APLICACIÓN DEL MODELO DE PÉRDIDA DE ADN PARA EL DISEÑO DE CEBADORES EN Potamotrygon magdalenae (POTAMOTRYGONIDAE) / Application of the model of DNA loss for desing of primers in Potamotrygon magdalenae (Potamotrygonidae)

RESUMEN El diseño de cebadores es fundamental para amplificar regiones de genes debido a que la especificidad que mantienen cebador-secuencia de interés puede causar el éxito o fracaso en la reacción de PCR. En relación a Potamotrygon magdalenae (especie de interés de acuerdo al PAN Tiburones-Colombia), existe poca información disponible de aspectos relacionados con la genética poblacional de esta Raya. El objetivo del presente trabajo consistió en diseñar cebadores bajo los criterios del Modelo de Pérdida de ADN (DNA-LM), que permitan evaluar el estado genético de las poblaciones de P. magdalenae. Alineamos secuencias de la superfamilia Dayastoidea, disponibles en el NCBI, de los genes mitocondriales Citocromo C Oxidasa 1 (MT-CO1) y Citocromo b (MT-CYB). Seguimos los parámetros Gap open penalty (5), Gap extension penalti (0,2) y Terminalgap penalties (0,1) y seleccionamos dos pares de cebadores de acuerdo con el DNA-LM. Estimamos el producto amplificado del gen MT-CO1 en 916 pb y del gen MT-CYB en 774 pb, en muestras de P. magdalenae procedentes de diferentes ciénagas del Magdalena medio. Discutimos los resultados desde la perspectiva de validar la especificidad de los cebadores diseñados, teniendo en cuenta la correspondencia e identidad de las secuencias de los genes considerados. Los cebadores aquí reportados pueden contribuir a ampliar el conocimiento de la genética poblacional, biogeografía y filogenética de la raya de agua dulce P. magdalenae.

ABSTRACT The primer design is critical for amplifying gene regions because the specificity that primer-sequence maintain can cause success or failure in the PCR reaction. Concerning Potamotrygon magdalenae (a species of interest according to the PAN Tiburones-Colombia), there is little information available about aspects related to population genetics of this river stingray. This study aimed to design primers under DNA Loss Model (DNA-LM) criteria, which will allow assessing the genetics status of populations of P. magdalenae. We aligned sequences from the superfamily Dayastoidea, available in the NCBI, of the mitochondrial genes Cytochrome C Oxidase 1 (MT-CO1) and Cytochromeb (MT-CYB). We followed the parameters Gap open penalty (5), Gap extension penalty (0.2) and Terminal gap penalties (0.1) and selected two pairs of primers according to the DNA-LM. We calculated the amplified product of the MT-CO1 gene in 916 pb and the MT-CYB gene in 774 pb in samples from different swamps of the middle Magdalena. We discussed the results from the perspective of validating the specificity of the primers designed, considering the correspondence and identity of gene sequences considered. The primers reported here will contribute to broadening the knowledge of population genetics, biogeography and phylogenetic of the river stingray P. magdalenae.

Análisis y plan quirúrgico de deformidades en tobillo y retropié del adulto / Analysis and surgical planning in ankle and hindfoot adult deformities

La corrección de deformidades en extremidades inferiores del adulto sigue siendo un capítulo desafiante en ortopedia y traumatología. El conocimiento del alineamiento normal de las extremidades inferiores y su comportamiento son fundamentales para una adecuada planificación quirúrgica y éxito del tratamiento, especialmente en tobillo y retropié. El objetivo de esta revisión, es conocer los principios fundamentales de la corrección de deformidades, orientar en que factores fijarse al momento de corregir y poder dar una guía de cómo planificar la cirugía, particularmente en deformidades de tobillo y retropié. NIVEL DE EVIDENCIA: Nivel V.

Adult lower limb deformity corrections remain a challenging chapter in orthopedic surgery. The knowledge of the normal lower limb alignment and their behavior is essential for a proper surgical planning and treatment success, especially on foot and ankle surgery. The objective of this review is to show the main principles of deformity correction, to guide the factors to consider when correcting and to provide a surgical planning guide, particularly in the ankle and hind foot deformities.

