Molecular detection of SARS-CoV-2 in Argentina: Evaluation of alternative diagnostic tools for the decentralization of the diagnosis

Abstract The rocketing number of COVID-19 cases highlighted the critical role that diagnostic tests play in medical and public health decision-making to contain and mitigate the SARS-CoV-2 pandemic. This study reports the evaluation and implementation of different tests for the molecular detection of SARS-CoV-2 in the central region of Argentina. We evaluated 3 real time RT-PCR kits (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection Kit and WGene SARS-CoV-2 RT Detection), 2 nucleic acid extraction methods [MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II (BioFlux), 35-min vs. 9-min, a pre-analytical reagent (FlashPrep®) and 2 isothermal amplification tests (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). The order according to the best performance of the 3 real-time RT-PCR kits evaluated was: DisCoVery > GeneFinderTM> WGene. The 2 RNA extraction methods showed similar good results: MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min was selected due to its faster performance. FlashPrep® reagent showed excellent results to perform direct RNA detection. Isothermal amplification assays showed acceptable sensitivity and specificity values (>80%), except in samples with Ct> 30. Our data show optimal real time RT-PCR kits and alternative molecular methods for SARS-CoV-2 diagnostic. These alternative assays proved to be aceptable.

Resumen La explosión de casos de COVID-19 resaltó el papel fundamental que desempeñan las pruebas de diagnóstico en la toma de decisiones médicas y de salud pública para contener y mitigar la pandemia de SARS-CoV-2. Este estudio reporta la evaluación y la implementación de diferentes test para la detección molecular de SARS-CoV-2 en la región central de Argentina. Evaluamos tres kits de RT-PCR en tiempo real (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection Kit y WGene SARS-CoV-2 RT Detection), dos métodos de extracción de ácidos nucleicos (MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II [BioFlux, 35-min vs. 9-min), un reactivo pre-analítico (FlashPrep®) y dos test de amplificación isotérmica (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). El orden de rendimiento de los tres kits de RT-PCR en tiempo real evaluados fue el siguiente: DisCoVery GeneFinder™ WGene. Los dos métodos de extracción de RNA mostraron buenos y similares resultados; se seleccionó MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min debido a su rápido tiempo de procesamiento. El reactivo FlashPrep® mostró excelentes resultados para realizar detección directa de RNA. Los ensayos de amplificación isotérmica mostraron valores de sensibilidad y de especificidad aceptables (80%), excepto en muestras con Ct 30. Nuestros resultados muestran kits de RT-PCR en tiempo real óptimos, como así también métodos moleculares alternativos para el diagnóstico de SARS-CoV-2 que resultan aceptables para su uso en contextos adversos, de descentralización y en diferentes escenarios epidemiológicos, para la detección rápida y precisa del SARS-CoV-2.

Vacunación contra SARS-CoV-2 y su relación con enfermedad y muerte por COVID-19 en Argentina / Vaccination against SARS-CoV-2 and its relationship with illness and death from COVID-19 in Argentina / Vacinação contra SARS-CoV-2 e sua relação com doença e morte por COVID-19 na Argentina

RESUMEN Objetivo. Conocer la efectividad de la vacunación contra SARS-CoV-2 para prevenir el desarrollo de enfermedad y muerte por COVID-19 en Córdoba, Argentina, en el periodo enero-junio de 2021. Métodos. Se llevó a cabo un estudio de cohorte retrospectivo en 1 139 458 residentes en la provincia de Córdoba. Se construyeron modelos de regresión logística múltiple que relacionaron la vacunación con la infección por SARS-CoV-2 o la muerte por COVID-19, considerando comorbilidades y factores de riesgo de enfermedades crónicas y ajustando por sexo y edad. Resultados. El haber recibido una o dos dosis de vacuna en la población general redujo el riesgo de enfermar un 98,8% y 99,3%, respectivamente; y de morir un 83% y 96,5%, respectivamente. En quienes contrajeron COVID-19, la probabilidad de morir se redujo en 57% y 80%, respectivamente. En cuanto a la probabilidad de muerte, el riesgo aumentó a medida que aumentaba la edad y con la pertenencia al sexo masculino o la presencia de obesidad, hipertensión arterial o diabetes mellitus. Conclusión. La vacunación es efectiva y protege contra la posibilidad de contraer COVID-19, desarrollar enfermedad grave o morir. Presentar obesidad, hipertensión arterial o diabetes mellitus, en orden decreciente, aumentan el riesgo de morir.

