Salmonella enterica serotypes from human and nonhuman sources in Sao Paulo State, Brazil, 2004-2020

ABSTRACT Salmonellosis ranks among the most frequently reported zoonosis worldwide and is often associated with foodborne outbreaks. Since the 1950s, the distribution of Salmonella serotypes in Sao Paulo State, Brazil, has been documented and periodically reported. In this study, we updated the data on the distribution of Salmonella serotypes received in our reference laboratory, isolated from human infections and nonhuman sources, from 2004 to 2020. In that period, a total of 9,014 Salmonella isolates were analyzed, of which 3,553 (39.4%) were recovered from human samples, mainly of stool (65%) and blood (25.6%), and 5,461 (60.6%) were isolated from nonhuman origins, such as animals (47.2%), food (27.7%) and animal environments (18.6%). In human isolates, a total of 104 serotypes were identified and the most frequent ones were Enteritidis, Typhimurium, S . I. 4,[5],12:i:-, Dublin and Typhi. A consistent reduction of the Enteritidis proportion was observed over the years. Among the 156 serotypes identified in isolates with nonhuman origins, Enteritidis, Mbandaka, Typhimurium, Agona and Anatum were ranked as the top five Salmonella serotypes; in more recent years, S . Heidelberg has increased in frequency. Although with different proportions, the top 10 prevalent serotypes were identified in both human and nonhuman origins, underscoring the role of animals, food products and environment as reservoirs of Salmonella with potential to cause human salmonellosis.

Salmonella Alachua: causative agent of a foodborne disease outbreak

Objectives: The aim of this study is to report the occurrence of the first outbreak of food poisoning caused by Salmonella Alachua in Brazil, as well as the antimicrobial susceptibility and the genetic relatedness of Salmonella Alachua strains isolated from clinical and food samples. Material and methods: To elucidate the outbreak, an epidemiological investigation was carried out, and two samples of common food were tested - mayonnaise salad and galinhada (a traditional Brazilian dish of chicken and rice) - according to the Compendium of methods for the microbiological examination of foods. Five stool samples were tested employing classic methods for the isolation and identification of enterobacteria. Strains of Salmonella were characterized for antibiotic susceptibility according to the Clinical and Laboratory Stan- dards Institute guidelines (2013), and submitted to pulsed-field gel electrophoresis analysis, performed according to the Centers for Disease Control and Prevention PulseNet protocol. Results: A total of 94 people were interviewed after ingesting the food, 66 of whom had become ill. A 60-year old female patient who was hospitalized in a serious condition, developed septic shock and died two days after consuming the food. The presence of Salmonella Alachua was confirmed in all the analyzed stool samples, and in the two types of food. The five strains showed higher than minimum inhibitory concentration values of nalidixic acid (≥256 µg/mL) and reduced ciprofloxacin susceptibility (minimum inhibitory concentration = 0.5 µg/mL). The pulsed-field gel electrophoresis analysis revealed indistinguishable patterns in Salmonella Alachua strains isolated from clinical and food samples. Conclusion: The data presented herein confirm the foodborne disease outbreak. They also allowed for the identification of the source of infection, and suggest that products from poultry are potential reservoirs for this serotype, reinforcing the ...

Antimicrobial susceptibility, phage types, and pulsetypes of Salmonella Typhimurium, in São Paulo, Brazil

A total of 283 Salmonella Typhimurium strains isolated from cases of human infections and non human sources, were examined for antimicrobial susceptibilityand the incidence of resistance was 38 percent and multiple resistance (to three or more antimicrobials) was 15 percent. All 43 multidrug-resistant strains (MDR) and 13 susceptible ones were characterized by phage typing and pulsed- field gel electrophoresis (PFGE). The strains encompassed 14 definitive phage types (DT), three were untypable (UT), and 18 atypicals or reaction does not conform (RDNC), which belonged to 21 PFGE patterns, A1-A21. The predominant phage types were DT49, DT193, and RDNC and two strains belonging to DT 104 and 104b were also identified. The most commum PFGE patterns were A1 and A8. Analysis by PFGE and phage typing demonstrated that the most of the MDR were multiclonal and association among multiresistance, phage typing, and PFGE patterns was not so significant.

