Phenotypic and genotypic characterization of Colombian clinical isolates of Sporothrix spp / Caracterización fenotípica y genotípica de aislamientos clínicos colombianos de Sporothrix spp

Introduction. For over a century, Sporothrix schenckii was considered the sole species responsible for sporotrichosis. In 2007, scientific community confirmed the disease could be caused by various Sporothrix species. These species differed in their virulence factors and their antifungal sensitivity. Objective. This study aims to characterize 42 Colombian clinical isolates of Sporothrix spp. phenotypically and genotypically. Materials and methods. Forty-two clinical isolates were characterized using phenotypic methods. It involved various culture media to determine their growth range at different temperatures and to assess the type and distribution of pigment and colony texture. Microscopic morphology was evaluated through microcultures, as well as the conidia diameter, type of sporulation, and morphology. Additionally, the assimilation of carbohydrates was selected as a physiological trait for species identification. Genotyping of 40 isolates was performed through partial amplification of the calmodulin gene, followed by sequence analysis. Results. Molecular studies enabled the identification of 32 isolates of S. schenckii and 8 isolates of S. globosa. The combination of phenotypic and genotypic methods eased these species characterizations and the recognition keys development based on parameters such as growth diameter at 25 and 30 °C, colony texture (membranous or velvety) on potato dextrose agar, and microscopic morphology with predominance of pigmented triangular, elongated oval globose, or subglobose conidia. Conclusions. Confirmation of the phenotypic characteristics and molecular analysis is crucial for identifying Sporothrix species and determining adequate treatment. This study represents the first phenotypical and genotypical characterization of clinical isolates of Sporothrix spp. reported in Colombia.

Introducción. Por más de un siglo se creyó que Sporothrix schenckii era la única especie responsable de la esporotricosis. Sin embargo, en el 2007, se consideró que podría ser causada por diferentes especies de Sporothrix, que difieren en sus factores de virulencia y su sensibilidad a los antifúngicos. Objetivo. Caracterizar fenotípica y genotípicamente 42 aislamientos clínicos colombianos de Sporothrix spp. Materiales y métodos. Se caracterizaron 42 aislamientos clínicos mediante métodos fenotípicos. Se usaron varios medios de cultivo para determinar el rango de crecimiento a diferentes temperaturas, el tipo y la distribución del pigmento, y la textura de las colonias. Se evaluó la morfología microscópica por microcultivos mediante la determinación del diámetro, el tipo de esporulación y la morfología de las conidias. La asimilación de carbohidratos se usó como una característica fisiológica para identificar las especies. La genotipificación de los 40 aislamientos se llevó a cabo mediante la amplificación parcial del gen que codifica para la calmodulina y se confirmó por secuenciación. Resultados. Mediante estudios moleculares, se identificaron 32 aislamientos de S. schenckii y ocho de S. globosa. La combinación de métodos fenotípicos y genotípicos permitió caracterizar las especies y construir claves para su reconocimiento, con base en parámetros como el diámetro de crecimiento a 25 y 30 °C, la textura de las colonias (membranosa, aterciopelada) en agar papa dextrosa y la morfología microscópica con predominio de conidias (triangulares pigmentadas, ovales globosas elongadas, subglobosas). Conclusiones. La caracterización fenotípica y los análisis moleculares son necesarios para identificar las especies de Sporothrix y, de esta forma, elegir el tratamiento indicado. Esta es la primera caracterización fenotípica y genotípica reportada de aislamientos clínicos colombianos de Sporothrix spp.

Perfil clínico-patológico de pacientes con cáncer hepatobiliar en dos hospitales de referencia en Lima, Perú / Clinicopathological profile of patients with hepatobiliary cancers at two main referral hospitals in Lima, Peru

RESUMEN Objetivo: El objetivo del estudio fue describir las características clínico-patológicas de individuos diagnosticados de cáncer de hígado, vías biliares o vesícula. Materiales y métodos: Entre el 2006 y 2017, se diagnosticaron 89 pacientes (57% mujeres; media: 62 años) con estos canceres en dos hospitales nacionales de Lima, Perú. Resultados: Los resultados mostraron que, independientemente del tipo de cáncer, 64% de los participantes habían sido diagnosticados en estadios avanzados. La anemia fue más frecuente en los pacientes con cáncer de vías biliares e hígado y en estadios avanzados. Se observó mayor frecuencia (32%) de hipertensión arterial (HTA) en el grupo con cáncer de hígado. El análisis por edad mostró que en los pacientes mayores de 50 años la HTA fue más frecuente. Asimismo, sujetos menores de 50 años reportaron antecedentes de infecciones previas en mayor frecuencia (50%), siendo Hepatitis B (HBV) la más común. Conclusiones: Este estudio describe las características clínico-patológicas de base de una neoplasia poco estudiada en el ámbito nacional.

