RESUMO
Abstract During the present study, specimens were collected from selected sites of Cholistan desert and Kalabagh Game Reserve, Punjab province, Pakistan. Each captured specimen was tagged with voucher number and morphometric measurements were taken. The average snout to vent length was 172.559±1.40 mm and average weight was 92.1±1.30 g. The DNA of Uromastyx hardwickii was amplified and sequenced using 16S rRNA primer set. The obtained DNA sequence has shown reliable and clear species identification. After trimming ambiguous bases, the obtained 16S rRNA fragment was 520 bp while 16S rRNA fragments aligned with closely matched sequence from NCBI comprised of 510 bp. Closely matched sequences of genus Uromastyx were retrieved from NCBI in blast searches. Neighbour-joining tree of genus Uromastyx was constructed based on p-distance using MEGA X. The mean intraspecific variation was 0.095±0.01 while intraspecific variation was ranging from 0-1%. Similarly, interspecific variation of Uromastyx hardwikii with Saara asmussi, Uromastyx alfredschmidti, Uromastyx geyri, Uromastyx thomasi, Uromastyx alfredschmidti was 0-12%, 0-19%, 0-19%, 0-20%, 12-19% respectively. The newly produced DNA was submitted to NCBI and accession number was obtained (MW052563.1). Results of current study provided information about the molecular and morphological identification of Genus Uromastyx. In our recommendation, comprehensive molecular based identification of Pakistans reptiles is required to report any new or subspecies from country.
Resumo Durante o presente estudo, os espécimes foram coletados em locais selecionados do deserto do Cholistan e da Reserva de Caça de Kalabagh, província de Punjab, Paquistão. Cada espécime capturado foi etiquetado com o número do comprovante e medidas morfométricas foram realizadas. O comprimento médio do focinho à cloaca foi de 172,559 ± 1,40 mm, e o peso médio foi de 92,1 ± 1,30 g. O DNA de Uromastyx hardwickii foi amplificado e sequenciado usando o conjunto de primer 16S rRNA. A sequência de DNA obtida mostrou identificação de espécies confiável e clara. Após o corte de bases ambíguas, o fragmento de rRNA 16S obtido tinha 520 pb, enquanto os fragmentos de rRNA 16S alinhados com a sequência próxima do NCBI composta por 510 pb. Sequências semelhantes do gênero Uromastyx foram recuperadas do NCBI em pesquisas de explosão. A árvore de união de vizinhos do gênero Uromastyx foi construída com base na distância-p usando MEGA X. A variação intraespecífica média foi de 0,095 ± 0,01, enquanto a variação intraespecífica foi de 0-1%. Da mesma forma, a variação interespecífica de Uromastyx hardwikii com Saara asmussi, Uromastyx alfredschmidti, Uromastyx geyri, Uromastyx thomasi, Uromastyx alfredschmidti foi de 0-12%, 0-19%, 0-19%, 0-20%, 12-19%, respectivamente. O DNA recém-produzido foi submetido ao NCBI e o número de acesso foi obtido (MW052563.1). Os resultados do estudo atual forneceram informações sobre a identificação molecular e morfológica do Gênero Uromastyx. Em nossa recomendação, a identificação de base molecular abrangente de répteis do Paquistão é necessária para relatar qualquer nova ou subespécie do país.
RESUMO
Abstract During the present study, specimens were collected from selected sites of Cholistan desert and Kalabagh Game Reserve, Punjab province, Pakistan. Each captured specimen was tagged with voucher number and morphometric measurements were taken. The average snout to vent length was 172.559±1.40 mm and average weight was 92.1±1.30 g. The DNA of Uromastyx hardwickii was amplified and sequenced using 16S rRNA primer set. The obtained DNA sequence has shown reliable and clear species identification. After trimming ambiguous bases, the obtained 16S rRNA fragment was 520 bp while 16S rRNA fragments aligned with closely matched sequence from NCBI comprised of 510 bp. Closely matched sequences of genus Uromastyx were retrieved from NCBI in blast searches. Neighbour-joining tree of genus Uromastyx was constructed based on p-distance using MEGA X. The mean intraspecific variation was 0.095±0.01 while intraspecific variation was ranging from 0-1%. Similarly, interspecific variation of Uromastyx hardwikii with Saara asmussi, Uromastyx alfredschmidti, Uromastyx geyri, Uromastyx thomasi, Uromastyx alfredschmidti was 0-12%, 0-19%, 0-19%, 0-20%, 12-19% respectively. The newly produced DNA was submitted to NCBI and accession number was obtained (MW052563.1). Results of current study provided information about the molecular and morphological identification of Genus Uromastyx. In our recommendation, comprehensive molecular based identification of Pakistan's reptiles is required to report any new or subspecies from country.
