Drug-resistant tuberculosis in Colombia, 2013-2018: Case-control study

Abtract Introduction. Multidrug-resistant/rifampicin-resistant tuberculosis (MDR/RR-TB) is difficult to control, has high morbidity and mortality, and demands priority public health intervention. In Colombia, MDR/RR-TB has been becoming more widespread annually. Before the COVID-19 pandemic, over an 8-year period, the number of cases of multidrug-resistant tuberculosis in Colombia was close to a thousand cases. Timely identification of the different risk factors for MDR/RR-TB will contribute fundamentally to the systematic management. Objective. To determine which risk factors were associated with the presentation of MDR in Colombia between 2013 and 2018. Materials and methods. A retrospective case-control study was carried out, for which the data from the routine surveillance of MDR/events in the country were used. Results. The cases of multidrug-resistant tuberculosis were mainly in young people, Afrodescendants, and males. Of the clinical conditions, comorbidities such as malnutrition, diabetes, and HIV, presence of at least one factor, such as drug dependence, taking immunosuppressive medications, belonging to the black race, afro, and living in an area of high disease burden were risk factors. Conclusion. In addition to the diagnosis and timely provision of MDR-TB treatment, it is necessary that public health programs at the local level pay special attention to patients with the identified risk factors.

Introducción. La tuberculosis multirresistente-resistente a la rifampicina (TB-MDR/RR) es difícil de controlar, tiene una alta morbilidad y mortalidad y exige una intervención prioritaria en salud pública. En Colombia, la TB-MDR/RR se ha ido extendiendo cada año. Antes de la pandemia de COVID-19, en un periodo de 8 años, el número de casos de TB-MDR/RR en Colombia se acercaba a los mil. La identificación oportuna de los diferentes factores de riesgo de TB-MDR/RR contribuirá de manera fundamental al manejo sistemático de la enfermedad. Objetivo. Determinar los factores de riesgo que se asociaron a la presentación de la TB- MDR/RR en Colombia entre 2013 y 2018. Materiales y métodos. Se realizó un estudio retrospectivo de casos y controles, para el cual se utilizaron los datos de la vigilancia rutinaria de eventos de TB MDR/RR en el país. Resultados. Los casos de TB MDR se presentaron principalmente en jóvenes, afrodescendientes y varones. De las condiciones clínicas, fueron factores de riesgo las comorbilidades como la desnutrición, la diabetes y el VIH, y la presencia de, al menos, un factor como la farmacodependencia, el consumo de medicamentos inmunosupresores, el ser de raza negra o afro y el vivir en una zona del país de alta carga de tuberculosis. Conclusiones. Además del diagnóstico y la provisión oportuna del tratamiento de la TB MDR, es necesario que los programas de salud pública a nivel local presten especial atención a los pacientes con los factores de riesgo identificados.

Red Nacional de Gestión de Conocimiento, Investigación e Innovación en Tuberculosis en Colombia / National Network for Knowledge Management, Research, and Innovation in Tuberculosis in Colombia / Rede Nacional de Gestão do Conhecimento, Pesquisa e Inovação em tuberculose na Colômbia

RESUMEN El Ministerio de Salud y Protección Social de Colombia, en colaboración con el Instituto Nacional de Salud y la Organización Panamericana de la Salud, convocaron en 2018 a todos los actores asociados al Programa Nacional de Prevención y Control de la Tuberculosis (PNPCT) y el Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación a la conformación de una red nacional que coordinara la investigación operativa (IO) relacionada con la tuberculosis (TB) en el país. Se realizaron siete talleres en los que se llegó al consenso de establecer la Red Nacional de Gestión de Conocimiento, Investigación e Innovación en Tuberculosis en Colombia (Red TB Colombia). Con más de 180 participantes, organizados en un nodo central y cinco nodos regionales que agrupan a las 37 entidades territoriales, en 2019 la Red TB Colombia realizó cuatro jornadas de capacitación en IO y definió 65 temas priorizados de investigación, ajustados a las líneas estratégicas establecidas por el PNPCT: prevención y atención integral, con foco en los afectados por la TB (41 temas en tres módulos) y compromiso político, protección social y sistemas de apoyo (24 temas en cuatro módulos). La priorización se realizó por el método de comparación por pares. La Red TB Colombia sigue activa y contribuye a la gestión del conocimiento dirigido a eliminar la TB en el país y ha permitido avanzar en la construcción de planes y la ejecución de proyectos locales de IO que generan resultados científicamente validados para fortalecer el PNPCT y mejorar la atención de los pacientes con TB.

