Xylella fastidiosa comparative genomic database is an information resource to explore the annotation, genomic features, and biology of different strains

The Xylella fastidiosa comparative genomic database is a scientific resource with the aim to provide a user-friendly interface for accessing high-quality manually curated genomic annotation and comparative sequence analysis, as well as for identifying and mapping prophage-like elements, a marked feature of Xylella genomes. Here we describe a database and tools for exploring the biology of this important plant pathogen. The hallmarks of this database are the high quality genomic annotation, the functional and comparative genomic analysis and the identification and mapping of prophage-like elements. It is available from web site http://www.xylella.lncc.br.

A new member of the chalcone synthase (CHS) family in sugarcane

Seqüências do banco de dados SUCEST foram analisadas baseado em suas identidades com genes relacionados que codificam enzimas chalcone sintase (CHS). A seqüência da proteína CHS de sorgo (gi-12229613), foi usada para a busca de seqüências no banco de dados do SUCEST, que foram mais similares à CHS. Baseado na similaridade das seqüências de aminoácidos deduzidas, quatorze conjuntos formados por 121 seqüências, foram divididos em dois grupos. O primeiro grupo é mais similar à CHS de sorgo (EC 2.3.1.74) e apresenta a seqüência consenso do sítio ativo de chalcone e stilbene sintase. Análises da expressäo gênica, baseada no número de seqüências de uma dada biblioteca presente em cada grupo, indicaram que neste caso, a maioria das seqüências säo de bibliotecas preparadas de raiz e flores de cana-de-açúcar. O segundo grupo é mais similar à seqüência de aminoácidos deduzida de uma proteína, näo caracterizada, induzida por patógeno (PIl, gi-9855801-) do banco de dados de EST de Sorghum bicolor. Estas duas seqüências de proteínas säo 90 por cento idênticas e tem duas mudanças de aminoácidos no consenso padräo de chalcone e stilbene sintase, e conservam o resíduo de cisteína na posiçäo do sítio ativo. Esta EST näo foi associada a chalcone sintase antes, e apresenta diferenças na seqüência consenso da CHS previamente descrita de sorgo. A maioria das seqüências do segundo grupo säo de bibliotecas de cana-de-açúcar preparadas de raiz e plantas infectadas com Herbaspirillum rubrisubalbicans e Gluconacetobacter diazotroficans. Os resultados indicam que nós identificamos uma chalcone sintase, tal como a encontrada no banco de cDNA de sorgo em uma biblioteca induzida por patógeno, expressa em plantas de cana-de-açúcar, e que ambas as proteínas säo novos membros da super família chalcone e stilbene sintase.