Descripción de la micobiota de los tubos endotraqueales de pacientes de unidades de cuidados intensivos en Bogotá, Colombia / Description of the colonizing mycobiota of endotracheal tubes from patients admitted to two intensive care units in Bogotá, Colombia

Introducción. La colonización por microorganismos patógenos de los dispositivos médicos usados en las unidades de cuidados intensivos es un factor de riesgo para el aumento de infecciones asociadas con la atención en salud y, por lo tanto, al de la morbilidad y la mortalidad de los pacientes intubados. En Colombia, no se ha descrito la colonización por hongos de los tubos endotraqueales, con lo cual se podrían considerar nuevas opciones terapéuticas para el beneficio de los pacientes. Objetivo. Describir los hongos que colonizan los tubos endotraqueales de los pacientes en unidades de cuidados intensivos, junto con su perfil de sensibilidad a los antifúngicos. Materiales y métodos. Se realizó un estudio observacional, descriptivo, en dos centros hospitalarios durante 12 meses. Se recolectaron tubos endotraqueales de pacientes de las unidades de cuidados intensivos. Estos fueron procesados para cultivar e identificar hongos, y para establecer su perfil de sensibilidad a los antifúngicos. Resultados. Se analizaron 121 tubos endotraqueales obtenidos de 113 pacientes. De estos, el 41,32 % se encontró colonizado por los hongos Candida albicans (64,61 %), C. no-albicans (30,77 %), Cryptococcus spp. (3,08 %) o mohos (1,54 %). Todos los hongos evaluados presentaron una gran sensibilidad a los antifúngicos, con un promedio del 91 %. Conclusión. Se encontró colonización fúngica en los tubos endotraqueales de pacientes con asistencia respiratoria mecánica. El perfil de sensibilidad en estos pacientes fue favorable. Se requiere un estudio clínico para correlacionar los microorganismos colonizadores y su capacidad de generar infección.

Introduction. Medical device colonization by pathogenic microorganisms is a risk factor for increasing infections associated with health care and, consequently, the morbidity and mortality of intubated patients. In Colombia, fungal colonization of endotracheal tubes has not been described, and this information could lead to new therapeutic options for the benefit of patients. Objective. To describe the colonizing fungi of the endotracheal tubes from patients in the intensive care unit, along with its antifungal sensitivity profile. Materials and methods. We conducted a descriptive, observational study in two health centers for 12 months. Endotracheal tubes were collected from patients in intensive care units. Samples were processed for culture, fungi identification, and antifungal sensitivity profile assessment. Results. A total of 121 endotracheal tubes, obtained from 113 patients, were analyzed: 41.32 % of the tubes were colonized by Candida albicans (64.62%), C. non-albicans (30.77%), Cryptococcus spp. (3.08%) or molds (1.54%). All fungi evaluated showed a high sensitivity to antifungals, with a mean of 91%. Conclusion. Fungal colonization was found in the endotracheal tubes of patients under invasive mechanical ventilation. The antifungal sensitivity profile in these patients was favorable. A clinical study is required to find possible correlations between the colonizing microorganisms and infectivity.

Paraccoicidiomicosis, reflexión de una micosis diseminada: reporte de caso

Introducción: La paracoccidioidomicosis, es una micosis endémica en diferentes países de latinoamérica, incluyendo zonas de Colombia, con manifestación clínica muy variada ya que es considerada una enfermedad que puede ser crónica y sistémica. Objetivos: Exponer la importancia del examen clínico-estomatológico en la detección de diferentes entidades en sistema estomatognático, y el manejo multidisciplinario de paracoccidioidomicosis oral y sistémica. Caso clínico: paciente masculino en sexta década de vida, el cual presenta glosalgia y dolor de región ocular. Clínicamente presenta lesión de tipo granulomatoso en bordes laterales de lengua con evolución de hace 1 año aproximadamente, el resultado de la biopsia es paracoccidioidomicosis, se inicia manejo multidisciplinario con medicamentos intravenosos y orales, luego de 10 meses presenta resolución de este. Conclusiones: un buen interrogatorio, análisis de cuadro clínico y exámenes complementarios, son claves para un diagnóstico temprano y tratamiento oportuno, preservando la vida del paciente, especialmente en infecciones oportunistas como la paracoccidioidomicosis.

Introdução: A paracoccidioidomicose é uma micose endêmica em diferentes países da América Latina, incluindo áreas da Colômbia, com manifestação clínica muito variada por ser considerada uma doença que pode ser crônica e sistêmica. Objetivos: Expor a importância do exame clínico-estomatológico na detecção de diferentes entidades do sistema estomatognático e no manejo multidisciplinar da paracoccidioidomicose oral e sistêmica. Caso clínico: paciente do sexo masculino na sexta década de vida, que apresentava glossalgia e dor na região ocular. Clinicamente apresenta lesão tipo granulomatosa nas bordas laterais da língua com evolução de aproximadamente 1 ano, resultado da biópsia é paracoccidioidomicose, inicia-se manejo multidisciplinar com medicações endovenosas e orais, após 10 meses resolve. Conclusões: um bom questionamento, análise do quadro clínico e exames complementares são fundamentais para o diagnóstico precoce e tratamento oportuno, preservando a vida do paciente, principalmente nas infecções oportunistas como a paracoccidioidomicose.

