GenoType MTBDRsl for detection of second-line drugs and ethambutol resistance in multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates at a high-throughput laboratory

We assessed the performance of MTBDRsl for detection of resistance to fluoroquinolones, aminoglycosides/cyclic peptides, and ethambutol compared to BACTEC MGIT 960 by subjecting simultaneously to both tests 385 phenotypically multidrug-resistant-Mycobacterium tuberculosis isolates from Sao Paulo, Brazil. Discordances were resolved by Sanger sequencing. MTBDRsl correctly detected 99.7% of the multidrug-resistant isolates, 87.8% of the pre-XDR, and 73.9% of the XDR. The assay showed sensitivity of 86.4%, 100%, 85.2% and 76.4% for fluoroquinolones, amikacin/kanamycin, capreomycin and ethambutol, respectively. Specificity was 100% for fluoroquinolones and aminoglycosides/cyclic peptides, and 93.6% for ethambutol. Most fluoroquinolone-discordances were due to mutations in genome regions not targeted by the MTBDRsl v. 1.0: gyrA_H70R and gyrB_R446C, D461N, D449V, and N488D. Capreomycin-resistant isolates with wild-type rrs results on MTBDRsl presented tlyA mutations. MTBDRsl presented good performance for detecting resistance to second-line drugs and ethambutol in clinical isolates. In our setting, multidrug-resistant. isolates presented mutations not targeted by the molecular assay.

Detection of Drug Resistant Mycobacterium Tuberculosis Strains Using Kit SIRE Nitratase®: a Multicenter Study

Abstract (1) Background: The Commercial Kit SIRE Nitratase® PlastLabor, is a drug susceptibility test kit used to detect Mycobacterium tuberculosis resistance to first-line TB treatment drugs. The present study aimed at evaluating its performance in a multicenter study. (2) Methods: To determine its accuracy, the proportion methods in Lowenstein Jensen medium or the BACTECTMMGITTM960 system was used as a gold standard. (3) Results: The study revealed that the respective accuracies of the kit with 190 M. tuberculosis clinical isolates, using the proportion methods in Lowenstein Jensen medium or BACTECTMMGITTM960 system as a gold standard, were 93.9% and 94.6%, 96.9% and 94.6%, 98.0% and 97.8%, and 98.0% and 98.9%, for streptomycin, isoniazid, rifampicin, and ethambutol, respectively. (4) Conclusion: Thus, the kit can rapidly screen resistance to streptomycin, isoniazid, rifampicin, and ethambutol. Additionally, it does not require sophisticated equipment; hence, it can be easily used in the laboratories of low and middle income countries.

Performance of an in-house real-time polymerase chain reaction for identification of Mycobacterium tuberculosis isolates in laboratory routine diagnosis from a high burden setting

Abstract Brazil is one of the high burden countries for tuberculosis, and a rapid diagnosis is essential for effective control of the disease. In the present study, an in-house real-time polymerase chain reaction (PCR) assay targeting the mpt64 gene for identification of Mycobacterium tuberculosis complex isolates was evaluated under routine diagnosis conditions in a reference laboratory. From May 2011 to July 2012, 1,520 isolates of mycobacteria were prospectively submitted for phenotypic and/or PRA-hsp65 identification and to real-time PCR. The mpt64 real-time PCR showed 99.7% sensitivity and 96% specificity and detected 79.4% of the cases missed by phenotypic and PRA-hsp65 identification. The in-house real-time PCR assay showed high sensitivity and specificity and was successfully implemented in the routine diagnosis of tuberculosis in a reference laboratory from a high burden setting.

