Rendimiento diagnóstico de un sistema molecular de uso en el punto de atención para la detección de SARS-CoV-2 en Perú / Diagnostic performance of a point-of-care molecular system for the detection of SARS-CoV-2 in Peru

RESUMEN En el presente estudio se estimó el rendimiento diagnóstico de la prueba Xpert®Xpress SARS-CoV-2 en comparación con la RT PCR en tiempo real-protocolo Charité, para la detección de SARS-CoV-2 en pacientes peruanos. Se trató de un diseño de prueba diagnóstica que incluyó 100 muestras de hisopado nasal y faríngeo. Se obtuvo una concordancia global de 98,70% (IC95%: 92,98-99,97), con un coeficiente kappa de 0,97 (IC95%: 0,86-1.00); se estimó una sensibilidad y especificad relativa de 100% y 96,15%, respectivamente. Adicionalmente, el porcentaje del área bajo la curva ROC fue 98,08% en ambos casos y se obtuvo una especificidad analítica del 100% para los diferentes virus respiratorios evaluados. En conclusión, la prueba Xpert®Xpress SARS-CoV-2 a partir de muestras de hisopado nasal y faríngeo fue altamente sensible y específica, así mismo el coeficiente kappa mostró una excelente correlación, al compararla con la prueba de referencia.

ABSTRACT The present study assessed the diagnostic performance of the Xpert®Xpress SARS-CoV-2 test in comparison with the Charité protocol real-time RT PCR for the detection of SARS-CoV-2 in Peruvian patients. This was a diagnostic test study that included 100 nasal and pharyngeal swab samples. We obtained an overall concordance of 98.70% (95%CI: 92.98-99.97), with a kappa coefficient of 0.97 (95%CI: 0.86-1.00) and sensitivity and relative specificity rates of 100% and 96.15%, respectively. Additionally, the percentage of the area under the ROC curve was 98.08% in both cases, and an analytical specificity rate of 100% was obtained for the different respiratory viruses evaluated. In conclusion, the Xpert®Xpress SARS-CoV-2 test, by using nasal and pharyngeal swab samples, was highly sensitive and specific, and the kappa coefficient showed an excellent correlation when compared to the reference test.

Use of the rapid molecular test for tuberculosis among people deprived of liberty: a scoping review / Uso de la prueba molecular rápida de tuberculosis en personas privadas de libertad: revisión de alcance / Utilização do teste rápido molecular para tuberculose entre pessoas privadas de liberdade: revisão de escopo

ABSTRACT Objective: to map the repercussions of using the rapid molecular test for diagnosing tuberculosis among people deprived of liberty in the scientific literature. Method: this is a scoping review following the recommendations of the Joanna Briggs Institute and PRISMA for Scoping Reviews. The search was conducted using controlled and free vocabulary in the following databases: EMBASE, Scopus, MEDLINE, Cinahl, Academic Search Premier, LILACS and Web of Science, in the Brazilian Digital Library of Theses and Dissertations and Google Scholar. The materials which answered the review question were selected by two independent reviewers based on reading the titles, abstracts and publications. All types of studies and publications were included. The extracted data was subjected to narrative synthesis and presented graphically. Results: a total of 13 among the 461 publications found were included in the review. The studies pointed out the following repercussions of using the rapid molecular test in the prison population: increase in the diagnosis of cases compared to sputum smear microscopy; reduction in diagnosis time, initiating treatment and isolation; identification of strains resistant to antibiotic therapy; reducing the prevalence and occurrence of tuberculosis; high agreement of test results with culture results; lower cost of the test when carried out in groups of samples or when screening is carried out by radiography. Conclusion: the literature indicated that the rapid molecular test is relevant for combating tuberculosis in prison units, so its use should be considered by authorities and managers as a strategic tool for controlling the disease.

RESUMEN Objetivo: mapear las repercusiones del uso de la prueba molecular rápida para el diagnóstico de tuberculosis en personas privadas de libertad en la literatura científica. Método: scoping review, siguiendo las recomendaciones del Joanna Briggs Institute y PRISMA for Scoping Reviews. La búsqueda se realizó utilizando vocabularios controlados y libres en las siguientes bases de datos: EMBASE, Scopus, MEDLINE, Cinahl, Academic Search Premier, LILACS y Web of Science, en la Biblioteca Digital Brasileña de Tesis y Disertaciones y en Google Scholar. Los materiales que respondieron a la pregunta de revisión fueron seleccionados por dos revisores independientes, basándose en la lectura de títulos, resúmenes y publicaciones. Se incluyeron todo tipo de estudios y publicaciones. Los datos extraídos fueron sometidos a síntesis narrativa y presentados gráficamente. Resultados: entre las 461 publicaciones encontradas, 13 fueron incluidas en la revisión. Los estudios señalaron las siguientes repercusiones del uso de la prueba molecular rápida en la población penitenciaria: aumento del diagnóstico de casos en comparación con la baciloscopia de esputo; reducción del tiempo de diagnóstico, inicio de tratamiento y aislamiento; identificación de cepas resistentes a la terapia con antibióticos; reducir la prevalencia y aparición de la tuberculosis; alta concordancia de los resultados de las pruebas con los resultados del cultivo; menor coste de la prueba cuando se realiza en grupos de muestras o cuando el cribado se realiza mediante radiografía. Conclusión: la literatura indicó que la prueba molecular rápida es relevante para el combate a la tuberculosis en las unidades penitenciarias, por lo que su uso debe ser considerado por autoridades y gestores como una herramienta estratégica para el control de la enfermedad.

RESUMO Objetivo: mapear as repercussões da utilização do teste rápido molecular para o diagnóstico de tuberculose entre as pessoas privadas de liberdade junto à literatura científica. Método: revisão de escopo seguiram-se as recomendações do Joanna Briggs Institute e do PRISMA for Scoping Reviews. A busca foi realizada com vocabulários controlados e livres nas bases de dados: EMBASE, Scopus, MEDLINE, Cinahl, Academic Search Premier, LILACS e Web of Science, na Biblioteca Digital Brasileira de Teses e Dissertações e no Google Scholar. Foram selecionados por dois revisores independentes, os materiais que respondiam à pergunta da revisão, a partir da leitura dos títulos, resumos e publicações. Foram incluídos todos os tipos de estudo e publicações. Os dados extraídos foram submetidos à síntese narrativa e apresentados graficamente. Resultados: entre as 461 publicações encontradas, 13 foram incluídas na revisão. Os estudos apontaram as seguintes repercussões da utilização do teste rápido molecular na população prisional: aumento no diagnóstico de casos comparado à baciloscopia; redução no tempo de diagnóstico, início do tratamento e isolamento; identificação de cepas resistentes à antibioticoterapia; redução da prevalência e ocorrência da tuberculose; alta concordância dos resultados do teste com os da cultura; menor custo do teste quando realizado em grupos de amostras ou quando o rastreamento é realizado por radiografia. Conclusão: a literatura apontou que o teste rápido molecular é relevante para o enfrentamento da tuberculose nas unidades prisionais, de modo que a sua utilização deve ser considerada pelas autoridades e gestores como uma ferramenta estratégica para o controle da doença.