ABSTRACT Objective: The aim of the study was to describe the clinicopathological profile of patients diagnosed with liver, bile ducts or gallbladder cancer. Materials and methods: Between 2006 and 2017, 89 patients (57% female; mean age: 62 years-old) with these cancers were diagnosed at two national hospitals in Lima, Peru. Results: Most patients (64%) had advanced stages of disease. Anemia was more frequent in patients with bile duct and liver cancer and in advanced stages. Hypertension (HTN) was frequent among liver cancer patients (32%). The analysis by age showed that HTN was more frequent in patients over 50 years. Likewise, people under 50 years had more frequent history of previous infections (50%), Hepatitis B (HBV) being the most common. Conclusions: This study describes the baseline clinicopathological characteristics of a malignancy poorly studied in Peru.

Caracterización de carbapenemasas en enterobacterias de muestras de pacientes que acudieron al Hospital General San Juan de Dios de la ciudad de Guatemala durante 2014 y 2015 / Characterization of carbapenemases in Enterobacteriaceae of samples of patients who attended the San Juan de Dios General Hospital in Guatemala City during 2014 and 2015

En salud pública a nivel mundial, la producción de carbapenemasas es actualmente el mayor problema de resistencia antimicrobiana. El objetivo de este estudio fue caracterizar las carbapenemasas en enterobacterias en pacientes que acudieron al Hospital General San Juan de Dios de la ciudad de Guatemala y determinar servicios hospitalarios y tipos de muestras más frecuentes. Se usaron datos de 2014 y 2015 del área de bacteriología del hospital; se realizó una revisión sistemática, selección, ordenamiento y cálculo de frecuencias y porcentajes. En 2014, 165/165 (100 %) de las carbapenemasas fueron de tipo metalo-ß-lactamasas (MBL); en 2015, 90/118 (76 %) MBL y 28/118 (24 %) Klebsiella pneumoniae carbapenemasa (KPC). Klebsiella pneumoniae fue la enterobacteria productora de carbapenemasas (CPE) aislada con más frecuencia, 134/165 (81 %) en 2014 y 82/118 (69 %) en 2015. En 2014 la unidad de cuidados intensivos de neonatos obtuvo el mayor porcentaje de aislamientos de CPE, 30/165 (18 %); en 2015, medicina de hombres fue el servicio con el mayor porcentaje de CPE, 13/118 (11 %). El tipo de muestra más frecuente en 2014 fue sangre, 67/165 (41 %); en el 2015 fue orina, 31/118 (26 %). Los resultados evidencian la persistencia de carbapenemasas tipo MBL y la aparición de nuevos tipos, específicamente carbapenemasas tipo KPC, que destacan la necesidad de actuar urgentemente ante el riesgo que suponen para la salud de la población.

In public health worldwide, carbapenemase production is currently the biggest problem of antimicrobial resistance. The objective of this study was to characterize carbapenemases in Enterobacteriaceae of patients who attended the San Juan de Dios General Hospital in Guatemala City and to determine hospital services and types of samples more frequent. Data from 2014 and 2015 of the bacteriology department of the hospital were used; a systematic review, selection, ordering and calculation of frequencies and percentages was conducted. In 2014, 165/165 (100 %) of the carbapenemases were metallo-ß-lactamases (MBL); in 2015, 90/118 (76 %) MBL and 28/118 (24 %) Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC). Klebsiella pneumoniae was the carbapenemases-producing Enterobacteriaceae (CPE) most frequently isolated, 134/165 (81 %) in 2014 and 82/118 (69 %) in 2015. In 2014 the neonatal intensive care unit obtained the highest percentage in CPE, 30/165 (18 %); in 2015, men's medicine was the service with the highest percentage of carbapenemases, 11/138 (11 %). The most frequent type of sample in 2014 was blood, 67/165 (41 %). In 2015 it was urine, 31/118 (26 %). The results obtained highlight the persistence of MBL-type carbapenemases and the appearance of new types of carbapenemases, specifically KPC. These results underline the need to act urgently in Guatemala in the face of the problems that carbapenemases-producing Enterobacteriaceae pose for the health of the population.

Uso de biocidas y mecanismos de respuesta bacteriana / Use of biocides and bacterial response mechanisms

La constante aparición de microorganismos que incrementan su tolerancia a sustancias utilizadas para su control como los biocidas está generando atención en salud pública y debe ser estudiado, teniendo en cuenta los diversos riesgos que se pueden enfrentar principalmente en pacientes con alta susceptibilidad a las infecciones asociadas a la atención en salud, dado que estos biocidas son utilizados cotidianamente lo que ha generado mecanismos bacterianos como lo son la formación de biopelículas y aquellos que incrementan su tolerancia como la generación de bombas de flujo. Esta respuesta bacteriana a la presión de los biocidas se potencia por la aparición de microorganismos resistentes a los antimicrobianos de uso en el tratamiento y control de las infecciones lo que hace difícil el control de estos. Se realizó una revisión de literatura disponible en las bases de datos Proquest, ovid, Science direct, PubMed, donde se encontraron un total de 103 artículos y se seleccionaron 73, de acuerdo con el año de publicación en los idiomas español e inglés, que incluyeron estudios descriptivos y de revisión. El objetivo de este artículo fue realizar una revisión acerca de los principales mecanismos de acción de biocidas y la respuesta de tolerancia que presentan los microorganismos frente a estos; lo que conlleva a la reflexión sobre las implicaciones del uso de estas sustancias sobre la salud humana.

