Klebsiella variicola and Klebsiella quasipneumoniae with capacity to adapt to clinical and plant settings / Klebsiella variicola y Klebsiella quasipneumoniae con capacidad para adaptarse al ambiente clínico y a las plantas

Abstract: Objective: To compare the genetic determinants involved in plant colonization or virulence in the reported genomes of K. variicola, K. quasipneumoniae and K. pneumoniae. Materials and methods: In silico comparisons and Jaccard analysis of genomic data were used. Fimbrial genes were detected by PCR. Biological assays were performed with plant and clinical isolates. Results: Plant colonization genes such as cellulases, catalases and hemagglutinins were mainly present in K. variicola genomes. Chromosomal β-lactamases were characteristic of this species and had been previously misclassified. K. variicola and K. pneumoniae isolates produced plant hormones. Conclusions: A mosaic distribution of different virulence- and plant-associated genes was found in K. variicola and in K. quasipneumoniae genomes. Some plant colonizing genes were found mainly in K. variicola genomes. The term plantanosis is proposed for plant-borne human infections.

Resumen: Objetivo: Comparar genes de colonización de plantas o de virulencia en los genomas reportados de K. variicola, K. quasipneumoniae y K. pneumoniae. Material y métodos: Se utilizaron análisis in silico y de Jaccard. Por PCR se detectaron genes de fimbrias. Se realizaron ensayos biológicos con aislados de plantas y clínicos. Resultados: Los genes de colonización de plantas como celulasas, catalasas y hemaglutininas se encontraron principalmente en genomas de K. variicola. Las β-lactamasas cromosómicas son características de la especie y en algunos casos estaban mal clasificadas. K. variicola y K. pneumoniae producen hormonas vegetales. Conclusiones: Se encontró una distribución en mosaico de los genes de asociación con plantas y de virulencia en K. variicola y K. quasipneumoniae. Principalmente en K. variicola se encontraron algunos genes involucrados en la colonización de plantas. Se propone el término plantanosis para las infecciones humanas de origen vegetal.

Genome misclassification of Klebsiella variicola and Klebsiella quasipneumoniae isolated from plants, animals and humans / Clasificación errónea de aislados de Klebsiella variicola y Klebsiella quasipneumoniae obtenidos de plantas, animales y humanos

Abstract: Objective: Due to the fact that K. variicola, K. quasipneumoniae and K. pneumoniae are closely related bacterial species, misclassification can occur due to mistakes either in normal biochemical tests or during submission to public databases. The objective of this work was to identify K. variicola and K. quasipneumoniae genomes misclassified in GenBank database. Materials and methods: Both rpoB phylogenies and average nucleotide identity (ANI) were used to identify a significant number of misclassified Klebsiella spp. genomes. Results: Here we report an update of K. variicola and K. Quasipneumoniae genomes correctly classified and a list of isolated genomes obtained from humans, plants, animals and insects, described originally as K. pneumoniae or K. variicola, but known now to be misclassified. Conclusions: This work contributes to recognize the extensive presence of K. variicola and K. quasipneumoniae isolates in diverse sites and samples.

Resumen: Objetivo: Identificar genomas mal clasificados de K. variicola, y K. quasipneumoniae en la base de datos del GenBank. Material y métodos: En el presente estudio se usaron tanto análisis filogenéticos usando rpoB como la identidad media de nucleótidos (ANI, por sus siglas en ingles) para identificar un número significativo de genomas del género Klebsiella. Resultados: Se reportó una actualización de genomas de K. variicola y K. quasipneumoniae correctamente clasificados y una lista de aquellos aislamientos obtenidos de seres humanos, plantas, animales e insectos, descritos originalmente como K. pneumoniae o K. variicola pero ahora se conoce que están mal clasificados. Conclusiones: Este trabajo contribuye a la presencia extensiva de aislamientos de K. variicola y K. quasipneumoniae en diversos sitios y muestras.