Relevance of the correlation between tomography findings and laboratory test results in the accuracy of the diagnosis of pulmonary tuberculosis / Relevância da correlação entre achados tomográficos e laboratoriais na precisão diagnóstica da tuberculose pulmonar

Abstract Objective: To evaluate the correlation between multidetector computed tomography (MDCT) findings and laboratory test results in patients with pulmonary tuberculosis (PTB). Materials and Methods: A total of 57 patients were evaluated. Patients with suspected PTB were divided into groups according to the final diagnosis (confirmed or excluded), and the groups were compared in terms of sociodemographic variables, clinical symptoms, tomography findings, and laboratory test results. Results: Among the patients with a confirmed diagnosis of PTB, small pulmonary nodules with a peribronchovascular distribution were significantly more common in the patients with a positive sputum smear microscopy result (47.4% vs. 8.3%; p = 0.046), as were a miliary pattern (36.8% vs. 0.0%; p = 0.026), septal thickening (84.2% vs. 41.7%; p = 0.021), and lymph node enlargement (52.6% vs. 8.3%; p = 0.020). Small pulmonary nodules with a centrilobular distribution were significantly more common among the culture-positive patients (75.0% vs. 35.7%; p = 0.045), as was a tree-in-bud pattern (91.7% vs. 42.9%; p = 0.014). A tree-in-bud pattern, one of the main tomography findings characteristic of PTB, had a sensitivity, specificity, positive predictive value, and negative predictive value of 71.0%, 73.1%, 75.9%, and 67.9%, respectively. Conclusion: MDCT presented reliable predictive values for the main tomography findings in the diagnosis of PTB, being a safe tool for the diagnosis of PTB in patients with clinical suspicion of the disease. It also appears to be a suitable tool for the selection of patients who are candidates for more complex, invasive examinations from among those with high clinical suspicion of PTB and a negative sputum smear microscopy result.

Resumo Objetivo: Avaliar a correlação entre os achados na tomografia computadorizada multidetectores (TCMD) comparativamente aos resultados laboratoriais em pacientes com tuberculose pulmonar (TBP). Materiais e Métodos: Amostra de 57 pacientes foi avaliada. Pacientes com suspeita clínica de TBP foram divididos de acordo com a positividade do diagnóstico, e as variáveis sociodemográficas, sintomas clínicos e achados tomográficos e laboratoriais foram comparados. Resultados: Nos pacientes com TBP e baciloscopia positiva, foram verificadas frequências significativas para pequenos nódulos pulmonares com distribuição peribroncovascular (47,4% vs. 8,3%; p = 0,046) e miliar (36,8% vs. 0,0%; p = 0,026), espessamento septal (84,2% vs. 41,7%; p = 0,021) e linfonodomegalias (52,6% vs. 8,3%; p = 0,020). Em relação à cultura, os pequenos nódulos pulmonares com distribuição centrolobular (75,0% vs. 35,7%; p = 0,045) e opacidades em árvore em brotamento (91,7% vs. 42,9%; p = 0,014) apresentaram frequências significativamente superiores. Medidas de sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e valor preditivo negativo para árvore em brotamento, um dos principais achados tomográficos característicos da TBP, foram, respectivamente, 71.0%, 73,1%, 75,9% e 67,9%. Conclusão: A TCMD apresentou medidas preditivas confiáveis para os principais achados tomográficos no diagnóstico de TBP, sendo uma ferramenta segura para o diagnóstico da doença em pacientes com suspeita clínica. Também se mostrou adequada para selecionar os pacientes para exames mais complexos e invasivos entre os com alta suspeita clínica de TBP e baciloscopia negativa.

Diagnóstico micológico de paracoccidioidomicosis en un hospital de área no endémica: metodología clásica y molecular / Mycological diagnosis of paracoccidioidomycosis in a hospital from a nonendemic area: classical and molecular methods

Introducción. La paracoccidioidomicosis es una micosis sistémica y endémica en Latinoamérica. El cambio climático y el movimiento migratorio del huésped enfatizan la necesidad de optimizar el diagnóstico de esta infección. Objetivo. Evaluar la implementación de la detección de ADN de Paracoccidioides spp. al diagnóstico micológico de pacientes con sospecha de paracoccidioidomicosis. Materiales y métodos. Estudio retrospectivo con datos de laboratorio de pacientes con sospecha de paracoccidioidomicosis en un hospital de área no endémica. Resultados. Se analizaron los resultados de las muestras de 19 pacientes con sospecha clínica de paracoccidioidomicosis. El 90 % de los pacientes había nacido o visitado un área endémica de esta micosis en Latinoamérica. En 14 pacientes varones adultos se confirmó paracoccidioidomicosis por diagnóstico convencional. El examen directo fue positivo en 12 pacientes con enfermedad comprobada y en 4 de ellos se obtuvo crecimiento del hongo. Se detectaron anticuerpos contra Paracoccidioides spp. en ocho pacientes con la enfermedad. Se realizó PCR anidada con muestras de 14 pacientes para detectar ADN de Paracoccidioides spp. En 9 de los 10 pacientes con diagnóstico convencional de paracoccidioidomicosis se obtuvo una prueba de PCR positiva. Conclusiones. La implementación de técnicas moleculares para detectar ADN de Paracoccidioides spp. complementa el diagnóstico convencional de paracoccidioidomicosis y permite instaurar el tratamiento antifúngico, sobre todo en los casos clínicos donde no se observa la presencia del hongo en las muestras clínicas. La migración actual de poblaciones humanas dificulta el diagnóstico de paracoccidioidiomicosis y otras infecciones endémicas, por lo que se requiere optimizar el diagnostico micológico en los laboratorios clínicos para tratar pacientes con este tipo micosis desatendida.

