Selection dynamics of HCV genotype 3 resistance-associated substitutions under direct-acting antiviral therapy pressure

ABSTRACT The chronic hepatitis C (CHC) treatment is currently based on the use of direct-acting antivirals (DAAs), and patients infected with hepatitis C virus genotype 3 (GT3) have emerged as a more difficult-to-cure population. The NS5A inhibitor daclatasvir (DCV) and sofosbuvir (SOF), an NS5B viral polymerase inhibitor, are among the drugs that compose more effective and safer treatment regimens. The virus genetic variability is related to resistance-associated substitutions (RASs) that adversely impact DAAs effectiveness. The aims of this study were to analyze the association of NS5A and NS5B RASs and other clinical factors with DAAs regimens effectiveness in patients with GT3 CHC infection. This was a prospective cohort study performed in a Brazilian university hospital. Individuals older than 18 years with GT3 CHC treated with SOF + DCV ± ribavirin (RBV) or SOF + peginterferon (PEG) + RBV were included. Blood samples were collected at baseline and post-treatment. A total of 121 patients were included. Sustained virological response rates were 87.6% for the SOF + DCV ± RBV group and 80.0% for the SOF + PEG + RBV arm. Cirrhosis, prior treatment with interferon/PEG + RBV, and baseline NS5A RAS were associated with higher risk of treatment failure. The NS5A analysis suggested that A30K, Y93H, and RAS at site 62 were related to failure. Interestingly, a likely compensatory effect was shown between A30K and A62T. Emergence of Y93H was always associated with RAS at position 62. The RASs dynamics comprehension is an important tool to indicate more effective treatment for GT3 patients.

Seasonality of viral respiratory infections in Southeast of Brazil: the influence of temperature and air humidity

Viruses are the major cause of lower respiratory tract infections in childhood and the main viruses involved are Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV), Human Metapneumovirus (HMPV), Influenzavirus A and B (FLUA and FLUB), Human Parainfluenza Virus 1, 2 and 3 (HPIV1, 2 and 3) and Human Rhinovirus (HRV). The purposes of this study were to detect respiratory viruses in hospitalized children younger than six years and identify the influence of temperature and relative air humidity on the detected viruses. Samples of nasopharyngeal washes were collected from hospitalized children between May/2004 and September/2005. Methods of viral detection were RT-PCR, PCR and HRV amplicons were confirmed by hybridization. Results showed 54% (148/272) of viral positivity. HRSV was detected in 29% (79/272) of the samples; HRV in 23.1% (63/272); HPIV3 in 5.1% (14/272); HMPV in 3.3% (9/272); HPIV1 in 2.9% (8/272); FLUB in 1.4% (4/272), FLUA in 1.1% (3/272), and HPIV2 in 0.3% (1/272). The highest detection rates occurred mainly in the spring 2004 and in the autumn 2005. It was observed that viral respiratory infections tend to increase as the relative air humidity decreases, showing significant association with monthly averages of minimal temperature and minimal relative air humidity. In conclusion, viral respiratory infections vary according to temperature and relative air humidity and viral respiratory infections present major incidences it coldest and driest periods.

Vírus respiratório sincicial humano em crianças hospitalizadas por infecções agudas das vias aéreas inferiores / Human respiratory syncytial virus in children hospitalized for acute lower respiratory infection

OBJETIVO: Avaliar a prevalência e a sazonalidade do vírus respiratório sincicial humano (VRSH) em crianças de 0 a 6 anos hospitalizadas por infecção aguda das vias aéreas inferiores (IVAI) em São José do Rio Preto (SP) e a associação entre faixa etária, diagnóstico e VRSH. MÉTODOS: Entre maio de 2004 e setembro de 2005, foram estudados 290 episódios consecutivos de IVAI adquiridos na comunidade em crianças de 0 a 6 anos internadas no Hospital de Base de São José do Rio Preto. Para identificação do VRSH, foram coletadas amostras de secreção de nasofaringe e realizou-se análise molecular por meio da técnica de RT-PCR. RESULTADOS: A prevalência de VRSH foi de 29,3 por cento nos episódios de IVAI hospitalizados. A IVAI foi frequente em lactentes (mediana de idade = 13,5 meses). O VRSH foi mais frequente nos casos de bronquiolite (64 por cento) e no primeiro ano de vida (35 por cento). Os episódios de infecção por VRSH ocorreram entre o outono e a primavera, com frequência maior em 2004 do que em 2005. Os critérios clínicos e radiológicos não foram suficientes para o diagnóstico de infecção pelo VRSH. Em 78,8 por cento dos episódios de VRSH, houve tratamento com antibiótico. CONCLUSÕES: A prevalência do VRSH em crianças de 0 a 6 anos hospitalizadas por IVAI foi elevada, com predomínio nas mais jovens ou com bronquiolite. A circulação do vírus variou nos dois anos estudados. Os resultados sugerem necessidade de diagnóstico laboratorial do VRSR na prática clínica.

