Detección del virus del papiloma humano en Corrientes, Argentina: alta prevalencia de genotipo 58 y su filodinámica / Human papillomavirus detection in Corrientes, Argentina: High prevalence of type 58 and its phylodynamics

Human papillomavirus (HPV) has the highest mortality rate due to cervical cancer in Northeastern Argentina. The aim of this work was to detect and characterize HPV in samples from the Province of Corrientes, Argentina. HPV detection and typing was performed using PCR-RFLP on samples with different cervical lesions (n = 255). Seventeen viruses typified as HPV-58 were sequenced (E6 and E7 genes) and mutations were analyzed. HPV DNA was detected in 56.1 % of the cervical lesions (143/255). Twenty-two different HPV types were detected. The type most frequently found among the total number of samples and HPV-positive samples was HPV-16 (14.5 % and 25.9 %, respectively), followed by HPV-58 (8.2 %/14.7 %, respectively), which is also considered a high-risk viral type. Increased severity of the cytological status was associated with greater rates of HPV detection and, especially, with the detection of greater rates of high-risk types. In addition, the evolutionary dynamics of the alpha-9 species group and HPV-58 was studied. All HPV-58 viruses reported in this work belonged to lineage A, sublineage A2. The phylodynamic analysis indicated that diversification of main groups within lineage A might have accompanied or preceded human migrations across the globe. Given that the most prevalent viruses found belonged to high-risk HPV types, some concerns might arise about the extent of cross protection of the vaccines against the types not included in their design.

El virus del papiloma humano (Human papillomavirus [HPV]) tiene la mayor tasa de mortalidad por cáncer de cuello uterino en el noreste de Argentina. El objetivo de este trabajo fue detectar y caracterizar el HPV en muestras de la provincia de Corrientes, Argentina. La detección y la tipificación se realizó mediante PCR-RFLP en muestras con diferentes lesiones cervicales (n=255). Se secuenciaron 17 virus tipificados como HPV-58 (genes E6 y E7) y se analizaron sus mutaciones. Además, se estudió la dinámica evolutiva de los virus del grupo alfa-9 y, en particular, del HPV-58. Se detectó ADN viral en el 56,1% de las lesiones cervicales (143/255) y se detectaron 22 tipos del HPV. El tipo encontrado con mayor frecuencia entre el total de muestras y entre las HPV-positivas fue el HPV-16 (14,5%/25,9%, respectivamente), seguido por el HPV-58 (8,2%/14,7%, respectivamente), también considerado como de alto riesgo. El aumento de la gravedad de las lesiones se asoció a mayores tasas de detección del HPV y, en especial, con mayores tasas de detección de tipos de alto riesgo. Todos los HPV-58 encontrados pertenecieron al linaje A, sublinaje A2. El análisis filodinámico indicó que la diversificación de los grupos principales dentro del linaje A podría haber acompañado o precedido las migraciones humanas en todo el mundo. Dado que los virus más prevalentes pertenecieron a los tipos del HPV de alto riesgo, podrían surgir interrogantes sobre el alcance de la protección cruzada de las vacunas contra los tipos no incluidos en su diseño

Epidemiología molecular del virus sincicial respiratorio en pacientes pediátricos en un período de seis años / Molecular epidemiology of respiratory syncytial virus in pediatric patients in a six-year period

El virus sincicial respiratorio humano (HRSV) es la principal causa de infección respiratoria aguda baja (IRAB) grave en niños pequeños, no existiendo una vacuna eficaz para prevenirlo. Se analizaron muestras de aspirados nasofaríngeos de pacientes hospitalizados por IRAB en un período de seis años (1999-2004). Por RT-PCR se subtipificaron 353 muestras positivas para HRSV por inmunofluorescencia directa. Entre éstas, 65,7% pertenecieron al subtipo A y 34,3% al subtipo B. Por amplificación, RFLP y secuenciación del gen de la glucoproteína G, principal antígeno neutralizante, se estudiaron las relaciones filogenéticas. Para el subtipo A, se encontraron dos patrones de restricción principales (PA1 y PA2) y dos genotipos, GA2 y GA5, que cocircularon durante el período analizado. El análisis filodinámico determinó alternancia en la circulación de clados genéticos en el tiempo entre Argentina y otros países, mientras que otros cocircularon globalmente. El análisis del subtipo B, permitió describir un evento genético inusual, la duplicación de un segmento de 60 nucleótidos. Filodinámicamente se demostró que estos virus, denominados BA, circularon en Argentina durante todo el período analizado, asociándose con cepas del resto del mundo y mostrando un ancestro en común que probablemente se haya generado en Argentina entre 1997 y 1999. Este trabajo contribuye a un mejor conocimiento evolutivo del virus, dándole un rol fundamental al laboratorio de virología en la vigilancia molecular activa.

Human respiratory syncytial virus (HRSV) is the leading cause of acute lower respiratory tract infections (ALRI) in children. Despite considerable efforts there is as yet no satisfactory vaccine available. In this work, nasopharyngeal aspirates taken from hospitalized children with ALRI were analyzed over six consecutive epidemic seasons (1999-2004). By RT-PCR, 353 positive samples for HRSV by direct immunofluorescence were subtypified. Among them, 65.7% belonged to subtype A and 34.3% to subtype B. Therefore, a phylogenetic analysis was performed using RFLP and sequence analysis of the G-glycoprotein gene, the main neutralizing antigen. The results for A subtype, showed that there were two main restriction patterns (PA1 and PA2) and two genotypes (GA2 and GA5) cocirculating during the period studied. The phylodinamic analysis showed that there were some genetic clades which along this period of time alternated their circulation between Argentina and other countries and that other clades cocirculated worldwide. The subtype B analysis enabled the description of an unusual genetic event such us a 60 nucleotide duplication. The phylodinamic analysis showed that all of these viruses, designated BA, circulated in our country during the period studied and were associated with strains reported wordlwide, showing a common ancestor which had probably been generated in a single genetic event between 1997 and 1999 in Argentina. This work contributes to a better understandig of this virus evolution, giving a fundamental role to the virology laboratory in the active molecular surveillance.