Introduction. Paracoccidioidomycosis is a systemic mycosis endemic in Latin America. Climate change and host migration emphasize the need to optimize this infection diagnosis. Objective. To evaluate the implementation of Paracoccidioides spp. DNA detection in the mycological diagnosis of patients with suspected paracoccidioidomycosis. Materials and methods. It is a retrospective study with laboratory data from patients with clinical suspicion of paracoccidioidomycosis, who consulted a university hospital from a non-endemic area. Results. We analyzed the laboratory results of samples from 19 patients with suspected paracoccidioidomycosis. Seventeen out of 19 patients were born in or had visited an endemic area in Latin America. Fourteen adult male patients were confirmed to have paracoccidioidomycosis by conventional diagnosis: the direct examination was positive in 12 samples while fungal growth was found only in 4. Anti-Paracoccidioides spp. antibodies were detected in 10 patients, 8 of them with proven paracoccidioidomycosis. Nested PCR for Paracoccidioides spp. detection was performed on clinical samples from 14 patients, and positive results were obtained for 9 out of 10 patients with the conventional diagnosis of paracoccidioidomycosis. Conclusions. The incorporation of molecular techniques to detect Paracoccidioides spp. DNA complements the conventional diagnosis of paracoccidioidomycosis. This tool allows the prescription of antifungal treatment in those cases where the fungus is not observed in the clinical samples. Current human migrations difficult the mycological diagnosis of paracoccidioidomycosis and other fungal infections. For this reason, it is necessary to improve mycological diagnosis in clinical laboratories to adequately treat patients with this neglected mycosis.

Muerte súbita y secuenciación de siguiente generación. Revisión bibliográfica / Sudden death and next generation sequencing. A review

Introducción: la muerte súbita se trata de un evento fatal e imprevisible. Realizada la autopsia y estudios complementarios, en ausencia de otros hallazgos que expliquen la causa de muerte, se clasifica como muerte súbita inexplicada. Siendo recomendable en estos casos realizar análisis genéticos, especialmente con metodologías de secuenciación de siguiente generación, las que permiten explicar un porcentaje importante de estos casos. Objetivo: analizar las publicaciones más relevantes sobre secuenciación de siguiente generación, aplicada a la autopsia molecular, para determinar aquellas muertes súbitas inexplicables relacionadas a cardiomiopatías y canalopatías. Metodología: se realizó la búsqueda en PubMed del Instituto Nacional de Salud usando palabras clave en inglés y español: NGS, muerte súbita, autopsia molecular y sus combinaciones. Además, se realizaron búsquedas en OMIN y ClinVar relacionada a las diferentes afecciones cardiacas relacionadas a muerte súbita. Los criterios de inclusión: artículos completos en español e inglés de libre acceso, con antigüedad máxima de diez años, realizados en cualquier área geográfica y que trataran sobre la temática. Resultados: para secuenciación de siguiente generación, muerte súbita se encontraron más de 22000 y 65000 publicaciones, respectivamente. En cambio, al combinar las palabras clave se recuperaron 74 trabajos, según los criterios de inclusión y objetivo del trabajo se revisaron 67 artículos. La aplicación de las plataformas de secuenciación en la investigación de casos de muerte súbita tomo auge en el 2014 y en poco tiempo, demostraron su versatilidad para el análisis de una gran cantidad de genes simultáneamente, de forma rápida y a bajo costo. Conclusiones: las patologías asociadas a muerte súbita son múltiples, complejas y pueden generar fenotipos variables que dificultan el análisis genético de las mismas. Las plataformas de secuenciación de siguiente generación son sumamente útiles en los casos de muerte súbita inexplicada, además permiten la identificación de variantes genéticas en familiares para la implementación de medidas preventivas...(AU)

Validación clínica de la prueba RT-LAMP para el diagnóstico rápido del SARS-CoV-2 / Clinical validation of the isothermal RT-LAMP test for rapid diagnosis of SARS-CoV-2

Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. Objetivo. Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. Resultados. La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). Conclusiones. Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Introduction: Since the first report in Wuhan (China) in 2019, the SARS-CoV-2 virus has spread throughout the world, with a significant impact in public health. To contain its transmission, the WHO has encouraged the development of rapid, simple, sensitive and specific tests that complement qRT-PCR, as the gold standard. RT-LAMP has shown to be a good alternative to detect SARS-CoV-2 in different fluid samples. Objective: To validate the colorimetric RT-LAMP technique using two sets of primers targeting N gene of SARS-CoV-2 in 117 nasopharyngeal swab samples previously confirmed by RT-qPCR, using the Charité/Berlin protocol. Material and methods: A total of 153 nasopharyngeal swab samples from individuals with suspected COVID-19 were subjected to qRT-PCR and RT-LAMP using a commercial colorimetric kit (NEB, Germany). RT-LAMP was performed using both extracted RNA samples and raw samples without prior RNA extraction, and the result was assessed by a simple color change in the reaction. Results: Sensitivity and specificity for the previously reported RT-LAMP primers (Broughton set) targeting N gene of SARS-CoV-2 were 0.97 (0.85-1.00) and 0.81 (0.65-0.92) respectively, with CI95%. The Lalli primers targeting another region of the N gene used showed a sensitivity value of 0.96 (0.78-1.00) and a specificity of 0.77 (0.55-0.92). Without RNA extraction we found a sensitivity value of 0.95 (0.74, 1.00) and a specificity of 0.88 (0.64, 0.99). A sensitivity value of 0.95 (0.74-1.00) and a specificity 0.88 (0.64-0.99) were found without prior RNA extraction. Conclusion: Taking together, the results showed that RT-LAMP technique could be considered as a rapid diagnostic test, easy to perform, free of sophisticated equipment, sensitive and specific to diagnose SARS-CoV-2 in nasopharyngeal swabs with and without prior RNA extraction, allowing its implementation in places with scarce resources.

Comparison of two isothermal methods for SARS-COV-2 screening in Callao, Peru

Objective: To compare the isothermal molecular screening techniques CPA and RT-LAMP, against the gold standard test, reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR), and to determine its agreement. Materials and Methods: Paired comparative case-control study. For the evaluation of the CPA method, 70 cases and 130 controls were used, while for RT-LAMP, 30 cases and 70 controls were used. The sensitivity and specificity of both tests were calculated. Subsequently, the bias-corrected Kappa index was calculated by resampling. Results: Both techniques have adequate and equivalent values of sensitivity (RT-LAMP: 82.8%, CPA: 83%) and specificity (RT-LAMP and CPA: 91.5%), as well as a high concordance (88%), and Kappa-index (0.72). Conclusion: Both isothermal molecular screening techniques are suitable for SARS-CoV-2 screening, with a similar sensitivity and specificity.