Ribotyping of Salmonella Enteritidis strains reveals the spread of a single genotype in the Brazilian city of Ribeirão Preto

INTRODUÇAO: Na identificação de cepas de Salmonella, os métodos de sorotipagem e ribotipagem na detecção de marcadores epidemiológicos são os mais utilizados nos laboratórios de referência mundiais. Esses métodos moleculares são imprescindíveis na vigilância epidemiológica e permitem a detecção da fonte da infecção. OBJETIVOS: O presente trabalho objetivou caracterizar as cepas de Salmonella Enteritidis pela ribotipagem. MATERIAL E MÉTODOS: Trinta e oito cepas de S. Enteritidis foram isoladas de pacientes atendidos no Hospital das Clínicas da Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, SP, entre os anos de 1996 e 1998. As cepas foram isoladas de fezes (31 amostras), sangue (quatro amostras) e outros fluidos (três amostras). As cepas de Salmonella foram isoladas utilizando-se métodos bacteriológicos de rotina, sorotipadas e ribotipadas. RESULTADOS: As 38 cepas de S. Enteritidis apresentaram na ribotipagem a separação das cepas em dois ribotipos: A (94,7 por cento das amostras) e B (5,3 por cento das amostras). DISCUSSAO E CONCLUSAO: Esses dados sugerem que grande parte dos pacientes (94,7 por cento) foi infectada pela mesma cepa. Essa cepa pode ser endêmica na comunidade de Ribeirão Preto ou os pacientes foram expostos a uma fonte comum de infecção.

Resistance profile to antimicrobials of Salmonella spp. isolated from human infections

O objetivo deste estudo foi analisar o perfil de resistência à antimicrobianos, de Salmonella isoladas de 21 amostras provenientes de pacientes com sintomatologia de gastroenterite. Verificou-se que S. enteritidis foi o sorotipo com maior prevalência. Estas cepas mostraram-se sensíveis à maioria dos antimicrobianos testados, no entanto, as cepas S. typhimurium e S. enterica subsp. enterica sorotipo 4,5,12:i:-, mostraram-se resistentes à vários antimicrobianos. Vigilância e um monitoramento eficiente, para diminuir a resistência antimicrobiana em microrganismos que causam infecções veiculadas por alimentos, devem ser prioridade para a saúde pública.

Caracterização fenotípica e genotípica de cepas de Salmonella enteritidis isoladas no estado de São Paulo (1993-2000) / Phenotypic and genotypic characterization od Salmonella enteritidis strains isolated in São Paulo state (1993-2000)

OBJETIVO: Este estudo teve como objetivo realizar a caracterização fenotípica e genotípica de cepas de Salmonella Enteritidis isoladas em diversas localidades do Estado de São Paulo, no período de 1993 a 2000. MÉTODOS: Um total de 165 cepas, sendo 119 isoladas de espécimes clínicas e 46 de fontes não humanas, foi analisado para: suscetibilidade a antimicrobianos, fagotipagem, perfil plasmidial, PFGE “Pulsed-field gel electrophoresis") e ribotipagem. RESULTADOS: Do total de 165 cepas de S. Enteritidis estudadas, 146 apresentaram resistência antimicrobiana, sendo que em 35 cepas (24,0 por cento) observou-se multirresistência (R) para dois até seis antimicrobianos e resistência intermediária (I). Para as outras 111 (76,0 por cento) cepas foi identificada resistência (R) a apenas um antimicrobiano, associada à resistência intermediária (I) ou, então, apenas resistência intermediária (I). Observou-se maiores percentuais de resistência para nitrofurantoína, tetraciclina, doxiciclina, estreptomicina e ácido nalidíxico. Pela fagotipagem, foram identificados nove diferentes fagotipos entre as 165 cepas de S. Enteritidis estudadas, das quais duas foram não tipáveis e em outras nove cepas foram determinados perfis de fagotipos não compatíveis com aqueles descritos no esquema utilizado. Observou-se o predomínio (75,7 por cento) de cepas de S. Enteritidis identificadas como fagotipo 4 (PT4). Pela análise de plasmídios, foram determinados dez diferentes perfis plasmidiais, no entanto, a maioria das cepas (89,6 por cento) albergava somente um plasmídio de aproximadamente 38 MDa. A tipagem molecular por PFGE das 165 cepas de S. Enteritidis, após digestão do DNA cromossômico com a enzima XbaI, identificou dois tipos genéticos denominados de A e B. 0 tipo A foi subdividido em 16 subtipos (A1 a A16) sendo que o subtipo A1 representou 87,2 por cento do total das cepas e o tipo B foi observado em apenas uma cepa de S. Enteritidis. Os subtipos identificados apresentaram similaridade de 70 a 96 por cento e o tipo B apresentou 58 por cento de similaridade com cepas pertencentes ao tipo A. Pela análise dos resultados da ribotipagem, utilizando uma mistura das enzimas PstI e SphI para digestão do DNA cromossômico, as 165 cepas de S. Enteritidis foram diferenciadas em 37 ribotipos designados PS1 a PS37. 0 ribotipo prevalente, PS1, foi identificado em 113 cepas…(au)