ABSTRACT Objective. To determine the effectiveness of vaccination against SARS-CoV-2 in preventing illness and death from COVID-19 in Córdoba, Argentina, during the period from January through June 2021. Methods. A retrospective cohort study was conducted among 1,139,458 residents of the province of Córdoba. Multiple logistic regression models were developed to describe the relationship between vaccination and the presence of SARS-CoV-2 or death from COVID-19, while taking account of comorbidities and chronic disease risk factors and adjusting for sex and age. Results. Among the general population, having received one or two doses of vaccine reduced the risk of illness by 98.8% and 99.3%, respectively, and the risk of dying by 83% and 96.5%, respectively. Among those who developed COVID-19, the probability of dying was reduced by 57% and 80%, respectively. Regarding probability of death, risk increased with age, with being male, and with obesity, arterial hypertension, and diabetes mellitus. Conclusion. Vaccination is effective and protects against the risk of getting COVID-19, developing severe disease, or dying. Having obesity, arterial hypertension, or diabetes mellitus, in descending order, increases the risk of death.

RESUMO Objetivo. Conhecer a eficácia da vacinação contra SARS-CoV-2 para prevenir o desenvolvimento de doença e morte por COVID-19 em Córdoba, Argentina, no período de janeiro a junho de 2021. Métodos. Foi realizado um estudo de coorte retrospectivo em 1.139.458 residentes da província de Córdoba. Foram construídos modelos de regressão logística múltipla que relacionaram a vacinação à presença de SARS-CoV-2 ou morte por COVID-19, considerando comorbidades e fatores de risco para doenças crônicas e ajustando por sexo e idade. Resultados. Ter recebido uma ou duas doses da vacina na população geral reduziu o risco de adoecimento em 98,8% e 99,3%, respectivamente; e de morrer, em 83% e 96,5%, respectivamente. Naqueles que contraíram COVID-19, a probabilidade de morrer foi reduzida em 57% e 80%, respectivamente. Em relação à probabilidade de morte, o risco aumentou com o aumento da idade e para o sexo masculino, ou com a presença de obesidade, hipertensão arterial ou diabetes mellitus. Conclusão. A vacinação é efetiva e protege contra a possibilidade de contrair COVID-19, desenvolver doença grave ou morrer. A presença de obesidade, hipertensão arterial ou diabetes mellitus, em ordem decrescente, aumenta o risco de morte.

Estudio de base poblacional de seroprevalencia y factores asociados a la infección por SARS-CoV-2 en Córdoba, Argentina / A population-based study on seroprevalence and factors associated with SARS-CoV-2 infection in Córdoba, Argentina / Estudo populacional de soroprevalência e fatores associados à infecção por SARS-CoV-2 em Córdoba, Argentina

Los estudios seroepidemiológicos permiten conocer la distribución indirecta de las enfermedades, detectando marcadores séricos de inmunidad y demostrando infecciones no diagnosticadas en la población general. El objetivo fue estimar la seroprevalencia de anticuerpos contra el SARS-CoV-2, en Córdoba, Argentina, entre diciembre de 2020 y enero de 2021, e identificar factores asociados a la contagiosidad del virus. Se realizó un estudio observacional transversal, de base poblacional, con 3.225 individuos mayores de 2 años, residentes en Córdoba Capital, que fueron seleccionados mediante un diseño de muestreo aleatorio en múltiples etapas, proporcional a la distribución por género, franja etaria y nivel socioeconómico de la población de Córdoba. Las características clínicas, antropometría y comorbilidades se recogieron mediante entrevistas. Se realizó un test serológico cualitativo para la detección de anticuerpos IgG antinucleocápside para SARS-CoV-2 (ARCHITECT, Abbott). La seroprevalencia del SARS-CoV-2 se estimó en la población y por franja de edad, sexo, nivel socioeconómico y presencia de las patologías estudiadas. Las razones de prevalencia (RP) se estimaron usando un modelo de regresión log-binomial. La seropositividad para SARS-CoV-2 fue de 16,68% (IC95%: 15,41-18,01). Tener entre 2 y 18 años, residir en barrios con nivel socioeconómico bajo y la presencia de obesidad, aumentaron la oportunidad de seropositividad (RP = 1,50; IC95%: 1,10-2,04, RP = 1,91; IC95%: 1,34-2,67 y RP = 1,39; IC95%: 1,04-1,85). Los resultados indican que en Córdoba Capital existen atributos diferenciales que aumentan la posibilidad de ser seropositivo para SARS-CoV-2. Esto permite dirigir estrategias de vigilancia epidemiológica para reducir la propagación del virus.