ABSTRACT In 2018, the Colombian Ministry of Health and Social Protection, in collaboration with the National Health Institute and the Pan American Health Organization, convened all actors associated with the National Tuberculosis Prevention and Control Program (PNPCT) and the National Science, Technology, and Innovation System to form a national network to coordinate operations research on tuberculosis (TB) in the country. Seven workshops were held and a consensus was reached to establish the National Network for Knowledge Management, Research, and Innovation in Tuberculosis in Colombia (TB Colombia Network). With more than 180 participants, a central node, and five regional nodes that bring together the country's 37 territorial entities, the TB Colombia Network conducted four days of training in operations research in 2019, defining 65 priority research topics aligned with the strategic lines in the PNPCT: prevention and comprehensive care, with a focus on people affected by TB (41 topics in three modules); and political commitment, social protection, and support systems (24 topics in four modules). The peer comparison method was used for prioritization. The TB Colombia Network remains active and contributes to knowledge management aimed at eliminating TB in Colombia. It has helped make progress in building plans and implementing local operations research projects that generate scientifically validated results to strengthen the PNPCT and improve the care of TB patients.

RESUMO O Ministério da Saúde e Previdência Social da Colômbia, em cooperação com o Instituto Nacional de Saúde e a Organização Pan-Americana da Saúde (OPAS), convocou em 2018 todas as partes interessadas vinculadas ao Programa Nacional de Prevenção e Controle da Tuberculose (PNPCT) e ao Sistema Nacional de Ciência, Tecnologia e Inovação para formar uma rede nacional com o objetivo de coordenar a pesquisa operacional em tuberculose no país. Foram promovidos sete seminários e, deste processo, se chegou a um consenso para criar a Rede Nacional de Gestão do Conhecimento, Pesquisa e Inovação em Tuberculose na Colômbia (Rede TB Colômbia). A rede conta com mais de 180 participantes, organizados em um núcleo central e cinco núcleos regionais que congregam 37 entidades territoriais. Em 2019, a Rede TB Colômbia realizou quatro jornadas de capacitação em pesquisa operacional e definiu 65 áreas temáticas prioritárias de pesquisa harmonizadas com as linhas estratégicas estabelecidas pelo PNPCT: prevenção e atenção integral com enfoque nas pessoas com TB (41 áreas temáticas divididas em três módulos) e compromisso político, proteção social e sistemas de apoio (24 áreas temáticas divididas em quatro módulos). A priorização foi definida pelo método de comparação pareada. A Rede TB Colômbia continua ativa contribuindo para a gestão do conhecimento voltado à eliminação da tuberculose no país e possibilitando avançar na formulação de planos e execução de projetos locais de pesquisa operacional com a produção de resultados científicos validados para fortalecer o PNPCT e melhorar a atenção das pessoas com TB.

Caracterización de aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis obtenidos de individuos positivos para HIV en Colombia, 2012 / Characterization of clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis from HIV positive individuals in Colombia, 2012

Resumen Introducción: Una tercera parte de los casos nuevos de tuberculosis se atribuye a la propagación del HIV. En 2012, se presentaron en Colombia 1.397 casos de tuberculosis concomitante con la infección por HIV, es decir, 11,8 % del total de notificados. El uso de las herramientas de epidemiología molecular contribuye a una mejor comprensión de la transmisión de la enfermedad. Objetivo: Caracterizar los aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis de individuos positivos para HIV recibidos en el Laboratorio Nacional de Referencia del Instituto Nacional de Salud. Materiales y métodos: Se hizo un estudio observacional descriptivo. Se estudiaron 63 aislamientos de individuos con tuberculosis e infección por HIV mediante pruebas de identificación, sensibilidad y genotipificación. Resultados: Dos de los casos nuevos (3,3 %) eran resistentes a rifampicina y uno (1,6 %) a isoniacida, en tanto que tres (5,0 %) lo eran a la isoniacida combinada con estreptomicina. Los casos previamente tratados fueron sensibles. No se evidenció multirresistencia. Hubo 20 (31,7 %) aislamientos de la familia genética LAM9, 8 (12,7 %) de la H1 y 7 (11,1 %) de la T1 . Diecinueve aislamientos correspondieron a patrones huérfanos. Se observó un único agrupamiento entre los aislamientos analizados. No se encontraron diferencias estadísticamente significativas entre la resistencia a fármacos y las familias genéticas. Conclusión: La resistencia encontrada demostró la transmisión de cepas resistentes a rifampicina e isoniacida. Las familias genéticas LAM9, T1 y H1 corresponden a las descritas en la población general. No se evidenció transmisión activa en los aislamientos estudiados. Se necesitan estudios más completos para conocer la situación real de la infección concomitante de tuberculosis y HIV en el país.