Objetivo : Comparar las técnicas de cribado molecular isotérmico CPA y RT-LAMP, frente a la prueba de referencia, la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa de transcripción inversa (RT-qPCR), y determinar su concordancia. Materiales y métodos : Estudio comparativo de casos y controles emparejados. Para la evaluación del método CPA se utilizaron 70 casos y 130 controles, mientras que para la RT-LAMP se utilizaron 30 casos y 70 controles. Se calcularon la sensibilidad y la especificidad de ambas pruebas. Posteriormente, se calculó el índice Kappa corregido por sesgo mediante un nuevo muestreo. Resultados: Ambas técnicas presentan valores adecuados y equivalentes de sensibilidad (RT-LAMP: 82,8 %, CPA: 83 %) y especificidad (RT-LAMP y CPA: 91,5 %), así como una alta concordancia (88 %), y un índice Kappa (0,72). Conclusiones: Ambas técnicas de cribado molecular isotérmico son adecuadas para el cribado del SARS-CoV-2, con una sensibilidad y especificidad similares.

Amplificación directa de ADN de Bordetella pertussis purificado de hisopados nasofaríngeos por un método de bajo costo, rápido (60-segundos) y libre de equipos / Direct amplification of Bordetella pertussis DNA purified from nasopharyngeal swabs by a low-cost, fast (60-second), and equipment-free method

RESUMEN Objetivo. Desarrollar y evaluar un método de bajo costo basado en celulosa para la purificación rápida y amplificación directa de ADN de Bordetella pertussis de hisopados nasofaríngeos. Materiales y métodos. Se prepararon discos de celulosa y se evaluaron diferentes parámetros (buffers de lisis/lavado, número de discos y elución de ADN). El método se acopló a una amplificación directa por PCR en tiempo real (qPCR) y se estimó el rendimiento utilizando hisopados nasofaríngeos que fueron positivos (n=100) y negativos (n=50) para ADN B. pertussis por qPCR, comparado con el método basado en columnas de sílice. Se calculó el grado de concordancia, sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo (VPP) y valor predictivo negativo (VPN). Se evaluó la factibilidad del método rápido para ser acoplado a un ensayo colorimétrico de amplificación isotérmica mediada por lazo (LAMP). Resultados. El método rápido con un disco de celulosa y buffer de lisis y lavado conteniendo PVP-40 y Tween 20, respectivamente, mostró una mayor capacidad para purificar ADN amplificable de B. pertussis. El método tuvo una sensibilidad de 89,0% (IC95%, 80,2%-94,9%) y una especificidad de 98,5% (IC95%, 92,1%-100,0%), con un buen grado de concordancia (Kappa=0,867; IC95% 0,788 - 0,946), respecto al método referencial. Los VPP y VPN fueron 98,6% (IC95%, 92,7,2%-100,0%) y 88,2% (IC95%, 78,7%-94,4%), respectivamente. Se evidenció una amplificación exitosa por LAMP, y se obtuvieron resultados comparables con el método por columnas de sílice. Conclusión. El método desarrollado es simple, de bajo costo y libre de equipos para la obtención rápida (60 segundos) de ADN en el punto de atención, y puede ser implementado en diversas técnicas moleculares orientados al diagnóstico oportuno y al estudio epidemiológico de tos ferina.

ABSTRACT Objective. To develop and evaluate a low-cost cellulose-based method for rapid purification and direct amplification of Bordetella pertussis DNA from nasopharyngeal swabs. Materials and methods. We prepared cellulose discs and evaluated different parameters (lysis/wash buffers, number of discs and DNA elution). The method was coupled to a direct real-time PCR (qPCR) amplification and the performance was estimated using nasopharyngeal swabs that were positive (n=100) and negative (n=50) for B. pertussis DNA by qPCR, compared to the silica column-based method. We calculated sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) and the degree of agreement. The feasibility of the rapid method to be coupled to a loop-mediated isothermal amplification colorimetric assay (LAMP) was evaluated. Results. The rapid method, with a cellulose disk and lysis and wash buffer containing PVP-40 and Tween 20, respectively, showed a greater capacity to purify amplifiable DNA from B. pertussis. The method had a sensitivity of 89.0% (95%CI: 80.2%-94.9%) and a specificity of 98.5% (95%CI: 92.1%-100.0%), with a good degree of agreement (Kappa=0.867; 95%CI: 0.788 - 0.946), compared to the reference method. The PPV and NPV were 98.6% (95%CI: 92.7.2%-100.0%) and 88.2% (95%CI: 78.7%-94.4%), respectively. Successful amplification by LAMP was evident, and comparable results were obtained with the silica column method. Conclusion. The developed method is simple, low-cost and equipment-free for rapid (60 seconds) DNA collection at the point of care, and can be implemented in various molecular techniques aimed at the timely diagnosis and epidemiological study of pertussis.

Plataforma laboratorial para monitorear el SARS-CoV-2 basada en la vigilancia de influenza y otros virus respiratorios en Perú / Laboratory platform for monitoring SARS-CoV-2 based on surveillance of influenza and other respiratory viruses in Peru

RESUMEN En el Perú, la pandemia de la COVID-19 ha evidenciado la utilidad de tener un sistema de vigilancia laboratorial estructurado y en funcionamiento desde hace 22 años, basado en la vigilancia de influenza; inicialmente en modalidad de unidades centinela, y después fortaleciéndose e innovándose, con recursos propios y con apoyo externo, para generar información de calidad. Se han implementado avances biotecnológicos para la confirmación diagnóstica e incrementado las capacidades de la red nacional de laboratorios, manteniendo la eficiencia, considerando las diversas y complejas realidades de los niveles regionales, y superando dificultades de comunicación y articulación entre instituciones. Resulta necesario consolidar este sistema, con trabajo colaborativo y coordinado entre sus componentes, impulsando su eficacia y oportunidad y promoviendo la vigilancia genómica de nuevos virus y variantes, como actualmente ocurre con el SARS-CoV-2.