Etiology of acute diarrhea among children in Ribeiräo Preto-SP, Brazil

To study the main enteropathogens causing diarrhea in the region of Ribeiräo Preto regarding serogroups and serotypes, the feces of 1836 children under 10 years old, from both sexes, attack of acute gastroenteritis, were analysed during a period of 4 years in Adolfo Lutz Institute - Ribeiräo Preto, SP. The pathogens identified by standard methods were the following: Escherichia coli, Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter spp., Yersinia spp., and Cryptosporidium spp. Positive samples were 22.8 percent (419) with 1.7 percent association of pathogens. Larger isolates were mainly from children 0 to 11 months old. Enteropathogenic E. coli (EPEC) was most frequent (8.7 percent) with predominance of serogroup O119 (40.2 percent), followed by Shigella (6.2 percent), 63.6 percent of which S. sonnei

"Salmonella" spp. investigation in transport boxes of day-old birds

The presence of "Salmonella" was investigated in transport boxes of newly hatched chicks in the moment they were recieved in the farms. 1,611 boxes, delivered to 15 farms (one broiler grand-parent farm, four broiler parent farms, two commercial broiler chick farms and seven laying hen farms) were tested. A total of 19 visits to these farms were done, and "Salmonella" was detected in ten of these visits. "Salmonella" Heidelberg was detected in boxes in five farms. "S." Heidelberg and "S." Mbandaka were simultaneously detected in one broiler breeder farm. "Salmonella" Enteritidis alone, "S. Enteritidis and "S." Mbandaka and "S." Cerro alone were detected in three, one and one laying hens farms, respectively

Salmonella: determinaçäo de sorotipos e resistência a agentes antimicrobianos de cepas isoladas de carcaças de frango comercializadas na regiäo de Säo José do Rio Preto - SP / Salmonella: serotyping and antimicrobial susceptibility patterns of strains isolated from chickem carcasse samples commercializede in the Säo José do Rio Preto area - SP

De abril de 1995 a dezembro de 1996, foram estudadas 160 amostras de carcaças de frango, comercializadas na Regiäo de Säo José do Rio Preto - SP. Foram determinados os sorotipos e perfis de sensibilidade aos agentes antimicrobianos de todas as cepas de Samonella isoladas. Das carcaças analisadas, 54,38(por cento) estavam contaminadas por Samonella. Foram identificados 18 diferentes sorotipos, dentre os quais Samonella Enteritidis correspondeu a 59,77(por cento). Verificou-se que 13,79 (por cento) das cepas de Samonella apresentaram resistência aos agentes antimicrobianos testados. Os resultados obtidos demonstraram o alto índice de contaminaçäo por Samonella em carne de frango. Considerando o consumo de alimentos de origem animal, principalmente de aves, por um grande número de pessoas, este fato possivelmente tem propiciado a ocorrência de numerosos surtos por S. Entidades na nossa regiäo, nos últimos anos

Virulence factors in Escherichia coli isolated from blood and cerebrospinal fluid

E. coli da flora normal do intestino humano pode contaminar, colonizar e subsequentemente causar infecçöes extra-intestinais sendo um dos principais agentes etiológicos de septecemias, meningites e infecçöes do trato urinário. Numerosas investigaçöes tem sido desenvolvidas a fim de definir os fatores de virulência destes microrganismos. Dentre estes fatores foram pesquisados antígenos de superfície (0, H, K1),hemolisina, acrobactina e colicina em 11 cepas de E. coli isoladas de sangue (75 cepas) e líquido cefalorraquidiano (36 cepas) de pacientes hospitalizados. Verificou-se que 75,67 por cento (84 cepas) das cepas foram classificadas sorologicamente em 26 sorogrupos subdivididos em 40 sorotipos; 27,02 por cento (30 cepas) apresentavam o antígeno K1; 39,64 por cento (44 cepas) eram hemolíticas; 74,78 por cento (84 cepas) produziram aerobactina e 29,46 por cento (33 cepas) eram colicinogênicas, sendo que entre os tipos pesquisados, a colicina V foi a mais frequente. O sorogrupo identificado em um maior número de cepas, isoladas tanto de sangue como de líquido cefalorraquidiano,m foi 06 e o sorotipo mais frequente o 06:H31

