Virulence factors and antimicrobial resistance of Escherichia coli isolated from urinary tract of swine in southern of Brazil / Fatores de virulência e resistência aos antimicrobianos de Escherichia coli isoladas do trato urinário de suínos do Sul do Brasil

The present study determined the molecular and resistance patterns of E. coli isolates from urinary tract of swine in Southern of Brazil. Molecular characterization of urinary vesicle samples was performed by PCR detection of virulence factors from ETEC, STEC and UPEC. From a total of 82 E. coli isolates, 34 (38.63 percent) harbored one or more virulence factors. The frequency of virulence factors genes detected by PCR were: pap (10.97 percent), hlyA (10.97 percent), iha (9.75 percent), lt (8.53 percent), sta (7.31 percent) sfa (6.09 percent), f4 (4.87 percent), f5 (4.87 percent), stb (4.87 percent), f6 (1.21 percent) and f41 (1.21 percent). Isolates were resistant to penicillin (95.12 percent), lincomycin (93.9 percent), erythromycin (92.68 percent), tetracycline (90.24 percent), amoxicillin (82.92 percent), ampicillin (74.39 percent), josamycin (79.26 percent), norfloxacin (58.53 percent), enrofloxacin (57.31 percent), gentamicin (39.02 percent), neomycin (37.8 percent), apramycin (30.48 percent), colistine (30.48 percent) and cefalexin (6.09 percent). A number of 32 (39.02 percent) E. coli isolates harbored plasmids.

O presente estudo teve por objetivo determinar os padrões moleculares e de resistência aos antimicrobianos de isolados de E. coli provenientes do trato urinário de suínos no Sul do Brasil. Os fatores estudados dividiram os patotipos ETEC, STEC e UPEC. Trinta e quatro (38,63 por cento) isolados avaliados apresentavam um ou mais dos fatores de virulência pesquisados. A freqüência dos genes de virulência detectados foram: pap (10,97 por cento), hlyA (10,97 por cento), iha (9,75 por cento), lt (8,53 por cento), sta (7,31 por cento) sfa (6,09 por cento), f4 (4,87 por cento), f5 (4,87 por cento), stb (4,87 por cento), f6 (1,21 por cento) e f41 (1,21 por cento). Os isolados foram resistentes à penicilina (95,12 por cento), lincomicina (93,9 por cento), eritromicina (92,68 por cento), tetraciclina (90,24 por cento), amoxacilina (82,92 por cento), ampicilina (74,39 por cento), josamicina (79,26 por cento), norfloxacina (58,53 por cento), enrofloxacina (57,31 por cento), gentamicina (39,02 por cento), neomicina (37,8 por cento), apramicina (30,48 por cento), colistina (30,48 por cento) e cefalexina (6,09 por cento). Trinta e dois (39,02 por cento) isolados de E. coli continham plasmídeos.

Molecular analysis of an integrative conjugative element, ICEH, present in the chromosome of different strains of Mycoplasma hyopneumoniae

Diversification of bacterial species and pathotypes is largely caused by lateral gene transfer (LGT) of diverse mobile DNA elements such as plasmids, phages, transposons and genomic islands. Thus, acquisition of new phenotypes by LGT is very important for bacterial evolution and relationship with hosts. This paper reports a 23 kb region containing fourteen CDSs with similarity to the previous described Integrative Conjugal Element of Mycoplasma fermentans (ICEF). This element, named ICEH, is present as one copy at distinct integration sites in the chromosome of 7448 and 232 pathogenic strains and is absent in the type strain J (non-pathogenic). Notable differences in the nucleotide composition of the insertion sites were detected, and could be correlated to a lack of specificity of the ICEH integrase. Although present in strains of the same organism, the ICEH elements are more divergent than the typical similarity between other chromosomal locus of Mycoplasma hyopneunomiae, suggesting an accelerated evolution of these constins or an ongoing process of degeneration, while maintaining conservation of the tra genes. An extrachromosomal form of this element had been detected in the 7448 strain, suggesting a possible involvement in its mobilization and transference of CDSs to new hosts.

Application of broad-range bacterial PCR amplification and direct sequencing on the diagnosis of neonatal sepsis

Primers universais, que amplificam regiões conservadas de rDNA 23S, foram utilizados para analisar 306 amostras de cultivo de sangue obtidas de 295 neonatos com um ano ou menos de idade admitidos em unidades hospitalares de tratamento intensivo. O diagnóstico molecular baseado em seqüenciamento dos produtos de PCR foi comparado com os resultados obtidos do cultivo das amostras de sangue. Os resultados foram concordantes para 277 (90.5 per center) das 306 amostras testadas, incluindo 263 amostras PCR-negativo e cultura-negativa e 29 amostras cultura-positiva e PCR-positivo. Comparado com o método de cultivo, a técnica de PCR combinada com seqüenciamento, apresentou maior especificidade, 88 per center e 96,3 per center respectivamente, com valores preditivos positivos e negativos de 74,3 e 98,5 per center respectivamente. Concluímos que a técnica baseada em PCR utilizando amostras de cultivo de sangue, obtidas de neonatos com suspeita de sepse bacteriana, apresenta boa correlação com os métodos de cultivo convencionais. A metodologia de PCR/seqüenciamento apresenta aplicabilidade como técnica complementar para o diagnóstico da sepse neonatal. Esta metodologia fácil de ser executada fornece resultados confiáveis podendo ser recomendada para utilização no diagnóstico de amostras obtidas durante o tratamento antimicrobiano especialmente quando o resultado do cultivo permanece negativo. Apresenta, também, potencial de utilização na identificação de espécies bacterianas com problemas de classificação pelos métodos convencionais microbiológicos.