ABSTRACT In Peru, the COVID-19 pandemic demonstrated the usefulness of having a structured laboratory surveillance system that has been operational for 22 years, based on influenza surveillance; initially in the form of sentinel units, and later strengthened and innovated, with its own resources and with external support, to provide quality information. Biotechnological advances have been implemented for diagnostic confirmation and the capacity of the national laboratory network has been expanded, maintaining efficiency, considering the diverse and complex realities of each region, and overcoming difficulties regarding communication and articulation between institutions. It is necessary to consolidate this system, with collaborative and coordinated work between its components, boosting its effectiveness and timeliness and promoting genomic surveillance of new viruses and variants, as is currently the case with SARS-CoV-2.

Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) no diagnóstico complementar da toxoplasmose congênita: uma revisão bibliográfica / Polymerase Chain Reaction (PCR) in the complementary diagnosis of congenital toxoplasmosis: a bibliographic review

A toxoplasmose é uma doença de ampla distribuição geográfica, sendo um grave problema de saúde pública. A infecção primária durante a gravidez pode causar infecção congênita ao feto e gerar consequências graves. Neste contexto, a reação em cadeia da polimerase (PCR) é atualmente um dos métodos mais eficientes para investigação fetal em casos de suspeita de infecção. Portanto, o objetivo do presente estudo foi realizar uma revisão bibliográfica sobre a toxoplasmose congênita e seu diagnóstico molecular através da PCR. Para tanto, foram pesquisados artigos publicados no período de janeiro de 2010 a abril de 2021 em diferentes bases de dados usando os descritores "Reação em Cadeia da Polimerase", "Toxoplasma gondii" e "Toxoplasmose congênita". A partir da pesquisa, foi possível verificar que a combinação de métodos sorológicos com a realização da PCR, principalmente no líquido amniótico, constitui uma importante ferramenta para o diagnóstico antenatal e pós-natal da toxoplasmose congênita. Além disso, a PCR em tempo real parece não apresentar melhores resultados em comparação à PCR convencional. Não obstante, estudos voltados à padronização da técnica visando melhor sensibilidade são necessários, uma vez que o diagnóstico da toxoplasmose gestacional/congênita permite a implementação do tratamento a fim de minimizar as consequências da infecção ao neonato.

Toxoplasmosis is a disease of wide geographical distribution, being a serious public health concern. The primary infection during pregnancy may cause congenital infection of the infant and lead to serious consequences. In this context, the polymerase chain reaction (PCR) is currently one of the most efficient methods for fetal investigation in cases when infection is suspected. Therefore, the present study aimed to conduct a literature review on congenital toxoplasmosis and its molecular diagnosis by PCR. Thus, the research for papers published between January 2010 and April 2021 was conducted in different databases, using the terms "polymerase chain reaction", "Toxoplasma gondii" and "congenital toxoplasmosis". It was possible to verify that the combination of serological methods and PCR, mainly of the amniotic fluid, is a valuable tool the antenatal and post-natal diagnosis of congenital toxoplasmosis. Furthermore, real time PCR seems to have no better results in comparison to conventional PCR. Nevertheless, studies related to standardization of the technique aiming higher sensitivity are necessary since the diagnosis of gestational/congenital toxoplasmosis enables the treatment in order to minimize the consequences of the infection to the infant.

Implementation of a biosafety level 2 laboratory for molecular diagnosis of SARS-CoV-2 in Puerto Iguazú, Misiones / Implementación de un laboratorio de nivel de bioseguridad 2 para diagnóstico molecular de sars-cov-2 en puerto iguazú, misiones

RESUMEN INTRODUCCIÓN: La pandemia de COVID-19 ha creado desafíos sin precedentes para los laboratorios de todo el mundo. Los gobiernos nacionales y subnacionales se vieron en la necesidad imperiosa de adaptar instituciones para la detección de SARS-CoV-2 en respuesta a la emergencia sanitaria declarada en 2020. Con el objetivo de aumentar la capacidad de diagnóstico en la provincia de Misiones, se implementó un laboratorio de diagnóstico de excelencia dentro del Instituto Misionero de Biodiversidad. Este artículo comparte los pasos realizados y los desafíos enfrentados, con el fin de que sirva de guía a otras instituciones. MÉTODOS: Las etapas para establecer el laboratorio fueron: adquisición de equipamientos/reactivos, adaptación/renovación del laboratorio, incorporación y capacitación del recurso humano, establecimiento de buenas prácticas y bioseguridad, selección de la metodología de extracción y detección, implementación de controles de calidad y habilitación. RESULTADOS: Desde su habilitación el Laboratorio de Análisis Integral procesó 1186 muestras biológicas de casos sospechosos de COVID-19 y se convirtió así en el segundo laboratorio de referencia provincial. DISCUSIÓN: La eficiente articulación entre el Instituto Misionero de Biodiversidad y el Ministerio de Salud de Misiones logró la rápida implementación de este laboratorio de alta complejidad en una región de importancia epidemiológica.

ABSTRACT INTRODUCTION: The COVID-19 pandemic has created unprecedented challenges for laboratories around the world. National and subnational governments faced the urgent need to adapt institutions for the detection of SARS-CoV-2 in response to the health emergency declared in 2020. With the aim of increasing diagnostic capacity in the province of Misiones, a diagnostic laboratory of excellence was established within the "Instituto Misionero de Biodiversidad". This article shares the steps taken and the challenges faced, in order to serve as a guide to other institutions. METHODS: The stages to establish the laboratory were: acquisition of equipment/reagents, adaptation/ renovation of the laboratory, incorporation and training of human resources, establishment of good practices and biosafety, selection of the extraction and detection methodology, implementation of quality controls and authorization. RESULTS: Since its authorization, the "Laboratorio de Análisis Integral" has processed 1186 biological samples from suspected cases of COVID-19, becoming the second reference laboratory in Misiones. DISCUSSION: The efficient articulation between the "Instituto Misionero de Biodiversidad" and the provincial Ministry of Health achieved the rapid implementation of this high complexity laboratory in a region of epidemiological importance.

