Desarrollo y validación del método de amplificación isotérmica mediada en lazo para la detección del virus Zika / Development and validation of loop-mediated isothermal amplification for the detection of the Zika virus

RESUMEN Se desarrolló un método de amplificación isotérmica mediada en lazo de transcriptasa inversa (RT-LAMP) para detectar Zika. Los primers se diseñaron basándose en la región NS5 de 64 genomas completos. Se usó reactivo LAMP liofilizado. Inicialmente, se probaron siete arbovirus diferentes y solo las muestras de Zika resultaron positivas. Además, las diluciones seriadas de una de los ARN de Zika se compararon mediante RT-LAMP y qRT-PCR, demostrando que RTLAMP es 1000 veces más sensible. También se evaluó 300 muestras de suero usando RT-LAMP y los resultados se compararon con los métodos de qRT-PCR estándar y obtuvimos un 99,3% (IC95%: 97,7 - 100,0) de sensibilidad, 100% (IC95%: 99,7 - 100,0) de especificidad, 100% (IC95%: 99,7 -100,0) de valor predictivo positivo y 99,3% (IC95%: 97,7 - 100,0) de valor predictivo negativo. En conclusión, este método brinda una alternativa de bajo costo, alto rendimiento, viabilidad y confiabilidad para el diagnóstico rápido de Zika en instalaciones de atención primaria de salud.

ABSTRACT A Reverse Transcription Loop-mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) method was developed to detect Zika. The primers were designed based on the NS5 region of 64 complete genomes. Lyophilized LAMP reagent was used. Initially, seven different arboviruses were tested and only Zika samples tested positive. Additionally, serial dilutions of one of Zika's RNA were compared using RT-LAMP and qRT-PCR, demonstrating that RT-LAMP is 1,000 times more sensitive. We also evaluated 300 serum samples with RT-LAMP comparing the results with standard qRT-PCR methods, and we obtained a 99.3% sensitivity, 100% specificity, 100% positive predictive value, and 99.3% negative predictive value. In conclusion, this method provides a low-cost, high-performance, viable, and reliable alternative for the rapid diagnosis of Zika in primary health-care facilities.

Use and evaluation of a line probe assay in patients with tuberculosis in Peru: 2011 and 2013 / Utilización y evaluación de un ensayo con sondas en línea en los pacientes con diagnóstico de tuberculosis en el Perú del 2011 al 2013

ABSTRACT Objective To determine the use and performance of a line probe assay (LPA) compared with conventional culture and drug sensitivity testing (CDST) in patients registered with tuberculosis (TB) under routine program conditions in Peru in 2011–2013. Methods This was a descriptive, operational research, cross-sectional study of sputum specimens from patients with smear-positive pulmonary TB and mycobacterial cultures from patients with smear-negative or positive TB. Drug resistance to rifampicin and/or isoniazid detected by LPA was compared to CDST. Sensitivity, specificity, and predictive values were calculated and reliability for detecting drug resistance was assessed through kappa coefficient, with values 0.61–0.80 showing substantial correlation, and 0.81 or above showing almost-perfect correlation. Results In 2011–2013, there were 16 169 LPA tests performed, with the proportion of TB patients receiving the test increasing from 3.2% to 30.2%. In all, 2 905 LPA test results were compared to CDST. For LPA in sputum specimens, sensitivity for rifampicin was 92%; isoniazid, 94%; and MDR-TB, 88%; while specificity for rifampicin was 92%; isoniazid, 92%; and MDR-TB, 95%. For LPA in mycobacterial cultures, sensitivity for rifampicin was 95%; isoniazid, 96%; and MDR-TB, 90%; while specificity for rifampicin was 85%; isoniazid, 91%; and MDR-TB, 94%. Kappa coefficients were at 0.81 or above for all comparisons of LPA with CDST using sputum specimens and cultures, except for isoniazid in cultures, which was at 0.79. Conclusions This study suggests that LPA is a reliable and rapid screening test for drug-resistant TB and should be considered suitable for routine use and scale up in Peru.