OBJECTIVE: To evaluate the prevalence and seasonality of human respiratory syncytial virus (HRSV) in children aged 0 to 6 years, hospitalized with acute lower respiratory infection (ALRI) in São José do Rio Preto, SP, Brazil, and the association between age, diagnosis, and HRSV. METHODS: Between May 2004 and September 2005, we studied 290 consecutive episodes of community-acquired ALRI in children aged 0 to 6 years admitted to the Hospital de Base of São José do Rio Preto. In order to detect HRSV, nasopharyngeal secretion samples were collected and RT-PCR molecular analysis was performed. RESULTS: The HRSV prevalence was 29.3 percent for the cases of hospitalized patients with ALRI. ALRI was common in infants (median age = 13.5 months). HRSV was more frequent in cases of bronchiolitis (64 percent) and during the first year of life (35 percent). Episodes of HRSV infection occurred between fall and spring, showing higher frequency in 2004 than in 2005. Clinical and radiological criteria were not sufficient to establish the diagnosis of infection with HRSV. Antibiotic therapy was used in 78.8 percent of episodes of HRSV. CONCLUSIONS: There was a high prevalence of HRSV in children aged 0 to 6 years who were hospitalized for ALRI, predominantly in younger patients or those with bronchiolitis. The circulation of the virus varied in the two years studied. Our results suggest the need for laboratory diagnosis of HRSV in the clinical practice.

Concurrent dengue and malaria in the Amazon region / Co-infecção por dengue e malária na região Amazônica

INTRODUCTION: The Amazon region has extensive forested areas and natural ecosystems, providing favorable conditions for the existence of innumerous arboviruses. Over 200 arboviruses have been isolated in Brazil and about 40 are associated with human disease. Four out of 40 are considered to be of public health importance in Brazil: Dengue viruses (1-4), Oropouche, Mayaro and Yellow Fever. Along with these viruses, about 98 percent of the malaria cases are restricted to the Legal Amazon region. METHODS: This study aimed to investigate the presence of arboviruses in 111 clinical serum samples from patients living in Novo Repartimento (Pará), Plácido de Castro (Acre), Porto Velho (Rondônia) and Oiapoque (Amapá). The viral RNA was extracted and RT-PCR was performed followed by a Multiplex-Nested-PCR, using Flavivirus, Alphavirus and Orthobunyavirus generic and species-specific primers. RESULTS: Dengue virus serotype 2 was detected in two patients living in Novo Repartimento (Pará) that also presented active Plasmodium vivax infection. CONCLUSIONS: Despite scant data, this situation is likely to occur more frequently than detected in the Amazon region. Finally, it is important to remember that both diseases have similar clinical findings, thus the diagnosis could be made concomitantly for dengue and malaria in patients living or returning from areas where both diseases are endemic or during dengue outbreaks.

INTRODUÇÃO: A região Amazônica possui extensas áreas florestadas e ecossistemas naturais, provendo condições favoráveis para a existência de diversos arbovírus. Aproximadamente, 200 arbovírus foram isolados no Brasil, e 40 estão associados com doenças em humanos. Quatro destes 40 são considerados ser de importância para a saúde pública no Brasil: vírus da dengue (1-4), Oropouche, Mayaro e febre amarela. Juntamente com estes vírus, aproximadamente 98 por cento dos casos de malária estão restritos à região da Amazônia Legal. MÉTODOS: O objetivo deste estudo foi investigar a presença de arbovírus em 111 amostras clínicas de sangue de pacientes que residiam em Novo Repartimento (Pará), Plácido de Castro (Acre), Porto Velho (Rondônia) and Amapá (Macapá). O RNA viral foi extraído, RT-PCR foi realizada seguida de uma Multiplex-Nested-PCR, usando primers genéricos e espécie-específicos para Flavivirus, Alphavirus and Orthobunyavirus. RESULTADOS: Detectamos o vírus da dengue, sorotipo 2, em dois pacientes que residiam em Novo Repartimento (Pará), que também tinham infecção por Plasmodium vivax. CONCLUSÕES: Apesar de dados escassos, esta situação, provavelmente, ocorre mais frequência que a detectada na região Amazônica. Definitivamente, é importante lembrar que ambas as doenças possuem achados clínicos similares, assim o diagnóstico deveria ser feito concomitantemente para dengue e malária em pacientes que residem ou estão voltando de áreas onde ambas as doenças são endêmicas.

