Investigación traslacional en microbioma (InTraMic): un área de interés común y creciente en el IMTIB, Hospital Italiano e Instituto Universitario / Translational research in microbiome (InTraMic): an area of common and growing interest at IMTIB, Hospital Italiano and Instituto Universitario

Se estima que aproximadamente 100 trillones de microorganismos (incluidos bacterias, virus y hongos) residen en el intestino humano adulto y que el total del material genético del microbioma es 100 veces superior al del genoma humano. Esta comunidad, conocida como microbioma se adquiere al momento del nacimiento a través de la flora comensal de la piel, vagina y heces de la madre y se mantiene relativamente estable a partir de los dos años desempeñando un papel crítico tanto en el estado de salud como en la enfermedad. El desarrollo de nuevas tecnologías, como los secuenciadores de próxima generación (NGS), permiten actualmente realizar un estudio mucho más preciso de ella que en décadas pasadas cuando se limitaba a su cultivo. Si bien esto ha llevado a un crecimiento exponencial en las publicaciones, los datos sobre las poblaciones Latinoamérica son casi inexistentes. La investigación traslacional en microbioma (InTraMic) es una de las líneas que se desarrollan en el Instituto de Medicina Traslacional e Ingeniería Biomédica (IMTIB). Esta se inició en 2018 con la línea de cáncer colorrectal (CCR) en una colaboración con el Colorectal Cancer Research Group del Leeds Institute of Medical Research en el proyecto Large bowel microbiome disease network: Creation of a proof of principle exemplar in colorectal cancer across three continents. A fines de 2019 se cumplió el objetivo de comprobar la factibilidad de la recolección, envío y análisis de muestras de MBF en 5 continentes, incluyendo muestras provenientes de la Argentina, Chile, India y Vietnam. Luego de haber participado de capacitaciones en Inglaterra, se ha cumplido con el objetivo de la etapa piloto, logrando efectivizar la recolección, envío y análisis metagenómico a partir de la secuenciación de la región V4 del ARNr 16S. En 2019, la línea de enfermedad de hígado graso no alcohólico se sumó a la InTraMic iniciando una caracterización piloto en el marco de una colaboración con el laboratorio Novartis. Los resultados de ese estudio, así como el de cáncer colorrectal, están siendo enviados a publicación. En 2020, con la incorporación de la línea de trasplante alogénico de células progenitoras hematopoyéticas, fue presentado un proyecto para un subsidio del CONICET que ha superado la primera etapa de evaluación. En el presente artículo se brinda una actualización sobre la caracterización taxonómica de microbioma y se describen las líneas de investigación en curso. (AU)

It is estimated that approximately 100 trillion microorganisms (including bacteria, viruses, and fungi) reside in the adult human intestine, and that the total genetic material of the microbiome is 100 times greater than that of the human genome. This community, known as the microbiome, is acquired at birth through the commensal flora of the mother's skin, vagina, and feces and remains relatively stable after two years, playing a critical role in both the state of health and in disease. The development of new technologies, such as next-generation sequencers (NGS), currently allow for a much more precise study of it than in past decades when it was limited to cultivation. Although this has led to exponential growth in publications, data on Latin American populations is almost non-existent. Translational research in microbiome (InTraMic) is one of the lines developed at the Instituto de Medicina Traslacional e Ingeniería Biomédica (IMTIB). This started in 2018 with the Colorectal Cancer Line (CRC) in a collaboration with the Colorectal Cancer Research Group of the Leeds Institute of Medical Research in the project "Large bowel microbiome disease network: Creation of a proof of principle exemplar in colorectal cancer across three continents". At the end of 2019, the objective of verifying the feasibility of collecting, sending and analyzing MBF samples on 5 continents, including samples from Argentina, Chile, India and Vietnam, was met. After having participated in training in England, the objective of the pilot stage has been met, achieving the collection, delivery and metagenomic analysis from the sequencing of the V4 region of the 16S rRNA. In 2019, the non-alcoholic fatty liver disease line joined InTraMic, initiating a pilot characterization in the framework of a collaboration with the Novartis laboratory. The results of that study, as well as that of colorectal cancer, are being published. In 2020, with the incorporation of the allogeneic hematopoietic stem cell transplantation line, a project was presented for a grant from the CONICET that has passed the first stage of evaluation. This article provides an update on the taxonomic characterization of the microbiome and describes the lines of ongoing research. (AU)

Síndrome de Lynch: impacto de la caracterización de familias en base a estudios genéticos / Lynch syndrome: impact of the characterization of families based on genetic studies

