Severe acute respiratory syndrome Coronavirus 2. Seroepidemiology study in Argentinian slum / Estudio seroepidemiológico de enfermedad por Coronavirus 2019 en un barrio de Argentina

Abstract Most countries in Latin America have already reported thousands of confirmed cases and vulnerable populations are the most affected by the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. Preventive measures such as hygiene, social distancing, and isolation, essential to stop the spread of coronavirus, are difficult to accomplish for vulnerable populations due to their living conditions. Seroepidemiological surveys are assets to measure the transmission for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Until July 1st, the incidence rate of SARS-CoV-2 infection in Barrio Padre Mugica, one of the largest slums in Buenos Aires City, was 5.9%. This study aimed to establish the prevalence of SARS-CoV-2 antibodies immunoglobulin G (IgG) immediately after the outbreak, and to identify neighbourhood, household and individual factors associated with seroconversion. The prevalence based on IgG was 53.4% (95% CI 52.8% to 54.1%). For each polymerase chain reaction (RT-qPCR) confirmed case, nine people tested IgG positive, indicating a high rate of undetected (probably asymptomatic) infections. Hence, the high rate of undiagnosed people suggests that clinical criteria and epidemiological nexus should be considered. The high seroprevalence observed in the context of an intense epidemic in a vulnerable area might serve as a reference to other countries. This study contributes to future decision making by understanding population immunity against SARS-CoV2 and its relation to living conditions and foccus that comprehensive biosocial, household-level interventions are needed.

Resumen Muchos países de América Latina han informado miles de casos confirmados y las poblaciones vulnerables son las más afectadas por la pandemia de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19). Las medidas preventivas como la higiene, el distanciamiento social y el aislamiento, fundamentales para frenar la propagación del coronavirus, son difíciles de lograr en estas poblaciones debido a sus condiciones de vida. Los estudios seroepidemiológicos son de gran utilidad para medir la transmisión del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Hasta el 1 de julio, la tasa de incidencia de la infección por SARS-CoV-2 en el Barrio Padre Mugica, uno de los barrios marginales más grandes de la ciudad de Buenos Aires, era del 5.9%. Este estudio tuvo como objetivo estimar la prevalencia de anticuerpos inmunoglobulina G (IgG) para SARS-CoV-2 inmediatamente después del brote, e identificar factores del barrio, hogar e individuales asociados con la seroconversión. La prevalencia basada en IgG fue del 53.4% (IC del 95%: 52.8% a 54.1%). Para cada caso confirmado por reacción en cadena de la polimerasa (RT-qPCR), nueve personas dieron positivo en IgG, lo que indica una alta tasa de infecciones no detectadas y probablemente asintomáticas. La alta tasa de personas no diagnosticadas sugiere que se deben considerar los criterios clínicos y el nexo epidemiológico. La alta seroprevalencia observada en el contexto de una intensa epidemia en una zona vulnerable podría servir de referencia a otros países. Este estudio contribuye a la toma de decisiones futuras al comprender la inmunidad de la población contra el SARS-CoV2 en su relación con las condiciones de vida y por su enfoque en la necesidad de intervenciones integrales a nivel del hogar.

Isolation, biochemical characterization, and phylogeny of a cellulose-degrading ruminal bacterium / Aislamiento, caracterización bioquímica y filogenia de una bacteria ruminal degradadora de celulosa / Isolamento, caracterização bioquímica e filogenia de uma bacteria ruminal degradante de celulose

Abstract Background: The isolation of cellulolytic bacteria, which hydrolyze cellulose to cellobiose and glucose, can provide useful information about rumen diversity. Objective: To identify and characterize a microorganism capable of hydrolyzing cellulose, isolated from a cow rumen. Methods: Anaerobic culture techniques were used for isolating cellulose-degrading rumen bacteria. Congo red staining was used to evaluate β-D-glucanase activity, and carbohydrate fermentation pattern was obtained with the kit API 50CHB/E. DNA extraction was performed and the 16S rDNA gene was amplified using 8F (5'-AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG-3'), and 1492R (5' GGT TAC CTT GTT ACG ACT T 3') primers. The phylogenetic tree was reconstructed with the algorithm of maximum parsimony (bootstrap 5000), and 16S rDNA sequence was deposited in the NCBI database (accession number: KM094184). Results: The isolated bacterium showed cellulolytic activity detected with Congo red; besides, glycerol, ribose, xylose, sucrose, galactose and glucose were fermented by this bacterium. However, biochemical tests did not identify the bacteria because no match was found at database of API WEB Software. The phylogenetic inference indicated that this bacterium belongs to Shigella genus, with 98% maximal identity respect to the other taxonomic species. Conclusions: Phylogenetic analysis of 16S rRNA genes showed that the rumen isolated bacterium was a member of the genus Shigella, which, under mesophilic conditions, is an interesting candidate for obtaining oligosaccharides from lignocellulosic biomass.