Implementación de un laboratorio de nivel de bioseguridad 2 para diagnóstico molecular de SARS-COV-2 en Puerto Iguazú, Misiones / Implementation of a biosafety level 2 laboratory for molecular diagnosis of SARS-COV-2 in Puerto Iguazú, Misiones

INTRODUCCIÓN: La pandemia de COVID-19 ha creado desafíos sin precedentes para los laboratorios de todo el mundo. Los gobiernos nacionales y subnacionales se vieron en la necesidad imperiosa de adaptar instituciones para la detección de SARS-CoV-2 en respuesta a la emergencia sanitaria declarada en 2020. Con el objetivo de aumentar la capacidad de diagnóstico en la provincia de Misiones, se implementó un laboratorio de diagnóstico de excelencia dentro del Instituto Misionero de Biodiversidad. Este artículo comparte los pasos realizados y los desafíos enfrentados, con el fin de que sirva de guía a otras instituciones. MÉTODOS: Las etapas para establecer el laboratorio fueron: adquisición de equipamientos/reactivos, adaptación/renovación del laboratorio, incorporación y capacitación del recurso humano, establecimiento de buenas prácticas y bioseguridad, selección de la metodología de extracción y detección, implementación de controles de calidad y habilitación. RESULTADOS: Desde su habilitación el Laboratorio de Análisis Integral procesó 1186 muestras biológicas de casos sospechosos de COVID-19 y se convirtió así en el segundo laboratorio de referencia provincial. DISCUSIÓN: La eficiente articulación entre el Instituto Misionero de Biodiversidad y el Ministerio de Salud de Misiones logró la rápida implementación de este laboratorio de alta complejidad en una región de importancia epidemiológica.

Estructura genética de cepas de Mycobacterium tuberculosis farmacorresistentes en Perú con base en haplotipos obtenidos de un ensayo de sonda lineal / Genetic structure of drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis in Peru based on haplotypes obtained from a linear probe assay

RESUMEN Objetivo. Determinar la estructura genética de las cepas drogorresistentes de Mycobacterium tuberculosis que circularon en todo el Perú durante los años 2011-2015 a través de haplotipos obtenidos de un ensayo con sondas en línea. Materiales y métodos. Se analizaron 6589 muestras que ingresaron al Instituto Nacional de Salud para el diagnóstico rutinario mediante el ensayo GenoType® MTBDRplus v2, durante el periodo de estudio. Se crearon haplotipos resistentes mediante la concatenación de 21 sitios polimórficos de los genes evaluados por el ensayo con sondas en línea, y se realizó el análisis de asociación con fenotipos obtenidos por el método de proporciones agar 7H10. Resultados. Las mutaciones de mayores frecuencias fueron: rpoB S531L (55,4%) y rpoB D516V (18,5%) para la resistencia a rifampicina, y katG S315T (59,5%) e inhA c-15t (25,7%) para la resistencia a isoniacida. Se obtuvieron 13 haplotipos representativos (87,8% de muestras analizadas) de los cuales seis correspondieron al genotipo multidrogorresistente, cuatro al genotipo monorresistente a isoniacida y tres al genotipo monorresistente a rifampicina. Dieciocho departamentos, y la provincia del Callao, presentaron una alta diversidad haplotípica; cuatro presentaron moderada diversidad y dos presentaron baja diversidad. Conclusiones. Existe una alta diversidad haplotípica en la mayoría de los departamentos, además de una concentración de las cepas de Mycobacterium tuberculosis drogorresistentes en las ciudades de Lima y Callao. Asimismo, las cepas de Mycobacterium tuberculosis con perfil drogorresistente que circulan en el Perú contienen principalmente los marcadores genéticos de mayor prevalencia a nivel mundial asociados con la resistencia frente a rifampicina e isoniacida.

ABSTRACT Objective. To determine the genetic structure of drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis that circulated throughout Peru during the years 2011-2015, by using haplotypes obtained from a line probe assay. Materials and methods. A total of 6589 samples that were admitted to the Instituto Nacional de Salud for routine diagnosis using the GenoType® MTBDRplus v2 assay were analyzed during the study period. Resistant haplotypes were created by concatenating 21 polymorphic sites of the evaluated genes using the line probe assay; and the association analysis was carried out with phenotypes obtained by the 7H10 agar ratio method. Results. The most frequent mutations were: rpoB S531L (55.4%) and rpoB D516V (18.5%) for rifampicin resistance, and katG S315T (59.5%) and inhA c-15t (25.7%) for isoniazid resistance. We obtained 13 representative haplotypes (87.8% of analyzed samples), 6 corresponded to the multidrug-resistant genotype, 4 to the isoniazid mono-resistant genotype and 3 to the rifampicin mono-resistant genotype. Eighteen regions and the province of Callao showed high haplotype diversity; four showed moderate diversity and two showed low diversity. Conclusions. Most regions showed high haplotype diversity; in addition, most drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis were concentrated in the cities of Lima and Callao. Likewise, drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains circulating in Peru mainly contain the genetic markers with the highest prevalence worldwide, which are associated with resistance to rifampicin and isoniazid.

Diagnóstico hematológico e molecular das neoplasias mieloproliferativas crônicas BCR-ABL negativas

As neoplasias mieloproliferativas crônicas (NMPC) são doenças hematopoiéticas clonais que acometem a linhagem mieloide. De acordo com a Organização Mundial de Saúde (OMS), a policitemia vera (PV), a trombocitemia essencial (TE) e a mielofibrose (MF) são classificadas como NMPC BCR-ABL negativas. O surgimento dessas doenças está correlacionado com fatores genéticos, como mutações nos genes JAK2, MPL e CALR e outras mutações cooperantes que também podem estar presentes, levando ao aparecimento de diferentes fenótipos e prognósticos. A OMS constantemente revisa e atualiza os critérios de classificação, levando em consideração aspectos clínicos, morfológicos e genéticos. As análises laboratoriais, hematológicas e genéticas são de grande importância para o diagnóstico das neoplasias hematológicas, e devem ser realizadas da forma correta para permitir o diagnóstico diferencial entre outras neoplasias e distúrbios reacionais. O presente trabalho tem como objetivo revisar a fisiopatologia das NMPC e relacionar com os achados clínicos, hematológicos e genéticos, visando instruir e atualizar os analistas clínicos para que possam efetivamente contribuir para o diagnóstico dessas doenças, impactando o prognóstico dos pacientes. Ainda, a discussão sobre diagnóstico molecular tem o intuito de chamar a atenção para a constante evolução da área e importância desta para a hematologia.

The Chronic Myeloproliferative Neoplasms (MPN) are hematopoietic disease that affect the myeloid lineage cells. According to WHO, the Polycythemia vera (PV), Essential Thrombocythemia (ET) and Myelofibrosis (MF) are classified as BCR-ABL negative neoplasms. The occurrence of these diseases is correlated with genetics factors, as mutations in the JAK2, MPL e CALR genes and other cooperative mutations that may also be present, leading to different phenotypes manifestations and prognostics. WHO revises and updates constantly these diseases' classification criteria, considering clinical, morphological and genetic aspects. Laboratory tests, both hematological and genetic, have a key rule at these diseases' diagnosis and must be performed correctly in order to ensure a differential diagnosis from other neoplasms and reactive disorders. This manuscript aims to revise the MPN's physiopathology linking it to clinical, hematological and genetical findings, aiming to instruct and update clinical analysts so they can contribute to those diseases' diagnostic, impacting the patients' prognostics. Furthermore, the considerations about molecular diagnostics have the intention of emphasize the constant evolution of this subject and its importance to hematology.

