RESUMO
Background: Pathology reports are stored as unstructured, ungrammatical, fragmented, and abbreviated free text with linguistic variability among pathologists. For this reason, tumor information extraction requires a significant human effort. Recording data in an efficient and high-quality format is essential in implementing and establishing a hospital-based-cancer registry Objective: This study aimed to describe implementing a natural language processing algorithm for oncology pathology reports. Methods: An algorithm was developed to process oncology pathology reports in Spanish to extract 20 medical descriptors. The approach is based on the successive coincidence of regular expressions. Results: The validation was performed with 140 pathological reports. The topography identification was performed manually by humans and the algorithm in all reports. The human identified morphology in 138 reports and by the algorithm in 137. The average fuzzy matching score was 68.3 for Topography and 89.5 for Morphology. Conclusions: A preliminary algorithm validation against human extraction was performed over a small set of reports with satisfactory results. This shows that a regular-expression approach can accurately and precisely extract multiple specimen attributes from free-text Spanish pathology reports. Additionally, we developed a website to facilitate collaborative validation at a larger scale which may be helpful for future research on the subject.
Introducción: Los reportes de patología están almacenados como texto libre sin estructura, gramática, fragmentados o abreviados, con variabilidad lingüística entre patólogos. Por esta razón, la extracción de información de tumores requiere un esfuerzo humano significativo. Almacenar información en un formato eficiente y de alta calidad es esencial para implementar y establecer un registro hospitalario de cáncer. Objetivo: Este estudio busca describir la implementación de un algoritmo de Procesamiento de Lenguaje Natural para reportes de patología oncológica. Métodos: Desarrollamos un algoritmo para procesar reportes de patología oncológica en Español, con el objetivo de extraer 20 descriptores médicos. El abordaje se basa en la coincidencia sucesiva de expresiones regulares. Resultados: La validación se hizo con 140 reportes de patología. La identificación topográfica se realizó por humanos y por el algoritmo en todos los reportes. La morfología fue identificada por humanos en 138 reportes y por el algoritmo en 137. El valor de coincidencias parciales (fuzzy matches) promedio fue de 68.3 para Topografía y 89.5 para Morfología. Conclusiones: Se hizo una validación preliminar del algoritmo contra extracción humana sobre un pequeño grupo de reportes, con resultados satisfactorios. Esto muestra que múltiples atributos del espécimen pueden ser extraídos de manera precisa de texto libre de reportes de patología en Español, usando un abordaje de expresiones regulares. Adicionalmente, desarrollamos una página web para facilitar la validación colaborativa a gran escala, lo que puede ser beneficioso para futuras investigaciones en el tema.
RESUMO
RESUMEN La enfermedad de Parkinson es un trastorno neurodegenerativo que tiene múltiples manifestaciones motoras y no motoras. El proceso patológico inicia años o décadas antes del debut de los síntomas no motores, tiempo en el que se desarrollan otros síntomas que muy frecuentemente preceden el inicio clínico. Si bien se ha avanzado mucho en el conocimiento sobre la patogénesis y en el reconocimiento de las numerosas manifestaciones no motoras, el diagnóstico se sigue centrando en el síndrome motor o parkinsonismo. En este capítulo se muestra una actualización sobre datos recientes relacionados con el incremento en la prevalencia mundial de la enfermedad, así como el diagnóstico basado en los nuevos criterios definidos por la Sociedad Internacional de Trastornos del Movimiento en 2015, que se basan en los criterios centrales pero tienen en cuenta banderas rojas para la posible existencia de otros parkinsonismos, criterios de exclusión absoluta y criterios de soporte, éstos últimos reconociendo la utilidad de los síntomas no motores y de algunas ayudas paraclínicas para soportar el diagnóstico in vivo.
SUMMARY Parkinson's disease is a neurodegenerative disorder that has multiple motor and non-motor manifestations. The pathological process begins years or decades before the onset of non-motor symptoms, at which time other symptoms develop that frequently precede clinical debut. Although much progress has been made in the knowledge of pathogenesis and in the recognition of the numerous non-motor manifestations, the diagnosis is still focused on motor syndrome or parkinsonism. This chapter shows an update on recent data related to the increase in the global prevalence of the disease, as well as the diagnosis based on the new criteria defined by the Movement Disorders Society in 2015, which focus on the central criteria but defined red flags for the possible existence of other parkinsonisms, absolute exclusion criteria and support criteria, the latter recognizing the utility of non-motor symptoms and some paraclinical aids to support in vivo diagnosis.
Assuntos
Mobilidade UrbanaRESUMO
El objetivo de este trabajo es determinar la relación entre niveles de impulsividad y riesgo de alcoholismo en adultos pertenecientes a "barras bravas" en la ciudad de Ibagué (Tolima) a partir de la aplicación del test de CAGE, la Escala de Impulsividad de Plutchik (EI) y una ficha de caracterización sociodemográfica. Se utilizó un modelo correlacional de corte transversal. Los hallazgos evidencian niveles bajos (78%) y promedios de impulsividad (20%). El 28% no presenta problemas relacionados con el alcohol, mientras que el 36% tiene indicios de consumo y el restante 36% dependencia alcohólica. Se hallaron correlaciones bajas entre las puntuaciones, la correlación significativa fue de tipo directamente proporcional entre edad y riesgo de alcoholismo (r= 0,287; p= 0.43), lo que indica que a mayor edad mayor es el riesgo de alcoholismo. © Revista Colombiana de Ciencias Sociales.
The objective of this study was to determine the relationship between levels of impulsivity and risk of alcoholism in adults belonging to "barras bravas" in the city of Ibagué (Tolima) from the application of the CAGE test, the scale of impulsiveness of Plutchik (EI) and a socio-demographic characterization data sheet. A correlational cross-sectional model was used. The findings show low levels (78%) and averages of impulsivity (20%). The 28% do not show problems related with alcohol, while 36% have signs of consumption and 36% alcoholic dependence. There were found low correlations between such scores, the significant correlation was directly proportional between age and risk of alcoholism (r = 0,287, p = 0.43) indicating that a greater age, greater is the risk of alcoholism.