Marcadores epidemiológicos de Salmonella typhimurium e Salmonella agona / Epidemiologic markers of Salmonella typhimurium and Salmonella agona

Among S. typhimurium and S. agona strains isolated during the period from 1971 to 1987, the biotypes, colicine types and resistance patterns were determined for 734 S. typhimurium and 631 S. agona strains. Among 734 S. typhimurium strains 65 biotypes were disclosed with prevalence of biotypes 1a (28.34), 1b (29.84) and 9 bi (18.28). Concerning S. agona, the biotype 1a represented by 87.16, was the commonest clone among our strains. Although colicine typing added little information to characterize these serotypes, it should be usefull when applied in epidemiological study of outbreaks. It was observed multiply antimicrobial resistance mainly among human strains, particularly from nosocomial origins.

Sensibilidade a antimicrobianos por Salmonella isolados de farinhas de origem animal utilizados no preparo de raçöes / Sensitivity to antimicrobial agents with Salmonella isolated from meals of animal sources used to prepare animal food

Todas as cepas foram sensíveis ao cloranfenicol e sulfato de colistina e resistentes a sulfazotrim, bacitracina e penicilina; por outro lado, verificou-se resistência parcial à tetraciclina (77,1%), ácido nalidíxico (18,0%), nitrofurantoína (2,16%), amicacina (1,44%) e cefoxitina (0,7%)

Isolamento de bactérias enteropatogênicas de coproculturas realizadas durante o período 1977-1983 na Seção de Bacteriologia do Instituto Adolfo Lutz, São Paulo / Isolation of enteropathogenic bacteria from stool cultures performed during the period 1977-1983 at the Bacteriology Section of Instituto Adolfo Lutz, São Paulo

Durante o período compreendido entre 1977 e 1983 foram realizadas 19.284 coproculturas na Seção de Bacteriologia do Instituto Adolfo Lutz. A positividade foi de 31,850/0, onde 15,890/0 pertencia à Salmonella, 12,130/0 à Escherichia coli enteropatogênica, enteroinvasiva e enterotoxigênica, e 3,830/0 à Shigella. Em 11,070/0 dos exames positivos foi isolada mais de uma enterobactéria patogênica em uma mesma amostra. S. typhimurium e S. agona foram os sorotipos mais freqüentes, correspondendo a 89,950/0 do total das salmonelas isoladas. Os sorogrupos de E. coli enteropatogênica de maior incidência foram 0111 e 0119. Entre as E. coli enteroinvasivas, os sorogrupos mais frequentes foram 028ac, 0124 e 0136. Mais de 500/0 das cepas de E. coli enterotoxigênica pertencia ao sorogrupo 0128, e as cepas enterotoxigênicas portadoras dos fatores de colonização CFAjI ou CFAjII correspondiam a aproximadamente 350/0 do total. Assemelhando-se à incidência em outros países, mais de 95% das cepas de Shigella pertencia à Shigella flexneri e à Shigella sonnei. Salmonella, Shigella e E. coli representam, ainda, os principais agentes etiológicos em nosso meio. Durante o período de um ano não foi isolada nenhuma cepa de Yersinia enterocolitica. ° isolamento de Campylobacte.· jejuni, nos dois últimos anos de pesquisa realizada na Seção de Bacteriologia (AU).

Sorotipos de Salmonella identificados no período 1977-1982, no Instituto Adolfo Lutz, São Paulo, Brasil / Salmonella serotypes identified during the period 1977-1982, at Instituto Adolfo Lutz, Säo Paulo, Brazil

Foram identificados 124 sorotipos de Salmonella de origem humana e não humana, perfazendo um total de 25.022 cepas. De 15.892 cepas de origem humana, foram identificados 82 sorotipos, sendo S. typhimurium, S. agona e S. typhi os soro tipos prevalentes com 69,34%, 16,11% e 3,03%, respectivamente. Já os sorotipos isolados de material de origem não humana, S. infantis, S. agona e S. typhimurium com 14,28%, 14,18% e 10,58% respectivamente, foram os mais freqüentes entre os 103 sorotipos de um total de 9.130 cepas. Embora S. typhimurium permaneça como o sorotipo prevalente, é importante notar o rápido aumento de S. agona que, isolada pela primeira vez em São Paulo em 1974, é atualmente o segundo sorotipo mais freqüente. No estudo bioquímico de algumas cepas, na sua grande maioria de origem não-humana, observou-se a existência de sorotipos e variantes monofásicas com caracteres bioquímicos atípícos discordantes dos resultados clássicos obtidos para a classificação do gênero Salmonella em quatro subgêneros (AU).