Genomics and epidemiology of the P 1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil

Cases of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection in Manaus, Brazil, resurged in late 2020 despite previously high levels of infection. Genome sequencing of viruses sampled in Manaus between November 2020 and January 2021 revealed the emergence and circulation of a novel SARS-CoV-2 variant of concern. Lineage P.1 acquired 17 mutations, including a trio in the spike protein (K417T, E484K, and N501Y) associated with increased binding to the human ACE2 (angiotensin-converting enzyme 2) receptor. Molecular clock analysis shows that P.1 emergence occurred around mid-November 2020 and was preceded by a period of faster molecular evolution. Using a two-category dynamical model that integrates genomic and mortality data, we estimate that P.1 may be 1.7- to 2.4-fold more transmissible and that previous (non-P.1) infection provides 54 to 79% of the protection against infection with P.1 that it provides against non-P.1 lineages. Enhanced global genomic surveillance of variants of concern, which may exhibit increased transmissibility and/or immune evasion, is critical to accelerate pandemic responsiveness.

Reserva florestal ducke: diversidade e composição da flora vascular

The Ducke Forest Reserve, with an area of 100 km2 and located close to Manaus, is one of the sites with highest density of botanical collections in the INPA herbarium. The reserve's vascular flora (excluding Pterophyta) is described based on a survey of approximately 7,107 specimens, of which 4,946 are determined to species. Though many specimens are sterile, undetermined, or not yet examined by specialists, this sample provides a preliminary floristic description of the reserve. The flora now stands at 1,199 species (or 1,453 if indeterminate are included), representing 510 genera and 112 families. The ten most speciose genera -- with a total of 222 species -- are predominantly arborescent: Pouteria(38 species), Miconia(27), Protium(24), Licania(23), inga(21), Ocotea(20), Swartzia(19), Eschweilera(19), Virola(16) e Sloanea(15). The ten most common (i.e., most collected) species comprise only 8.2% of the pool of determined specimens. These are also tree species: Microplholis guyanensis(A. DC.) Pierre, Chrysophyllum sanguinolentum(Pierre) Baehni, Trattinnickia glaziovii Swart, Goupia glabra Aubl., Scleronema micranthum Ducke, Aniba panurensis (Meissner) Mez, Laetia procera (Poeppig) Eichler, Caryocar villosum (Aublet) Pers., Brosimum rubescensTaubert,Cecropia sciadophylla Mart. Only 123 species (10.3% of the determined species) are considered common, being those with ten or more collections. The majority of the 1,199 determined species are very rare; 68% are represented by three or fewer collections and 43% are represented by a single collection. Therefore, many additional "rare" species will be added with additional collecting of the reserve or with the study of indeterminate material. Discussion and graphs comparing the most speciose and most commonly collected families and genera is included.

A Reserva Florestal Ducke, localizada próxima a Manaus (AM), com uma área de 100 Km2, é um dos locais com maior densidade de coletas depositadas no herbário do INPA. Sua flora vascular foi aqui caracterizada, através do levantamento de 7.107 exsicatas, das quais 4.946 estão determinadas ao nível de espécie. Embora muitas amostras estejam estéreis, indeterminadas e ainda não examinadas por especialistas, esta amostragem permitiu uma caracterização preliminar da flora da Reserva. Foi constatada a presença de 1.199 espécies (ou 1.453, se incluídas as indeterminadas), distribuídas em 510 gêneros e 112 famílias. Os 10 gêneros mais diversificados com um total de 222 espécies são predominantemente arborescentes: Pouteria(38 espécies), Miconia(27), Protium(24), Licania(23), Inga(21), Ocotea(20), Swartzia(19), Eschweilera( 19), Virola( 16) Sloanea(15). As 10 espécies mais coletadas constituem apenas 8,2% do universo de amostras determinadas ao nível específico. Estas, também, são árvores: Micropholis guyanensis(A. DC.) Pierre, Chrysophyllum sanguinolentum(Pierre) Baehni, Trattinnickia glazioviiSwart, Goupia glabraAubl., Scleronema micranthumDucke, Aniba panurensis(Meissner) Mez, Laetia procera(Poeppig) Eicbler, Caryocar villosum(Aublet) Pers., Brosimum rubescensTaubert, Cecropia sciadopliyllaMart. Apenas 123 espécies (10,3% das espécies determinadas) são consideradas comuns, sendo aquelas com 10 ou mais coletas. A maioria das 1.199 espécies determinadas são muito raras: 68% representadas por três ou menos coletas e 43% representadas por apenas uma coleta. Portanto, muitas outras espécies "raras" serão acrescentadas após novas visitas ao local, ou através do estudo do material ainda indeterminado. E apresentada uma discussão e gráficos sobre as famílias e gêneros mais diversificados e mais coletados.

