RESUMO
El objetivo del estudio fue la validación e implementación de GeneXpert MTB/RIF para uso rutinario en la detección rápida de tuberculosis, y sensibilidad a la rifampicina en muestras clínicas; para esto se recogieron 1592 muestras respiratorias y fueron analizadas en el laboratorio del Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública Guayaquil. El análisis de los resultados de GeneXpert en comparación con la baciloscopía mostraron una sensibilidad inicial de 99,8% y especificidad de 93,2%; el análisis de discrepancias utilizando los resultados del cultivo como método de referencia mostró que los resultados de GeneXpert considerados falsos negativos resultaron ser verdaderos negativos, lo mismo sucede con los falsos positivos que corresponden a verdaderos positivos. Recalculada la sensibilidad y especificidad del GeneXpert se tuvo 99,8% y 100% correspondientemente. La comparación con pruebas de sensibilidad a drogas mostró una sensibilidad de 91,4% y una especificidad del 95,5% para el sistema GeneXpert MTB/RIF. Se concluye que la implementación del sistema GeneXpert en Ecuador permitió dar solución a ciertos problemas asociados con la aplicación de las metodologías de diagnóstico convencionales, disminuyendo los tiempos de espera, e incrementando la sensibilidad y especificidad en el diagnóstico de la tuberculosis resistente a drogas, generando una valiosa oportunidad de diagnóstico temprano.
The objective of the study was the validation and implementation of GeneXpert MTB/RIF for routine use in the rapid detection of tuberculosis and sensitivity to rifampicin in clinical samples; for this, 1592 respiratory samples were collected and analyzed in the laboratory of Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública Guayaquil. The analysis of the results of GeneXpert in comparison with smear microscopy showed an initial sensitivity of 99.8% and specificity of 93.2%; The analysis of discrepancies using the results of the culture as a reference method showed that the GeneXpert results considered false negatives turned out to be true negatives, the same happens with the false positives that correspond to true positives. Recalculated the sensitivity and specificity of the Xpert was 99.8% and 100% correspondingly. The comparison with the drugs susceptibility test showed a sensitivity of 91.4% and a specificity of 95.5% for the GeneXpert MTB/RIF system. It is concluded that the implementation of the Xpert system allows solution to certain problems associated with the application of conventional diagnostic methodologies, decreasing the waiting times, and increasing the sensitivity and specificity in the diagnosis of drug-resistant tuberculosis, thus generating a valuable opportunity for early diagnosis.
RESUMO
Antecedentes: La incidencia de la multidrogorresistencia (MDR) adquirida a drogas antituberculosas de Mycobacterium tuberculosis en el Ecuador es aproximadamente del 27,83 %. Objetivo: Detectar las mutaciones asociadas con la resistencia a los fármacos en cepas de M. tuberculosis resistentes a fármacos utilizando la PCR-RFLP y PCR en tiempo real. Materiales y métodos: En cepas de M. tuberculosis drogorresistentes (DR) aisladas de muestras provenientes de 18 provincias del Ecuador (2006-2012), se analizaron mutaciones en los genes rpoB y KatG que conducen a la resistencia a rifampicina e isoniazida, respectivamente. EL ADN fue amplificado por Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR), siendo luego analizado por RFLP (40 cepas), qPCR (346 cepas). Resultados: Nuestros resultados demostraron una correlación entre la resistencia fenotípica a rifampicina e isoniazida y las mutaciones encontradas en los genes rpoß (91,6 %) y katG (90,3 %) en cepas ecuatorianas de M. tuberculosis. Conclusiones: Las mutaciones asociadas a la drogorresistencia de aislados del M. tuberculosis en el Ecuador fueron similares a las reportadas en otros países.
Background: The incidence of multidrug-resistance (MDR) acquired in Mycobacterium tuberculosis antituberculosis drugs in Ecuador is approximately 27,83 %. Objective: To detect mutations associated with drug resistance in drug-resistant M. tuberculosis using PCR-RFLP and real-time PCR. Materials and methods: Mutations in rpoB and KatG genes leading to resistance to rifampicin and isoniazid, respectively, were analyzed in isolates of M. tuberculosis (DR) isolated from samples from 18 provinces of Ecuador (2006-2012). The DNA was amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) and then analyzed by RFLP (40 strains), qPCR (346 strains) and Results: Our results demonstrated a correlation between the phenotypic resistance to rifampicin and isoniazid and the mutations found in the rpoß (91, 6 %) and katG (90,3%) genes in Ecuadorian M. tuberculosis strains. Conclusions: Mutations associated with the drug resistance of M. tuberculosis isolates in Ecuador were similar to those reported in other countries.