Use of oral fluids for efficient monitoring of influenza viruses in swine herds in Colombia

Background: Influenza A virus (IAV) surveillance in swine is critical not only due to the direct impact of the disease in the pork industry but also because IAV are prone to interspecies transmission (from human to pigs and vice versa); therefore, its monitoring is fundamental from a public and animal health perspective. Several diagnostic techniques have been used to detect IAV infection from nasal samples in swine, while samples of oral fluids (OF) are in use as novel alternatives for pathogen detection. The OF allow for efficient and feasible low-cost disease detection at the herd level, with low risk of stress for the animals. Objective: To describe a surveillance strategy of IAV at the herd level during respiratory disease outbreaks in swine farms at tropical settings using porcine oral fluids. Methods: An active surveillance strategy was conducted in several farms with past records of respiratory disease. The IAV detection was conducted in five purposively selected swine farms from years 2014 to 2017. We investigated a total of 18 respiratory outbreaks of the disease. Swine OF were collected for IAV testing. An OF sample is described as a pen-based specimen collected from a group of >20 pigs per pen and/or per barn (stall-housed individually with close contact among them). The IAV infection was investigated in OF by rRT-PCR testing and confirmed by viral isolation in cell culture Results: We found 107 (7.4%) positives to IAV by rRT-PCR from a total of 1,444 OF samples tested. Additionally, 9 IAV isolates were all further identified as H1 subtype. Conclusions: Our results demonstrate that OF can be easily implemented as a novel, user-friendly, welfare-friendly, accurate and cost-effective sampling method for active surveillance and monitoring of IAV infections in swine farms in tropical settings.

Antecedentes: La vigilancia del Virus Influenza A (IAV) en los cerdos es fundamental debido al impacto directo de la enfermedad en la industria porcina, pero también porque los IAV son propensos de transmisión entre especies (humanos a cerdos y viceversa), y por lo tanto su monitoreo es crítico desde las perspectivas de salud pública y animal. Actualmente existen varias técnicas de diagnóstico disponibles para detectar la infección por IAV a partir de muestras nasales en cerdos, sin embargo, se han implementado otras muestras como los fluidos orales (OF) como nuevas alternativas para la detección de patógenos. El OF permite una detección eficiente y factible de enfermedades a menor costo a nivel de rebaño, con menor riesgo de estrés para los animales. Objetivo: Describir una estrategia de vigilancia de IAV a nivel de hato por medio de fluidos orales porcinos durante brotes de enfermedades respiratorias en granjas porcinas en entornos tropicales. Métodos: Se llevó a cabo una estrategia de vigilancia activa en cinco granjas porcinas seleccionadas con antecedentes de enfermedades respiratorias. Se recolectaron OF porcinos para la prueba de IAV. Una muestra de OF se describió como una muestra grupal recolectada de un grupo de >20 cerdos por corral y/o por establo (si estaban alojados individualmente, pero tenían un contacto cercano entre ellos). La infección por IAV se investigó probando OF mediante rRT-PCR y la confirmación mediante aislamiento viral en cultivo celular. Resultados: La detección de IAV se llevó a cabo en cinco granjas seleccionadas intencionalmente entre 2014- 2017. Investigamos un total de 18 eventos de brotes de enfermedades respiratorias. Del total de 1.444 OF muestras analizadas, encontramos 107 (7,4%) positivos a IAV mediante rRT-PCR. Además, solo se obtuvieron 9 aislamientos de IAV y todos se identificaron además como subtipo H1. Conclusiones: Los resultados de nuestro estudio demostraron cómo la OF puede implementarse fácilmente como un método de muestreo novedoso, fácil de usar, amigable con el bienestar animal, preciso y rentable para la vigilancia activa y el monitoreo de infecciones por IAV en granjas porcinas en entornos tropicales.

Antecedentes: A vigilância do vírus Influenza A (IAV) em suínos é crítica devido ao impacto direto da doença na indústria de suínos, mas também porque os IAV são propensos a transmissão interespécies (de humanos para porcos e vice-versa) e, portanto, seu monitoramento é crítico do ponto de vista da saúde pública e animal. Atualmente, existem várias técnicas de diagnóstico disponíveis para detectar a infecção por IAV em amostras nasais de suínos, no entanto, outras amostras, como fluidos orais (OF), têm sido implementadas como novas alternativas para a detecção de patógenos. O OF permite uma detecção eficiente e viável de doenças com menor custo em nível de rebanho, com menor risco de estresse para os animais. Objetivo: Descrever uma estratégia de vigilância de IAV em nível de rebanho durante surtos de doenças respiratórias em granjas de suínos em ambientes tropicais por meio de fluidos orais suínos. Métodos: A estratégia de vigilância ativa foi conduzida em cinco granjas de suínos selecionadas com histórico de doenças respiratórias. Suínos OF foram coletados para teste de IAV. Uma amostra OF foi descrita como um espécime baseado em curral coletado de um grupo de >20 porcos por curral e/ou por celeiro (se eles foram alojados individualmente, mas tendo contato próximo entre eles). A infecção IAV foi investigada testando OF por rRT-PCR e confirmada por isolamento em cultura de células. Resultados: A detecção do IAV foi realizada em cinco fazendas selecionadas propositalmente entre 2014-2017. Nós investigamos um total de 18 eventos de surto de doença respiratória. Do total de 1.444 amostras de OF testadas, encontramos 107 (7,4%) positivas para IAV por rRT-PCR. Além disso, apenas 9 isolados de IAV foram obtidos, e todos foram posteriormente identificados como subtipo H1. Conclusão: Os resultados de nosso estudo demonstraram como o OF pode ser facilmente implementado como um método de amostragem novo, amigável, amigável com o bem-estar, preciso e de baixo custo para vigilância ativa e monitoramento de infecções IAV em fazendas de suínos em ambientes tropicais.

