Web-tools for the genomic analysis of the 2022 Monkeypox virus global outbreak / Herramientas web para el análisis genómico del virus de la viruela símica durante el brote mundial de 2022

Abstract The resources and platforms available on the internet for collecting and sharing information and performing genomic sequence analysis have made it possible to follow closely the evolution the evolution of SARS-CoV-2. However, the current monkeypox outbreak in the world brings us back to the need to use these resources to appraise the extent of this outbreak. The objective of this work was an analysis of the information presented so far in the genomic database GISAID EpiPox™, using various tools available on the web. The results indicate that the monkeypox outbreak is referred as MPXV clade II B.1 lineage and sub-lineages, isolated from male patients mainly from the European and American continents. In the current scenario, the access to genomic sequences, epidemiological information, and tools available to the scientific community is of great importance for global public health in order to follow the evolution of pathogens.

Resumen Los recursos y plataformas disponibles en Internet para recopilar, compartir información y realizar análisis de secuencias genómicas han permitido seguir de cerca la evolución del SARS-CoV-2. El actual brote global de viruela del mono en el mundo, requiere de nuevo utilizar estos recursos para conocer el alcance de este brote. El objetivo de este trabajo fue un análisis de la información presentada hasta el momento en la base de datos genómica EpiPox™ de GISAID, utilizando diversas herramientas disponibles en la web. Los resultados indican que el brote de la viruela del mono o símica está referido al linaje y sub-linajes B.1 del clado II de MPXV, aislado principalmente de pacientes hombres de Europa y América. En el escenario actual, el acceso a las secuencias genómicas, la información epidemiológica, y las herramientas disponibles para la comunidad científica son de gran importancia para la salud pública mundial con el fin de seguir la evolución de los patógenos.

Caracterización de un modelo en ratas, útil en el estudio de las consecuencias nutricionales de la diarrea / Characterization of a rat model useful for studying the nutritional consequences of diarrhea

La mortalidad por diarrea ocurre casi en su totalidad en los países subdesarrollados. Esto, se debe fundamentalmente a las malas condiciones sanitarias que los caracterizan. En consecuencia, mientras estas condiciones no cambien, en estos países, el enfoque en el caso de las enfermedades diarreicas, debe concentrarse en el tratamiento. Un aspecto importante del tratamiento de la diarrea infantil es evitar la desnutrición que causa y en consecuencia, la alimentación apropiada durante la diarrea es de vital importancia. De acuerdo con esto, se estudió un modelo de diarrea en ratas que se basa en reemplazar parte del almidón de la dieta por lactosa lo cual permite obtener diarreas de severidad variable, que reproducen los efectos nutricionales de la diarrea infantil. Se estudiaron 5 niveles de reemplazo: 0, 30, 50, 70 y 90 por ciento y se realizaron colecciones fecales entre los días 1-3, 4-6, 11-13 y 18-20 del experimento. El reemplazo causó un aumento en la masa fecal que fue proporcional al nivel de sustitución. La masa fecal fue máxima durante la primera semana y disminuyó en las semanas subsiguientes. Se observó una reducción en la digestibilidad aparente de la proteína, grasa, carbohidratos y energía que fue proporcional a la severidad. La diarrea además estuvo asociada con una reducción en el consumo de alimento que en conjunto con la disminución en la absorción causaron un importante déficit de crecimiento. Este modelo reproduce los efectos negativos de la diarrea sobre la nutrición infantil y puede ser servir en la preselección de los alimentos más apropiados para la alimentación durante la diarrea.

Due to poor sanitary conditions, total global diarrhea mortality occurs almost exclusively in underdeveloped countries. Since, in these countries, sanitation is greatly overlooked, in the case of diarrheal disease, the emphasis must be oriented to treatment rather than prevention. An important aspect in the treatment of diarrheal disease is to avoid the malnutrition it causes and therefore, proper feeding during and after the diarrheal episode is a crucial issue. Accordingly, we studied a diarrhea rat model, based on the replacement of part of the dietary corn starch by lactose which produces diarrhea of increasing severity that reproduces the negative nutritional effects of diarrhea. Five levels of replacement (0, 30, 50, 70 y 90 percent) were studied and feces were collected on day 1-3, 4-6, 11-13 and 18-20 of the experiment. This resulted in an increment in fecal mass (diarrhea) which was proportional to the replacement level; it reached its maximum during the first week and declined thereafter. During the same period, reductions on the apparent digestibility of the dietary protein, fat, carbohydrates and energy were detected. These reductions were proportional to the severity of diarrhea and occurred in conjunction with a reduction in food intake. These two conditions resulted in a deficient growth which was also proportional to the severity of the lactose induced diarrhea. This model reproduces the negative effects that diarrhea has on infantile nutrition and it may be useful in pre-selecting the most appropriated foods to be tested in human studies.