Abstract Introduction: One third of the increase in tuberculosis cases is attributed to the spread of HIV. In 2012, 1,397 HIV-associated tuberculosis cases were reported in Colombia, i.e., 11.8% of the total cases. Molecular epidemiology tools help to understand the transmission of tuberculosis. Objective: To characterize clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis derived from HIV-infected individuals, received at the Laboratorio Nacional de Referencia in the Instituto Nacional de Salud. Materials and methods: This was a descriptive observational study. We analyzed 63 isolates of M. tuberculosis from HIV-infected individuals. Identification, drug susceptibility and genotyping assays were performed. Results: Of the new cases evaluated, three (5.0%) were resistant to isoniazid combined with streptomycin; two (3.3%) to rifampicin, and one (1.6%) to isoniazid. Previously treated cases were sensitive. No multidrug resistance was evident. Among the predominant genotypes, 20 isolates were (31.7%) LAM9, eight (12.7%), H1, and seven (11.1%), T1. Nineteen isolates corresponded to orphan patterns. One single grouping was observed among tested isolates. We found no statistically significant difference between the proportions of the antituberculous drug resistance and genotypes. Conclusion: We found resistant isolates to the most powerful drugs, rifampicin and isoniazid, among new cases, showing the transmission of resistant strains. Genetic families of M. tuberculosis LAM9, T1 and H1 correspond to those described in the general population. We detected no active transmission among studied isolates. More comprehensive studies are needed to assess the real situation of HIV associated tuberculosis in the country regarding sensitivity and transmission.

Tuberculosis cutánea por mesoterapia, estudio de seis casos / Cutaneous tuberculosis after mesotherapy: report of six cases

Introducción. La tuberculosis cutánea secundaria a la inyección con agujas es rara; se presenta en personal médico y de laboratorio, y en pacientes que reciben tratamientos percutáneos.Objetivo. Presentar seis pacientes con tuberculosis cutánea secundaria a tratamiento por mesoterapia.Materiales y métodos. Entre 1 y 4 meses después de la inyección en la piel glútea y abdominal de material no precisado, como tratamiento para la obesidad y la celulitis, cinco mujeres y un hombre desarrollaron pápulas, nódulos y senos de drenaje de material seroso en los sitios de inoculación, interpretados clínicamente como infección por micobacterias no tuberculosas. Se practicaron cultivos de las secreciones y de las biopsias de piel para la identificación fenotípica y estudio de histopatología. Con los resultados iniciales se realizaron pruebas moleculares de PRA (PCR-restriction pattern analysis) en las biopsias de piel y estudio ampliado de los pacientes.Resultados. Se demostró Mycobacterium tuberculosis en los cultivos, hallazgo confirmado por la técnica de PRA en las biopsias incluidas en parafina. Los pacientes no habían padecido tuberculosis. Las placas de tórax fueron normales y la tuberculina midió entre 17 y 20 mm. Cinco curaron con terapia antituberculosa y otro curó espontáneamente luego de la resección-biopsia de la lesión más grande. No se encontraron adenopatías satélites ni recurrencias. Conclusiones. Se demostró una nueva forma de adquirir la tuberculosis cutánea. Esta es la segunda demostración de tuberculosis cutánea por mesoterapia en Colombia. El estudio de las lesiones de la piel en el sitio de la inyección cutánea debe incluir pruebas para detectar micobacterias, entre ellas M. tuberculosis. Las autoridades sanitarias deben prestar atención y prevenir esta modalidad de adquirir la tuberculosis.

Introduction. Cutaneous tuberculosis as a result of a needle injection is a rare event; it generally occurs among medical and laboratory personnel and among patients receiving percutaneous treatment. Objective. Six patients are presented who developed cutaneous tuberculosis after mesotherapy cosmetic treatment. Material and methods. One to four months after injection of an unknown product as treatment for obesity and cellulites, five women and a man developed papules, nodules and drainage of wax like material at the inoculated sites; this was interpreted clinically as a non tuberculous mycobacterium infection. Skin biopsies were taken for a histopathologic study; the biopsy and exudates were cultured to make a phenotypic identification. Polymerase chain reaction and restriction enzyme pattern analyses (PCR-restriction pattern analysis)) procedures were applied to the skin biopsies. Results. Mycobacterium tuberculosis was confirmed in the culture and by PRA analysis in the paraffin-embedded biopsies. The patients had never had tuberculosis. Their thoracic X rays were normal and the size of the tuberculin reaction was 17 to 20 mm. Five patients recovered with antituberculosis treatment and the sixth spontaneously healed after the removal of the largest cutaneous module. No satellite adenopathy or recurrences were observed. Conclusions. A previously undescribed mode of acquisition cutaneous tuberculosis was described. This was the second incident of a demonstrated cutaneous tuberculosis following mesotherapy in Colombia. Skin lesions induced by injections must be tested to detect mycobacterias to include M. tuberculosis.