Expressão dos genes que codificam as proteínas anexina-1 e galectina-1 nos pólipos rinossinusais e sua modulação pelo glicocorticoide / Expression of genes that encode the annexin-1 and galectin-1 proteins in nasal polyposis and their modulation by glucocorticoid

A fisiopatologia da polipose rinossinusal não é totalmente compreendida, apesar de várias hipóteses em relação ao seu processo inflamatório. OBJETIVOS: Estudo prospectivo da expressão dos genes das proteínas, anexina-1 e a galectina-1, que têm ação anti-inflamatória, e sua modulação pelo glicocorticoide. MATERIAL E MÉTODOS: Onze pacientes portadores de polipose rinossinusal tiveram biopsiados seus pólipos em dois momentos: na ausência de glicocorticoide sistêmico, e na sua presença. Nas duas amostras, foi avaliada a expressão desses genes e comparada com a expressão na mucosa nasal normal do meato médio. RESULTADOS: Verificou-se que a média de expressão dos genes que codifica a anexina-1 e galectina-1 estava predominantemente aumentada, independente do uso do glicocorticoide em relação à mucosa nasal controle. Entretanto, nos pólipos sem uso de corticoide, a média de expressão do gene da anexina-1 foi significativamente maior do que nos pólipos que estavam sob uso de glicocorticoide. Com relação à galectina-1 não houve diferença significativa entre as médias de expressão antes e após o uso de glicocorticoide sistêmico. CONCLUSÃO: Os genes apresentaram um aumento da expressão na mucosa nasal polipoide, independente do uso do glicocorticoide, porém a relação destes dois genes das proteínas anti-inflamatórias com o glicocorticoide não ocorreu da mesma maneira.

Rhinosinusal polyps physiopathology is not fully understand, despite numerous hypotheses regarding its inflammatory process. AIMS: a prospective study regarding the gene expression of proteins: anexin-1 and galectin-1, which has an anti-inflammatory action and is modulated by steroids. MATERIALS AND METHODS: eleven patients with rhinosinusal polyps suffered a biopsy of their polyps at two moments: in the absence of systemic steroids and during its use. In the two samples we assessed the expression of these genes and compared it to the normal nasal mucosa in the middle meatus. RESULTS: We noticed that the mean expression of the genes which code anexin-1 and galectin-1 was predominantly increased, regardless of the use of steroids in relation to the control nasal mucosa. Notwithstanding, in polyps without the use of steroids, the mean gene expression of anexin-1 was significantly higher than in the polyps which were under the use of steroids. Regarding galectin-1, there was no significant difference between the expression mean values before and after the use of systemic steroids. CONCLUSION: The genes present an expression increase in the polyp mucosa, regardless of the use of steroids; nonetheless, the relationship of these two genes of anti-inflammatory proteins with steroids did not happen the same way.

Incidence of HPV infection in the uterine cervix in HIV positive pregnant women seen at the Hospital de Base in São José do Rio Preto, Brazil / Incidência de HPV em colo do útero de gestantes HIV positivas atendidas no Hospital de Base de São José do Rio Preto, SP

Objetivo: Avaliar a incidência de coinfecção HPV-HIV em gestantes e relacioná-la à quantidade de células CD4+ no sangue periférico; à expressão da proteína p16 no epitélio do colo uterino; e, finalmente, à presença de DNA de HPV nas biópsias cervicais. Métodos:Foram selecionadas gestantes da mesma idade em dois grupos com 70 pacientes em cada um: um HIV soropositivo (grupo de estudo) e outro soronegativo (controle I). Outro grupo (controle II) foi formado por 36 pacientes HIV negativas de idades variadas e com diagnóstico de neoplasia intraepitelial cervical, no período de 2000 a 2007. Foram analisadas colpocitologias e/ou biópsias dessas pacientes quanto à ocorrência de características morfológicas sugestivas de infecção pelo HPV; contagem de células CD4+ no sangue periférico; a expressão da proteína p16 no epitélio do colo uterino, elas foram comparadas com a mesma expressão em um grupo de 36 mulheres HIV soronegativas com neoplasia intraepitelial cervical; e PCR das amostras do grupo de estudo para confirmar a presença de DNA de HPV. Resultados: As 70 pacientes gestantes HIV positivas, tinham idade entre 15 e 45 anos, com média etária de 28 anos (mediana = 28,2 anos). Delas, 22 (31,4%) apresentaram alterações morfológicas compatíveis com infecção cervical pelo HPV; dessas pacientes, 16 apresentaram menos de 500 células CD4 positivas (p=0,03). No grupo HIV soronegativo, uma paciente (1,4%) apresentou lesão intraepitelial cervical. Dez biópsias cervicais do grupo de estudo apresentaram DNA de HPV pela PCR. O Grupo Controle II mostrou resultados semelhantes ao de estudo. Conclusões: A incidência de coinfecção HPV-HIVfoi relevante em relação ao grupo de gestantes HIV negativas. Nas gestantes HIV positivas, a incidência de HPV mostrou-se diretamente relacionada com baixa imunidade. A expressão da proteína p16 mostrou índices de marcação maiores nos casos com diagnóstico de lesões do colo do útero mais graves (NIC 2 e 3). A presença de DNA de HPV foi confirmada em lesões cervicais de gestantes HIV positivaspor meiode PCR. O presente estudo pôde constatar que existe necessidade de avaliações ginecológicas e colpocitológicas periódicas no pré-natal de pacientes HIV positivas, visando o diagnóstico precoce da infecção pelo HPV.