Implementación hardware del algoritmo de Needleman-Wunsch modificado usando una arquitectura paralela / Hardware implementation of modified Needleman-Wunsch algorithm using a parallel architecture / Implementação de hardware do algoritmo modificado Needleman-Wunsch usando uma arquitetura paralela

Resumen Este artículo presenta el diseño de un procesador para el alineamiento global de pares de cadenas de ADN. El principal bloque funcional del procesador es un arreglo paralelo de dos dimensiones que permite realizar cálculos simultáneos, reduciendo el tiempo de procesamiento con respecto a la implementación software. En este trabajo, el hardware diseñado lleva a cabo la alineación de dos secuencias de más de 400 nucleótidos correspondientes a la proteína de transición 1 (Tnp1) de la rata parda y el ratón común. El algoritmo implementado es k-band, una modificación del algoritmo de alineamiento global Needleman-Wunsch, donde se realizan únicamente cálculos sobre las diagonales principales de la matriz, formando una banda que puede ser de un tamaño variable. Se realizan simulaciones del diseño propuesto usando bandas de K=2, 4, 6, 8 y 10.

Abstract This paper proposes a DNA sequence pair global alignment processor design. The processor main functional block is a two-dimensional parallel array that allows simultaneous computations, reducing the processing time compared to the software implementation. In this work, the designed hardware performs over 400 nucleotides sequence alignment corresponding to the Mus musculus transition protein 1 (Tnp1), mRNA and the Rattus norvegicus transition protein 1 (Tnp1), mRNA. The implemented algorithm is k-band, a Needleman-Wunsch global alignment algorithm modification, where calculations are made only on the matrix diagonals, establishing a band that can be of a variable size. Simulations of the proposed design are performed using K = 2, 4, 6, 8 and 10 bands.

Resumo Este artigo propõe um projeto de processador de alinhamento global de pares de cadeia de DNA. O bloco funcional principal do processador é uma matriz bidimensional paralela que permite cálculos simultâneos, reduzindo o tempo de processamento para a implementação do software. Neste trabalho, o hardware projetado executa o alinhamento de duas sequências de mais de 400 nucleótidos correspondente à proteína de transição 1 (Tnp1) do rato marrom e ao mouse comum. O algoritmo implementado é k-band, uma modificação do algoritmo de alinhamento global Needleman-Wunsch, onde os cálculos são feitos apenas nas diagonais da matriz, estabelecendo uma banda que pode ser de tamanho variável. As simulações do projeto proposto são realizadas usando K = 2, 4, 6, 8 e 10 bandas.

Educational Alignment: Learning ­ Teaching Approaches as Influencing Factors / Alineamiento educacional: abordajes de aprendizaje y enseñanza como factores influyentes

Innovations in medical curricula require a thorough evaluaron of all aspects playing a role in the complex intenelations between leamers ­teachers­educacional context. Among these numerous factors, the congruency of the educational alignment is of upmost importance. To evaluare this alignment, two essential components need to be examined: the leaming approach of students (deep approach vs surface approach) and the teaching approach of staff members (student centered approach vs teacher centered approach). The results obtained can be used to determine if the leaming objectives and the educational interventions are properlv aligned to assure a high quality program, fostering self-directed and lifedong leaming professionals. The litera ture here presentad can serve the purpose of encouraging ¿nstitutions undergoing curricular changes into analyzing important aspects that were commonly ignored in more tradicional programs.

La implementación de innovaciones en programas académicos de medicina requiere evaluar los aspectos que cumplen papeles fundamentales dentro de la compleja relación del sistema estudiante

Efecto de un programa de ejercicio físico extraescolar para el alineamiento postural de estudiantes de una institución educativa de la ciudad de Armenia (Colombia), hallazgos preliminares / Postural alignment and physical exercise extracurricular, preliminary findings