Validez diagnóstica del geneXpert para mycobacterium tuberculosis y prueba de resistencia a rifampicina / Diagnostic validity of GeneXpert for Mycobacterium tuberculosis and rifampicin resistance test

Introducción. El diagnóstico temprano de tuberculosis permite el control de la enfermedad y su transmisibilidad. Objetivo. Describir la validez diagnóstica del GeneXpert MTB/RIF para Mycobacterium tuberculosis en muestra bronquial, utilizando como referencia el cultivo Löwenstein Jensen. Metodología. Estudio transversal analítico, mediante revisión de 942 registros de la Unidad de Broncoscopía durante el año 2014 al 2018, de las cuales 320 cumplieron criterios de inclusión. Estos datos fueron exportados a un formato compatible con Epi Info versión 7 y analizados con parámetros estadísticos de sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo, valor predictivo negativo, prueba de concordancia e índice Kappa Epidat 4,2. Resultados. De los 320 pacientes sometidos a fibrobroncoscopía diagnóstica para tuberculosis con GeneXpert MTB/RIF, los resultados negativos fueron 79 % (252) y positivo 21 % (68); el 1 % mostró resistencia a rifampicina. Se reportó una fuerte concordancia de GeneXpert MTB/RIF con el cultivo bacilo ácido alcohol resistente, que se determinó con un índice de kappa de 0,88 +/- (0,81-0,94) IC 95 %, una sensibilidad del 98 %, especificidad del 96 %, valor predictivo positivo 83 % (IC 95 %), valor predictivo negativo 99,6 % (CI 95 %). Conclusión. La prueba GeneXpert MTB/RIF tiene una capacidad altamente sensible y específica para el diagnóstico de tuberculosis en muestras obtenidas por fibrobroncoscopía

Introduction. The early diagnosis of tuberculosis allows the control of the disease and its transmissibility. Objective. Describe the diagnostic validity of GeneXpert MTB / RIF for Mycobacterium tuberculosis in bronchial sample using the Löwenstein Jensen culture as reference. Methodology. Analytical cross-sectional study, through a review of 942 records of the Bronchoscopy Unit during the year 2014 to 2018, of which 320 met inclusion criteria. These data were exported to a format compatible with Epi Info version 7, analyzed with statistical parameters of sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, concordance test, and Kappa Epidat index 4,2. Results. Of the 320 patients who underwent diagnostic bronchoscopy for tuberculosis with GeneXpert MTB / RIF, the negative results were 79 % (252), and positive 21 % (68), 1 % showed genetic resistance to rifampicin. A strong concordance of GeneXpert MTB / RIF was reported with the acid-alcohol-resistant bacillus culture determined with a kappa index of 0,88 +/- (0,81-0,94) 95 % CI, a sensitivity of 98 %, specificity 96 %, positive predictive value 83 % (95 % CI), negative predictive value 99,6 % (95 % CI). Conclusions. The GeneXpert MTB / RIF Test has a highly sensitive and specific capacity for the diagnosis of tuberculosis in samples obtained by bronchoscopy

Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2 / Standardization and validation of an in house RT-LAMP molecular test for the diagnosis of SARS-CoV-2

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2 / Standardization and validation of an in house RT-LAMP molecular test for the diagnosis of SARS-CoV-2

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

The use of real time PCR for arboviruses diagnostics: integrative review / O uso de PCR em tempo real em diagnósticos de arboviroses: revisão integrativa

RESUMEN Las arbovirosis son enfermedades virales transmitidas por artrópodos (arthropod-borne virus). Dengue, zica y chikungunya se destacan entre los arbovirus emergentes y reemergentes en los últimos años en todo el mundo. La similitud de los síntomas de estas infecciones hace que el diagnóstico clínico sea ineficaz, dificultando las medidas profilácticas y preventivas para nuevos brotes. El diagnóstico molecular mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real es una de las formas de diagnosticar esas enfermedades. En este estudio se recopiló y evaluó la literatura sobre el diagnóstico de arbovirosis. Nuestro objetivo era responder a una pregunta orientadora: ¿la metodología de PCR en tiempo real es eficaz para diagnosticar arbovirosis? Se buscaron artículos científicos de acceso abierto en las bases de datos Pubmed (50 artículos) y Scielo (107 artículos), entre 2014 y 2019. La selección se realizó utilizando los criterios de inclusión y exclusión, quedando solo 20 artículos. Entre estos, el 85% fueron estudios transversales, el 10% fueron revisiones sistemáticas y el 5% fueron estudios de casos. El período de publicaciones fue del 50% en 2017; 35% en 2016; y 5% en 2014, 2015 y 2019, cada. En cuanto a los virus tratados en los artículos, el 25% de los estudios investigaron sobre el dengue; el 25% el chikungunya y el 20% el virus del Zica. La efectividad del diagnóstico molecular se publicó en el 21% de los artículos (sensibilidad y especificidad); el 53% destacó el límite de detección; 70%, ausencia de reacciones cruzadas; y el 80%, la diferenciación entre virus.

Effectiveness of GeneXpert® in the diagnosis of tuberculosis in people living with HIV/AIDS / Efetividade do GeneXpert® no diagnóstico da tuberculose em pessoas que vivem com HIV/aids

ABSTRACT OBJECTIVE To identify and synthesize the scientific knowledge produced regarding the effectiveness of the GeneXpert test in the diagnosis of pulmonary tuberculosis (TB) in people living with HIV/AIDS. METHODS Integrative literature review, which was searched on Embase, Scopus, PubMed, Cinahl, Academic Search Premier, Socindex, and LILACS platforms, in December 2019. The studies surveyed went through two stages of selection: reading of titles and abstracts by two reviewers independently; using the Rayyan platform and reading. Nineteen primary studies in English, Portuguese, and Spanish that answered the study's guiding question were included: How effective is the GeneXpert test in the diagnosis of pulmonary TB in people living with HIV/AIDS? RESULTS The use of GeneXpert substantially increased the detection of TB cases among the population co-infected with HIV/AIDS, with sensitivity ranging from 68% to 100%, superior to sputum smear microscopy. Specificity ranged from 91.7% to 100%; the positive predictive value from 79.2% to 96.1%; and the negative predictive value from 84.6% to 99.3%. These values were considered similar to sputum smear microscopy by most studies. We also compared these results with different ways of performing culture and other molecular tests, being considered inferior only to the Xpert Ultra. CONCLUSION It is possible to affirm that places with a high incidence of HIV/AIDS would benefit from the implementation of the GeneXpert test, entailing effectiveness in diagnosing pulmonary TB in this population when compared to sputum smear microscopy, a widely used test for detection of cases.