Alterações genéticas em câncer de cabeça e pescoço / Genetic changes in head and neck cancer

O carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC) constitui o quinto tipo de câncer mais comum mundialmente, com uma incidência anual global de 780.000 novos casos. Os sítios comuns incluem cavidade oral, orofaringe, hipofaringe, nasofaringe, cavidade nasal, seios paranasais, laringe e glândulas salivares. O consumo de tabaco e/ou álcool são os principais fatores de risco envolvidos no desenvolvimento do HNSCC. Apesar dos recentes avanços no tratamento, o índice de sobrevivência dos pacientes com HNSCC tem permanecido em 40 por cento. A recidiva locorregional e a metástase após terapia convencional parecem ser os principais fatores que contribuem para a sobrevivência reduzida dos pacientes. O desenvolvimento do câncer de cabeça e pescoço é um processo multipasso acompanhado por mudanças genéticas e epigenéticas, incluindo perda de heterozigozidade, inativação gênica por metilação e amplificação gênica. Diferentes estudos têm revelado numerosas alterações moleculares em HNSCC, incluindo ativação de oncogenes, tais como: EGFR, ciclina D1 e COX-2; inativação de genes supressores tumorais, tais como: TP53, p16, p27 e WAF1/C1P1; e expressão de fatores angiogênicos e metastáticos; além dos polimorfismos genéticos de enzimas metabólicas. Esta revisão apresenta informações atuais sobre as principais alterações genéticas envolvidas no desenvolvimento do câncer de cabeça e pescoço, as quais apresentam potencial valor prognóstico, e discute alguns fatores que contribuem para a controvérsia a respeito de sua importância prognóstica.

Differential transcription of ribosomal cistrons denoting nucleolar dominance in hybrids of Drosophila mulleri and Drosophila navojoa (mulleri complex, Repleta group)

The fruit flies Drosophila mulleri and Drosophila navojoa are included in the mulleri complex of the mulleri subgroup and Repleta group. Although there is no demonstration that interspecific crosses between them occur in nature, they intercross in the laboratory in both cross directions. Previous data have shown the occurrence of nucleolar dominance in interspecific hybrids of some species in the mulleri complex. We investigated nucleolar dominance in D. mulleri/D. navojoa hybrids using the transcription profiles of the rDNA internal transcribed spacer (ITS-1) region. The results showed that the ribosomal cistrons present in the X chromosome and in the microchromosome of D. navojoa are exclusively or preferentially transcribed in these hybrids depending on the cross direction, denoting the complete or partial nucleolar dominance of this species over D. mulleri.

Infecções pelo Vírus Sincicial Respiratório em crianças / Respiratory Syncytial Virus Infections in children

As infecções respiratórias agudas são importante causa de morbimortalidade em pediatria em todo o mundo, particularmente nos países em desenvolvimento. As infecções respiratórias são responsáveis por mais de 25 de todo o atendimento médico pediátrico ambulatorial e hospitalar e, em torno de 90 dessas infecções são relacionadas com agentes virais. O vírus sincicial respiratório (VSR)possui distribuição mundial e constitui a causa mais comum de pneumonia viral em crianças com menos de 5 anos de idade. A bronquiolite ou a pneumonia grave têm probabilidade elevada de ocorrência em lactantes com cerca de 6 semanas de idade, com incidência máxima aos 2 meses. A infecção pelo VSR em lactantes e crianças de mais idade resulta em infecção das vias respiratórias menos agressiva do que aquela observada em lactentes com menos de 6 meses de idade. No hemisfério setentrional, os surtos de infecção pelo VSR tendem a terseu pico no inverno. Nas regiões tropicais, as epidemias pelo VSR iniciamîse no outono e vão até a primavera. A reinfecção é freqüente, porém os sintomas resultantes são mais leves, envolvendo as vias aéreas superiores. Nesta revisão são abordados aspectos importantes das infecções respiratórias por VSR relativos às características do VSR, imunidade, transmissão, epidemiologia, clínica e patologia, prevenção, tratamento, e mortalidade