Biosafety evaluation of the DNA extraction protocol for Mycobacterium tuberculosis complex species, as implemented at the Instituto Nacional de Salud, Colombia

Introducción. El trabajo con Mycobacterium tuberculosis se considera un factor de riesgo para el personal de laboratorio que manipula especímenes clínicos y cultivos. Uno de los procesos que requiere de una alta concentración de microorganismos es la extracción de ADN para realizar metodologías moleculares. Se han reportado casos de tuberculosis pulmonar en profesionales que realizan procedimientos moleculares en los que se requiere previa manipulación del microorganismo en masa, lo cual ha motivado la investigación sobre la bioseguridad del protocolo de extracción, sin que a la fecha haya consenso sobre los riesgos del proceso. Objetivo. Evaluar la bioseguridad del protocolo de extracción de ADN reportado por van Soolingen et al., 2002, mediante la determinación de la viabilidad de M. tuberculosis en cada etapa del proceso. Materiales y métodos. Se realizaron 880 cultivos a partir de 220 aislamientos clínicos de M. tuberculosis que se procesaron para las tres primeras fases de extracción de ADN. A los cultivos positivos se les realizó identificación molecular por PRA hsp65 y caracterización por spoligotyping. Resultados. Se obtuvo crecimiento en uno de los procedimientos realizados. Por caracterización molecular, se determinó que no correspondió al aislamiento analizado originalmente, sino que fue producto de contaminación cruzada. Conclusión. Se determinó que el protocolo de extracción de ADN descrito por van Soolingen et al. (2002) e implementado en el Instituto Nacional de Salud de Colombia, es seguro para el personal de laboratorio y el medio ambiente.

Introduction. Manipulating Mycobacterium tuberculosis clinical specimens and cultures represents a risk factor for laboratory personnel. One of the processes that requires high concentrations of microorganisms is DNA extraction for molecular procedures. Pulmonary tuberculosis cases have occurred among professionals in charge of molecular procedures that require manipulation of massive quantities of microorganisms. This has prompted research studies on biosafety aspects of extraction protocols; however, as yet, no consensus has been reached regarding risks associated with the process. Objective. The biosafety was evaluated for the DNA extraction protocol of van Soolingen, et al. 2002 by determining M. tuberculosis viability at each process stage. Materials and methods. Eight hundred eighty cultures were grown from 220 M. tuberculosis clinical isolates that had been processed through the first three DNA extraction stages. Molecular identifications of positive cultures used a PCR isolation of a fragment of the heat shock protein PRA-hsp65 and examination of its restriction enzyme profile (spoligotyping). Results. Growth was seen in one culture with one of the procedures used. The molecular characterization did not correspond to the initially analyzed isolate, and therefore was deduced to be the product of a cross-contamination. Conclusion. The DNA extraction protocol, as described by van Soolingen, et al. 2002 and as implemented at the Instituto Nacional de Salud, was established to be safe for laboratory personnel as well as for the environment.

Identificación molecular de micobacterias no tuberculosas mediante el análisis de los patrones de restricción, Colombia 1995-2005 / Molecular Identification of non-tuberculous mycobacteria

Introducción. Las micobacterias no tuberculosas pueden ser saprofitas, patógenas u oportunistas; las enfermedades más comunes producidas por estos microorganismos son las infecciones posquirúrgicas, principalmente por procedimiento estéticos, infecciones asociadas con catéteres, enfermedades cutáneas diseminadas, enfermedades pulmonares y del sistema nervioso central que afectan especialmente a pacientes infectados con el virus de la inmunodeficiencia humana. La identificación fenotípica de las micobacterias no tuberculosas incluye pruebas microbiológicas y bioquímicas, las cuales pueden tomar varias semanas y algunas veces no logran diferenciar entre los miembros de un complejo. Objetivo. El objetivo fue evaluar la metodología de reacción en cadena de la polimerasaanálisis de restricción, como método de identificación genotípica de micobacterias no tuberculosas aisladas de muestras clínicas que pertenecen a la colección del Instituto Nacional de Salud. Materiales y métodos. Se estudiaron 70 aislamientos clínicos de micobacterias no tuberculosas, criopreservados en glicerol al 50 por ciento e identificados mediante metodologías fenotípicas. La identificación genotípica se realizó por reacción en cadena de la polimerasa-análisis de restricción y se evaluó la concordancia entre las metodologías. Resultados. Se obtuvo una concordancia del 100 por ciento en la identificación de Mycobacterium terrae, M. szulgai, M. avium, M. chelonae y M. scrofulaceum, en las especies M. fortuitum, M. abscessus M. gordonae y M. intracellulare varió de 44 por ciento a 89 por ciento; no se obtuvo concordancia en la identificación de las especies M. flavescens y M. malmoense. Conclusiones. El análisis de restricción es una alternativa para la identificación de especies de micobacterias no tuberculosas, rápida, económica y segura para la identificación, que permite la diferenciación entre especies de un complejo y la determinación del subtipo de cada especie.

