Automated extraction of information from free text of Spanish oncology pathology reports

Background: Pathology reports are stored as unstructured, ungrammatical, fragmented, and abbreviated free text with linguistic variability among pathologists. For this reason, tumor information extraction requires a significant human effort. Recording data in an efficient and high-quality format is essential in implementing and establishing a hospital-based-cancer registry Objective: This study aimed to describe implementing a natural language processing algorithm for oncology pathology reports. Methods: An algorithm was developed to process oncology pathology reports in Spanish to extract 20 medical descriptors. The approach is based on the successive coincidence of regular expressions. Results: The validation was performed with 140 pathological reports. The topography identification was performed manually by humans and the algorithm in all reports. The human identified morphology in 138 reports and by the algorithm in 137. The average fuzzy matching score was 68.3 for Topography and 89.5 for Morphology. Conclusions: A preliminary algorithm validation against human extraction was performed over a small set of reports with satisfactory results. This shows that a regular-expression approach can accurately and precisely extract multiple specimen attributes from free-text Spanish pathology reports. Additionally, we developed a website to facilitate collaborative validation at a larger scale which may be helpful for future research on the subject.

Introducción: Los reportes de patología están almacenados como texto libre sin estructura, gramática, fragmentados o abreviados, con variabilidad lingüística entre patólogos. Por esta razón, la extracción de información de tumores requiere un esfuerzo humano significativo. Almacenar información en un formato eficiente y de alta calidad es esencial para implementar y establecer un registro hospitalario de cáncer. Objetivo: Este estudio busca describir la implementación de un algoritmo de Procesamiento de Lenguaje Natural para reportes de patología oncológica. Métodos: Desarrollamos un algoritmo para procesar reportes de patología oncológica en Español, con el objetivo de extraer 20 descriptores médicos. El abordaje se basa en la coincidencia sucesiva de expresiones regulares. Resultados: La validación se hizo con 140 reportes de patología. La identificación topográfica se realizó por humanos y por el algoritmo en todos los reportes. La morfología fue identificada por humanos en 138 reportes y por el algoritmo en 137. El valor de coincidencias parciales (fuzzy matches) promedio fue de 68.3 para Topografía y 89.5 para Morfología. Conclusiones: Se hizo una validación preliminar del algoritmo contra extracción humana sobre un pequeño grupo de reportes, con resultados satisfactorios. Esto muestra que múltiples atributos del espécimen pueden ser extraídos de manera precisa de texto libre de reportes de patología en Español, usando un abordaje de expresiones regulares. Adicionalmente, desarrollamos una página web para facilitar la validación colaborativa a gran escala, lo que puede ser beneficioso para futuras investigaciones en el tema.

Eficiencia en organizaciones prestadoras de servicios de salud: ilustración de casos en el contexto colombiano

Los sistemas de salud comparten una preocupación mundial: la sostenibilidad financiera. El costo de oportunidad de los recursos públicos en escenarios de escasez demanda de académicos, hacedores de políticas y administradores en salud para buscar ineficiencias y corregirlas. Este artículo presenta un resumen de literatura de marcos conceptuales para entender e identificar ineficiencias en los sistemas de salud. También resume algunos hallazgos para Colombia, publicados en la literatura gris, e ilustra ejemplos de detección y corrección de ineficiencias en el ámbito de la prestación de servicios de salud en el país. En la mayoría de los casos ilustrados no se requieren cuantiosas inversiones; en su lugar, se requiere voluntad y liderazgo para la integración y coordinación de equipos de trabajo y el seguimiento de guías y protocolos de práctica clínica; apoyo institucional a procesos innovadores y compromiso institucional e investigación en mejores prácticas. Se resalta la necesidad de un cambio de cultura en las organizaciones prestadoras de servicios de salud hacia la medición con información para la toma de decisiones basada en evidencia.

Health systems around the world share a common concern: financial sustainability. The opportunity cost of public funds in the context of scarcity, demands from scholars, policy-makers and health services managers to actively seek for inefficient use of resources and for its correction. This paper presents a summary of the literature on conceptual frameworks to understand and identify possible sources of inefficiency in health systems. It also highlights some facts published in the grey literature for Colombia. Lastly, it illustrates with examples from the hospital context in Colombia several cases in which inefficiencies were detected and corrected. It is found that in the majority of cases no massive investments are required, instead what is required is agency and leadership to better integrate and coordínate teams to follow clinical practice protocols; institutional support to innovative processes and institutional support to look for best practices. The need for a cultural change within healthcare services providers towards information-based measurement and evidence-based decision-making.