Objetivo: evaluar el efecto de un programa de ejercicio físico sobre el alineamiento postural en estudiantes de 8 a 11 años. Materiales y métodos: participaron once estudiantes de ambos sexos distribuidos aleatoriamente, el grupo experimental (GE, n= 6) con edad promedio 10,0±1,22 años; y el grupo control (GC, n=5) 9,5±0,54 años.El programa se ejecutó en 36 sesiones (duración: 45 min cada sesión. Frecuencia: 3 días por semana). El alineamiento postural fue evaluado por medio de la fotogrametría y analizado en el programa Kinovea 0.8.7. Resultados: los datos indicaronuna efectividad del programa de ejercicio físico disminuyendo el desalineamiento significativamente en regiones del mentón e infra-esternal en la vista anterior, vertex y cervical 7 en la vista posterior. El GC no presentó mejoras. Conclusión: el programa de ejercicio físico con una duración de 12 semanas y con una periodización linear reduce el desalineamiento postural existente y promueve el alineamiento corporal en escolares de 8 a 11 años. Las implicaciones a nivel clínico-educativo sugieren que sea recomendada la prescripción de ejercicios físicos específicos para la correcciónde desalineamientos posturales en esta franja etaria. Así mismo, a nivel científico se alienta a futuros trabajos en ésta línea y el control de otros factores ambientales...(AU)

Objective: to evaluate the effect of an exercise program on postural alignment students from 8 to 11 years. Materials end methods: a total of eleven students of both sexes randomized, experimental group (GE, n = 6) with mean age 10.0 ± 1.22 years; and control group (CG, n = 5) 9.50 ± 0.54 years. The program was implemented in 36 sessions (duration: 45 minutes each session. Frequency: 3 days per week). Postural alignment was evaluated by photogrammetry and analyzed in the Kinovea 0.8.7 program.Results: the data showed an effectiveness of exercise program significantly reducing the misalignment regions chin and breastbone lowin the previous view, vertex and cervical 7 in the rear view. The GC did not show improvements. Conclusion: the exercise program lasting 12 weeks and linear periodization reduces existing postural misalignment and promotes body alignment in school from 8 to 12 years. The implications for clinical and educational level suggests it is recommended prescribing specific physical exercises for the correction of postural misalignments in this age group. Also, to encourage scientific level future work in this line and control of other environmental factors...(AU)

Cirugía de estrabismo en adultos: resultados motores y sensoriales / Strabismus surgery in adults: sensory and motor results

Objetivo: determinar los resultados quirúrgicos y la obtención de fusión y estereopsis en adultos operados de estrabismo adquirido y si el tiempo transcurrido entre la aparición de la desviación y la cirugía influyó en la obtención de fusión y estereopsis. Métodos: se realizó una investigación descriptiva, de corte longitudinal y prospectivo, en adultos operados de estrabismo adquirido, quienes acudieron a la consulta de Oftalmología Pediátrica y Estrabismo del Instituto Cubano de Oftalmología Ramón Pando Ferrer de enero a diciembre del año 2013. Se analizaron las variables edad, sexo, edad de inicio del estrabismo, tiempo de evolución, diagnóstico, sentido de la desviación, agudeza visual, síntomas y signos, alineamiento ocular, fusión y estereopsis posoperatoria. Resultados: las causas más frecuentes fueron la parálisis o paresias de músculos extraoculares y la exotropía, ambas con 37,7 por ciento. El 34 por ciento de los casos sobrepasaban los tres años de evolución. Se logró el alineamiento ocular y la fusión en el 73,6 por ciento, y se recuperó la estereopsis en el 52,8 por cientot. El 90,9 por ciento de los pacientes que estuvieron desviados menos de un año alcanzaron fusión y estereopsis. Conclusiones: la cirugía de estrabismo de adulto permite recuperar el alineamiento ocular, la fusión y la estereopsis, con más posibilidades de recuperación funcional cuando se realiza con menor tiempo de evolución(AU)

Objective: to describe the surgical results and the fusion and stereopsis achieved in adults operated on for acquired strabismus, and to determine whether the time elapsed from the emergence of deviation to the time of surgery had an effect on fusion and stereopsis. Methods: prospective, longitudinal and descriptive research conducted in adults operated on for acquired strabismus, who had been seen at the Pediatric Ophthalmology and Strabismus service of Ramón Pando Ferrer Cuban Institute of Ophthalmology from January to December 2013. The analyzed variables were age, sex, the age at the onset of strabismus, time of progression, diagnosis, deviation angle, visual acuity, symptoms and signs, eye alignment and postoperative fusion and stereopsis. Results: the most frequent causes were extra ocular muscle palsy or paresis and exotropia, both accounting for 37.7 percent of cases. Over three years of progression was observed in 34 percent of patients. Eye alignment and fusion occurred in 73.6 percent whereas stereopsis was recovered in 52.8 percent of patients. In the study group, 90.9 percent of patients with deviation angle for less than one year reached fusion and stereopsis. Conclusions: strabismus surgery in adults allows recovering eye alignment, fusion and stereopsis, and the possibilities of functional recovery increase when the time of progression of disease is shorter(AU)