Análise do comportamento de variantes fenotípicas de cepas de Mycobacterium avium em animais e macrófagos / Analysis of the behavior of phenotypic variants of Mycobacterium avium strains in animals and cells

Mycobacterium avium é uma bactéria ambiental e na classificação de patogenicidade está incluída entre as micobactérias potencialmente patogênicas, pois se trata de um patógeno oportunista em animais e humanos. O interesse em estudar fatores de virulência e patogenicidade destas bactérias aumentou após o isolamento de M. avium em amostras de pacientes portadores do vírus da Imunodeficiência Humana (HIV). O objetivo deste estudo foi isolar variantes de colônias de sete cepas de M. avium isoladas de fontes humanas e animais, caracterizadas molecularmente em nosso laboratório e avaliar o comportamento e a capacidade de multiplicação das variantes fenotípicas em experimentos com animais (hamster) e cultura de células (macrófagos). Nos cultivos iniciais, cinco das sete cepas (71,4 por cento) apresentaram variantes de colônias OP e TL e duas cepas (28,6 por cento) não apresentaram variações no fenótipo das colônias. As colônias OP recuperadas dos baços dos animais inoculados mantiveram a mesma morfologia, branca opaca e lisa, enquanto que houve alteração na mortologia nas variantes TL, de lisa transparente para rugosa transparente (TL-Rg). As variantes mantiveram a mesma identificação original por PRA-hsp65 e a mesma tipificação por RFLP-IS1245 após a passagem por animais. Com todas as cepas houve maior recuperação de UFC por grama de baço e maior índice de multiplicação intracelular com a variante TL quando comparada à variante OP. Foi avaliado o percentual de células infectadas nos dias O e 7. Houve aumento no percentual de macrófagos infectados no dia 7 com todas as cepas, com diferença estatisticamente significante em 5 das 12 variantes das cepas estudadas. Quanto ao número de bacilos por macrófago infectado, foi observado que no dia O a maioria dos macrófagos infectados com as variantes OP e TL albergaram de 1 a 15 bacilos enquanto que no dia 7 a quantidade de bacilos que os macrófagos albergaram foi distribuída em freqüências de 1 a mais que 50. Com todas as cepas, a variante TL apresentou uma tendência de distribuição nas freqüências mais elevadas quando comparada à distribuição da variante OP no dia 7. A variante TL das cepas do estudo apresentou maior capacidade de sobrevivência e multiplicação em experimentos in vivo e in vitro.

Avaliaçäo da virulência em hamsters (Mesocricetus auratus) de estirpes de Mycobacterium avium presentes na populaçäo de suínos do sul do Brasil / Evaluation of the virulence in hamsters (Mesocricetus auratus) of Mycobacterium avium strains from the swine population of the south of Brazil

Tendo sido comprovada a existência de quatro famílias molecularmente distintas de M. avium (PIG-A, B, C e D) circulando em suínos da regiäo sul do Brasil, e havendo dúvidas a respeito da importância da transmissäo horizontal como mecanismo de manutençäo da doença, o presente teve por objetivo estudar a virulência dessas estirpes, informaçäo importante para o aperfeiçoamento dos métodos de controle. Uma estirpe representante de cada família foi inoculada pela via intra-peritoneal em 48 hamsters com uma dose de 30.000 U.F.C. por animal. Após 2, 13, 26 e 40 dias da inoculaçäo (T1 a T4), 12 hamsters inoculados de cada família foram anestesiados, sacrificados e os agentes foram quantificados no fígado, baço e pulmäo. Os resultados foram expressos em número de U.F.C./g de órgäo. A presença das estirpes foi pesquisada no sangue e também foram realizados exames histológicos. As estirpes PIG-A, B, C e D induziram a formaçäo de lesöes granulomatosas no fígado e baço a partir do segundo dia pós-inoculaçäo e disseminaram-se pela via hemática, alcançando os pulmöes. O baço sempre apresentou maiores contagens de U.F.C., seguido pelo figado e pulmöes. Diferenças entre as estirpes foram constatadas através de análises das contagens de U.F.C de baço (T1: p<0,001; T2: p<0,001; T3: p<0,001 e T4: p<0,001), permitindo a construçäo da seguinte escala de virulência: PIG-B> PIG-A> PIG-D> PIG-C