Increase in direct costs for health systems due to lupus nephritis: the case of Colombia

ABSTRACT Objective Lupus nephritis is one of the most severe complications of systemic lupus erythematosus and it has been estimated that can occur in up to 60% of patients. Direct costs of lupus nephritis have not been studied in developing countries. This study aimed to describe lupus nephritis direct costs in Colombia. Methods Administrative data from two Colombian health maintenance organizations for 2014 and 2015 was obtained. An algorithm based on the International Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems 10th revision codes was developed to identify patients with lupus nephritis and lupus nephritis under study. Results The average annual per-patient, all-claims, all-cause direct cost for lupus nephritis was US$ 12,624, 7.5 times higher than the average lupus patient without lupus nephritis. For lupus nephritis cases under study, estimated direct cost was US$ 3,664, 2 times higher than average lupus patient in Colombia. Difference in lupus nephritis patients is mainly accounted for the cost and frequency of procedures, exceeding by a factor of 5 the cost for durable medical equipment and the cost for drugs, respectively. Conclusion Lupus patients who progress to lupus nephritis stage increased seven-fold the average annual per-patient, all-claims, and all-cause direct cost for the Colombian health system.

Gasto en el último año de vida para pacientes que mueren con cáncer / Last-year-of-life expenditure of patients diagnosed with cancer

Resumen Objetivo: Estimar el gasto en el último año de vida de los pacientes diagnosticados con cáncer para Colombia. Métodos: Estudio retrospectivo descriptivo con datos de la facturación de dos EPS para los años 2011-2013. Se calculó el gasto en el último año de vida para la cohorte de pacientes fallecidos durante este tiempo. Se identificaron los pacientes que hubieran sido diagnosticados con cáncer en el año de la muerte usando códigos CIE-10. Se define gasto en el último año de vida como servicios prestados desde la fecha de muerte y los 360 días previos. Resultados: El 30,4% de los fallecidos de la cohorte tenían un diagnóstico de cáncer. Del total del gasto de todos los fallecidos en su último año de vida, el 43,6% del gasto correspondía a personas diagnosticadas con cáncer en 2012 y el 40% en 2013. El gasto medio para pacientes fallecidos por cáncer es entre 72% y 76% más alto que aquellos que no. El gasto mensual es más alto en los meses más cercanos a la muerte. Conclusiones: El uso de recursos de los pacientes que fallecen por cáncer podría disminuirse con programas de cuidado paliativo que respetan la calidad de vida de los pacientes.

Abstract Objective: To estimate last-year-of-life expenditure for patients diagnosed with cancer in Colombia. Methods: This is a descriptive retrospective study. Using claims data for two HMO for years 20112013, last-year-of-life expenditure was estimated for all persons dying in 2012-2013. Cancer diagnoses were identified using ICD-10 codes. Last-year-of-life expenditure was defined as allservices provided between the date of death and the 360 days previous. Results: A cancer diagnosis was recorded in 30.4% of the deceased and accounted for 43.6% of total last-year-of-life expenditure in 2012, and 40% in 2013. The mean per deceased expenditure was between 72% and 76% higher for patients with cancer as compared to patients without cancer. Last-year-of-life expenditure increases with the proximity to death. Conclusion: The use of resources for people dying with cancer diagnosis could be reduced with palliative care programs that give patients a quality of life.

Alcohol use disorders and psychiatric diseases in Colombia / Desórdenes y enfermedad psiquiátrica causada por el uso de alcohol en Colombia

Background: An accurate understanding of co-occurrence and comorbidity of alcohol use disorders (AUD) in Colombia is crucial for public health. Objective: A secondary analysis was conducted, using a 2003/2004 government´s population database to determine the lifetime associations between AUD and other mental and addictive disorders in people of Colombia aged 18-65 years. Methods: Several statistical analysis were performed: testing prevalence difference in mental disorders by whether the individual had an AUD; a stratified analysis by gender and logistic regression analyses accounting for differences in demographic, socio-economic, behavioral and self-reported health status variables. Results: People with AUD comprised 9% of the population, of which 88% were males and on average 37 years old. They were more likely to be males, be working, and be current smokers; and less likely to be at home or retired. The population with AUD had greater chance to comply with criteria for all disorders but minor depressive disorder, post-traumatic stress disorder, nicotine dependence, and oppositional defiant disorder. Conclusion:This study demonstrates a high prevalence of mental disorders in the adult population with AUD in Colombia. The findings highlight the importance of comorbidity as a sign of disease severity and impact on public health and supports the need for training of more professionals and developing appropriate interventions and services.

