Optimizing RT-PCR detection of SARS-CoV-2 for developing countries using pool testing / Optimización de la detección de SARS-CoV-2 mediante el análisis de muestras agrupadas

Abstract The global shortage of reagents and kits for nucleic acid extraction and molecular detection of SARS-CoV-2 requires new cost-effective strategies for the diagnosis of suspected COVID-19 cases, especially in countries that need to increase detection capacity. Pooled nucleic acid testing has been extensively used as a cost-effective strategy for HIV, HepB, HepC and influenza. Also, protocols dispensing of RNA extraction appears as an attractive option for detection of SARS-CoV-2. In this study, we found that pooling of 5 samples showed that CT variations were in the range of 1.0-4,5 units, with less likelihood of a false negative result. Results of the sample without nucleic acid ex-traction, was unsatisfactory, with a significant increase in CT values, and thus for risk of a false negative result. In conclusion, pooling nasopharyngeal samples with both automated and manual extraction proved reliable, and thus a potential efficient alternative for the diagnosis of suspected COVID-19 in developing countries.

Resumen La escasez mundial de reactivos para la extracción de ácidos nucleicos y la detección molecular de SARS-CoV-2 requiere de nuevas estrategias de mayor rendimiento para el diagnóstico de casos sospechosos de COVID-19, especialmente en países que necesitan aumentar su capacidad diagnóstica. La detección de ácidos nucleicos en muestras agrupadas o pool testing se ha utilizado ampliamente como una estrategia costo-efectiva para el VIH, hepatitis B, hepatitis C e influenza. Adicionalmente, los protocolos que no requieren extracción de ARN aparecen como una opción para la detección de SARS-CoV-2. En este trabajo, presentamos los resultados de una estrategia detección de SARS-CoV-2 en muestras agrupadas, que incluye diferentes métodos de extracción de ARN que puede ser una estrategia atractiva para los países en desarrollo. La agrupación de 5 muestras mostró variaciones CT en el rango de 1,0 a 4,5 unidades, con una baja probabilidad de obtener falsos negativos, a diferencias de los resultados agregando muestras agrupadas directamente en la reacción de amplificación de SARS-CoV-2. En conclusión, la agrupación de muestras nasofaríngeas, demostró ser un método confiable y, por lo tanto, una alternativa para aumentar el rendimiento en el diagnóstico de COVID-19 para países en desarrollo.

Presencia de Escherichia coli intracelular en mucosa intestinal de pacientes con Enfermedad Inflamatoria Intestinal y su asociación con características clínicas y el uso de corticosteroides / Presence of intracellular Escherichia coli in patients with inflammatory bowel disease

Background: Different strains of invasive Escherichia coli (E. coli), isolated from intestinal mucosa of patients, are related to the pathogenesis of inflammatory bowel diseases (IBD). Aim: To evaluate an association between intracellular E. coli and IBD; its clinical characteristics and use of steroids. Material and Methods: Sixty one patients with Crohn's disease and 83 with ulcerative colitis were studied. To determine the intracellular E. coli content, colonoscopy biopsies of these patients and 29 control subjects were processed using the gentamicin protection assay. Differences in the bacterial content between patient groups were evaluated using Mann-Whitney test, while the association between presence of E. coli with endoscopic activity, location/extension and use of corticosteroid as anti-inflammatory treatment were evaluated with Fisher's exact test or Chi-square test. Results: E. coli strains were detected in 36.1, 39.3 and 10.3% of patients with ulcerative colitis, Crohn's disease and controls, respectively. The number of bacteria per biopsy in Crohn's disease and ulcerative colitis was significantly higher than in controls (p < 0.01 between patients and controls). In ulcerative colitis, significant associations were found between the presence of bacteria and disease location and use of corticosteroids. In Crohn's disease, no association was found. Conclusions: IBD are associated with the presence of intracellular E. coli strains in the intestinal mucosa, suggesting an alteration in the microbiota or loss of integrity of the epithelial barrier. The association of intracellular E. coli with clinical features and the use of corticosteroids in ulcerative colitis suggests that different factors could promote colonization or proliferation of these bacteria.

Impacto en la dinámica familiar de niños oncológicos que asisten a tratamiento desde la séptima región a Santiago / Strike on familiar dynamics of children in oncological care, from seventh region to Santiago

El PINDA dependiente del Ministerio de Salud, es el programa nacional que registra y atiende a los pacientes pediátricos con patología oncológica. De acuerdo a la programación del PINDA, durante 1993-1999, se derivaron 34 pacientes pediátricos desde la séptima región para su tratamiento en el Hospital San Juan de Dios. Nuestro objetivo es dar a conocer las dificultades que ellos enfrentan junto a su familia, tales como, alojamiento, trabajo, constitución del grupo familiar, en general, consecuencias sociales y económicas que implican el traslado a Santiago. Se aplicó una encuesta retrospectiva para evaluar antecedentes personales y familiares. Al momento del diagnóstico, la edad de los menores fluctuaba entre 5- 14 años(20 niños, 14 niñas). Los diagnósticos más frecuentes fueron leucemia linfobástica aguda y linfoma de Hodgkins. En cuanto a estructura familia, 26 niños tenían un promedio de 1,7 hermanos, 61,76 por ciento correspondían a un grupo familiar nucleado. Todos provenían de localidades a más de 250 km. de Santiago. Un 67,6 por ciento de los niños venían acompañados por tan sólo su madre. Una vez en Santiago, el 63,6 por ciento residían con familiares y 9,1 por ciento debían pagar su alojamiento. Un 76,5 por ciento vivían fuera del área del hospital, 61,8 por ciento demoraban más de una hora en llegar a él. Un 17,7 por ciento de quienes aportaban los ingresos económicos perdieron su fuente laboral. Del total, un 15,5 por ciento no recibían ayuda económica, 64,71 por ciento debieron permanecer más de seis meses en la capital, mientras los hermanos quedaban a cargo de algún familiar, vecino, institución, o solos. Al término del tratamiento 4 familias se trasladaron definitivamente a Santiago. Los resultados obtenidos evidencian dificultades en el entorno socioeconómico del núcleo familiar, éste constituye uno de los pilares fundamentales en la red de apoyo al niño oncológico. Enfatizamos la necesidad de crear canales permanentes de ayuda, como la legislación de esta