Résumé
BACKGROUND@#This study aimed to evaluate the correlation between long non-coding RNA (lncRNA)-related single nucleotide polymorphisms (SNPs) and susceptibility to silicosis.@*METHODS@#First, RNA-sequencing (RNA-seq) data were comprehensively analyzed in the peripheral blood lymphocytes of eight participants (four silicosis cases and four healthy controls) exposed to silica dust to identify differentially expressed lncRNAs (DE-lncRNAs). The functional SNPs in the identified DE-lncRNAs were then identified using several databases. Finally, the association between functional SNPs and susceptibility to silicosis was evaluated by a two-stage case-control study. The SNPs of 155 silicosis cases and 141 healthy silica-exposed controls were screened by genome-wide association study (GWAS), and the candidate SNPs of 194 silicosis cases and 235 healthy silica-exposed controls were validated by genotyping using the improved Mutiligase Detection Reaction (iMLDR) system.@*RESULTS@#A total of 76 DE-lncRNAs were identified by RNA-seq data analysis (cut-offs: fold change > 2 or fold change < 0.5, P < 0.05), while 127 functional SNPs among those 76 DE-lncRNAs were identified through multiple public databases. Furthermore, five SNPs were found to be significantly correlated with the risk of silicosis by GWAS screening (P < 0.05), while the results of GWAS and iMLDR validation indicated that the variant A allele of rs1814521 was associated with a reduced risk of silicosis (OR = 0.76, 95% CI = 0.62-0.94, P = 0.011).@*CONCLUSION@#The presence of the SNP rs1814521 in the lncRNA ADGRG3 is associated with susceptibility to silicosis. Moreover, ADGRG3 was found to be lowly expressed in silicosis cases. The underlying biological mechanisms by which lncRNA ADGRG3 and rs1814521 regulate the development of silicosis need further study.
Sujets)
Humains , Études cas-témoins , Prédisposition génétique à une maladie , Étude d'association pangénomique , Polymorphisme de nucléotide simple , ARN long non codant/génétique , Silicose/génétiqueRésumé
A sílica é um composto natural formado pelos dois elementos mais abundantes na Terra - oxigênio e silício. A exposição a partículas de sílica cristalina induz a uma inflamação pulmonar crônica, que pode evoluir para fibrose pulmonar, acarretando na doença conhecida como silicose. O estresse oxidativo desempenha um papel importante na patogênese desta fibrose pulmonar.Sendo assim, a expressão de genes antioxidantes, como glutationa S-transferases (GSTs), são importantes componentes de proteção das células contra o estresse oxidativo e são conhecidas como genes altamente polimórficos, podendo contribuir para a susceptibilidade a silicose. Opolimorfismo da GSTP1 A/G resulta na substituição do aminoácido isoleucina por valina, diminuindo, substancialmente, a atividade da enzima GSTP1. O estudo teve como objetivo adeterminação do polimorfismo da enzima GSTP1 em trabalhadores expostos à sílica e associaçãocom silicose. A população foi composta por 82 trabalhadores expostos à sílica oriundos, principalmente, da indústria naval. O polimorfismo da GSTP1 foi analisado por PCR-RFLP. Como resultado verificou-se que 31,6 por cento dos trabalhadores tinham genótipo A/A, 57,9 por cento A/G e 10,5 por cento G/G. Observou-se que a média da atividade enzimática da GST foi menor (1,58 U/mL enzima) em indivíduos com o alelo G em relação ao alelo A (1,84 U/mL de enzima)...