Distributional and ecological notes on Polygonanthus amazonicus Ducke

Polygonanthus amazonicus Ducke já foi incorporada em oito famílias diferentes, mas era conhecida de apenas uma árvore desde a primeira coletada em 1929. Uma excursão do projeto Flora Amazônica comprovou sua área de ocorrência, que é de pelo menos 17.500 km2 na região compreendida entre Maués e Borba no Estado do Amazonas. Seu habitat e provável meio de dispersão são descritos. o caso desta e de muitas outras espécies com escassa representação nos herbários demonstra a necessidade de se manter um intenso programa de coleta botânica para se manter uma base mais realista da distribuição de muitas espécies.

Projeto Flora Amazônica: eight years of binational botanical expeditions

A review of the history and results of the first eight years of fieldwork of Projeto Flora Amazônica is given. This binational plant collecting program, sponsored by the Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico and the National Science Foundation, has mounted 25 expeditions to many parts of Brazilian Amazonia. Expeditions have visited both areas threatened with destruction of the forest and remote areas previously unknown botanically. The results have included the collection of 32,976 members of vascular plants, 16, 482 of cryptogams, as well as quantitative inventory of 18.67 hectares of forest with the collection of 7,294*** numbers of sterile vouncher collections. The non-inventory collections have been made in replicate sets of 10-13 where possible and divided equally between Brazilian and U.S. institutions. To date, 55 botanists from many different institutions and with many different specialities have taken part with 36 different Brazilian botanists. The resulting herbarioum material is just beginning to be worked up and many nem species have been collected as well as many interesting range extensions and extra material of many rare species.

Apresentamos um histórico e resultados dos primeiros oito anos de pesquisas do Projeto Flora Amazônica. Este programa binacional de coleta de plantas amazônicas patrocinado pelo CNPq e o National Science Foundation, possibilitou 25expedições em numerosas regiões da Amazônia brasileira. As expedições visitaram tanto áreas ameaçadas de desmatamento extensivo, como áreas longínquas pouco conhecidas botanicamente. Os resultados incluem a coleta de 32.976 números de plantas superiores, 16.482 criptó_ gamas e inventário quantitativo de 18,67 hectares de floresta, envolvendo a coleta de 7.294 exsicatas estéreis. As coletas feitas para herborização foram realizadas com 10 a 13 duplicatas, quando possível, e divididas igualmente entre instituições brasileiras e dos EUA. Até o final de 1984 tomaram parte 55botânicos convidados de diversas instituições estrangeiras em diversas áreas, de especialização, junto com 36 botânicos brasileiros. 0 material coletado está na fase inicial de identificação e estudo pelos especialistas. Entretanto, muitas espécies novas e novos registros geográficos já foram reconhecidos, e novo material de espécies tidas como raras está sendo incorporado nos acervos dos herbários.

Observations on the pollination of Rhabdodendron macrophyllum (Spruce ex Benth.) Huber

The species Rhabdodendron macrophyllum (Spr. ex Benth.) Hub. (Rhabdondendraceae) was observed in order to determine its pollination mechanism. Although it flowers around the year, there are flowering peaks when it is visited by several species of pollen-gathering bees. The principal floral visitors are two species of trigonid bees and one Melipona. The Melipona and one other visitor used the buzz method to extract pollen from the longitudinally dehiscent anthers. The trigonid bees collected pollen without buzzing. The flowers open around 6:00 a.m. and are available to the bess until about 10:30 a.m. Pollinator exclusion experiments showed that this species sets fruit equally by self fertilization.

A espécie Rhabdodendron macrophyllum (Spr. ex Benth.) Huber (Rhabdodendraceae) foi observada a fim de se determinar o seu mecanismo de polinização. Ela floresce durante o ano inteiro, porém, a época de maior floração é na estação chuvosa. Neste período de máxima floração, ela é visitada por diversas espécies de abelhas que coletam pólen. Os principais visitantes são duas espécies de Trigonini e uma do gênero Melipona. A Melipona e uma espécie rara, e maior, usam o método de vibração para extrair o pólen das anteras rimosas. As abelhas Trigonini colecionam pólen sem vibrar. Apesar de ser menos numerosa a Melipona é o agente polinizador mais eficiente. Ela visita mais flores por minuto, e mais plantas por minuto do que as Trigonini, e fica mais coberta com pólen devido à técnica vibratória de coleta de pólen. As flores de R. macrophyllum se abrem as 06:00 horas e estão disponíveis aos polinizadores até mais ou menos 10:30, quando murcham e as anteras começam a cair. Experimentos para excluir os insetos dessa possibilidade mostraram que a planta pode ser autofecundada porque havia igual número de frutos na inflorescência sem polinizadores.