Caracterización de Candida spp. aisladas a partir de urocultivos en la ciudad de Medellín / Characterization of Candida spp isolated from urine cultures of Medellín

Resumen Candida spp. es un agente etiológico importante en infecciones del tracto urinario, principalmente en población con terapia antimicótica de amplio espectro y con catéteres urinarios. Candida albicans es la especie más frecuente, pero otras especies han surgido como patógenos emergentes. En este trabajo se recolectaron aislamientos de Candida spp. de urocultivos de pacientes que consultaron en Dinamica IPS entre enero 2016 y noviembre 2017. Para estimar la frecuencia de las especies y observar los patrones de sensibilidad, se realizó la identificación fenotípica y su perfil de sensibilidad con el sistema comercial Vitek 2® (BioMérieux, Inc.), adicionalmente se evaluaron mediante análisis de las secuencia y filogenética ITS1-5.8S-ITS2. En el estudio se incluyeron 78 aislamientos de Candida spp. Las frecuencias de especies de Candida identificadas empleando las herramientas moleculares fueron: C. albicans (38,5%), C. tropicalis (23,1%), C. glabrata (21,8%), C. parapsilosis (10,3%), C. metapsilosis y C. krusei (2,5%) y C. guillermondi (1,3%). La identificación por métodos moleculares y por el sistema Vitek 2 fue: C. albicans (93,3%), C. glabrata (94,1%), C. tropicalis (83,3%), C. parapsilosis (75%) C. guilliermondii y C. krusei (100%). La sensibilidad de todos los aislamientos al fluconazol fue 93,6%.

Abstract Candida spp is an important etiologic agent in urinary tract infections, mainly in patients in broad-spectrum antifungal therapy, with urinary catheters. Candida albicans is the most frequent specie; but other species have arised as emerging pathogens. In this study, isolates of Candida spp. of urine cultures from patients who consulted in Dinamica IPS between January 2016 and November 2017 were evaluated. To estimate the frequency of the species and to observe the sensitivity patterns, the phenotypic identification and its sensitivity profile was performed employed the Vitek 2® commercial system. (BioMérieux, Inc) In addition the isolates were evaluated by sequence analysis and phylogenetics ITS1-5.8S-ITS2. This study included 78 isolates of Candida spp. The frequencies of Candida species identified using the molecular tools were: C. albicans (38.5%), C. tropicalis (23.1%), C. glabrata (21.8%), C. parapsilosis (10.3%), C. guillermondi (1.3%) and C. metapsilosis and C. krusei (2.5%). The identification by molecular methods and by Vitek 2 system were: C. albicans (93.3%), for C. glabrata (94.1%), C. tropicalis (83.3%), C. parapsilosis (75%) and 100% for C. guilliermondii and C. krusei.. fluconazole sensitivity of all isolates was 93.6%

Evaluación de una técnica de PCR en tiempo real para determinar colonización por Streptococcusagalactiae en mujeres gestantes de Medellín que consultan en Dinamica IPS / Evaluation of a real-time PCR technique to determine colonization by Streptococcus agalactiae in pregnant women of Medellín who consult in Dinamica IPS

Objetivo: Evaluar una técnica de PCR en tiempo real para determinar colonización por Streptococcus agalactiae en mujeres gestantes de Medellín. Materiales Y Métodos: Se realizó un estudio descriptivo prospectivo, en 150 mujeres gestantes, seleccionadas de forma aleatoria, en una IPS en el periodo comprendido entre Enero-Julio 2016. Criterio de inclusión: Ser gestante entre la semana 35-37, declaración voluntaria de participación en el estudio y de exclusión el uso de antibióticos. A las pacientes, se les tomó muestra con hisopo de lintroito vaginal y de la región anal. Las muestras se procesaron para qPCR, cultivo en caldo selectivo con posterior siembra en agar sangre de carnero y medio cromogénico para S. agalactiae STRB (ChromIDTMStrepto,BioMérieuxSA.). Resultados: La prevalencia de colonización por S. agalactiae en las gestantes fue de 20,9% y 22,3% en agar sangre y agar cromogénico STRB respectivamente, mientras que mediante PCR en tiempo real la prevalencia fue de 36%. Al comparar la qPCR con la prueba de oro se encontró: sensibilidad 79,31% (ICdel95%:0,61-0,90), especificidad 75,45% (IC del 95%: 0,66-0,82), valor predictivo positivo 46% (IC del 95%:0,32-0,59) y negativo 93,2% (IC del 95%: 0,86-0,96). Discusión: Elempleo de la qPCR permitió aumentar la sensibilidad y la oportunidad diagnostica (Eltiempo requerido empleando elcultivo fue de 24-48 Horas y por qPCR 6 horas) ,impactando la reducción de riesgos de transmisión neonata lde S.agalactiae, lo cualpodría representar una Disminución en días de estancia y costos hospitalarios por una infección prevenible.

