El papel del laboratorio de microbiología en la práctica clínica / The role of the microbiology laboratory in clinical practice

Los seres humanos albergamos en el cuerpo a cientos de miles de microbios (bacterias, virus, hongos, archaea). Con la mayoría convivimos armónicamente, y obtenemos beneficios mutuos. Ellos participan activamente en nuestros procesos metabólicos e inmunológicos, y nosotros les damos vivienda y nutrientes [1]. Si el equilibrio se altera, como ocurre cuando el sistema inmune se suprime, algunos de estos microorganismos aprovechan la oportunidad y desencadenan infección [2], siendo este el origen de la mayoría de las infecciones, pero no el único, pues los ambientes externos al cuerpo humano también están poblados de microbios, y si bien pocos se consideran patógenos, al entrar en contacto con ellos adquirimos infecciones que llamamos exógenas. De acuerdo con la Organización Mundial de la Salud (OMS), las enfermedades transmisibles están entre las 10 principales causas de muerte en el mundo, y excluyendo la infección por SARS-CoV-2 (COVID-19) en 2021, las infecciones respiratorias agudas fueron la cuarta causa más frecuente de defunción a nivel mundial [3]. El laboratorio de microbiología clínica tiene un papel crucial en el proceso diagnóstico, terapéutico y preventivo de las enfermedades infecciosas causadas por bacterias, hongos, virus y parásitos, pues determinar el agente causal de manera eficaz permite tomar acciones oportunas para definir el manejo individual de las personas infectadas y cortar la cadena de transmisión cuando se requiera [2]

Detección y genotipificación del virus del papiloma humano de alto riesgo mediante PCR multiplex en tiempo real (RT-PCR VPH AR) / High risk human papillomavirus detection and genotyping by multiplex real time PCR (RT-PCR HR HPV)

Utilidad clínica de la prueba La relación causal entre el desarrollo de cáncer de cérvix y la infección con genotipos de alto riesgo (AR) del virus del papiloma humano (VPH), ha llevado al desarrollo de estrategias para su detección y caracterización genotípica, como una medida de prevención de este tipo de cáncer. Dado que la presencia del VPH no puede ser determinada mediante los hallazgos clínicos de la paciente, como tampoco en los hallazgos morfológicos en la citología ni en la detección de anticuerpos específicos contra el VPH (pruebas serológicas), su detección y genotipificación recaen en el uso de pruebas moleculares, las cuales en su mayoría están dirigidas a la detección del ADN de los genotipos de alto riesgo, usando la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) convencional y en tiempo real (RT-PCR) [1]. La técnica de PCR permite la amplificación de regiones específicas del ADN del VPH en los genes L1, E6 y E7, los cuales, por sus variaciones en la secuencia, permiten la genotipificación del virus [2,3]. Las pruebas de detección de ADN y/o genotipificación del VPH son consideradas herramientas de tamización en cáncer de cérvix, que detectan la infección causada por VPH. Su aplicación está enfocada en la clasificación de anormalidades citológicas, monitoreo de infecciones persistentes, seguimiento postratamiento de lesiones intraepiteliales de alto grado y vigilancia epidemiológica en salud pública [4-6]. La utilización de la citología y las pruebas de detección de ADN del VPH, aumenta la sensibilidad de la tamización para la detección de cáncer de cérvix y reduce de manera significativa el riesgo de sufrir lesiones cervicales premalignas por un periodo de 5 años [2,7]

Lavado broncoalveolar y diagnóstico de enfermedades respiratorias bajas / Bronchoalveolar lavage and the diagnosis of lower respiratory infections

