Application of PolyPRep tools on HIV protease polyproteins using molecular docking / Aplicação da ferramenta PolyPRep em poliproteínas de protease de HIV usando docking molecular

Abstract In recent years, the development of high-throughput technologies for obtaining sequence data leveraged the possibility of analysis of protein data in silico. However, when it comes to viral polyprotein interaction studies, there is a gap in the representation of those proteins, given their size and length. The prepare for studies using state-of-the-art techniques such as Machine Learning, a good representation of such proteins is a must. We present an alternative to this problem, implementing a fragmentation and modeling protocol to prepare those polyproteins in the form of peptide fragments. Such procedure is made by several scripts, implemented together on the workflow we call PolyPRep, a tool written in Python script and available in GitHub. This software is freely available only for noncommercial users.

Resumo Nos últimos anos, o desenvolvimento de tecnologias de alto rendimento para obtenção de dados sequenciais potencializou a possibilidade de análise de dados proteicos in silico. No entanto, quando se trata de estudos de interação de poliproteínas virais, existe uma lacuna na representação dessas proteínas, devido ao seu tamanho e comprimento. Para estudos utilizando técnicas de ponta como o Aprendizado de Máquina, uma boa representação dessas proteínas é imprescindível. Apresentamos uma alternativa para este problema, implementando um protocolo de fragmentação e modelagem para preparar essas poliproteínas na forma de fragmentos de peptídeos. Tal procedimento é feito por diversos scripts, implementados em conjunto no workflow que chamamos de PolyPRep, uma ferramenta escrita em script Python e disponível no GitHub. Este software está disponível gratuitamente apenas para usuários não comerciais.

Morphophysiological changes of Acca sellowiana (Myrtaceae: Myrtoideae) saplings under shade gradient / Alterações morfofisiológicas em mudas de Acca sellowiana (Myrtaceae: Myrtoideae) sob gradiente de sombreamento

Abstract Understanding morphological and physiological changes under different light conditions in native fruit species in juveniles' stage is important, as it indicate the appropriate environment to achieve vigorous saplings. We aimed to verify growth and morphophysiological changes under shade gradient in feijoa (Acca sellowiana (O. Berg) Burret) to achieve good quality saplings adequate to improve cultivation in orchards. The saplings were grown for twenty-one-month under four shading treatments (0%, 30%, 50%, and 80%). Growth, photosynthetic pigments, gas exchanges, chlorophyll fluorescence, and leaf anatomy parameters were evaluated. Saplings under full sun and 30% shade had higher height and diameter growth and dry mass accumulation due to higher photosynthesis rate. As main acclimatization mechanisms in feijoa saplings under 80% shade were developed larger leaf area, reduced leaf blade thickness, and enhanced quantum yield of photosystem II. Even so, the net CO2 assimilation and the electron transport rate was lower and, consequently, there was a restriction on the growth and dry mass in saplings under deep shade. Therefore, to obtain higher quality feijoa saplings, we recommend that it be carried out in full sun or up to 30% shade, to maximize the sapling vigor in nurseries and, later, this light environment can also be used in orchards for favor growth and fruit production.

Resumo A verificação de mudanças morfológicas e fisiológicas sob diferentes condições luminosas em espécies frutíferas nativas em estágio juvenil é importante, uma vez que indicam o ambiente adequado para a formação de mudas com alto vigor. Objetivou-se verificar o crescimento e as alterações morfofisiológicas sob gradiente de sombreamento em mudas de feijoa (Acca sellowiana (O. Berg) Burret) para obter mudas de boa qualidade, adequadas para fomentar os plantios da espécie em pomares. As mudas foram cultivadas por vinte e um meses sob quatro tratamentos de sombreamento (0%, 30%, 50% e 80%). Foram avaliados parâmetros de crescimento, pigmentos fotossintéticos, trocas gasosas, fluorescência da clorofila e anatomia foliar. Mudas a pleno sol e 30% de sombra apresentaram maior crescimento em altura, diâmetro e acúmulo de massa seca, devido à maior taxa de fotossíntese. Como principais mecanismos de aclimatação sob 80% de sombra, as mudas desenvolveram maior área foliar, redução da espessura do limbo foliar e aumento do rendimento quântico do fotossistema II. Mesmo assim, a assimilação líquida de CO2 e a taxa de transporte de elétrons foram menores e, consequentemente, houve restrição ao crescimento e acúmulo de massa seca das mudas no maior nível de sombreamento. Portanto, para a obtenção de mudas de feijoa de maior qualidade, recomendamos que seja realizada a pleno sol ou até 30% de sombra, para maximizar o vigor das mudas em viveiros e, posteriormente, este ambiente de luz também pode ser utilizado em pomares para favorecer o crescimento e a produção de frutos.

Application of PolyPRep tools on HIV protease polyproteins using molecular docking

Abstract In recent years, the development of high-throughput technologies for obtaining sequence data leveraged the possibility of analysis of protein data in silico. However, when it comes to viral polyprotein interaction studies, there is a gap in the representation of those proteins, given their size and length. The prepare for studies using state-of-the-art techniques such as Machine Learning, a good representation of such proteins is a must. We present an alternative to this problem, implementing a fragmentation and modeling protocol to prepare those polyproteins in the form of peptide fragments. Such procedure is made by several scripts, implemented together on the workflow we call PolyPRep, a tool written in Python script and available in GitHub. This software is freely available only for noncommercial users.