Materials and Methods: A prospective and descriptive study was conducted in 150 pregnant women, randomly selected, at an IPS between January and July 2016. Inclusion criteria: gestation period week 35-37, voluntary declaration of participation in the study. Exclusion criteria: the use of antibiotics. Samples were taken from the vaginal introitus and the anal region using a hyssop and processed for qPCR as well as the gold standard test [selective broth culture with subsequent culture in blood agar and chromogenic medium for S. agalactiae STRB (ChromIDTMStrepto, BioMérieux SA)]. Results: The prevalence of colonization by S. agalactiae in pregnant women was 20.9% and 22.3% in blood agar and chromogenic agar STRB respectively, where as using qPCR the prevalence was 36.0%. The time required using the culture was 24-48h compared to 6h for qPCR. Our data comparing qPCR with the gold standard test showed: sensitivity 79.31% (95% CI: 0.61-0.90), specificity 75.45% (95% CI: 0.66-0.82), positive predictive value 46.0% (95% CI: 0.32-0.59) and negative 93.2%(95% CI: 0.86-0.96). Discussion: The use of the qPCR increased the sensitivity and the diagnostic opportunity (4x to 8x faster using qPCR), which can lead to a decrease in the risk of neonatal transmission of S. agalactiae and result in a reduction in the length of hospital stay and costs induced by a preventable infection.

Comparación de métodos para la recuperación y determinación de la prevalencia de Streptococcus agalactiae en mujeres gestantes de Medellín / Method comparison for the recovery from Streptococcus agalactiae and its prevalence determination in pregnant women of Medellín

Objetivo: Comparar la sensibilidad de losmétodos para la recuperación y la determinación de la prevalencia de S. agalactiae en un grupo de mujeres gestantes de Medellín. Materiales y métodos: Se llevó a cabo un estudio descriptivo de corte. La poblaciónestudiada fueron 362 mujeres gestantes que consultaron en el periodo comprendido entre febrero y octubre de 2008, a las que se les tomaron muestras con hisopo del introitovaginal y de la región anal. Las muestras se cultivaron simultáneamente en agar NuevaGranada y caldo Todd Hewitt con suplemento de antibióticos, a partir del cual se hizo un subcultivo en agar sangre de carnero al 5%. Resultados: Al comparar el método de recuperación en agar Nueva Granada con el método de referencia en caldo Todd Hewitt, la sensibilidad del primero fue de 44% y elvalor diagnóstico positivo de 58%; presentó una alta especificidad (98%) y un valor diagnóstico negativo de 99%. Se identificó S. agalactiae en 21 (5,8%) gestantes. Conclusión: El cultivo en caldo Todd Hewitt es un método sensible para la recuperación deS. agalactiae. Por consiguiente, se recomienda continuar con esta metodología para la tamización de mujeres gestantes en nuestro medio. La prevalencia de 5,8% encontrada eneste estudio concuerda con los reportes de la literatura mundial y, teniendo en cuenta que la tasa de transmisión vertical es, aproximadamente, de 50% (1), se demuestra la necesidad de implementar medidas de vigilancia epidemiológica en nuestro medio.

Objective: Compare method sensitivityfor recovery from S. agalactiae and to determine its prevalence in a group of pregnant women of the city of Medellín.Materials and methods: Cross-sectionaldescriptive study. The population waspregnant women of Medellín who consulted from February to October, 2008; 362 pregnant women were included; the samples were taken from vagina introitus and anal area. The samples were simultaneously cultured in New Granada Agar and Todd Hewitt Broth supplemented with antibiotics, which was the base for the performance of a subculture in Ram Blood Agar at 5%.Results: When comparing the New Granada Agar method of recovery with the Todd Hewitt Broth gold test, the sensitivity of the first was 44% and the positive predictive value was 58%; it presented 98% specificity and a negative predictive value of 99%. S. agalactiae was found in 21 (5.8%)pregnant women. Conclusions: Todd Hewitt Broth is a sensitive method for the recovery from S. agalactiae; therefore, continuing with this methodology for the screening of pregnant women in ourenvironment is recommended. The 5,8% prevalence found in this study is consistent with the reports in world-wide literature. Considering that the rate of vertical transmission isapproximately 50%, the need to implement epidemiological surveillance measures in our environment is evident.