Analysis of real time PCR amplification efficiencies from three genomic region of dengue virus / Análisis de las eficiencias de amplificación por PCR en tiempo real de tres regiones genómicas del virus dengue

Early diagnosis of dengue virus (DENV) infection represents a key factor in preventing clinical complications attributed to the disease. The aim of this study was to evaluate the amplification efficiencies of an in-house quantitative real time-PCR (qPCR) assay of DENV, using the non-structural conserved genomic region protein-5 (NS5) versus two genomic regions usually employed for virus detection, the capsid/pre-membrane region (C-prM) and the 3’-noncoding region (3’NC). One-hundred sixty seven acute phase serum samples from febrile patients were used for validation purposes. Results showed that the three genomic regions had similar amplification profiles and correlation coefficients (0.987-0.999). When isolated viruses were used, the NS5 region had the highest qPCR efficiencies for the four serotypes (98-100%). Amplification from acute serum samples showed that 41.1% (67/167) were positive for the universal assay by at least two of the selected genomic regions. The agreement rates between NS5/C-prM and NS5/3’NC regions were 56.7% and 97%, respectively. Amplification concordance values between C-prM/NS5 and NS5/3’NC regions showed a weak (k= 0.109; CI 95%) and a moderate (k= 0.489; CI 95%) efficiencies in amplification, respectively. Serotyping assay using a singleplex NS5-TaqMan® format was much more sensitive than the C-prM/SYBR Green® I protocol (76%). External evaluation showed a high sensitivity (100%), specificity (78%) and high agreement between the assays. According to the results, the NS5 genomic region provides the best genomic region for optimal detection and typification of DENV in clinical samples.

El diagnóstico precoz de la infección por el virus dengue (DENV) constituye un elemento clave para la prevención de las complicaciones clínicas propias de la enfermedad. El objetivo del estudio fue evaluar la detección de DENV mediante un ensayo cuantitativo de PCR-tiempo real (qPCR), desarrollado localmente, utilizando la región no-estructural-5 (NS5), versus dos regiones tradicionalmente empleadas para la detección del virus, la región cápside/pre-membrana (C-prM), y la región noncodificante-3’ (3’NC). Se recolectaron 167 muestras de suero de pacientes en fase aguda de la enfermedad. Las tres regiones génicas tuvieron perfiles de amplificación/coeficientes de correlación similares (0,987-0,999). Sin embargo, la región NS5 tuvo la eficiencia de amplificación más elevada para los cuatro serotipos (98-100%). Durante el proceso de validación, 41,1% (67/167) de las muestras de suero resultaron positivas para DENV al menos por dos de las regiones genómicas empleadas. Los valores de concordancia entre las regiones NS5/C-prM y NS5/3’NC fueron de 56,7% y 97%, respectivamente. La concordancia fue débil entre las regiones NS5/C-prM (k= 0,109; CI 95%), sin embargo, fue moderada entre las regiones NS5/3’NC (k= 0,489; CI 95%). El ensayo de tipificación uniplex en formato NS5/TaqMan® mostró alta sensibilidad (100%) que el protocolo C-prM/SYBRGreen®-I (76%). La validación externa del ensayo mostró una alta sensibilidad (100%), especificidad (78%) y acuerdo alto entre los ensayos utilizados. De acuerdo a los resultados obtenidos, la región NS5 ofrece la mayor opción para la detección y serotipificación del DENV en muestras clínicas.

Comparative analysis of three methods for HPV DNA detection in cervical samples / Análisis comparativo de tres métodos para la detección del ADN de VPH en muestras de cuello uterino

High risk HPV infection is considered to play a central role in cervical carcinogenesis. HPV DNA testing has shown to be a very useful tool for screening and following cervical infections. The aim of this study was to compare three methods for HPV DNA detection, along with cytology and colposcopy analysis. Cervical samples were collected from 100 sexually active women in Mérida, western Venezuela. HPV infection was screened using Hybrid-Capture 2 (HC2), L1-Nested-PCR and E6/E7-PCR assays. 40% of the samples (40/100) were HPV positive by at least one of the DNA detection methods. HC2 detected HPV in 12% specimens. L1- and E6/E7-PCRs showed 50% sensitivity and 77% specificity.The agreement rate between HC2 and both PCR assays was 65%. Kappa value showed moderate concordance between HC2 and both PCR methods (κ=0.55; CI 95%). Also moderate concordance was seen when L1- and E6/E7-PCRs were compared (κ=0.48; CI 95%). There was a significant association between the Schiller test and E6/E7-PCR (p=0.006) for HPV infection. An acceptable agreement between all three assays for HPV detection was observed. Nevertheless, different PCR formats need to be further analyzed in order to make the right choice of method for HPV testing.

La infección con VPH de alto riesgo es el principal factor etiológico asociado al desarrollo de carcinogénesis cervical y las pruebas de detección de ADN-VPH han mostrado ser una herramienta esencial para la pesquisa y seguimiento de estas infecciones. El objetivo del estudio ha sido comparar tres métodos para la detección del ADN viral, en combinación con los análisis colposcópico y citológico. Se obtuvieron muestras cervicales de 100 mujeres sexualmente activas, en Mérida, Venezuela. La detección de infecciones por VPH se realizó por Captura Híbrida 2 (CH2) y los ensayos de PCR “L1-Nested-PCR” y “E6/E7-PCR”. 40% de las muestras (40/100) fueron positivas para VPH por al menos uno de los métodos aplicados. 12% de las muestras analizadas fueron positivas para VPH por CH2. Las dos PCR utilizadas mostraron un 50% de sensibilidad y 77% de especificidad. La coincidencia observada entre CH2 y las dos PCR fue del 65%. La determinación del valor Kappa mostró una concordancia moderada entre CH2 y ambos métodos de PCR (κ=0,55; CI 95%). También existió concordancia moderada al comparar las PCR de las regiones L1 y E6/E7 de VPH (κ=0,48; CI 95%). Hubo una asociación significativa entre el resultado del test de Schiller y la PCR E6/E7 (p=0,006) para la infección por VPH. Se determinó una concordancia aceptable entre los tres métodos aplicados para la detección de VPH; sin embargo, las PCR deben ser analizadas en trabajos futuros con el fin de establecer las pruebas más adecuadas para la detección viral.