Résumé
Resumen La participación en programas de evaluación externa de la calidad (PEEC) dirigidos al diagnóstico de enfermedades genéticas permite obtener una medida objetiva del desempeño técnico y analítico de los laboratorios y es un requisito para la acreditación de los laboratorios clínicos bajo la norma ISO 15189. El objetivo de este estudio fue evaluar retrospectivamente el desempeño en los esquemas EMQN (European Molecular Genetics Quality Network) y CF Network (Cystic Fibrosis European Network) en el período 2014-2022. Se participó en un total de 88 esquemas. Se recolectó la información de nuestros puntajes y las medias de los laboratorios participantes en las categorías genotipificación, interpretación y exactitud de la información del paciente/informe. Se informó en forma completa el 90,9% (n=80) de los esquemas. El desempeño en genotipificación mostró puntajes superiores a la media en el 89,3% de los esquemas; 0,8% de los informes correspondieron a falsos negativos. En interpretación, el 66,7% de los esquemas evidenció un desempeño superior a la media y el 33,3% debajo de la media. La exactitud de la información del paciente/informe presentó puntajes superiores a la media en el 97,6% de los esquemas. Se observó una diferencia estadísticamente significativa en el porcentaje de esquemas con puntaje por encima de la media en el año 2022 (10/12 esquemas) respecto al año 2014 (1/6 esquemas) en la categoría interpretación (p=0,0128). En conclusión, la participación regular en PEEC tuvo impacto positivo en la calidad de los estudios y permite realizar mejoras continuas a partir de las recomendaciones sugeridas por estos programas.
Abstract Participation in external quality assessment programmes focused on rare genetic diseases makes it possible to assess the laboratory technical and analytical performance and it is a prerequisite for accreditation according to ISO 15189. The objective of this study was to perform a retrospective evaluation of our performance in the EMQN (European Molecular Genetics Quality Network) and the CF Network (Cystic Fibrosis European Network) programmes in the 2014-2022 period. The laboratory performance on genotyping, interpretation and clerical accuracy and patient identifiers in a total of 88 schemes were assessed. The information of our scores and the mean scores of all participating laboratories in the three categories were collected. A total of 90.9% of the schemes were fully completed. The performance in genotyping showed scores above the mean scores in 89.3% of the schemes; 0.8% of the reports correspond to false negative results. Regarding interpretation category, 66.7% of the schemes presented scores above the mean scores and 33.3% below the mean scores. The clerical accuracy and patient identifiers were above the mean scores in 97.6% of the schemes. A statistically significant difference in the percentage of schemes with a score above the mean for the interpretation category in the year 2022 (10/12 schemes) was observed compared to the year 2014 (1/6 schemes) (p=0.0128). In conclusion, regular participation in external quality assessment programmes had a positive impact on the quality of the studies and allows for continuous improvements based on the recommendations suggested by these programmes.
Resumo A participação em programas de avaliação externa da qualidade (PEECs) voltados para o diagnóstico de doenças genéticas permite obter uma mensuração objetiva do desempenho técnico e analítico dos laboratórios e é requisito para a acreditação dos laboratórios clínicos sob a norma ISO 15189. O objetivo desse estudo foi avaliar retrospectivamente o desempenho nos esquemas EMQN (European Molecular Genetics Quality Network) e CF Network (Cystic Fibrosis European Network) no período 2014-2022. Participou-se em um total de 88 esquemas. Foram coletadas informações de nossos escores e das médias dos laboratórios participantes nas categorias genotipagem, interpretação e precisão da informação do paciente/laudo. 90,9% (n=80) dos esquemas foram informados em sua totalidade. O desempenho na genotipagem apresentou escores acima da média em 89,3% dos esquemas; 0,8% dos laudos corresponderam a falsos negativos. Na interpretação, 66,7% dos esquemas apresentaram desempenho acima da média e 33,3% abaixo da média. A precisão das informações do paciente/laudo apresentou escores acima da média em 97,6% dos esquemas. Observou-se diferença estatisticamente significativa no percentual de esquemas com pontuação acima da média no ano de 2022 (10/12 esquemas) em relação ao ano de 2014 (1/6 esquemas) na categoria interpretação (p=0,0128). Em conclusão, a participação regular em PEECs teve um impacto positivo na qualidade dos estudos e permite fazer melhorias contínuas com base nas recomendações sugeridas por esses programas.
