Alternative workflow for COVID-19 diagnosis using direct RT-PCR screening

Objective: COVID-19 is presently the most serious public health concern and diagnosis is a principal tool for controlling and monitoring the spread of the disease. This study aimed to evaluate the efficiency of direct RT-PCR (dRT-PCR) for detection of SARS-CoV-2. Methods: Twenty-seven nasopharyngeal swabs from symptomatic individuals were evaluated. Standard RT-PCR was conducted, and for dRT-PCR the samples were preheated before amplification. Results: Positive agreement was 63.2% and negative agreement was 100%, being moderately in accord. Conclusion: dRT-PCR may be an alternative for screening symptomatic patients and a reliable option during an eventual shortage of viral RNA purification kits.

Objetivo: A COVID-19 é atualmente um sério problema de saúde pública e o diagnóstico é a principal ferramenta para controlar e monitorar a propagação da doença. Este estudo teve como objetivo avaliar a eficiência da RT-PCR direta (dRT-PCR) para detecção do SARS-CoV-2. Métodos: Vinte e sete amostras de swab nasofaríngeo de indivíduos sintomáticos foram avaliados. A RT-PCR padrão foi realizada e para a dRT-PCR as amostras foram pré-aquecidas antes da amplificação. Resultados: A concordância positiva foi de 63,2% e a concordância negativa foi de 100%, sendo moderadamente concordante. Conclusão: A dRT-PCR pode ser uma alternativa para a triagem de pacientes sintomáticos e uma opção confiável durante uma eventual escassez de kits de purificação de RNA viral.

Detection of Perkinsus marinus in the oyster Crassostrea rhizophorae in southern Bahia by proteomic analysis / Detecção de Perkinsus marinus na ostra Crassostrea rhizophorae do sul da Bahia por análise proteômica

This study reports the presence of the pathogen Perkinsus marinus, notifiable to the World Organization for Animal Health (Office International des Èpizooties = OIE) in the oyster Crassostrea rhizophorae in southern Bahia via proteomic analysis. We analyzed Crassostrea brasiliana from a long-line cultivation system and C. rhizophorae from an adjacent mangrove in Porto do Campo, Camamu Bay, Bahia, Brazil. The collections (n = 100) were performed in October 2012. In the laboratory, the oysters were measured and opened to remove the meat, which was steeped in dry ice. For extraction of proteins, adaptation of a protocol used for mussels was used, after which separation in the first dimension was taken by isoelectric focusing (IEF). The peptides were transferred to a Mass Spectrometer. The obtained spectra were analyzed with the ProteinLynx Global Server 4.2 software tool and also by MASCOT (Matrix Science) and compared to the databases of the SWISSPROT and NCBI, respectively. The identification was evidenced by beta-tubulin, Perkinsus marinus ATCC 50983 and protein homology code in the database NCBI = gi | 294889481. This is the first record of P. marinus in Bahia and the fourth in Brazil.(AU)

Este estudo relata a presença do patógeno Perkinsus marinus, de notificação obrigatória à Organização Internacional de Epizootias (OIE) na ostra Crassostrea rhizophorae no sul da Bahia, via análise proteômica. Foram analisadas as ostras Crassostrea brasiliana de um cultivo em espinhel e C. rhizophorae de um manguezal adjacente, na localidade de Porto do Campo, Baía de Camamu, Bahia. As coletas (n = 100) foram efetuadas em outubro de 2012. Em laboratório, as ostras foram medidas e abertas para a retirada da carne, que foi macerada em gelo seco. Para a extração das proteínas, foi adotada a adaptação de um protocolo utilizado para mexilhões, após o que foi realizada a separação na primeira dimensão, por focalização isoelétrica (IEF). Os peptídeos foram transferidos para um Espectrômetro de Massas. Os espectros obtidos foram analisados no software ProteinLynx Global Server 4.2 e também pela ferramenta MASCOT (Matrix Science) e comparados com os bancos de dados do SWISSPROT e do NCBI, respectivamente. A identificação foi evidenciada por meio da beta-tubulina, homologia Perkinsus marinus ATCC 50983 e código da proteína no banco de dados NCBI = gi|294889481. Este é o primeiro registro de P. marinus na Bahia e o quarto no Brasil.(AU)