RESUMO OBJETIVO Identificar e sintetizar o conhecimento científico produzido a respeito da efetividade do teste GeneXpert no diagnóstico da tuberculose (TB) pulmonar em pessoas vivendo com HIV/aids. MÉTODOS Revisão integrativa da literatura, cuja busca foi feita nas plataformas Embase, Scopus, PubMed, Cinahl, Academic Search Premier, Socindex e Lilacs, em dezembro de 2019. Os estudos levantados passaram por duas etapas de seleção: leitura dos títulos e resumos por dois revisores de forma independente, utilizando a plataforma Rayyan e leitura integral dos mesmos. Foram incluídos 19 estudos primários em inglês, português e espanhol que respondiam à pergunta norteadora do estudo: Qual é a efetividade do teste GeneXpert no diagnóstico da TB pulmonar em pessoas que vivem com HIV/aids? RESULTADOS A utilização do GeneXpert aumentou substancialmente a detecção de casos de TB entre a população coinfectada com HIV, com sensibilidade que variou de 68% a 100%, sendo superior à baciloscopia. A especificidade variou de 91,7% a 100%; o valor preditivo positivo, de 79,2% a 96,1%; e o valor preditivo negativo, de 84,6% a 99,3%, valores considerados semelhantes à baciloscopia pela maioria dos estudos. O teste também foi comparado com as diferentes formas de realização da cultura e outros testes moleculares, sendo considerado inferior apenas ao Xpert Ultra. CONCLUSÃO É possível afirmar que locais com alta incidência de HIV se beneficiariam com a implantação do teste GeneXpert, uma vez que sua efetividade no diagnóstico da TB pulmonar nessa população é expressiva quando comparada à baciloscopia, teste que foi por muito tempo amplamente utilizado para a detecção dos casos.

Diagnostic performance of the Xpert MTB/RIF assay in BAL fluid samples from patients under clinical suspicion of pulmonary tuberculosis: a tertiary care experience in a high-tuberculosis-burden area / Desempenho diagnóstico do teste Xpert MTB/RIF em amostras de LBA de pacientes com suspeita clínica de tuberculose pulmonar: experiência na atenção terciária em uma área com alta carga de tuberculose

ABSTRACT Objective: To assess the diagnostic performance of the Xpert MTB/RIF assay, a rapid molecular test for tuberculosis, comparing it with that of AFB staining and culture, in BAL fluid (BALF) samples from patients with clinically suspected pulmonary tuberculosis (PTB) who are sputum smear-negative or produce sputum samples of insufficient quantity. Methods: This was a retrospective study of 140 cases of suspected PTB in patients who were smear-negative or produced insufficient sputum samples and were evaluated at a tertiary teaching hospital in the city of Rio de Janeiro, Brazil. All of the patients underwent fiberoptic bronchoscopy with BAL. The BALF specimens were evaluated by AFB staining, mycobacterial culture, and the Xpert MTB/RIF assay. Results: Among the 140 patients, results for all three microbiological examinations were available for 73 (52.1%), of whom 22 tested positive on culture, 17 tested positive on AFB staining, and 20 tested positive on the Xpert MTB/RIF assay. The sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, and overall accuracy for AFB staining were 68.1%, 96.1%, 88.2%, 87.5%, and 87.6%, respectively, compared with 81.8%, 96.1%, 90.0%, 92.4%, and 91.8%, respectively, for the Xpert MTB/RIF assay. The agreement between AFB staining and culture was 82.3% (kappa = 0.46; p < 0.0001), whereas that between the Xpert MTB/RIF assay and culture was 91.8% (kappa = 0.8; p < 0.0001). Conclusions: In BALF samples, the Xpert MTB/RIF assay performs better than do traditional methods, providing a reliable alternative to sputum analysis in suspected cases of PTB. However, the rate of discordant results merits careful consideration.

RESUMO Objetivo: Avaliar o desempenho diagnóstico do teste Xpert MTB/RIF - teste molecular rápido para tuberculose, comparando-o com o da pesquisa de BAAR e da cultura, em amostras de LBA de pacientes com suspeita clínica de tuberculose pulmonar (TBP) que apresentam baciloscopia de escarro negativa ou produzem amostras com quantidade insuficiente de escarro. Métodos: Estudo retrospectivo de 140 casos suspeitos de TBP em pacientes que apresentaram baciloscopia negativa ou produziram amostras de escarro insuficientes e foram avaliados em um hospital-escola terciário na cidade do Rio de Janeiro (RJ). Todos os pacientes foram submetidos à fibrobroncoscopia com LBA. Os espécimes de LBA foram avaliados por meio da realização de pesquisa de BAAR, cultura para micobactérias e teste Xpert MTB/RIF. Resultados: Entre os 140 pacientes, resultados de todos os três exames microbiológicos estavam disponíveis para 73 (52,1%), dos quais 22 apresentaram cultura positiva, 17, pesquisa de BAAR positiva, e 20, teste Xpert MTB/RIF positivo. A sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo, valor preditivo negativo e precisão global da pesquisa de BAAR foram de 68,1%, 96,1%, 88,2%, 87,5% e 87,6%, respectivamente, contra 81,8%, 96,1%, 90,0%, 92,4% e 91,8%, respectivamente, do teste Xpert MTB/RIF. A concordância entre a pesquisa de BAAR e a cultura foi de 82,3% (kappa = 0,46; p < 0,0001), enquanto a concordância entre o teste Xpert MTB/RIF e a cultura foi de 91,8% (kappa = 0,8; p < 0,0001). Conclusões: Em amostras de LBA, o teste Xpert MTB/RIF tem melhor desempenho do que os métodos tradicionais, fornecendo uma alternativa confiável à análise do escarro em casos suspeitos de TBP. No entanto, a taxa de resultados discordantes merece uma reflexão cuidadosa.