Resumo Nos últimos anos, o desenvolvimento de tecnologias de alto rendimento para obtenção de dados sequenciais potencializou a possibilidade de análise de dados proteicos in silico. No entanto, quando se trata de estudos de interação de poliproteínas virais, existe uma lacuna na representação dessas proteínas, devido ao seu tamanho e comprimento. Para estudos utilizando técnicas de ponta como o Aprendizado de Máquina, uma boa representação dessas proteínas é imprescindível. Apresentamos uma alternativa para este problema, implementando um protocolo de fragmentação e modelagem para preparar essas poliproteínas na forma de fragmentos de peptídeos. Tal procedimento é feito por diversos scripts, implementados em conjunto no workflow que chamamos de PolyPRep, uma ferramenta escrita em script Python e disponível no GitHub. Este software está disponível gratuitamente apenas para usuários não comerciais.

Morphophysiological changes of Acca sellowiana (Myrtaceae: Myrtoideae) saplings under shade gradient

Abstract Understanding morphological and physiological changes under different light conditions in native fruit species in juveniles stage is important, as it indicate the appropriate environment to achieve vigorous saplings. We aimed to verify growth and morphophysiological changes under shade gradient in feijoa (Acca sellowiana (O. Berg) Burret) to achieve good quality saplings adequate to improve cultivation in orchards. The saplings were grown for twenty-one-month under four shading treatments (0%, 30%, 50%, and 80%). Growth, photosynthetic pigments, gas exchanges, chlorophyll fluorescence, and leaf anatomy parameters were evaluated. Saplings under full sun and 30% shade had higher height and diameter growth and dry mass accumulation due to higher photosynthesis rate. As main acclimatization mechanisms in feijoa saplings under 80% shade were developed larger leaf area, reduced leaf blade thickness, and enhanced quantum yield of photosystem II. Even so, the net CO2 assimilation and the electron transport rate was lower and, consequently, there was a restriction on the growth and dry mass in saplings under deep shade. Therefore, to obtain higher quality feijoa saplings, we recommend that it be carried out in full sun or up to 30% shade, to maximize the sapling vigor in nurseries and, later, this light environment can also be used in orchards for favor growth and fruit production.

Resumo A verificação de mudanças morfológicas e fisiológicas sob diferentes condições luminosas em espécies frutíferas nativas em estágio juvenil é importante, uma vez que indicam o ambiente adequado para a formação de mudas com alto vigor. Objetivou-se verificar o crescimento e as alterações morfofisiológicas sob gradiente de sombreamento em mudas de feijoa (Acca sellowiana (O. Berg) Burret) para obter mudas de boa qualidade, adequadas para fomentar os plantios da espécie em pomares. As mudas foram cultivadas por vinte e um meses sob quatro tratamentos de sombreamento (0%, 30%, 50% e 80%). Foram avaliados parâmetros de crescimento, pigmentos fotossintéticos, trocas gasosas, fluorescência da clorofila e anatomia foliar. Mudas a pleno sol e 30% de sombra apresentaram maior crescimento em altura, diâmetro e acúmulo de massa seca, devido à maior taxa de fotossíntese. Como principais mecanismos de aclimatação sob 80% de sombra, as mudas desenvolveram maior área foliar, redução da espessura do limbo foliar e aumento do rendimento quântico do fotossistema II. Mesmo assim, a assimilação líquida de CO2 e a taxa de transporte de elétrons foram menores e, consequentemente, houve restrição ao crescimento e acúmulo de massa seca das mudas no maior nível de sombreamento. Portanto, para a obtenção de mudas de feijoa de maior qualidade, recomendamos que seja realizada a pleno sol ou até 30% de sombra, para maximizar o vigor das mudas em viveiros e, posteriormente, este ambiente de luz também pode ser utilizado em pomares para favorecer o crescimento e a produção de frutos.

Avaliação hemogasométrica, bioquímica e hematológica de ovinos suplementados com melão / Effects of sudden intake of melon on blood gas, biochemical and hematological parameters of sheep

O presente trabalho avaliou os efeitos da administração de duas diferentes quantidades de melão sobre variáveis hemogasométricas, bioquímicas e hematológicas de ovinos não adaptados. Foram utilizados 12 ovinos canulados, pesando 25kg de peso vivo, que nunca receberam ração concentrada. Os animais receberam dieta à base de feno (2,3% do peso vivo) e água à vontade. Os ovinos foram distribuídos aleatoriamente em dois grupos e receberam 25% ou 75% da matéria seca (MS) da dieta de melão triturado (G25% e G75%, respectivamente) diretamente no rúmen. Foram realizadas coletas de sangue e determinação do pH ruminal nos seguintes tempos: zero, 3, 6, 12, 18 e 24 horas após oferecimento do melão. Foi realizada análise hemogasométrica, do volume globular, determinação da concentração plasmática de lactato-L, glicose e osmolaridade sérica. No G25%, o pH sanguíneo variou entre 7,40 e 7,31, enquanto o G75% apresentou pH entre 7,38 e 7,26. Maiores concentrações de glicose plasmática foram detectadas no G75% no T3, T6 e T12 (P<0,05). Os ovinos que receberam 25% de melão mantiveram parâmetros sanguíneos dentro da normalidade, ao passo que, no G75%, os ovinos apresentaram discreta acidose metabólica sistêmica e hiperglicemia. A suplementação com 25% de melão pode ser uma alternativa segura na alimentação de ovinos.