RESUMEN Objetivo Definir la utilización de un ensayo con sondas en línea y evaluar su desempeño, en comparación con el método convencional de cultivo y antibiograma, en los pacientes registrados con tuberculosis en condiciones programáticas en el Perú del 2011 al 2013. Métodos Investigación operativa descriptiva con un estudio transversal de las muestras de esputo de los pacientes con diagnóstico de tuberculosis pulmonar y baciloscopia positiva y de los cultivos de micobacterias de los pacientes con tuberculosis y baciloscopia positiva o negativa. La farmacorresistencia a la rifampicina, la isoniacida o a ambas, detectada mediante el ensayo con sondas en línea, se comparó con los resultados obtenidos por el método de cultivo y antibiograma. Se calculó la sensibilidad, la especificidad y los valores predictivos del ensayo con sondas en línea y se evaluó su fiabilidad en la detección de la farmacorresistencia mediante el coeficiente k, cuyos valores de 0,61 a 0,80 correspondían a una fuerte correlación y los valores de 0,81 o superiores reflejaban una correlación casi perfecta. Resultados Del 2011 al 2013 se practicaron 16 169 ensayos con sondas en línea, y la proporción de pacientes con diagnóstico de tuberculosis en quienes se practicaba aumentó de 3,2% a 30,2%. En total, se compararon 2 905 resultados del ensayo molecular con el método convencional. En las muestras de esputo, el ensayo molecular ofreció una sensibilidad de 92% para la resistencia a la rifampicina, 94% a la isoniacida y 88% para la tuberculosis multirresistente; su especificidad fue 92% con respecto a la rifampicina, 92% a la isoniacida y 95% a la tuberculosis multirresistente. En los cultivos de micobacterias, el ensayo con sondas en línea mostró una sensibilidad de 95% para la resistencia a la rifampicina, 96% a la isoniacida y 90% para la tuberculosis multirresistente; la especificidad fue 85% para la rifampicina, 91% para la isoniacida y 94% para la tuberculosis multirresistente. El coeficiente k fue 0,81 o superior en todas las comparaciones del ensayo molecular con el método tradicional cuando se usaron muestras de esputo y cultivo, excepto con la isoniacida en cultivo, cuyo coeficiente fue 0,79. Conclusiones Los resultados del presente estudio indican que el ensayo con sondas en línea constituye una prueba de detección fiable y rápida para la tuberculosis multirresistente, y se debe considerar apropiada su utilización en la práctica de rutina y la ampliación de su empleo en el Perú.

Avaliação de espécies leguminosas na formação de cafezais no segmento da agricultura familiar no Acre / Evaluation of legume species for coffee plants formation in the segment of family farms in Acre

Leguminosas quando consorciadas com o café e usadas como adubação verde podem contribuir fornecendo nitrogênio e proteção ao solo pela adição de matéria orgânica. O trabalho foi conduzido com o objetivo de avaliar o efeito do uso de leguminosas no sistema de produção de café, no segmento de agricultura familiar, visando promover a implantação e a manutenção dos cafezais de forma técnica e economicamente sustentável. O experimento foi conduzido no período de novembro de 2000 a abril de 2003, em delineamento experimental de blocos ao acaso em esquema de parcelas subdivididas, com quatro repetições. Os tratamentos utilizados nas parcelas foram as leguminosas (Stizolobium atterrimum, Cajanus cajan, Canavalia endiformis e Flemingia congesta) e a testemunha (sem leguminosa) e, nas subparcelas, duas doses de N (0 e 22 g de N por cova). A Flemingia congesta e a Mucuna aterrima foram as leguminosas que mais influenciaram positivamente a produtividade dos cafeeiros, independente da adubação nitrogenada. Em relação à testemunha, o aumento em produção foi de 109 por cento quando utilizou-se a Flemingia congesta e 52 por cento com a Mucuna aterrima. A Flemingia congesta foi também a leguminosa que melhor controlou as invasoras, dado o volume de fitomassa produzida e a possibilidade de 2 cortes durante um período de doze meses, evidenciando o potencial desta leguminosa na formação de novos cafezais no Acre. Por outro lado, a Canavalia ensiformis, leguminosa que é normalmente utilizada nas entrelinhas dos cafeeiros pelos cafeicultores, do Acre e de outras regiões produtoras, neste trabalho influenciou negativamente a altura das plantas, diâmetro da copa e crescimento dos cafeeiros.

Ocorrência da mosca-do-sorgo Stenodiplosis sorghicola (Coquillett) (Diptera: Cecidomyiidae) em genótipos de sorgo em Rio Branco, AC, Brasil / Occurrence of sorghum midge Stenodiplosis sorghicola (Coquillett) (Diptera: Cecidomyiidae) on sorghum genotypes in Rio Branco, AC, Brazil

Este trabalho relata a primeira ocorrência de Stenodiplosis sorghicola (Coquillett) no Estado do Acre, Brasil, e a incidência dessa praga em diferentes genótipos de sorgo. Panículas foram coletadas dez dias após o início do florescimento e colocadas em caixas de emergência. S. sorghicola ocorreu em sorgo forrageiro e granífero, sendo a incidência maior no primeiro, no qual o genótipo 698005 foi o mais atacado. A presença de S. sorghicola, em plantios experimentais de sorgo no Acre, revela que tal inseto ocorre na regiäo, sobrevivendo, provavelmente, em outras espécies do gênero Sorghum