Antecedentes: Una comprensión precisa de la co-ocurrencia y la comorbilidad de los trastornos por consumo de alcohol (AUD) en Colombia es crucial para la salud pública. Objetivo: Se realizó un análisis secundario, utilizando una base de datos gubernamental de población 2003/2004 para determinar las asociaciones de vida entre los trastornos por consumo de alcohol y otros trastornos mentales y adictivos en personas de edades comprendidas entre 18 a 65 años de Colombia. Métodos: Varios análisis estadísticos se realizaron: pruebas de diferencia en la prevalencia de los trastornos mentales en función de si el individuo tenía un AUD; un análisis estratificado por sexo y análisis de regresión logística teniendo en cuenta las diferencias en las variables del estado de salud, demográficas, socioeconómicas, de comportamiento y de auto-reporte. Resultados: las personas con AUD fueron el 9% de la población, de los cuales 88% eran varones y en promedio tenían 37 años. Estas personas tenían trabajo y eran fumadores activos; y tenían menos probabilidad de estar en casa o ser jubilados. La población con AUD tenía mayores posibilidades de cumplir con los criterios de todos los trastornos, excepto el trastorno depresivo menor, el trastorno de estrés posttraumático, la dependencia a la nicotina, y el trastorno oposicional desafiante. Conclusión: Este estudio demuestra una alta prevalencia de trastornos mentales en la población adulta con trastornos por consumo de alcohol en Colombia. Los resultados destacan la importancia de la comorbilidad como un signo de gravedad de la enfermedad e impacto en la salud pública y apoyan la necesidad de formación de más profesionales y el desarrollo de intervenciones y servicios apropiados.

Costo monetario del tratamiento de la enfermedad deAlzheimer en Colombia / Monetary cost of treatment for Alzheimer’s disease in Colombia

Las demencias y, en particular la enfermedad de Alzheimer, representan una carga financieraimportante para los sistemas de salud; sin embargo, los estudios de costo de la enfermedad en países en desarrolloson poco frecuentes.Objetivo: estimar el costo social potencial directo e indirecto de la enfermedad de Alzheimer por estados deseveridad en Colombia para el periodo 2010-2020.Materialers y métodos: se tómo el número de personas con la enfermedad de un trabajo preliminar queusó datos secundarios y un método de proyección de la población. Se asumió una duración promedio deltratamiento de la enfermedad de 8 años, 3 en estado leve, 3 en moderado y 2 en severo. La canasta de bienesy servicios asociados al tratamiento y cuidado de los pacientes se construyó para cada estado con base enhistorias clínicas, consulta con expertos y otras fuentes para estimar los precios unitarios. Las estimacionesse realizaron incluyendo y excluyendo el valor imputado del cuidado informal, valorado por el método delcosto de salarios dejados de percibir. Resultados: el costo mínimo directo promedio por paciente/año por estado de severidad estimado es: $1.5millones (leve), $4 millones (moderado) y $8.5 millones (severo).Conclusiones: las estimaciones de costo presentadas muestran que la enfermedad de Alzheimer tendrá uncosto alto para la sociedad colombiana en la medida que aumente el acceso al tratamiento. Los métodos queincorporan los requerimientos de cuidado según estados de la enfermedad son más apropiados y permitieronidentificar que las estimaciones de modelos internacionales que usan relaciones constantes de costo a PIB porpersona tienden a subestimar el costo monetario. Estimar los costos de enfermedades crónicas es clave parapara el planeamiento fiscal de políticas de salud...

Dementia, particularly Alzheimer’s disease, represents an important financial burden uponhealth systems; however cost-of-illness studies are not frequent in developing countries.Objective: to estimate the potential direct and indirect social cost for Alzheimer’s disease, by stages of severityin Colombia for the period 2010-2020.Materials and methods: the prevalence of the disease is taken from previous work that used secondary dataand a method of population projection. We assumed average treatment duration of the disease of 8 years,3 in mild condition, 3 in moderate and 2 in severe. The basket of benefits and services associated with thetreatment and care of patients was built for each stage based on medical records, consultation with expertsand other sources to estimate unitary prices. Estimates were performed including and excluding the imputedvalue of informal care, valued by the cost method of salaries not perceived. Finally, the aggregated cost wasadjusted by the cost of use of services, utilizing information reported in the provision module of the nationalinformation system on social protection (Ministry of Health).Results: the potential direct cost per stage of severity per patient...