Resumen Antecedentes: El aislamiento de las bacterias celulolíticas, que hidrolizan la celulosa a celobiosa y glucosa, proporciona valiosa información sobre la diversidad del rumen. Objetivo: Identificar y caracterizar un microorganismo capaz de hidrolizar celulosa, aislado de un rumen vacuno. Métodos: Se utilizaron técnicas de cultivo anaeróbico para aislar bacterias ruminales que degradan celulosa. La tinción con rojo Congo se usó para evaluar la actividad β-D-glucanasa y el patrón de fermentación de carbohidratos se obtuvo con el kit API 50CHB/E. Se realizó la extracción de DNA y se amplificó el gen de 16S rDNA utilizando los cebadores 8F (5'-AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG-3'), y 1492R (5' GGT TAC CTT GTT ACG ACT T 3'). El árbol filogenético se reconstruyó con el algoritmo de máxima parsimonia (replicas 5000) y la secuencia 16S rDNA se depositó en la base de datos del NCBI (número de acceso: KM094184). Resultados: La bacteria aislada mostró actividad celulolítica detectada con la tinción de rojo Congo; además, esta bacteria fermenta glicerol, ribosa, xilosa, sacarosa, galactosa y glucosa. Sin embargo, las pruebas bioquímicas no permitieron identificar a la bacteria aislada, por no encontrar coincidencias en la base de datos del software API WEB. La inferencia filogenética indicó que esta bacteria pertenece al género Shigella, con 98% de identidad máxima respecto a las otras especies taxonómicas. Conclusiones: El análisis filogenético del gen 16S rRNA mostró que la bacteria aislada del rumen es un miembro del género Shigella que, en condiciones mesófilas, es un candidato interesante para obtener oligosacáridos a partir de biomasa lignocelulósica.

Resumo Antecedentes: As bactérias celulolíticas hidrolizam a celulosa em celobiose e glicose, e o isolamento desses microrganismos fornece informações sobre a diversidade do rúmen. Objetivo: Identificar e caracterizar um microorganismo isolada do rúmen de uma vaca, com capacidade para hidrolisar a celulose. Métodos: Técnicas de cultura anaeróbica foram utilizadas para isolar bactérias ruminais que degradam a celulose. A atividade β-D-glucanase foi mostrada utilizando mancha de vermelho Congo, e o padrão de fermentação de carbohidratos foi obtida com o kit API 50CHB/E. A extracção foi realizada de DNA e amplificou-se os genes 16S rDNA utilizando os iniciadores 8F (AGA GTT TGA 5'-TCC TGG CTC AG-3'), e 1492R (5' CTT GGT TAC GTT ACG TCA T 3'). A árvore filogenética foi reconstruída com o algoritmo de máxima parcimônia (réplicas 5000). A sequência de rDNA 16S foi depositada no banco de dados do NCBI (número de acesso: KM094184). Resultados: O isolado mostrou uma atividade celulolítica com coloração vermelho Congo; además esta bactéria fermentação de glicerol, ribose, xilose, sacarose, galactose e glicose. No entanto, com as provas bioquímicas não se identificou a bactérias isolada, já que não se encontrou na base de dados do software API WEB. A inferência filogenética indicou que esta bactéria pertence ao género Shigella, com 98% de identidade de máximo respeito para outras espécies taxonômicas. Conclusão: A análise filogenética do gene 16S rRNA mostrou as bactérias isoladas do ambiente ruminal como um membro do género Shigella, que condições mesofilicas é um candidato atraente para obter oligossacarídeos da biomassa lignocelulósica.