RESUMO
Abstract MDR Klebsiella pneumoniae ST307 is a high-risk clone, whose genetic features contribute to its adaptation to hospital environments and the human host. This study describesthe emergence and clonal dissemination of K. pneumoniae ST307, recovered during November2018 to February 2019 in a hospital in Buenos Aires city, which concurrently harbored KPC-3and NDM-1. These isolates were resistant to all -lactams and to the ceftazidime/avibactamcombination. Molecular studies showed that blaKPC-3was located in Tn4401a platform, whileblaNDM-1was surrounded upstream by ISKpn14 followed by a partial sequence of ISAba125 anddownstream by bleMBL-trpF, located in a 145.5 kb conjugative plasmid belonging to the Inc A/Cgroup. The dissemination of K. pneumoniae ST307 isolates co-producing KPC-3 and NDM-1 couldlead to a worrisome scenario due to the remarkable features of this clone and its resistanceprofile.
Resumen Klebsiella pneumoniae ST307 es un clon de alto riesgo, cuyas características genéticas contribuyen a su adaptación al entorno hospitalario y al huésped humano. Este estudio describe la emergencia y diseminación clonal de aislamientos de K. pneumoniae ST307 productores de KPC-3 y NDM-1, recuperados en un hospital de Buenos Aires. Estos aislamientos fueron resistentes a todos los p-lactámicos y a la combinación ceftacidima/avibactam. Los estudios moleculares evidenciaron que el contexto genético de blaKPC-3 se correspondió con el Tn4401a, mientras que blaNDM-1 estuvo flanqueado corriente arriba por ISKpn14 y una secuencia parcial de ISAba125 y corriente abajo por bleMBL - trpF, localizado a su vez en un plásmido conjugativo de 145.5 kb perteneciente al grupo Inc A/C. La emergencia de aislamientos de K. pneumoniae ST307 coproductores de KPC-3 y NDM-1 pone de manifiesto una situación altamente preocupante debido a las características de este clon y a su perfil de multirresistencia.
RESUMO
Abstract Metallo-p-lactamases (MBL) producing Pseudomonas aeruginosa isolates have been well characterized. Quinolones are commonly used in the treatment of carbapenem-resistant P. aeruginosa infections; however, data about PMQR in this species are scarce. The objective of this study was to report the simultaneous presence of qnrS and blaV-M-n in P. aeruginosa, and to characterize the qnrS-harboring plasmid. Thirty-eight carbapenem-resistant P. aeruginosa isolates were recovered from a hospital in Buenos Aires during 2012. Screening forMBL was assessed by the double disk synergy test using EDTA and carbapenem discs. Plasmid DNA extraction was performed by a method using phenol-chloroform. PCR followed by sequencing was carried out to determine each MBL and PMQR allele. PCR-BseGI-RFLP was performed to detect aac-(6')-Ib-cr. The gyrA-QRDR was sequenced in those PMQR-harboring isolates. Plasmid incompatibility groups and addiction systems were characterized by PCR. The PMQR-carrying plasmid was sequenced using Illumina technology, annotated using RAST and manually curated. Eleven/38 isolates were VIM producers (blaVIM-2 and blaVIM-11) while 1/38 harbored blaIMP-13. One isolate harbored blaVIM-11 and the PMQR qnrSI; however, both markers were located in different plasmids. The qnrSí-harboring plasmid (pP6qnrS1) was 117 945 bp in size, presented 154 CDS and corresponded to the IncR group. In addition to qnrSI, it harbored several aminoglycoside resis-tance markers. Although pP6qnrS1 was non-conjugative, it presented an oriT which made it possible for this plasmid to be transferable. This is the first report on P. aeruginosa carrying both blaVIM-11 and qnrSI, plus the first detection of an IncR plasmid in Argentina.
Resumen Las quinolonas son comúnmente utilizadas en el tratamiento de las infecciones producidas por Pseudomonas aeruginosa resistentes a carbapenems (PARC); aun así, la información sobre la resistencia a quinolonas mediada por plásmidos (PMQR) en esta especie es escasa. El objetivo de este trabajo fue reportar la presencia simultánea de los genes qnrS y blaVIM-11 en PARC y caracterizar el plásmido portador de qnrS. Durante 2012 se recuperaron 38 PARC en un hospital de Buenos Aires. El tamizaje para detectar producción de metalo-beta-lactamasas (MBL) se llevó a cabo mediante sinergia de doble disco utilizando EDTA y carbapenems. El ADN plasmídico fue extraído utilizando fenolcloroformo. Para determinar los alelos de los genes implicados en la síntesis de MBL y de PMQR, se llevó a cabo PCR-secuenciación. Para la detección de aac-(6')-Ib-cr se realizó PCR-BseGI-RFLP. En aquellos aislamientos portadores de PMQR se secuenció el gen gyrA. Los grupos de incompatibilidad y sistemas de adicción fueron caracterizados por PCR. El plásmido portador de PMQR fue secuenciado completamente y curado manualmente. De 38 aislamientos, 11 fueron productores de VIM (blaVIM-2 y blaVIM-11), mientras que uno contenía blaIMP-13. Si bien un aislamiento fue portador de blaVIM-11 y de qnrSI, dichos marcadores se encontraban en distintos plásmidos. El plásmido portador de qnrSI (pP6qnrS1) presentó un tamaño de 117.945 pby 154 secuencias codificantes (CDS); este correspondió al grupo de incompatibilidad IncR. Además de qnrSI, el plásmido portaba diversos marcadores de resistencia a aminoglucósidos. Aun cuando pP6qnrS1 no resultó conjugativo, presentó un oriT, de modo que posiblemente sea transferible. Este es el primer informe acerca de PARC portadora de blaVIM-11 y de qnrSI en simultáneo, además, es la primera descripción de un plásmido IncR en Argentina.