Enfermedad pulmonar difusa: causa de hipertensión pulmonar persistente antes del año de vida / Diffuse lung disease: cause of persistent pulmonary hypertension before one year of age

En pediatría, la enfermedad vascular pulmonar es multifactorial y heterogénea. Si bien comparte algunas características con la hipertensión pulmonar en los adultos, hay diferencias en las comorbilidades y condiciones asociadas, la coexistencia de enfermedades genéticas o del desarrollo. Las enfermedades pulmonares intersticiales pueden ser causantes de esta entidad. Una de ellas es la displasia alvéolo-capilar con mal alineamiento de las venas pulmonares, una patología infrecuente pero con 100% de mortalidad, caracterizada por la falla en la formación del tejido pulmonar que da por resultado final la alteración en la difusión de gases. Se describe un caso clínico de una paciente de 5 meses de edad estudiada a partir de sospechar una cardiopatía congénita con hipoxemia persistente, a cuyo diagnóstico se llega por la biopsia pulmonar.

Pulmonary vascular disease in children is multifactorial and heterogeneous. While it shares some features with pulmonary hypertension in adults, there are differences in the associated comorbidities and conditions, the coexistence of genetic or developmental diseases. Interstitial lung diseases may be responsible for this entity. One is alveolar capillary dysplasia with misalignment of pulmonary veins, a rare pathology but with a mortality rate of 100%, characterized by a failure in the formation of lung tissue that eventually results in impaired gas diffusion. We present a 5-month-old patient studied due to suspected congenital heart disease with persistent hypoxemia; diagnosis was made through lung biopsy.

Hallazgo de patrones para péptidos-vacuna con capacidad de acople universal en moléculas de HLA-II / Identification of patterns for peptide-vaccines in universal capacity coupling HLA-II molecules / Identificagáo de padroes para peptídeos-vacina com capacidade de acoplamento universal em moléculas HLA-II

Partiendo del alineamiento múltiple de secuencias proteicas humanas obtenidas de las bases de datos del National Center of Biotechnology Information (NCBI) y su posterior análisis espacial tridimensional, se estableció la existencia de un patrón de acople universal para péptidos presentados por las moléculas de histocompatibilidad HLA-II (DR, DP y DQ), siendo una base para el diseño de vacunas proteicas. Estos patrones espaciales fueron claramente exhibidos por los residuos altamente conservados de los tres tipos de moléculas de HLA-II. La aplicación de este nuevo hallazgo permitió diseñar péptidos con mejores valores de acople péptido-HLA-II, que los generados por el péptido de acople universal conocido como CLIP (class Il-associated invariant chain peptide).

Starting from the multiple alignment of human protein sequences obtained from the NCBI database (National Center of Biotechnology Information) and subsequent three-dimensional spatial analysis, the existence of a pattern of universal coupling to peptides presented by MHC molecules HLA-II (DR, DP and DQ) was established, being a basis for the design of protein vaccines. These spatial patterns were clearly exhibited by highly conserved residues of the three kinds of HLA-II molecules. The application of this new finding made it possible to design peptides with better Peptide -HLA-II coupling values than those generated by the universal coupling peptide called CLIP (class II-associated invariant chain peptide).

FA partir do alinhamento múltiplo de sequéncias de proteínas humanas obtidas a partir das bases de dados do NCBI (National Center of Biotechnology Information) e análise espacial tridimensional subsequente, estabeleceu-se a existéncia de um padráo de acoplamento universal para peptídeos apresentados pelas moléculas de histocompatibilidade HLA-II (DR, DP e DQ), sendo uma base para o desenho de vacinas proteicas. Estes padroes espaciais foram claramente exibidos pelos residuos altamente conservados dos trés tipos de moléculas de HLA-II. A aplicagáo deste novo achado permitiu desenhar peptídeos com melhores valores de acoplamento peptídeo-HLA-II, do que aqueles gerados pelo peptídeo de acoplamento universal conhecido como CLIP (classe II-peptídeo associado a cadeia invariante).