This study evaluated the effects of two different amounts of melon on blood gas, biochemical and hematological variables of sheep not adapted. We used 12 cannulated sheep weighing 25 kg which never received concentrate. The animals received hay-based diet (2.3% of body weight) and water ad libitum. The sheep were randomly divided into two groups and received 25% or 75% of the dry matter (DM) of the diet of crushed melon (G25% and G75%, respectively) directly into the rumen. Blood collection and determination of ruminal pH were made at the following times: zero, three, six, 12, 18 and 24 hours after administration of the fruit. In whole blood was performed blood gas analysis and packed cell volume; in the plasma it was determined the concentrations of L-Lactate and glucose and in the serum the osmolarity. At G25% the blood pH ranged between 7.40 and 7.31, while G75% showed pH between 7.38 and 7.26. Higher concentrations of plasma glucose were detected in G75% after 3, 6 and 12 hours (P <0.05). Sheep receiving 25% of melon showed blood parameters within the normal range, while in the G75%, sheep had a mild systemic metabolic acidosis and hyperglycemia.

Osteointegração da hidroxiapatita sintética no processo alveolar da mandíbula de cães: aspectos histológicos / Osteointegration of synthetic hydroxyapatite in alveolar process of mandible in dogs: histological aspects

Avaliou-se a hidroxiapatita sintética como substituto ósseo na regeneração do processo alveolar, utilizando-se 28 cães adultos hígidos, pesando entre 10 e 15kg, divididos em dois grupos. Foram criados defeitos de aproximadamente 6 x 5mm na superfície vestibular do processo alveolar até atingir a raiz do quarto pré-molar mandibular direito. Em um grupo, o defeito foi totalmente preenchido com hidroxiapatita sintética; o outro, sem tratamento, foi usado como controle. Aos 8, 15, 21, 42, 60, 90 e 120 dias, foram coletados fragmentos ósseos para a análise histológica sob microscopia óptica. Observou-se crescimento ósseo e vascular no interior dos poros de hidroxiapatita, intensa proliferação de osteoblastos e neovascularização na presença do implante. A biocompatibilidade da hidroxiapatita permitiu a sua integração com o processo alveolar por meio da formação direta de um osso lamelar. Ocorreu neoformação óssea à medida que a hidroxiapatita foi degradada.

The synthetic hydroxyapatite was evaluated as bone substitute in the regeneration of the alveolar process. Twenty-eight healthy adult dogs weighing from 10 to 15kg were divided into two groups. Defects around 6 x 5mm were provoked on the vestibular surface of the alveolar process until reaching the root of the fourth right mandibular premolar tooth. In one group the defect was totally infilled with synthetic hydroxyapatite, whereas the other untreated one was used as control. On days 8, 15, 21, 42, 60, 90 and 120, bone fragments were collected for the histological analysis under optical microscopy. The following results were observed: both bone and vascular growth inside the hydroxyapatite pores, intense osteoblast proliferations and neovascularization at the presence of the implant. The biocompatibility of the hydroxyapatite allowed its integration with the alveolar process by direct formation of a lamellar bone. The bone neoformation occurred as the hydroxyapatite was degraded.

IgE expression on the surface of B1 and B2 lymphocytes in experimental murine schistosomiasis

In a previous study we monitored the distribution and phenotype expression of B1 cells during the evolution of experimental murine schistosomiasis mansoni and we proposed that the B1 cells were heterogeneous: a fraction which originated in the spleen and followed the migratory pathway to mesenteric ganglia, while the other was the resident peritoneal B1-cell pool. In the present study, we have addressed the question of whether these two B1-lymphocyte populations are involved in the production of the late Ig isotype IgE, which is present in high levels in schistosomal infection. Lymphocyte expression of surface markers and immunoglobulins were monitored by immunofluorescence flow cytometry. Both in the spleen and mesenteric ganglia, the B1 and B2 cells were induced to switch from IgM to IgE in the early Th2-dominated phase of the disease, with an increase of IgE in its later phases. Conversely, peritoneal B1-IgM+ switched to the remaining IgE+ present in high numbers in the peritoneal cavity throughout the disease. We correlated the efficient induction of the expression of late Ig isotypes by B1 cells with high levels of inflammatory cytokines due to the intense host response to the presence of worms and their eggs in the abdominal cavity. In conclusion, B1 cells have a different switch behavior from IgM to IgE indicating that these cell sub-populations depend on the microenvironment.