Caracterização molecular de cepas de rotavírus e norovírus: um estudo de 6 anos (2004-2009) / Characterization of rotavirus and norovirus strains: a 6-year study (2004-2009)

OBJETIVO: Monitorar infecções causadas por rotavírus (RV) e norovírus (NoV) em crianças hospitalizadas < 5 anos com gastroenterite aguda provenientes do estado de São Paulo durante um período de 6 anos (2004-2009). MÉTODOS: Este estudo retrospectivo foi realizado em 61 centros médicos, utilizando amostras fecais coletadas por conveniência, analisadas por ensaio imunoenzimático, eletroforese em gel de poliacrilamida, transcrição reversa seguida de reação em cadeia pela polimerase e sequenciamento para caracterização dos genótipos. RESULTADOS: Infecções por RV e NoV foram detectadas em 29,6 por cento (144/487) e 29,2 por cento (26/89) das amostras, respectivamente. Os genótipos de RV detectados com maior frequência foram: G9P[8] em 2004; G1P[8] em 2005; G9P[8] em 2006; e G2P[4] durante os anos de 2007, 2008 e 2009. A taxa de detecção diminuiu de 36,3 por cento (33/91) em 2004 para 4,2 por cento (4/95) em 2009. NoV pertencente ao genogrupo GII foi encontrado em 61,6 por cento (16/26) das amostras, e GI em 11,5 por cento (3/26). Infecções mistas por NoV e RV foram observadas em 2,2 por cento (2/89) das amostras, envolvendo as cepas GI+G9P[8] e GI+G2P[4]. CONCLUSÕES: A distribuição dos genótipos de RV variou com os anos, acompanhada pela redução no número de casos detectados. Ė necessário intensificar a vigilância pós-implantação da vacina contra RV, visando monitorar as cepas circulantes e sua eficácia contra possíveis genótipos emergentes. Os NoVs têm sido cada vez mais identificados como agentes etiológicos relevantes entre crianças hospitalizadas e exercem um papel importante na etiologia viral da gastroenterite pediátrica aguda no estado de São Paulo.

OBJECTIVE: To monitor rotavirus (RV) and norovirus (NoV) infections in hospitalized children < 5 years with acute gastroenteritis in the state of São Paulo, Brazil, during a 6-year period (2004- 2009). METHODS: This retrospective study was conducted with 61 medical centers with convenient surveillance fecal specimens, investigated by enzyme-linked immunosorbent assay, sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis, reverse polymerase chain reaction and sequencing to genotype characterization. RESULTS: RV and NoV infections were detected in 29.6 percent (144∕487) and 29.2 percent (26/89) of the samples, respectively. The most frequent RV genotypes detected were G9P[8] in 2004; G1P[8] in 2005; G9P[8] in 2006; and G2P[4] during 2007, 2008, and 2009. Detection rate declined from 36.3 percent (33∕91) in 2004 to 4.2 percent (4/95) in 2009. NoV genogroup GII was found in 61.6 percent (16/26) of the samples, and GI in 11.5 percent (3/26). Mixed NoV-RV infections were observed in 2.2 percent (2/89) of the samples, involving GI+G9P[8] and GI+G2P[4] strains. CONCLUSIONS: Genotype distribution varied according to collection year, accompanied by a reduction in detection rate. Use of RV vaccine requires implementation of post-marketing surveillance to monitor RV strain diversity and its efficacy against possible new emerging genotypes. NoVs have been increasingly identified as relevant etiological agents among hospitalized children and play an important role in the viral etiology of pediatric acute gastroenteritis in the state of São Paulo.

Caracterização de genótipos de rotavírus em creches: era pré e pós-vacinação contra o rotavírus / Characterization of rotavirus strains from day care centers: pre-and post-rotavirus vaccine era

OBJETIVOS: Em 2006, a vacina contra rotavírus foi incluída no Programa Nacional de Imunização. Este estudo teve como objetivo analisar os resultados da vigilância de genótipos de rotavírus em crianças < 5 anos com gastrenterites agudas provenientes de creches no estado de São Paulo por um período de 5 anos. MÉTODOS: Este estudo retrospectivo foi realizado em 30 creches no período de 2004 a 2008, com amostras fecais convenientes da vigilância das diarreias agudas, analisadas por ELISA, SDS-PAGE, RT-PCR e sequenciamento genético para caracterização do genótipo. RESULTADOS: Infecções por rotavírus foram detectadas em 28,3 por cento de amostras (38/134). Os genótipos mais frequentes detectados foram: G9P[8] e G1P[8] em 2004; G1P[8] em 2005; GNTP[NT] em 2006; G2P[4] em 2007; e nenhum caso foi relatado em 2008. Infecções mistas não foram observadas. A taxa de detecção diminuiu de 65,7 por cento (23/35) em 2004 para 50 por cento (9/18) em 2007. CONCLUSÕES: A distribuição do genótipo variou de acordo com os anos, acompanhada pela redução no número de casos detectados. É necessário intensificar a vigilância pós-implantação da vacina contra rotavírus, visando monitorar as linhagens circulantes e sua eficácia contra possíveis genótipos emergentes.

OBJECTIVES: In 2006 the rotavirus vaccine was included in the Brazilian Immunization Program. The aim of this study was to report the results of a 5-year surveillance study of rotavirus strains in children < 5 years with acute gastroenteritis from day care centers in the state of São Paulo, Brazil. METHODS: This retrospective study was conducted with 30 day care centers from 2004 to 2008 with convenient surveillance fecal specimens, investigated by ELISA, SDS-PAGE, RT-PCR and gene sequencing to genotype characterization. RESULTS: Rotavirus infection was detected in 28.3 percent of samples (38/134). The most frequent genotypes detected were G9P[8] and G1P[8] in 2004; G1P[8] in 2005; GNTP[NT] in 2006; G2P[4] in 2007; and there were no cases in 2008. Mixed infections were not observed. Detection rate declined from 65.7 percent (23/35) in 2004 to 50 percent (9/18) in 2007. CONCLUSIONS: Genotype distribution varied according to collection year, accompanied by a reduction in detection rate. Use of rotavirus vaccine requires implementation of post-marketing surveillance to monitor rotavirus strain diversity and its efficacy against possible new emerging genotypes.