud de Fragmentos de Restricción (PCR-RFLP) para la diferenciación de las mismas. R. equi, R. rhodnii y otrasbacterias fueron cultivadas en agar sangre y BHI a 37 y 26 °C. El ADN bacteriano fue extraído y amplificadocon los iniciadores descritos por Hypsa y Dale. Los productos de amplificación fueron sometidos a digestióncon diversas enzimas de restricción y los patrones de restricción obtenidos fueron confirmados mediante análisis in silico. Se obtuvo el fragmento de amplificación esperado de 1300 pb en todas las bacterias analizadas. Se pudo diferenciar R. equi de R. rhodnii con las endonucleasas PstI y HindIII y con respecto a otrasbacterias con PstI, HindIII, SstI, BamHI y EcoRI. Los patrones de restricción obtenidos fueron confirmadosmediante análisis in silico. La prueba PCR-RFLP constituye una alternativa para la diferenciación entreespecies de Rhodococcus tales como R. equi y R. rhodnii.

Avaliação da utilidade clínica da reação em cadeia da polimerase (PCR) no diagnóstico da leishmaniose mucosa (LM) no estado do Acre - Brasil / Evaluation of the clinical utility of polymerase chain reaction (PCR) in the diagnosis of mucocutaneous leishmaniasis (MCL) in the state of Acre - Brazil

Avaliação da utilidade clínica da reação em cadeia da polimerase (PCR) no diagnóstico da Leishmaniose mucosa(LM) no estado do Acre - Brasil. O padrão-ouro para o diagnóstico de qualquer forma de leishmaniose é o encontro de parasitas de Leishmania nas lesões. Os métodos parasitológicos de rotina utilizados apresentam baixa sensibilidade e dentre os métodos imunológicos a intradermorreação de Montenegro (IDRM) não pode ser utilizada como instrumento fidedigno em áreas endêmicas. O grande número de casos registrados de leishmaniose mucosa (LM) no Acre nos últimos três anos (21% a 26%) é maior que o esperado para esta forma clínica (3% a 5%), levando-nos a questionar o padrão diagnóstico utilizado, uma vez que o tratamento específico envolve altos custos e significante toxicidade. Objetivo, avaliar a utilidade clínica do PCR como método diagnóstico em pacientes suspeitos de LM, comparando-o com outros exames utilizados (IDRM, imunofluorescência indireta, histopatologia e imunohistoquímica)...

Identificacion por PCR de Aspergillus flavus como contaminante de cereales / Identification by PCR of Aspergillus flavus like cereal polluting agent

Se estima que el 25 porciento de los cultivos agrícolas a nivel mundial son contaminados por micotoxínas liberadas por los hongos. Las aflatoxinas liberadas por Aspergillus fiavus en los alimentos producen enfermedades pulmonares, alérgicas e invasivas. Las pruebas convencionales de identificación requieren varios días de procesamiento. Actualmente las técnicas moleculares han reemplazado a las convencionales con las ventajas de rapidez en su procesamiento y especificidad del 100 porciento. En el presente trabajo se ha pretendido identificar la presencia de Aspergillusfiavus en el maíz, cacao, trigo, avena, algodón y otros cereales a través de la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Se han analizado 40 muestras de diferentes cereales tanto por los métodos convencionales como moleculares. En 13 cultivos de Saboraud observamos el desarrollo de Aspergillus, cuyo desarrollo se observó a los siete días, mientras que en las mismas muestras la técnica PCR identificó en en 20 muestras la presencia de Aspergillus flavus. Se determinó que el maíz proveniente de la Ciudad de Cochabamba, presenta una mayor contaminación por Aspergillus, constituyéndose un riesgo epidemiológico para la salud de la población. La detección molecular mediante PCR de Aspergillusfiauus, es una alternativa frente a los métodos convencionales para su uso frente a la investigación de brotes toxico-infecciosos alimentarios

Diagnostico de la Leishmaniasis mediante PCR en el departamento de La Paz / Diagnose of the leishmaniasis by means of PCR in the department of La Paz