First detection and genetic characterization of porcine parvovirus 7 from Korean domestic pig farms

Porcine parvovirus 7 (PPV7) was first detected in Korean pig farms in 2017. The detection rate of PPV7 DNA was 24.0% (30/125) in aborted pig fetuses and 74.9% (262/350) in finishing pigs, suggesting that PPV7 has circulated among Korean domestic pig farms. Phylogenetic analysis based on capsid protein amino acid sequences demonstrated that the nine isolated Korean strains (PPV-KA1-3 and PPV-KF1-6) were closely related to the previously reported USA and Chinese PPV7 strains. In addition, the Korean strains exhibit genetic diversity with both insertion and deletion mutations. This study contributes to the understanding of the molecular epidemiology of PPV7 in Korea.

Detection of Hepatitis E Virus RNA in Chicken Droppings and Pig Feces in Ogun and Lagos States, South Western, Nigeria.

Background/Aim: Hepatitis E virus (HEV) is a major cause of sporadic and epidemic cases of enteric non-A non-B hepatitis in humans. It estimated that 14 million symptomatic cases of HEV infection, with 300,000 deaths and 5,200 stillbirths occur annually worldwide, with developing countries in the Indian subcontinent, Southeast and Central Asia, the Middle East, and northern and western parts of Africa being the most affected. This study was carried out to detect the presence of HEV RNA in commercial chicken and pigs in some parts of Ogun and Lagos states, South Western, Nigeria. Materials and Methods: A total of 550 fecal samples were collected from chicken and pigs in both states. HEV RNA was extracted from the fecal samples and amplified by nested-PCR. Gel electrophoresis was used to evaluate the nested-PCR products. Results: HEV RNA was detected in 10(1.8%) of the 550 samples. This comprised of 5(6.7%) positive from chicken droppings and 5(1.7%) from pigs feces. The result also showed that 3(4.3%) of chicken droppings collected from Ogun state were positive while there was no positive cases recorded in pig feces. Similarly 2(40%) of chicken droppings collected in Lagos state were positive while 5(1.7%) of pig feces were also positive. Conclusion: The detection of HEV among commercially available chicken and pigs poses a great economic danger to poultry farmers and a tremendous public health risk to consumers of pork meat in Nigeria.

Volatilização de amônia e emissão de óxido nitroso após aplicação de dejetos líquidos de suínos em solo cultivado com milho / Ammonia volatilization and nitrous oxide emissions following soil application of pig slurry in corn

As perdas de nitrogênio (N) através de emissões gasosas de amônia (NH3) e óxido nitroso (N2O) após a aplicação de dejetos líquidos de suínos (DLS) no solo é um assunto ainda pouco estudado no Brasil, sobretudo em plantio direto. Diante disso, o objetivo desse trabalho foi avaliar, em condições de campo, a volatilização de NH3 e a emissão de N2O após a aplicação de DLS no milho, com e sem a presença de palha de aveia preta na superfície do solo. Os tratamentos avaliados para medir a emissão de N2O, durante 90 dias, foram: T1 - Solo (testemunha); T2 - Solo + DLS; T3 - Solo + Palha; T4 - Solo + Palha + DLS. Já a volatilização de NH3 foi quantificada durante 12 dias, somente nos três últimos tratamentos. Os DLS, na dose de 60m³ ha-1, foram aplicados ao solo, antecedendo a semeadura do milho, em delineamento experimental de blocos ao acaso, com três repetições. A presença da palha na superfície do solo reduziu as perdas de NH3 em 34%, porém potencializou as emissões de N2O após a aplicação dos DLS, as quais aumentaram em 167%. Os maiores fluxos de N2O ocorreram durante os primeiros 40 dias após a aplicação dos DLS sempre após a ocorrência de chuvas e/ou irrigações.

The nitrogen (N) losses through gaseous emissions of ammonia (NH3) and nitrous oxide (N2O) after pig slurry (PS) application in soil is a subject still little studied in Brazil, especially under no-till conditions. Therefore, the objective of this study was to evaluate, under field conditions, the NH3 volatilization and the N2O emission after PS application in corn, with and without surface oat straw. The treatments for measuring N2O emissions, during 90 days, were: T1-unamended soil (control), T2 - Soil + PS, T3 - Soil + oat straw and T4 - Soil + PS + oat straw. The NH3 volatilization was quantified only in the last three treatments. PS, at the dose 60m³ ha-1, was applied prior the sowing of corn, in a randomized design, with three replications. Oat straw on the soil surface reduced NH3 volatilization by 34%, but enhanced N2O emission by 167%. The higher N2O fluxes occurred during the first 40 days after PS addition, always after rain and/or irrigation events.