El objetivo de este trabajo fue caracterizar demográfica y molecularmente las familias con diagnóstico de síndrome de Lynch en base a estudios genéticos. Se utilizó la base prospectiva del Registro de Epidemiología Molecular de Cáncer Colorrectal (REM-CCR) del Hospital Italiano de Buenos Aires (Clinical trials.gov NCT02781337). El criterio de inclusión fue que tuvieran hecho un estudio genético entre 1996 y 2017 (secuenciación y/o determinación de grandes rearreglos de al menos un gen reparador de error de apareamiento). Se analizaron 50 familias con los criterios de Amsterdam. En 23 (46%) se identificaron variantes patogénicas (n=19) y probablemente patogénicas (n=2). El 28.6% de las variantes patogénicas fueron originalmente descritas en esta serie, entre ellas la variante c.1911del en el exón 12 de MSH2 identificada en una familia con agregación de cáncer de mama. Fue identificada una mutación fundadora de Piamonte, Italia (c.2252_2253del). Los genes afectados incluyeron MSH2 (13 variantes) MLH1 (9 variantes) y PMS2 (1 variante). La tasa de detección de mutaciones fue del 46%. Entre las familias con mutación identificada (n=23), se detectó una edad mediana de inicio del cáncer menor (46 vs. 50 años, p=0.02) y mayor incidencia de tumores extra-colorrectales (90.5% vs. 45.8%, p <0.01), que las 27 sin mutaciones. La implementación de estudios genéticos permitió caracterizar variables demográficas en base a la identificación de mutaciones germinales asociadas al síndrome de Lynch, identificándose dos grupos diferenciados por la edad de afectación y la incidencia de tumores extracolónicos (AU)

The aim of this study was to characterize demographically and molecularly families diagnosed with Lynch syndrome based on genetic studies. Families with a genetic study performed between 1996 and 2017 (sequencing and/or determination of large rearrangements of a mismatch repair gene at least) were selected from the prospective database REM-CCR of Hospital Italiano de Buenos Aires (Clinical trials. Gov NCT02781337). Fifty families fulfilled Amsterdam criteria were analyzed. Pathogenic variants were found in 23 out of 50 (46%) families, being 21 pathogenic and 2 likely pathogenic. The 28.6% of the pathogenic variants were originally described in this series. Among them, the variant c.1911del in MSH2 in a family with breast cancer aggregation and a founder MLH1 mutation from Piedmont, Italy (c.2252_2253del) were identified. Affected genes include MSH2 (13 variants), MLH1 (9 variants), PMS2 (1 variant). Mutations detection rates was 46%. Those families with an identified mutation (n=23) had a lower median age of cancer onset (46 vs. 50 years, p=0.02) and a higher incidence of extra-colorectal tumors (90.5% vs. 45.8%, p<0.01) than those without identified mutations (n=27). The implementation of genetic studies allowed characterizing demographic variables based on the identification of germline mutations associated with Lynch syndrome. Two groups, Síndrome de Lynch: impacto de la caracterización de familias en base a estudios genéticos 3 differentiated by the age of cancer onset and the incidence of extracolonic tumors were characterized (AU)

Mutación fundadora en síndrome de Lynch tipo II / Founder mutation in Lynch syndrome

El síndrome de Lynch es la más frecuente de las neoplasias colorrectales hereditarias. Se origina por mutaciones germinales deletéreas familia-específicas en los genes que codifican proteínas de reparación del ADN: MLH1 (homólogo humano de mutL), MSH2 y MSH6 (homólogo humano de mutS 2 y 6, respectivamente), PMS2 (homólogo humano de PMS1 2) y MUTYH (homólogo humano de la ADN-glycosilasa mutY). La mutación c.2252_2253delAA, p.Lys751Serfs*3 en el exón 19 del gen MLH1 segrega con un haplotipo descripto en la región norte de Italia y cuyo origen fue atribuido a un efecto fundador. Esta mutación co-segrega con características típicas del síndrome de Lynch, incluyendo afectación temprana y múltiples tumores primarios en el mismo individuo, una alta frecuencia de cáncer pancreático, elevada inestabilidad microsatelital y falta de expresión de PMS2. En el presente trabajo se comunica dicha mutación en una paciente argentina con adenocarcinoma endometroide de útero en cuya historia familiar existen antecedentes de cáncer de colon diagnosticado antes de los 50 años en familiares de primer grado, reuniendo los criterios de Ámsterdam I y síndrome de Lynch II. Los polimorfismos presentes en la paciente coinciden con el haplotipo descripto en una región del norte de Italia. El alto grado de patogenicidad asociada a esta mutación hace imprescindible el estudio de todos los integrantes de las familias con cáncer hereditario permitiendo el diagnóstico genético pre-sintomático, la instauración de tratamientos o conductas preventivas y su seguimiento.

Lynch syndrome is the most frequent syndrome in hereditary colorectal cancer, a family-specific deleterious mutations in genes encoding DNA reparation proteins: MLH1 (mutL homolog 1), MSH2, MSH6 (mutS homolog 2 y 6, respectively), PMS2 (PMS1 homolog 2, mismatch repair system component) y MUTYH (mutY DNA glycosylase).The c.2252_2253delAA, p.Lys751Serfs*3 mutation in MLH1 gene segregates with a haplotype reported in the northern region of Italy and whose origin was attributed to a founder effect. This mutation co-segregates with typical characteristics of Lynch syndrome, including early age at onset and multiple primary tumors in the same individual, a high frequency of pancreatic cancer, high microsatellite instability and lack of PMS2 expression. This report describes a mutation in an Argentinian patient with endometrioid adenocarcinoma of uterus. Her first-degree relatives had a history of colon cancer diagnosed before 50 years, fulfilling the Amsterdam Criteria I and Lynch syndrome II. The high pathogenicity associated to this mutation makes necessary the study of all members from families with hereditary cancer, allowing pre-symptomatic genetic diagnosis, early assessment and the instauration of preventive treatments.