RESUMO
La antracnosis en ñame, causada por el hongo Colletotrichum gloeosporioides, es una enfermedad relevante que posee el potencial de destruir el 100% de la cosecha, convirtiéndose en la principal limitante fitosanitaria para el rendimiento del cultivo en el país. Esta es una situación preocupante considerando que aproximadamente 35.000 familias de pequeños y medianos agricultores de la Costa Atlántica Colombiana subsisten de este cultivo; es por esto que el objetivo de este trabajo fue caracterizar molecularmente 42 aislamientos del hongo procedentes de plantas de ñame con síntomas de la enfermedad, utilizando la técnica molecular "DNA Amplification Fingerprinting (DAF)", caracterizada por su resolución en la determinación de la variabilidad genética de diferentes organismos. Para la determinación de polimorfismos, se amplificaron 16 marcadores DAF implementando iniciadores tipo decámero, los cuales fueron visualizados por electroforesis en microchip con el equipo MCE-202 MultiNA. Se evaluó la reproducibilidad de la técnica DAF. La amplificación arrojó 391 bandas inequívocamente polimórficas en todas las muestras, el coeficiente de Dice identificó cinco grupos con 0.30% de similaridad y el índice de diversidad genética fue de 0.28; datos que reflejan un alto grado de variabilidad en la colección estudiada de C. gloeosporioides. Ésta puede deberse, al intercambio de germoplasma, a su condición heterotálica, a las mutaciones y al alto potencial de dispersión de las conidias que le permiten mantener la viabilidad bajo condiciones adversas. Por último, se encontró que DAF es una técnica reproducible, confirmando que es una metodología fiable para la caracterización molecular de hongos.
Yam anthracnose, caused by the fungus Colletotrichum gloeosporioides, is a significant disease that has the potential to destroy harvests in 100%, causing the decrease in crop yields nationally. Consequently, its situation affects approximately 35.000 families of small farmers the Atlantic Coast for whom it is the livelihoods. Due to above, the objective of this work was to perform the molecular characterize of 42 C. gloeosporioides isolates from yam plants with symptoms of the disease, using the molecular technique "DNA Amplification Fingerprinting (DAF)" useful for its resolution in determining the genetic variability of different organisms. For polymorphisms determination, were amplified 16 DAF markers by using primers decamers type, the banding patron was visualized by electrophoresis in microchip 202 MCE-MultiNA equipment also, we assessed of DAF technique reproducibility. The amplification process yielded 391 unequivocally polymorphic bands in all samples, Through Dice coefficient we identified five groups with 0.30% of similarity and a genetic diversity index of 0.28. Our data show a high degree of variability in the collection of C. gloeosporioides studied. The high variability could be due to several reasons like germplasm exchanges, the heterothallic condition of fungal isolates, a presence of mutations and the high potential for conidia dispersal that allow it to maintain its viability under adverse conditions. Finally, we found that DAF technique is reproducible, confirming that it is a reliable methodology for the fungi molecular characterization.
RESUMO
Un elemento esencial en la investigación con microorganismos fitopatógenos es su conservación y uso seguro.Desde este punto de vista, en este estudio se evaluaron métodos de conservación de hongos que atacanel ñame, empleando como factores de respuesta el potencial de viabilidad, y la estabilidad y presencia o ausenciade cambios en las características macro y microscópicas. Como resultado del trabajo se proponen los métodos más adecuados para los géneros Colletotrichum y Fusarium, hongos causantes de las mayores pérdidasen las plantaciones de ñame en la Costa Caribe colombiana. Las cepas utilizadas en este estudio provienen de las colecciones de la Universidad de Sucre, del Instituto de Biotecnología de la Universidad Nacional de Colombia (IBUN) y de una donación de la doctora Lucía Afanador de la Universidad Nacional, Sede Medellín.Estas fueron sometidas a diferentes métodos de conservación, entre ellos criopreservación, liofilizacióny cultivo periódico con y sin aceite mineral. Los resultados obtenidos permitieron elegir la criopreservacióncomo el método más eficiente para la conservación de la colección, y el cultivo periódico con aceite mineralcomo método alternativo y complementario. Estos minimizan el riesgo de pérdida del material biológico y brindan condiciones de manejo que conservan las características biológicas bajo estudio desde campos comola microbiología, la bioquímica y la biología molecular, entre otros.
An essential element in phytopathogenic microorganism research is their preservation and safe use. The purposeof this study was to evaluate methods for preserving fungi producing diseases in yam, using potential viability, stability and the presence or absence of macro- and microscopic characteristic changes as response factors. More suitable methods for Colletotrichum and Fusarium genera were proposed as a result of the work; these are fungi causing the greatest losses in yam plantations on the Colombian Caribbean Coast. The strains used in this study came from collections kept at the University of Sucre and the Universidad Nacional de Colombias Institute of Biotechnology (IBUN) in Bogota and a donation from Dr Lucia Afanador from the Universidad Nacional in Medellín. These strains were subjected to different preservation methods, including cryopreservation, lyophilisation and periodic culture with and without mineral oil. The results led to choosing cryopreservation as the most efficient method for preserving the collection and the periodic culture withmineral oil as an alternative and complementary method. These minimised the risk of biological material loss and provided handling conditions conserving the biological characteristics of the fungi being studied from the fields of microbiology, biochemistry and molecular biology.