Seroepidemiological studies help identify the indirect distribution of diseases, detecting serological markers of immunity and demonstrating undiagnosed infections in the general population. The objectives were to estimate the seroprevalence of SARS-CoV-2 antibodies in Córdoba, Argentina, from December 2020 to January 2021 and to identify factors associated with the virus' contagiousness. A population-based cross-sectional observational study was performed in 3,225 individuals over two years of age living in Córdoba city, selected by multiple-stage random sampling proportional to distribution by gender, age group, and socioeconomic status in the city's population. Clinical characteristics, anthropometry, and comorbidities were collected by interview. Qualitative serological testing was performed for detection of SARS-CoV-2 nucleocapsid IgG antibodies (ARCHITECT, Abbott). SARS-CoV-2 seroprevalence was estimated for the total population and by age group, sex, socioeconomic status, and presence of target diseases. Prevalence ratios (PR) were estimated using a log-binomial regression model. SARS-CoV-2 seropositivity was 16.68% (95%CI: 15.41-18.01). Age 2 to 18 years, living in neighborhoods with low socioeconomic status, and obesity increased the odds of seropositivity (PR = 1.50; 95%CI: 1.10-2.04, PR = 1.91; 95%CI: 1.34-2.67 and PR = 1.39; 95%CI: 1.04-1.85). The results indicate that the city of Córdoba displays differential attributes that increase the likelihood of a positive SARS-CoV-2 antibody test. This allows targeting epidemiological surveillance strategies to reduce the spread of the virus.

Os estudos soroepidemiológicos permitem conhecer a distribuição indireta das doenças, detectando marcadores séricos de imunidade e demonstrando infecções não diagnosticadas na população geral. O objetivo foi estimar a soroprevalência de anticorpos contra o SARS-CoV-2, em Córdoba, Argentina, entre dezembro de 2020 e janeiro de 2021, e identificar fatores associados à contagiosidade do vírus. Um estudo observacional transversal foi realizado, de base populacional, com 3.225 indivíduos maiores de 2 anos, residentes em Córdoba Capital, que foram selecionados por meio de um delineamento de amostragem aleatória em múltiplos estágios, proporcional à distribuição de gênero, a faixa etária e o nível socioeconômico da população de Córdoba. As características clínicas, antropometria e comorbidades foram coletadas por meio de entrevistas. Um teste sorológico qualitativo foi realizado para a detecção de anticorpos IgG anti-nucleocapsídeo para SARS-CoV-2 (ARCHITECT, Abbott). A soroprevalência do SARS-CoV-2 foi estimada na população e por faixa etária, sexo, nível socioeconômico e presença das patologias estudadas. Razões de prevalência (RP) foram estimadas usando um modelo de regressão log-binomial. A soropositividade para SARS-CoV-2 foi de 16,68% (IC95%: 15,41-18,01). Ter entre 2 e 18 años, residir em bairros com nível socioeconômico baixo e a presença de obesidade aumentaram a chance de soropositividade (RP = 1,50; IC95%: 1,10-2,04, RP = 1,91; IC95%: 1,34-2,67 e RP = 1,39; IC95%: 1,04-1,85). Os resultados indicam que em Córdoba Capital existem atributos diferenciais que aumentam a possibilidade de ser soropositivo para SARS-CoV-2. Isso permite direcionar estratégias de vigilância epidemiológica para reduzir a propagação do vírus.

Propuesta de un algoritmo alternativo con pruebas complementarias en donantes con resultados reactivos en pruebas de tamizaje para HIV / HIV screening test. An alternative algorithm of complementary tests in seroactive donors

En este trabajo se presentan los resultados de la experiencia del Banco de Sangre de la Universidad Nacional de Córdoba con el uso de equipos de 4ª generación en el screening de HIV y la valoración de la eficiencia del mismo utilizando diferentes técnicas serológicas y PCR. Además se propone un algoritmo para ser implementado en bancos de sangre con el fin de minimizar el descarte de bolsas y aclarar el status para HIV en los donantes con screening inicial reactivo. De 3822 donantes de sangre procesados por HIV Ag/Ac Combination ABBOTT Murex se descartaron 30 unidades de sangre repetidamente reactivas y repetidamente en zona gris, de las cuales solamente en 2 se confirmó infección por HIV. Las 30 muestras fueron procesadas por las siguientes técnicas: Murex HIV-1.2.0 ABBOT Murex (EIE), Murex HIV Antigen Mab ABBOTT Murex (EIE), Microelisa system Vironostika HIV Uni- Form II plus O BIOMÉRIEUX, SFD HIV 1/2 PA BIORAD FUJIREBIO (aglutinación de partículas de gelatina o APG), NEW LAV BLOT I BIO-RAD (Western Blot o WB), IFI-HIV-1-BIO-MANGUINHOS y PCR "in house". La detección de anticuerpos (3ª generación) y del antígeno p24 por separado con el reactivo ABBOTT Murex resultó en 10 muestras repetidamente reactivas y en zona gris para los anticuerpos y 1 repetidamente reactiva para el antígeno. Por Western blot, de las 30 muestras 2 fueron positivas, 6 negativas y 22 indeterminadas. Con el ensayo de 4ª generación utilizado hubo 0,73 por ciento de falsos positivos lo que determinó un descarte innecesario de unidades de sangre y un estado de incertidumbre para el donante. La PCR fue de gran utilidad para resolver el diagnóstico en donantes con resultados discordantes por los inmunoensayos. Consideramos que la estrategia propuesta resulta útil hasta que sea posible la incorporación de NAT para el screening de HIV en nuestros bancos de sangre.