Las patologías respiratorias son una de las principales causas de enfermedad y muerte. En las estimaciones hechas por la Organización Mundial de la Salud (OMS) entre los años 2000 y 2019, la enfermedad pulmonar obstructiva crónica y las infecciones de las vías respiratorias inferiores fueron la tercera y cuarta causa de muerte, respectivamente, y la primera cuando el análisis se hacía únicamente con las enfermedades transmisibles, tanto antes de la pandemia por SARS-CoV-2 (COVID-19), como durante esta. Para modificar su impacto en la salud de la población, es importante, además de mantener y mejorar las actividades encaminadas a su prevención, establecer diagnósticos y tratamientos oportunos, certeros y eficaces

Diagnóstico microbiológico en lavado broncoalveolar. Revisión de la literatura / Microbiological diagnosis in bronchoalveolar lavage. Literature review

El lavado broncoalveolar (LBA) se describió hace aproximadamente 50 años, y desde ese momento se ha venido empleando cada vez con más frecuencia, llegando a ser uno de los métodos de elección para hacer el diagnóstico microbiológico de las infecciones respiratorias bajas, pues facilita la identificación de patógenos oportunistas y no oportunistas. Su uso se incrementó paralelamente con el número de pacientes inmunocomprometidos, sobre todo a causa del SIDA y los trasplantes, situaciones en las que con frecuencia los pacientes padecen infecciones pulmonares por gérmenes oportunistas. El LBA es un procedimiento seguro que permite obtener muestras que aportan información amplia de las características celulares y microbiológicas del tracto respiratorio inferior. Para garantizar su utilidad es fundamental que la recolección, transporte, almacenamiento y procesamiento de las muestras sean óptimos. El análisis de las muestras se hace por técnicas convencionales para identificación de microorganismos, como son las tinciones y el aislamiento en medios de cultivo, y por otros métodos tales como la inmunofluorescencia, pruebas inmunológicas para la detección de antígenos y anticuerpos, y pruebas de biología molecular. En la presente revisión, se hace una actualización sobre el procedimiento de obtención, almacenamiento y transporte de las muestras de LBA, así como de las técnicas de diagnóstico microbiológico más utilizadas para identificar los principales agentes infecciosos asociados con enfermedades del tracto respiratorio inferior

Bronchoalveolar lavage (BAL) was described approximately 50 years ago and since then it has been used with increasing frequency, becoming one of the methods of choice for making the microbiological diagnosis of lower respiratory infections, as it facilitates the identification of opportunistic and non-opportunistic pathogens. Its use increased in parallel with the number of immunocompromised patients, especially due to AIDS and transplantation, situations in which patients frequently suffer from lung infections due to opportunistic germs. BAL is a safe procedure that allows obtaining samples that provide comprehensive information on the cellular and microbiological characteristics of the lower respiratory tract. Optimal collection, transport, storage and processing of samples is essential to guarantee its usefulness. Analysis of the samples is done both by conventional techniques for the identification of microorganisms, such as staining and isolation in culture media, as well as by other methods such as immunofluorescence, immunological tests for the detection of antigens and antibodies, and molecular biology assays. In this review, an update in presented on the procedure for obtaining, storing and transporting BAL samples, as well as on the most widely used microbiological diagnostic techniques to identify the main infectious agents associated with lower respiratory tract diseases

Osteomielitis crónica por Corynebacterium striatum en una adolescente / Chronic osteomyelitis due to Corynebacterium striatum in a female adolescent

A case of a girl with chronic posttraumatic osteomyelitis of the right tibia with microbiological isolation of Bacillus spp. by conventional methods and confirmation by mass spectrometry MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass) of Corynebacterium striatum is presented. Diagnostic methods, clinical manifestations, and resistance pattern of these infections are described.

Se presenta el caso de una adolescente con osteomielitis crónica postraumática de la tibia derecha con aislamiento microbiológico por métodos convencionales de Bacillus spp. y confirmación por espectrometría de masas MALDI-TOF de Corynebacterium striatum, microorganismo considerado generalmente saprófito. Se describen las presentaciones clínicas de estas infecciones descritas en la literatura científica, la necesidad del diagnóstico etiológico por técnicas no convencionales y el patrón de resistencia comúnmente expresado.