Genetic diversity and antimicrobial resistance in Streptococcus agalactiae strains recovered from female carriers in the Bucharest area

For the first time, we used multilocus sequence typing (MLST) to understand how Romanian group B streptococcus (GBS) strains fit into the global GBS population structure. Colonising isolates recovered from adult human females were tested for antibiotic resistance, were molecularly serotyped based on the capsular polysaccharide synthesis (cps) gene cluster and further characterised using a set of molecular markers (surface protein genes, pilus-encoded islands and mobile genetic elements inserted in the scpB-lmb intergenic region). Pulsed-field gel electrophoresis was used to complement the MLST clonal distribution pattern of selected strains. Among the 55 strains assigned to six cps types (Ia, Ib, II-V), 18 sequence types (STs) were identified by MLST. Five STs represented new entries to the MLST database. The prevalent STs were ST-1, ST-17, ST-19 and ST-28. Twenty molecular marker profiles were identified. The most common profiles (rib+GBSi1+PI-1, rib+GBSi1+PI-1, PI-2b and alp2/3+PI-1, PI-2a) were associated with the cps III/ST-17 and cps V/ST-1 strains. A cluster of fluoroquinolone-resistant strains was detected among the cps V/ST-19 members; these strains shared alp1 and IS1548 and carried PI-1, PI-2a or both. Our results support the usefulness of implementing an integrated genotyping system at the reference laboratory level to obtain the reliable data required to make comparisons between countries.

Diagnóstico molecular de Enterobius vermicularis (Lannaeus, 1758) em populações pré-históricas: análise da região intergênica do gene ribossomal 5S RNA e do gene SL 1 RNA / Molecular diagnosis of Enterobius vermicularis (Lannaeus, 1758) in prehistoric populations: analysis of the intergenic region of the ribossomal gene 5S RNA and gene SL 1 RNA

As análises de DNA antigo (aDNA) recuperado de espécimes arqueológicos têm revolucionado áreas das Ciências especialmente na evolução humana e na origem das doenças humanas. Estudos paleoparasitológicos têm mostrado a presença do parasito Enterobius vermicularis em coprólitos de populações antigas das Américas. Até agora o diagnóstico de E. vermiculares em restos arqueológicos depende do exame microscópico. O propósito deste trabalho foi desenvolver uma abordagem metodológica para a recuperação de aDNA e o diagnóstico molecular de E. vermicularis a partir de coprólitos humanos. Propomos o diagnóstico molecular usando como alvo a região intergênica do gene ribossomal 5S RNA de E. vermicularis. Esta estratégia foi analisada quanto a sua especificidade e sensibilidade em parasitos recuperados de amostras fecais e em coprólitos experimentais...Cinqüenta e uma amostras fecais coletadas de pacientes de distintas regiões geográficas do Brasil, e positivas microscopicamente para diversos enteroparasitos incluindo 24 para E. vermicularis fizeram parte deste estudo. O diagnóstico molecular, considerando 420pb da região intergênica do gene 5S rRNA de E. vermicularis identificou 20 das 24 amostras positivas microscopicamente para o parasito, e quando a região de 198pb foi considerada, 100 por cento das amostras analisadas positivas pela análise microscópica, inclusive amostras co-infetadas, foram positivas. A PCR da de 198pb foi sensível para diagnosticar E. vermicularis em amostras fecais com apenas um único ovo do parasito. Os métodos de polimerização reconstrutora e de Nested PCR previamente aplicados em coprólitos experimentais mostraram se úteis na recuperação de aDNA de E. vermicularis em 9 amostras de coprólitos do total de 27 amos5S rRNA de 9 amostras fecais de distintas regiões do Brasil e 7 de coprólitos da América do Norte e da América do Sul, revelou um alto grau de conservação nesta região e a presença do gene SL1 RNA. Nós sugerimos a estrutura secundária do gene SL1 de E. vermicularis, a qual é similar à estrutura modelo de três hastes-alças, e com as mesmas peculiaridades que, em outros organismos são essenciais para a reação de trans-splincing. Pela primeira vez é demonstrada a recuperação de seqüências de aDNA de E. vermicularis provenientes de restos arqueológicos. O diagnóstico molecular específico e sensível para o parasito e a identificação da seqüência e estrutura secundária do gene SL1 RNA de E. vermicularis, também são resultados inéditos.