Marcadores de selección en cerdos Pampa Rocha: comparación con razas autóctonas de España y Portugal / Selection markers in Pampa Rocha piqs: a comparison with autochthonous breeds of Spain and Portugal

RESUMEN Objetivo. El análisis de marcadores de selección permite obtener datos de la vida evolutiva de una raza o línea y permite también evaluar la conveniencia o no de su uso en programas de mejora genética. Hemos evaluado SNPs en cuatro genes (IGF2, MC4R, PRKAG3 y PEPCK-C), que tienen importantes efectos fenotípicos, en cerdos de la raza Pampa Rocha, una raza criolla, y hemos comparado sus frecuencias alélicas con cerdos de diversas razas autóctonas y líneas de España y Portugal no sometidas a selección así como con jabalíes y cerdos de la raza Piétrain. Materiales y métodos. Los SNPs fueron analizados mediante diversas técnicas de RT-PCR. Resultados. Los resultados de los análisis muestran una similitud de frecuencias alélicas entre los cerdos de la raza Pampa Rocha y los cerdos autóctonos de la península ibérica sobre todo en el gen IGF2 y, en menor medida en el gen PEPCK-C. Sin embargo difieren considerablemente en el caso del marcador MC4R y, también en menor medida, en PRKAG3. En el trabajo se discute el uso potencial de los resultados obtenidos para orientar la selección genética de cerdos de la raza Pampa Rocha. Conclusiones. Nuestros resultados demuestran la peculiaridad de la raza Pampa Rocha con respecto a los marcadores estudiados.

ABSTRACT Objective. The analysis of selection markers allows to obtain information about the evolutive story of a particular breed or line and allows also to evaluate the usefulness of those markers for breeding programs. We have analyzed SNPs in four genes of the creole pig breed Pampa Rocha and we have compared their allelic frequencies with the allelic frequencies of diverse autochthonous breeds of Spain and Portugal and also with Piétrain pigs and wild boars. Materials and methods. The SNPs were analyzed using diverse RT-PCR methods. Results. The results of the analysis show that Pampa Rocha pigs have similar allelic frequencies with the autochthonous breeds of Spain and Portugal especially in the case of IGF2 and also, but not so coincident, in the case of PEPCK-C. However, they differ considerably for MC4R, and also, but in a lower extent, for PRKAG3. We discuss in this work the usefulness of our results for breeding of Pampa Rocha pigs. Conclusions. Our results demonstrate the peculiarity of the Pampa Rocha breed regarding the markers studied.

Analysis of mdr1-1Δ mutation of MDR1 gene in the Cimarron Uruguayo dog / Análisis de la mutación mdr1-1Δ del gen MDR1 en el perro Cimarrón Uruguayo

Objective. The aim of this paper is to analyze the frequency of the mdr1-1D mutation of the MDR1 gene in a dog sample of the Uruguayan Cimarron breed with the objective of increasing the knowledge of this breed’s genome. Materials and methods. Thirty-six animals of this breed were analyzed. The MDR1 gene region, which includes the location where the mutation would be present, was amplified by PCR. Results. The mutation was not detected in any of the analyzed Uruguayan Cimarron. Conclusions. The lack of described ivermectin intoxication cases in veterinary clinic in this breed is explained by the lack of the mutation object of this study. The sequence studied in Cimarron dogs is kept compared to other breeds, except Collies and related breeds (Border Collie, Bearded Collie, Old English sheepdog).

Objetivo. El propósito de este trabajo fue analizar la frecuencia de la mutación mdr1-1D del gen MDR1 en una muestra de perros de raza Cimarrón Uruguayo con el fin de profundizar en el conocimiento del genoma del animal. Materiales y métodos. Se analizaron treinta y seis animales de la raza mencionada. La región del gen MDR1 que incluiría la mutación se amplificó por PCR. Resultados. En los perros cimarrones analizados no se detectó la mutación mencionada. Conclusiones. La ausencia de la mutación estudiada explicaría el hecho de que no se hayan descrito casos de intoxicación por ivermectina en esta raza. La secuencia en el perro Cimarrón es conservada respecto de otras razas caninas, excepto Collie y sus derivadas.

Estudios preliminares de la estructura genética del perro cimarrón uruguayo usando microsatélites / Preliminary studies of the genetic structure of cimarron uruguayo dog using microsatellite markers

Objetive. To analyze the population structure, using microsatellite markers in a sample of “Cimarron Uruguayo” dogs. Materials and methods. Thirty dogs were analyzed in different areas of Uruguay with a set of nine molecular microsatellite markers using PCR. The population structure was analyzed using the free distribution software “Structure’’. Results. According to our data, the preliminary results show that it is not possible to establish a subdivision among the animals in the sample. Conclusions. The study supports the hypothesis that the currently existing canines derive from a founding nucleus that took refuge in the Northeastern region of the country. The distribution of the breed among the different areas of Uruguay continues nowadays, so there is no isolation among the different groups of animals, and the exchange is constant.

ANALYSIS OF TWO POPULATIONS OF THE URUGUAYAN CANINE BREED CIMARRON (Canis familiaris) USING RAPD MARKERS / ANÁLISIS DE DOS POBLACIONES DE CANINOS (Canis familiaris) DE LA RAZA CIMARRÓN URUGUAYO UTILIZANDO RAPDs COMO MARCADORES MOLECULARES

Objective. To analyze the genetic variability in two populations of the native canine breed "Uruguayan Cimarron" from different areas of the country. Materials and methods. DNA was isolated from 40 animals of the Cimarron breed. Using PCR, 11 RAPD (random amplified polymorphism of DNA) molecular markers were analyzed. Results. 14.9% of loci were polymorphic. We found an index of shared bands of 0.91, a genetic distance of 0.16 and a Nei's average diversity index of 0.08. Conclusions. Both populations present a high homogeneity and genetic identity for these markers suggesting that they belong to a common genetic nucleus.

Objetivo. Analizar la variabilidad genética en dos poblaciones de caninos de la raza autóctona "Cimarrón uruguayo" provenientes de distintas zonas del País. Materiales y métodos. Se aisló ADN de 40 animales de la raza Cimarrón. Mediante la técnica de PCR se analizaron 11 marcadores moleculares RAPD (amplificación al azar de ADN polimórfico). Resultados. Se detectó un 14.9% de loci polimórficos. Se obtuvo un índice de bandas compartidas de 0.91, una distancia genética de 0.16 e índice promedio de diversidad de Nei's de 0.08. Conclusiones. Ambas poblaciones presentan una alta homogeneidad e identidad genética para estos marcadores y pertenecerían a un núcleo genético común.