La Leishmaniasis es un importante problema de Salud Publica presente en todas las zonas tropicales y subtropicales del mundo. En Boliviaseestima 1.800 casos nuevos anualmente> Los metodos convencionales para el diagnostico de la Leishmaniasis tiene limitaciones, las alternativas basadas en el estudio de la ADN han dado unas gran espectativa en tecnicas como Reaccion en Cadena de la Polimerasa PCR, La cual puede detectar diferentes complejos de Leismaniasis presentes en el Nuevo Mundo y Europa. En el presente trabajo se ha utilizado la tecnica de la PCR, como una nueva alternativa para el diagnostico de la Leishmaniasis. Se utilizaron cebadores que amplifican un segmento de 70pb del ADN de kinetplasto de Leishmaniasis braziliensis. Se analizaron diferentes tipos de muestras para la busqueda de parasitos a nivel local o sistemica en funcion al estado de la lesion que presento el paciente. Los resultados reportados nos permiten observar que para el estudio de pacientes con lesion cutanea activa, las muestras en la que se detecto rapidamente el parasito son: el aspirado de la lesion encontrando en un 45 porciento de los pacientes y las celulas mononucleares de sangre periferica con un 40 porciento de positividad mediante el PCR. En pacientes con lesiones mucosas activas, las muestras donde se identificaron al parasito fueron: los aspirados de la lesion con un 60 porciento. Finalmente aquellos pacientes con lesiones cicatrizadas de origen mucoso o cutaneo, el suero fue la muestra mas representativa en relacion a las celulas mononucleares con un 8 porciento de posibilidad al PCR

Optimizacion dela tecnica de PCR para el diagnostico de Shigella disenteriae utilizando una cepa pura / Tecnica optimization dela of PCR for I diagnose of Shigella disenteriae using a pure stock

Las enfermedades diarreicas son responsables de la muerte de 5 millones de niños por año en países en vías de desarrollo. En Bolivia, una de las causas mas frecuentes de enfermedades diarreicas es la disentería bacilar. El diagnóstico microbiológico para dicha enfermedad, hasta ahora es realizado por métodos microbiológicos, los cuales requieren de Sa 5 días para obtener el resultado que permita dirigir al paciente a un tratamiento antimicrobiano adecuado. Es necesario introducir nuevas técnicas de diagnóstico mas rápidas y eficientes. La Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) es una técnica molecular rápida de alta especificidad y sensibilidad en comparación a las anteriormente mencionadas tFrankel elaL 1990; Sethabutr el al. 1993; Yavzori et al. 1994) que sebasa en la amplificaciór del ácido desoxirobonucleico (ADN) bacteriano, permitiendo li detección de esta bacteria en menor tiempo que el cultivc microbiológico convencional y en muestras con baja carga bacteriana. En el presente trabajo se ha optimizado la técnicr de PCR para detección de Shigella spp, bajo nuestrar condiciones ambientales., En la etapa de extracción del DN de la bacteria sugiere una serie de condiciones entre las qu se puede destacar: velocidad centrifugación, volumen de PB a utilizarse, cantidad de muestra bacteriana tomada del cultivo Las condiciones determinadas para el aislamiento del DNJ bacteriano obtenido en este estudio sugiere una velocidad d centrifugación de 5000 rpm, un volumen de 300 iii de PB para la preparación de la suspensión bacteriana realizada cor 1 UFC, sin .embargo algunas características como l concentración del gel de agarosa, voltaje de corrida y el pH dc buifer de corrida no presentan modificaciones del protocoli original

Polimorfismo genetico de Mycobacterium tuberculosis, por elmetodo de reaccion en cadena dela polimerasa de dobles elementos repetitivos (DRE-PCR) en La Paz-Bolivia / Genetico polymorphism of Mycobacterium tuberculosis, by metodo of the chain reaction of the polymerase of double repetitive elements DRE-PCR in La Paz-Bolivia

En este trabajo durante el año 2000, se obtuvieron 60 muestras de esputo de pacientes con tuberculosis, estas muestras fuer sometidas a cultivo en medio Lowenstein Jensen, y a partir estas colonias se realizó la extracción de ADN y se obtuvier perfiles genéticos de las 60 cepas de Mycobacterium tuberc losis mediante la técnica del DRE - PCR (Reacción en Cadei de la Polimerasa de Dobles Elementos Repetitivos), obtuvieron 54 patrones diferentes, de los cuales 50 s INDiVIDUALES ylO forman PATRONES AGRUPADOS (CLU TERS), denominados: VII-B, XXX y XVIII cada una con d cepas respectivamente; además de un CLUSTER denomina VII con 4 cepas, lo que significa que existe una variedad cepas circulantes en la Ciudad de La Paz