Introduction: Paracoccidioidomycosis is an endemic mycosis in different Latin American countries, including areas of Colombia, with a very varied clinical manifestation since it is considered a disease that can be chronic and systemic. Objectives: To expose the importance of the clinical-stomatological examination in the detection of different entities in the stomatognathic system, and the multidisciplinary management of oral and systemic paracoccidioidomycosis. Clinical case: male patient in the sixth decade of life, who presented glossalgia and pain in the ocular region. Clinically, it presents a granulomatous-type lesion on the lateral edges of the tongue with evolution of approximately 1 year ago, the result of the biopsy is paracoccidioidomycosis, multidisciplinary management is started with intravenous and oral medications, after 10 months it resolves. Conclusions: a good questioning, analysis of the clinical picture and complementary tests are key to early diagnosis and timely treatment, preserving the patient's life, especially in opportunistic infections such as paracoccidioidomycosis.

Desenvolvimento de metodologia para identificação de fungos através de metabarcoding aplicada em amostras humanas de adenocarcinoma gástrico e carcinoma epidermoide de pênis / Development of methodology for fungi identification through metabarcoding applied in gastric adenocarcinoma and penile epidermoid carcinoma of human sample

O microbioma humano compreende material genético da microbiota de um local do corpo e tem influência direta ou indireta na manutenção da homeostase. O distúrbio da microbiota pode estar relacionado ao desenvolvimento de doenças. A população fúngica ainda é muito pouco estudada no contexto do microbioma. No presente estudo, foi desenvolvida uma metodologia para identificação de fungos por metabarcoding. A metodologia desenvolvida foi aplicada em mostras de pacientes portadores de adenocarcinoma gástrico ou carcinoma epidermoide de pênis. De modo geral, em ambos os tumores foi verificada a redução de diversidade fúngica conforme a evolução do estadiamento patológico. Também foram verificados resultados não concordantes ao analisar espécies diferencialmente abundantes em dados de sequenciamento da região ITS2 e de WGS nas amostras de lavado gástrico. Este trabalho reforça a importância em se estudar os fungos e sua associação com doenças como o câncer e incentiva próximos estudos através do desenvolvimento de uma metodologia específica para o micobioma.

The human microbiome comprises genetic material from the microbiota of a body site and has a direct or indirect influence on the maintenance of homeostasis. The disturbance of the microbiota may be related to the development of diseases. The fungal population is still very little studied in the context of the microbiome. In this study, a methodology was developed to identify fungi by metabarcoding. The methodology developed was applied to samples from patients with gastric adenocarcinoma or squamous cell carcinoma of the penis. In general, in both tumors, a reduction in fungal diversity was observed according to the evolution of the pathological staging. Discordant results were also found when analyzing differentially abundant species in sequencing data from the ITS2 region and WGS in gastric lavage samples. This work reinforces the importance of studying fungi and their association with diseases such as cancer and encourages further studies through the development of a specific methodology for the mycobiome

Micobioma: diversidad fúngica en el cuerpo humano / Mycobiome: Fungal diversity in human body

Resumen Introducción: los hongos hacen parte de los microorganismos que se encuentran en el ser humano y que interactúan con bacterias, virus y archaeas. El equilibrio inter e intra-especies es importante para mantener la salud en los seres humanos. La mayoría de los estudios sobre el micobioma se han relacionado con estados de enfermedad causados por hongos, siendo de relevancia la exploración de las comunidades comensales en individuos sanos. Métodos: se realizó una búsqueda bibliográfica en PubMed, ScienceDirect, Scopus y Google Scholar, usando los términos mycobiome, intestinal fungi, skin mycobiome, vaginal mycobiome, fungal microbiome. Se incluyeron artículos desde 1996 hasta 2020, de revisión y de resultados de investigación en todos los idiomas. Resultados y discusión: existe variabilidad en las comunidades fúngicas en los sitios corporales según sus características intrínsecas y la relación con el medio ambiente. El estado de salud en los seres humanos puede estar influenciado por la densidad y diversidad fúngica, a diferencia de los individuos enfermos en quienes se evidencia una disminución en la diversidad y que se asocia con el oportunismo de agentes patógenos.

Abstract Introduction: Fungi are part of the microorganisms that are found in humans and interact with bacteria, viruses and archaeas. The balance inter and intra-species is important to maintain health in humans. Most studies on mycobiota have been related to disease states caused by fungi, the exploration of commensal communities in healthy individuals being relevant. Methods: literature search in PubMed, ScienceDirect, Scopus and Google Scholar, using the terms: mycobiome, intestinal fungi, skin mycobiome, vaginal mycobiome, fungal microbiome. Articles from 1996 to 2020, review and research results in all languages were included in this review. Results: Variability in fungal communities is determinated according to body site characteristics and the contact with the environment. Health status in humans can be influenced by fungal density and diversity, unlike sick individuals where there is evidence of a decrease in diversity and that is associated with the opportunism of pathogens.