The constant appearance of microorganisms that increase their tolerance to substances used for their control such as biocides is generating attention in public health and should be studied, taking into account the various risks that can be faced mainly in patients with high susceptibility to infections associated with health care, given that these biocides are used on a daily basis, which has generated bacterial mechanisms such as the formation of biofilms and those that increase their tolerance, such as the generation of flow pumps. This bacterial response to the pressure of the biocides is enhanced by the appearance of microorganism's resistant to the antimicrobials used in the treatment and control of infections, which makes their control difficult. A literature review was made available in the databases Proquest, ovid, Science direct, PubMed, where a total of 103 articles were found and 73 were selected, according to the year of publication in the Spanish and English languages, which included Descriptive and review studies. The objective of this article is to carry out a review about the main action mechanisms of biocides and the tolerance response presented by microorganisms against them; which leads to reflection on the implications of the use of these substances on human health.

Optimización del diagnóstico molecular para la enfermedad de Huntington y la Hemocromatosis / Optimization of the molecular diagnosis for Huntington's disease and the Hemocromatosis

La caracterización genética-molecular de las enfermedades es útil para su diagnóstico, pronóstico y, en algunos casos, para diseñar estrategias de tratamiento; esto es posible por el análisis directo de las mutaciones responsables de estas enfermedades. La Enfermedad de Huntington (Corea) es una enfermedad neurodegenerativa que produce movimientos espásticos; rememorando una coreografía, conlleva a demencia y muerte. A nivel molecular, la enfermedad es causada por una expansión en el trinucleótido (CAG)n que se encuentra en el exon 1 del gen responsable HD en la región cromosómica 4p 16. La hemocromatosis hereditaria es una enfermedad primariamente hepática, que provoca cirrosis, diabetes y deficiencia cardiaca y alrededor de un tercio de pacientes muere por carcinoma hepatocelular. Más del 95 por ciento de casos de hemocromatosis en USA y EUROPA es provocado por mutaciones en el gen HFE (6p21), principalmente por las mutaciones C282Y y H63D. En los laboratorios del Instituto de Genética y Biología Molecular de la USMP se ha implementado el diagnóstico molecular de estas enfermedades como el inicio de un servicio que ya incluye otras anomalías genéticas. Tenemos interés en dirigirlo paulatinamente hacia las enfermedades y mutaciones más frecuentes en las poblaciones peruanas.

The molecular characterization of the mutations causing hereditary diseases are important tools for diagnosis, prognosis and eventually treatment. Huntington's disease is a neurodegenerative disease producing spastic uncontrolled movements and is caused by the expansion of a trinucleotide (CAG)n with in the first exon of the gene HD located at 4p16. Hemocromatosis is a liver disease causing cirrosis, diabetes and heart problems, in addition one third of patients dies of hepatocarcinoma. Almost all cases of hemocromatosis are due to mutations in the gene HFE at 6p21, being C282Y and H63D the mutations most frequently detected in Europe and USA. We are establishing the molecular diagnosis of different diseases starting with Huntington disease and hemochromatosis as the begining of a service to the Peruvian comunity.

Coliformes totales, fecales y algunas enterobacterias, Sthaphylococcus sp. y hongos en ensaladas para perro calientes expendidas en la ciudad de Maracay, Venezuela / Total and fecal coliforms, some enterobacteria staphylococcus sp. and moulds in salads for hot dogs sold in Maracay, Venezuela

Fast food sold on the streets are good vehicle to transmit gastrointestinal diseases to consumers because they are highly manipulated. The vegetables are a good media for pathogens growth. Raw vegetables salads for hot dog sold in Maracay were studied. Total and fecal Coliforms and Staphylococcus sp. were quantified by the Most Probable Number Technique, Coliforms and Staphylococcus isolated were partially identified. Also the mould population was quantified and identified. Microbial growth was correlated with pH and acidity measurements. MPN/g of Total Coliforms was 1.44 x 10(5) and 4.57 x 10(4) for fecal Coliforms. E. coli was no detected. 87 isolated from the Coliforms were partially identified as Citrobacter freundii variety 1 (45.09 of the isolated), C. freundii variety II (21.57), Enterobacter aerogenes variety I (17.65) and E. aerogenes variety II (15.69); Staphylococcus sp. 3.93 x 10(6) MPN/g and all of its isolated (52) were coagulase negative. The mould population was 4.5 x 10(4) ufc/g, Penicillium sp., Aspergillus, sp., Fusarium sp. were partially identified. The salads presented a pH of 5.92 and an acidity of 0.78 ml of NaOH.