Introduction. Nontuberculous mycobacteria can be saprophytic, pathogenic or opportunistic. The most common diseases produced by these microorganisms are the post-surgical infections due to anesthetic procedures, infections associated with catheters, disseminated cutaneous diseases and pulmonary and central nervous system diseases that especially affect HIV patients. Identification of the nontuberculous mycobacteria can take several weeks and even then, differentiation of complex members is not possible. Objective. The PCR-restriction analysis (PRA) technique was evaluated as a method for genotypic identification of nontuberculous mycobacteria isolated of clinical samples located in the culture collection of the Instituto Nacional de Salud (National Institute of Health), Bogotá, Colombia. Materials and methods. Seventy clinical isolates of nontuberculous mycobacteria stored in 50% glycerol at -70°C were identified by phenotypic techniques. The genotypic identification was made using the PCR-restriction analysis (PRA) using the restriction enzymes BstEII and HseIII, the restriction products were visualized on gels of agarose to 3%, and the concordance between the methodologies was evaluated. Results. A matching of 100% was obtained in the identification of Mycobacterium terrae, M. szulgai, M. avium, M. chelonae and M. scrofulaceum, the matching between M. fortuitum species, M. abscessus, M. gordonae and M. intracellulare varied from 44 to 89%; there was no concurrence in the identification of species M. flavescens and M. malmoense. Conclusions. PRA provided a fast, inexpensive and accurate alternative for the identification of nontuberculous mycobacteria that permited the differentiation among species of a complex and determining the subtype of each species sample.

Reacción en cadena de la polimerasa: una contribución para el diagnóstico de la tuberculosis extrapulmonar y de las micobacteriosis / Polymerase chain reaction (PCR): a contribution for diagnosis of extrapulmonary tuberculosis and micobacteriosis

Introducción. La Organización Mundial de la Salud define la tuberculosis extrapulmonar como la enfermedad tuberculosa localizada en cualquier órgano diferente a los pulmones y, la micobacteriosis, como la infección bacteriana producida por micobacterias no tuberculosas. El diagnóstico de tuberculosis extrapulmonar y micobacteriosis se hace fundamentalmente por el cultivo y la posterior identificación de la micobacteria por pruebas bioquímicas, así como por baciloscopia para el primer caso. El cultivo de micobacterias presenta limitaciones, especialmente, por el tiempo de incubación que puede tardar hasta 12 semanas y por la sensibilidad para determinar la presencia del microorganismo. Actualmente, se utilizan herramientas moleculares que permiten disminuir el tiempo de diagnóstico. Entre ellas está la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) que es una prueba rápida con buena sensibilidad y especificidad para la identificación de patógenos. Objetivo. Implementar la (PCR) como apoyo para el diagnóstico de la tuberculosis extrapulmonar y la micobacteriosis, para disminuir el tiempo en la obtención de resultados y contribuir a la instauración de tratamientos oportunos para estas patologías. Materiales y métodos. El estudio se llevó a cabo entre junio de 2005 y agosto de 2006. Se procesaron 57 muestras clínicas provenientes de 15 centros hospitalarios del país, analizadas por PCR para la secuencia de inserción IS6110 y para el gen hsp65. Se incluyeron datos clínicos del paciente, edad, sexo y prueba de VIH.Resultados. Los resultados de amplificación para PCR IS6110 fueron positivos en 6 pacientes, lo que sugiere tuberculosis extrapulmonar, y para PCR hsp65, en igual número, lo que sugiere un proceso de micobacteriosis. Se confirmó el diagnóstico de tuberculosis meníngea en 4 (6,9 por ciento) pacientes, seguida por tuberculosis en piel y tuberculosis miliar, cada una en un (1,7 por ciento) paciente. Se identificaron micobacterias no tuberculosas en 6 (10,3 por...