Patrones de frecuencias en 100 marcadores informativos de ancestría entre dos etnias indígenas y dos poblaciones mestizas de Colombia / Frequency pattern analysis of 100 ancestry informative markers between two ethnics groups and two populations of Colombia

Colombia es el segundo país con mayor cantidad de etnias Amerindias del continente gracias a su ubicación geográfica y a que se encuentra en el Noroccidente del continente Sur Americano tuvo que haber sido un corredor para las migraciones de los Amerindios. Pero debido a la mezcla amerindia, europea y africana, ocurrida en diferentes proporciones a lo largo del país hubo cambios en las dinámicas poblacionales. Ojetivo: se caracterizó molecularmente una muestra indígena proveniente de dos etnias ­ Pijao y Nasa Paez, - y otra muestra de individuos mestizos no relacionados del Tolima; con el fin de identificar heterocigocidad, frecuencias alélicas y distancias Fst, mediante el análisis de 100 marcadores informativos de ancestría (SNPs autosómicos). Metodología: Para la realización de este estudio se obtuvo ADN a partir de muestras de sangre tomadas en personas indígenas y mestizas de las regiones ya mencionadas, para tipificar 100 SNPs autosómicos o Marcadores de informativos de Ancestría (AIMs). Resultados: los análisis de la Heterocigocidad (Het) mostraron que los valores bajos se presentaban en las etnias indígenas Nasa (0,181) y Pijaos (0,250), mientras que los de Planadas (0,402) e Ibagué (0,415) presentaron los valores altos. Los análisis realizados de manera global mostraron que las poblaciones del Tolima son menos heterocigotas que las poblaciones ancestrales. Conclusiones: La población nativa Nasa, es la de mayor conservación de la variación nativa ancestral reflejada con los análisis de heterocigocidad y posee una mayor distancia genética con respecto a las poblaciones mestizas.

Colombia is the second country with the largest number of amerindian ethnic groups on the continent thanks to its geographical location and that it is located in the Northwest of the South American continent, it had to have been a corridor for the Amerindian migrations. But due to the Amerindian, European and African mix, which occurred in different proportions throughout the country, there were changes in population dynamics. Objective: an indigenous sample from two ethnic groups - Pijao and Nasa Paez, was molecularly characterized - and another sample of unrelated mestizo individuals from Tolima; to identify heterozygosity, allelic frequencies and Fst distances, by analyzing 100 informative markers of ancestry (autosomal SNPs). Methodology: To carry out this study, DNA was obtained from blood samples taken in indigenous and mestizo people from the aforementioned regions, to typify 100 autosomal SNPs or ancestry informative markers (AIMs). Results: Heterozygous (Het) analyzes showed that low values were presented in the Nasa (0,181) and Pijaos (0,250) indigenous ethnic groups, while those of Planadas (0,402) and Ibagué (0,415) presented high values. Analyzes performed globally showed that Tolima populations are less heterozygous than ancestral populations. Conclusions: The Nasa native population is the one with the greatest conservation of the ancestral native variation reflected with the heterozygous analyzes and has a greater genetic distance concerning the mestizo populations.

Molecular markers associated with the agronomic traits in the medicinal plant lemon balm / Marcadores moleculares associados aos traços agronômicos na planta medicinal erva cidreira

Finding association between molecular markers and agronomic traits provide an excellent tool for indirect selection of a trait of interest in the population. In this study, stepwise regression analysis was used to estimate associations between ISSR and RAPD markers with some agronomic traits in lemon balm ecotypes. The analysis of results revealed significant associations between the traits and some of the studied loci. For all the traits, more than one informative marker was detected. Totally,90informative markers, including 48 ISSR loci and 42 RAPD loci, were identified. The SA-R-10, UBC826-1, UBC812-9, UBC813-10, UBC825-4, OPA-01-15, OPC-04-7 and CS-56-8 markers or fragment showed a significant correlation with Essential oil percentage and controlled 99.8% of the phenotypic variation. These markers are relatively more reliable. Among the RAPD primers, special attention should be drawn to primer SA-R, which had the highest associated fragments with the traits including days for 50% flowering, number of branches per plant, fresh weight and dry weight. Some of ISSR and RAPD markers were associated with more than one trait in multiple regression analysis that may be due to pleiotropic effect of the linked quantitative trait locus on different traits or its linkage to different genes. These primers have been found useful for improved lemon balm.

Encontrar associação entre marcadores moleculares e traços agronômicos é uma excelente ferramenta para seleção indireta de um traço de interesse na população. Neste estudo, foi utilizada a análise de regressão stepwise para estimar associações entre marcadores ISSR e RAPD com algumas características agronômicas em ecótipos de erva cidreira. A análise dos resultados revelou associações significativas entre os traços e alguns dos loci estudados. Para todos os traços mais de um marcador informativo foi detectado. Foram identificados 90 marcadores informativos, incluindo 48 loci ISSR e 42 loci RAPD. Os marcadoresou fragmentos SA-R-10, UBC826-1, UBC812-9, UBC813-10, UBC825-4, OPA-01-15, OPC-04-7 e CS-56-8 mostraram uma correlação significativa com a percentagem de óleo essencial e controlaram 99,8% da variação fenotípica. Estes marcadores são considerados relativamente mais confiáveis. Entre os primers RAPD, destaca-se o primer SA-R, que apresentou os maiores fragmentos associados com as características, incluindo dias para 50% de floração, número de ramos por planta, peso fresco e peso seco. Alguns dos marcadores ISSR e RAPD foram associados a mais de um traço na análise de regressão múltipla que pode ser devido ao efeito pleiotrópico do locus de traço quantitativo ligado em diferentes traços ou sua ligação a diferentes genes. Estes iniciadores provaram ser úteis para o melhoramento da erva cidreira.