Identification and complete sequencing of novel human transcripts through the use of mouse orthologs and testis cDNA sequences

The correct identification of all human genes, and their derived transcripts, has not yet been achieved, and it remains one of the major aims of the worldwide genomics community. Computational programs suggest the existence of 30,000 to 40,000 human genes. However, definitive gene identification can only be achieved by experimental approaches. We used two distinct methodologies, one based on the alignment of mouse orthologous sequences to the human genome, and another based on the construction of a high-quality human testis cDNA library, in an attempt to identify new human transcripts within the human genome sequence. We generated 47 complete human transcript sequences, comprising 27 unannotated and 20 annotated sequences. Eight of these transcripts are variants of previously known genes. These transcripts were characterized according to size, number of exons, and chromosomal localization, and a search for protein domains was undertaken based on their putative open reading frames. In silico expression analysis suggests that some of these transcripts are expressed at low levels and in a restricted set of tissues.

Mutational analysis of the GAP-related domain of the neurofibromatosis type 1 gene in Brazilian NF1 patients

Neurofibromatosis type 1 (NF1) is a common autosomal dominant disorder caused by mutations in the NF1 gene. In the present study, a total of 55 unrelated NF1 patients were screened for mutations in the GAP-related domain/GRD (exons 20-27a) by single-strand conformation polymorphism (SSCP). Four different mutations were identified and, taken together, they comprise one nonsense substitution (Q1189X), one deletion (3525-3526delAA), one missense substitution (E1356G) and one mutation in the splice acceptor site (c.4111-1G>A). One novel polymorphism (c.4514+11C>G) and other three putative polymorphisms were also found (c.3315-27G>A, V1146I and V1317A). Genotype-phenotype correlations were investigated, but no particular association was detected.

Citologia das secreçöes mamárias no diagnóstico de câncer: revisäo de 946 casos (1966 - 1988) / Cytology of the mammary gland in the diagnosis of cancer: review of 946 cases (1966 - 1988)

Estudou-se 946 casos de citologia mamária de 927 pacientes atendidas no Hospital A.C.Camargo, entre os anos de 1966-1988. Para a confirmaçäo dos diagnósticos citológicos, estes foram confrontados com os histopatológicos , obtendo-se 71,5 porcento de casos verdadeiros negativos, 18,1 porcento falsos negativos, 9,4 porcento verdadeiros positivos e 1,0 porcento de falsos positivos. A eficiência do método citológico foi de 80 porcento, a especificidade de 98 porcento, a sensibilidade de 34 porcento, e os valores preditivos positivo e negativo de 90 e 80 porcento respectivamente.

Citodiagnóstico urinário nas neoplasias uriteliais: estudo de 678 casos / Urinary cytodiagnosis in urothelial neoplasms: study of 678 cases

A confiabilidade da citologia urinária foi estudada em 678 casos, de 1966 a 1988, inclusive, no departamento de Anatomia Patológica do Hospital A. C. Camargo. Os diagnósticos citológicos foram comparados ao diagnóstico definitivo dos pacientes (embasado no diagnóstico histopatológico, na cistoscopia e/ou outras informaçöes de prontuário). A idade média foi de 59,96, com mínima de dois meses e máxima de 88 anos, de um total de 446 homens e 180 mulheres. O diagnóstico citológico apresentou 139 casos positivos (20,5%), 459 negativos (67,7%), 21 suspeitos (3,0%) e 59 insatisfatórios (8,8%). Houve 306 casos verdadeiros-negativos (58,4%), 88 falsos-negativos (16,8%), e 126 verdadeiros-positivos (24,0%) e apenas quatro casos falsos-positivos (0,76%). Näo foram feitas as correlaçöes propostas nos casos "suspeitos" e insatisfatórios; en 74 casos näo havia informaçöes suficientes para as comparaçöes necessárias. Os índices obtidos mostraram sensibilidade de 59,0%, especificidade de 98,7%, valor preditivo positivo de 96,9%, valor preditivo negativo de 77,6% e eficiência de 82,4%