Modelado de la mimetización entre interlocutores para mejorar la naturalidad de sistemas de diálogo hablado / Mimicking the interlocutor’s spech: models of speaker entrainment for improving the nat uralnes of spoken dialogue systems

A medida que las tecnologías de procesamiento del habla continúan mejorando, gradualmente nos acercamos al viejo sueño de crear una máquina que hable. Los actuales sistemas interactivos de diálogo hablado permiten que los usuarios realicen tareas simples, tales como transacciones bancarias y reservas en hoteles, mediante la interacción verbal. Pese a ser relativamente exitosas, estas conversaciones humano-computadora aún tienen un largo camino para recorrer en cuanto a su naturalidad: estos sistemas tienden a ser descriptos por los usuarios como “extraños” o incluso “intimidantes”. Entre las razones principales para esta falta de naturalidad, figura el modelado imperfecto de la variación prosódica, o cómo algunas propiedades del habla (tales como la entonación, la intensidad o el ritmo) cambian en las expresiones verbales. Los sistemas actuales todavía son incapaces de manejar estas características en forma correcta, tanto al entender el habla del usuario como para producir respuestas sintetizadas. La variación prosódica es extremadamente compleja en el habla espontánea, y se sabe que la afectan varios niveles de representación lingüística (léxica, sintáctica, semántica y pragmática). En el presente artículo, enfocamos nuestra atención en una dimensión particular de variación prosódica, conocida como “mimetización entre interlocutores”, que consiste en la alineación automática de características del habla entre los participantes de un diálogo. Tras un repaso general de la literatura de estos temas, describimos un proyecto de investigación en curso que busca modelar la mimetización prosódica en diálogos.

As speech processing technologies continue to improve, the old dream of creating a machine that talks gradually becomes real. The present interactive speech systems enable users to perform simple tasks such as banking transactions and hotel reservations,through verbal interaction. Despite being relatively successful, these human-computer conversations still have a long way to go regarding their naturalness: these systems tend to be described as “odd” or even “intimidating” by users. Among the main reasons for this lack of naturalness, is the flawed modeling of prosodic variation or the way some properties of speech (such as intonation, intensity and rhythm) change in verbalexpressions. Current systems are still unable to handle these features correctly, both to understand the speech of the user as to produce synthesized responses. Prosodic variation is extremely complex in spontaneous speech, and it is well known that it´saffected by several levels of linguistic representation (lexical, syntactic, semantic and pragmatic). The present article focuses on a specific dimension of prosodic variation, known as “mimetization between interlocutors”, which consists in the automatic alignment of speech features between the participants of a dialogue. After a general overview of the literature on these subjects, a research project in process that seeks to model the prosodic mimetization in dialogues is described.

Valor de la ecografía en la exploración de la rodilla de deportistas cubanos de alto rendimiento / Value of sonography in scanning the Cuban high-performance athletes knees