Résumé
Introducción. Las RASopatías son un conjunto de síndromes fenotípicamente superpuestos causados por mutaciones en genes implicados en la vía RAS/MAPK. La herencia es autosómica dominante, presentan características clínicas comunes, como baja talla, dismorfias craneofaciales, cardiopatia congénita, manifestaciones ectodérmicas y mayor riesgo de cáncer. El diagnóstico molecular es clave. Objetivo. Identificar mutaciones en los genes PTPN11, SOS1,RAF1, BRAFy HRAS,y comparar las principales características clínicas en pacientes con confirmación molecular. Población y métodos. Se estudiaron niños con diagnóstico clínico de RASopatía evaluados entre agosto de 2013 y febrero de 2017. Resultados. Se identificaron mutaciones en el 71 % (87/122) de los pacientes. El estudio molecular confirmó el diagnóstico en el 73 % de los pacientes con síndrome de Noonan. La mutación más prevalente fue c.922A>G (p.Asn308Asp) en el gen PTPN11. Se detectó una variante no descrita en RAF1, c.1467G>C (p.Leu489Phe). Se confirmó el sindrome cardiofaciocutáneo en el 67 % de los casos con mutaciones en el gen BRAF. El síndrome de Costello y el síndrome de Noonan con múltiples lentigos se confirmaron en todos los casos. Conclusión. La confirmación del diagnóstico clínico permitió un diagnóstico diferencial más preciso. Se determinó la prevalencia de las mutaciones en PTPN11 (el 58 %), SOS1 (el 10 %) y RAF1 (el 5 %) en niños con síndrome de Noonan, en PTPN11 (el 100 %) en el sindrome de Noonan con múltiples lentigos, en BRAF (el 67 %) en el síndrome cardiofaciocutáneo y en HRAS (el 100 %) en el sindrome de Costello.
Introduction. RASopathies are a set of syndromes with phenotypic overlapping features caused by gene mutations involved in the RAS/MAPK pathway. They are autosomal dominantly inherited and share common clinical characteristics, including short stature, craniofacial dysmorphisms, congenital heart disease, ectodermal manifestations, and a higher risk for cancer. A molecular diagnosis is a key factor. Objective. To identify PTPN11, SOS1, RAF1, BRAF, and HRAS mutations and compare the main clinical characteristics of patients with molecular confirmation. Population and methods. Children with a clinical diagnosis of RASopathy assessed between August 2013 and February 2017. Results. Mutations were identified in 71 % (87/122) of patients. The molecular test confirmed diagnosis in 73 % of patients with Noonan syndrome. The most prevalent mutation was c.922A>G (p.Asn308Asp) in the PTPN11 gene. A previously undescribed variant in RAF1 was detected: c.1467G>C (p.Leu489Phe). Cardiofaciocutaneous syndrome was confirmed in 67 % of cases with BRAF mutations. Costello syndrome and Noonan syndrome with multiple lentigines were confirmed in all cases. Conclusion. The confirmation of clinical diagnosis allowed for a more accurate differential diagnosis. The prevalence of PTPN11 (58 %), SOS1 (10 % ), and RAF1 mutations (5 %) in children with Noonan syndrome, of PTPN11 mutations (100 %) in those with Noonan syndrome with multiple lentigines, of BRAF mutations (67 %) in those with cardiofaciocutaneous syndrome, and of HRAS mutations (100 %) in those with Costello syndrome was determined.
Sujets)
Humains , Nouveau-né , Nourrisson , Enfant d'âge préscolaire , Enfant , Adolescent , Argentine , Sténose de la valve pulmonaire , Cardiomyopathie hypertrophique familiale , Syndrome de Costello , Syndrome de NoonanRésumé
Inicialmente el virus de influenza A(H1N1)pdm09 fue susceptible a los inhibidores de neuraminidasa oseltamivir y zanamivir. Las cepas virales resistentes presentan una sustitución que produce un cambio del aminoácido histidina (H) por una tirosina (Y) en el codón 274 del gen de la neuroaminidasa. El objetivo del trabajo fue realizar un análisis retrospectivo de los resultados obtenidos en muestras estudiadas para influenza A durante el periodo junio - agosto de 2013 y en las muestras positivas determinar la presencia de la mutación H274Y. Se estudiaron 1783 muestras de pacientes con diagnóstico presuntivo de influenza A(H1N1)pdm09, 171 (9.6%) resultaron positivas, a estas se les estudió la presencia de la mutación H274Y. Únicamente dos muestras presentaron la mutación de resistencia. Los métodos para detectar cepas de infuenza A(H1N1)pdm09 resistentes son necesarios para ayudar a los médicos en la selección de la terapia antiviral apropiada de la influenza.
Initially the circulating influenza virus A(H1N1)pdm09 was susceptible to neuraminidase inhibitors oseltamivir and zanamivir. Virtually all resistant viruses possess a substitution at codon 274 of the neuraminidase gene which produces a change of the amino acid histidine (H) to a tyrosine (Y). The aims of the study were to perform a retrospective analysis of samples studied in the Laboratory of Genomic Medicine - MANLAB for influenza A during the period June to August 2013 in Buenos Aires, and to determine the presence of the H274Y mutation. 1783 samples from patients with a presumptive diagnosis of influenza A(H1N1) pdm09 were studied, the virus was detected in 171 samples (9.6%). Then, we studied the presence of the mutation H274Y. Only two samples showed the characteristic resistance mutation. Methods for detecting oseltamivir-resistant A(H1N1)pdm09 influenza strains are needed to assist physicians in the selection of appropriate antiviral therapy for influenza treatment.