Resumo Durante o presente estudo, os espécimes foram coletados em locais selecionados do deserto do Cholistan e da Reserva de Caça de Kalabagh, província de Punjab, Paquistão. Cada espécime capturado foi etiquetado com o número do comprovante e medidas morfométricas foram realizadas. O comprimento médio do focinho à cloaca foi de 172,559 ± 1,40 mm, e o peso médio foi de 92,1 ± 1,30 g. O DNA de Uromastyx hardwickii foi amplificado e sequenciado usando o conjunto de primer 16S rRNA. A sequência de DNA obtida mostrou identificação de espécies confiável e clara. Após o corte de bases ambíguas, o fragmento de rRNA 16S obtido tinha 520 pb, enquanto os fragmentos de rRNA 16S alinhados com a sequência próxima do NCBI composta por 510 pb. Sequências semelhantes do gênero Uromastyx foram recuperadas do NCBI em pesquisas de explosão. A árvore de união de vizinhos do gênero Uromastyx foi construída com base na distância-p usando MEGA X. A variação intraespecífica média foi de 0,095 ± 0,01, enquanto a variação intraespecífica foi de 0-1%. Da mesma forma, a variação interespecífica de Uromastyx hardwikii com Saara asmussi, Uromastyx alfredschmidti, Uromastyx geyri, Uromastyx thomasi, Uromastyx alfredschmidti foi de 0-12%, 0-19%, 0-19%, 0-20%, 12-19%, respectivamente. O DNA recém-produzido foi submetido ao NCBI e o número de acesso foi obtido (MW052563.1). Os resultados do estudo atual forneceram informações sobre a identificação molecular e morfológica do Gênero Uromastyx. Em nossa recomendação, a identificação de base molecular abrangente de répteis do Paquistão é necessária para relatar qualquer nova ou subespécie do país.
Assuntos
Animais , Lagartos , Paquistão , Filogenia , Variação Genética/genética , RNA Ribossômico 16SRESUMO
The present study reports the existence of cliff racer, Platyceps rhodorachis from the plains of Punjab, Pakistan. A total of 10 specimens were captured during the field surveys from June to September, 2018 from different sites of Punjab. Platyceps rhodorachis was identify on the basis of morphology and confirmed through COI gene sequences. The obtained DNA sequences have shown reliable and exact species identification. Newly produced DNA sequences of Platyceps rhodorachis were submitted to GenBank and accession numbers were obtained (MK936174.1, MK941839.1 and MT790210.1). N-J tree based on COI sequences of Platyceps rhodorachis clearly separated as out-group with other members of family Colubridae based on p-distance. The intra-specific genetic variation ranges from 12% to 18%. The DNA sequences of Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis and Platyceps ventromaculatus indusai are not available at NCBI to validate their taxonomic positions. In our recommendations, a large scale molecular based identification of Pakistans herpetofauna is required to report more new or subspecies from country.
O presente estudo relata a existência de um corredor de penhasco, Platyceps rhodorachis, das planícies de Punjab, Paquistão. Um total de 10 espécimes foi capturado durante os levantamentos de campo de junho a setembro de 2018 em diferentes locais de Punjab. Platyceps rhodorachis foi identificada com base na morfologia e confirmada por meio de sequências do gene COI. As sequências de DNA obtidas mostraram identificação de espécies confiável e exata. Sequências de DNA de Platyceps rhodorachis recém-produzidas foram submetidas ao GenBank e os números de acesso foram obtidos (MK936174.1, MK941839.1 e MT790210.1). Árvore N-J baseada em sequências COI de Platyceps rhodorachis claramente separadas como out-group com outros membros da família Colubridae com base na distância-p. A variação genética intraespecífica varia de 12% a 18%. As sequências de DNA de Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis e Platyceps ventromaculatus indusai não estão disponíveis no NCBI para validar suas posições taxonômicas. Em nossas recomendações, uma identificação de base molecular em grande escala da herpetofauna do Paquistão é necessária para relatar mais novas ou subespécies do país.
Assuntos
Animais , Serpentes/anatomia & histologia , Serpentes/genéticaRESUMO
Abstract The present study reports the existence of cliff racer, Platyceps rhodorachis from the plains of Punjab, Pakistan. A total of 10 specimens were captured during the field surveys from June to September, 2018 from different sites of Punjab. Platyceps rhodorachis was identify on the basis of morphology and confirmed through COI gene sequences. The obtained DNA sequences have shown reliable and exact species identification. Newly produced DNA sequences of Platyceps rhodorachis were submitted to GenBank and accession numbers were obtained (MK936174.1, MK941839.1 and MT790210.1). N-J tree based on COI sequences of Platyceps rhodorachis clearly separated as out-group with other members of family Colubridae based on p-distance. The intra-specific genetic variation ranges from 12% to 18%. The DNA sequences of Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis and Platyceps ventromaculatus indusai are not available at NCBI to validate their taxonomic positions. In our recommendations, a large scale molecular based identification of Pakistans herpetofauna is required to report more new or subspecies from country.
Resumo O presente estudo relata a existência de um corredor de penhasco, Platyceps rhodorachis, das planícies de Punjab, Paquistão. Um total de 10 espécimes foi capturado durante os levantamentos de campo de junho a setembro de 2018 em diferentes locais de Punjab. Platyceps rhodorachis foi identificada com base na morfologia e confirmada por meio de sequências do gene COI. As sequências de DNA obtidas mostraram identificação de espécies confiável e exata. Sequências de DNA de Platyceps rhodorachis recém-produzidas foram submetidas ao GenBank e os números de acesso foram obtidos (MK936174.1, MK941839.1 e MT790210.1). Árvore N-J baseada em sequências COI de Platyceps rhodorachis claramente separadas como out-group com outros membros da família Colubridae com base na distância-p. A variação genética intraespecífica varia de 12% a 18%. As sequências de DNA de Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis e Platyceps ventromaculatus indusai não estão disponíveis no NCBI para validar suas posições taxonômicas. Em nossas recomendações, uma identificação de base molecular em grande escala da herpetofauna do Paquistão é necessária para relatar mais novas ou subespécies do país.