Demostrar las posibilidades de la ecografía en el diagnóstico precoz de alteraciones en las estructuras de la rodilla en deportistas asintomáticos y de factores predisponentes endógenos relacionados con las lesiones por sobreuso deportivo e introducirlo como proceder metodológico en el control médico del entrenamiento de los deportistas cubanos del alto rendimiento. Se realizó un estudio transversal y descriptivo en 300 personas no deportistas y en 100 deportistas olímpicos cubanos, todos asintomáticos. Se utilizó una metodología novedosa de exploración ecográfica para la rodilla, que incluyó estudios estáticos y dinámicos de acuerdo con la especialidad deportiva para determinar patrones de normalidad, detectar alteraciones de las estructuras de la articulación, así como calcular el ángulo RAB ecográfico (acrónimo de Ricardo Anillo Badía, autor principal), propuesto como una alternativa para la determinación del mal alineamiento del mecanismo extensor. En el procesamiento estadístico se utilizaron medidas de estadística descriptiva. Para comparar la proporción de alteraciones ecográficas constatadas en las rodillas se utilizó la prueba de chi cuadrado. Se calcularon los percentiles con los datos de 600 rodillas de no deportistas y se procesaron mediante el programa estadístico SPSS. Se detectaron 57 alteraciones subclínicas en las rodillas de los 100 deportistas estudiados, distribuidas en: 30 sinovitis, 26 mal alineamiento del mecanismo extensor, 15 distorsiones de la grasa de Hoffa, 14 modificaciones en la ecoestructura meniscal, 11 alteraciones de la ecoestructura de ligamentos y 7 del cartílago articular. El diagnóstico ecográfico preventivo demostró ser un método imagenológico efectivo en el control biomédico del entrenamiento de los deportistas. Se encontraron diferencias estadísticamente significativas entre deportistas y no deportistas con respecto a la frecuencia de las alteraciones...

To show the possibilities of ultrasonography in the early diagnosis of alterations in asymptomatic athletes´knee structures, and the predisposing endogenous factors related to sport overuse lesions and to introduce it as a methodological procedure in the medical control of training of high-performance Cuban athletes. A descriptive cross-sectional study was performed on asymptomatic 300 non-athlete persons and 100 Cuban Olympic athletes. A novel methodology of sonographic scanning for the knee was used including static and dynamic studies, according to the sportive specialty, to determine the normal patterns, to detect alterations in joint structures as well as to estimate the sonographic RAB (stands for Ricardo Anillo´s acronym, main author). An alternative to determine the misalignment of the extensor mechanism was created. The statistical processing used summary measures to compare sonographic alteration ratios observed in the knees and also Chi square test. Percentiles were calculated using data from 600 knees from non-athlete people and all this information was processed through the SPSS statistical program. Fifty seven subclinical alterations were detected in the knees of 100 studied athletes, distributed as follows: 30 with synovitis; 26 malalignment of the extensor mechanism, 15 distorsions in Hoffa´s fat, 14 changes in meniscus echostructure, 11 alterations in ligament echostructure and 7 in articular cartilage. Preventive sonographic diagnosis proved to be an effective imaging method for the biomedical control of athletes training. Statistically significant differences were found in athletes and non-athletes in terms of frequency of sonographic alterations in the knees, being the athletes more prone to it.

1) Démontrer les possibilités de l'échographie dans le diagnostic précoce des altérations structurelles du genou chez les athlètes asymptomatiques et des facteurs endogènes de prédisposition associés aux lésions dues à " l'abuse " de la pratique physique, et 2) introduire cette technique dans la méthodologie du contrôle médical de l'entraînement des athlètes cubains de haute performance. Une étude transversale et descriptive de 300 personnes non-sportives et de 100 athlètes olympiques cubains, tous asymptomatiques, a été réalisée. Une nouvelle méthodologie d'exploration échographique de genou, y compris des tests statiques et dynamiques selon la spécialité sportive pour déterminer les standards de normalité, la détection des altérations structurelles de l'articulation, ainsi que des mesures de l'angle échographique RAB (acronyme de Ricardo Anillo Badía, auteur principal) a été effectuée. Une alternative pour déterminer le malalignement du mécanisme extenseur a été envisagée. Dans l'analyse statistique, des épreuves de statistique descriptive (par exemple, le test de chi carré) ont été utilisées pour comparer la proportion des altérations échographiques constatées aux genoux. Les percentiles ont été calculés avec les données des 300 personnes non-sportives (600 genoux), et ces données ont été traitées au moyen du software de statistique SPSS. Cinquante-sept altérations sous-cliniques (30 synovies, 26 malalignements du mécanisme extenseur, 15 distorsions de la grasse de Hoffa, 14 modifications de l'écho-structure méniscale, 11 altérations de l'écho-structure des ligaments et 7 du cartilage articulaire) ont été trouvées chez les 100 athlètes de l'étude.On a démontré que le dépistage échographique est une méthode d'imagerie effective dans le contrôle biomédical de l'entraînement des athlètes. Des différences statistiquement significatives ont été trouvées parmi les athlètes et les personnes non-sportives...