Forest yield prediction under different climate change scenarios using data intelligent models in Pakistan

Abstract This study aimed to develop and evaluate data driven models for prediction of forest yield under different climate change scenarios in the Gallies forest division of district Abbottabad, Pakistan. The Random Forest (RF) and Kernel Ridge Regression (KRR) models were developed and evaluated using yield data of two species (Blue pine and Silver fir) as an objective variable and climate data (temperature, humidity, rainfall and wind speed) as predictive variables. Prediction accuracy of both the models were assessed by means of root mean squared error (RMSE), mean absolute error (MAE), correlation coefficient (r), relative root mean squared error (RRMSE), Legates-McCabes (LM), Willmotts index (WI) and Nash-Sutcliffe (NSE) metrics. Overall, the RF model outperformed the KRR model due to its higher accuracy in forecasting of forest yield. The study strongly recommends that RF model should be applied in other regions of the country for prediction of forest growth and yield, which may help in the management and future planning of forest productivity in Pakistan.

Resumo Este estudo teve como objetivo desenvolver e avaliar modelos baseados em dados para previsão da produção florestal em diferentes cenários de mudanças climáticas na divisão florestal Gallies do distrito de Abbottabad, Paquistão. Os modelos Random Forest (RF) e Kernel Ridge Regression (KRR) foram desenvolvidos e avaliados usando dados de produção de duas espécies (pinheiro-azul e abeto-prateado) como uma variável objetiva e dados climáticos (temperatura, umidade, precipitação e velocidade do vento) como preditivos variáveis. A precisão da previsão de ambos os modelos foi avaliada por meio de erro quadrático médio (RMSE), erro absoluto médio (MAE), coeficiente de correlação (r), erro quadrático médio relativo (RRMSE), Legates-McCabes (LM), índice de Willmott (WI) e métricas Nash-Sutcliffe (NSE). No geral, o modelo RF superou o modelo KRR devido à sua maior precisão na previsão do rendimento florestal. O estudo recomenda fortemente que o modelo RF seja aplicado em outras regiões do país para previsão do crescimento e produtividade florestal, o que pode ajudar no manejo e planejamento futuro da produtividade florestal no Paquistão.

Development of chitosan based microencapsulated spray dried powder of tuna fish oil: oil load impact and oxidative stability

Abstract The impact of fish oil concentration on the oxidative stability of microcapsules through the spray drying process using chitosan and maltodextrin as wall material was studied. Emulsions were prepared with different Tuna fish oil (TFO) content (TFO-10%, TFO20%, TF030% TF0-40%) while wall material concentration was kept constant. Microencapsulated powder resulting from emulsion prepared with high fish oil load have high moisture content, wettability, total oil and low encapsulation efficiency, hygroscopicity and bulk tapped density. Oxidative stability was evaluated periodically by placing microcapsules at room temperature. Microcapsules prepared with TFO-10% presented high oxidative stability in terms of peroxide value (2.94±0.04) and anisidine value (1.54±0.02) after 30 days of storage. It was concluded that optimal amounts of fish oil for microencapsulation are 10% and 20% using chitosan and maltodextrin that extended its shelf life during study period.

Resumo Foi estudado o impacto da concentração de óleo de peixe na estabilidade oxidativa de microcápsulas por meio do processo de secagem por atomização, utilizando quitosana e maltodextrina como material de parede. As emulsões foram preparadas com diferentes teores de óleo de atum (TFO) (TFO-10%, TFO20%, TF030% TF0-40%), enquanto a concentração de material de parede foi mantida constante. O pó microencapsulado resultante da emulsão preparada com alta carga de óleo de peixe tem alto teor de umidade, molhabilidade e óleo total e baixa eficiência de encapsulação, higroscopicidade e densidade extraída a granel. A estabilidade oxidativa foi avaliada periodicamente colocando microcápsulas à temperatura ambiente. As microcápsulas preparadas com TFO-10% apresentaram alta estabilidade oxidativa em termos de valor de peróxido (2,94 ± 0,04) e valor de anisidina (1,54 ± 0,02) após 30 dias de armazenamento. Concluiu-se que as quantidades ideais de óleo de peixe para microencapsulação são de 10% e 20% usando quitosana e maltodextrina que prolongaram sua vida útil durante o período de estudo.

Up-regulation of GINS1 highlighted a good diagnostic and prognostic potential of survival in three different subtypes of human cancer

Abstract Cancer is a fatal malignancy and its increasing worldwide prevalence demands the discovery of more sensitive and reliable molecular biomarkers. To investigate the GINS1 expression level and its prognostic value in distinct human cancers using a series of multi-layered in silico approach may help to establish it as a potential shared diagnostic and prognostic biomarker of different cancer subtypes. The GINS1 mRNA, protein expression, and promoter methylation were analyzed using UALCAN and Human Protein Atlas (HPA), while mRNA expression was further validated via GENT2. The potential prognostic values of GINS1 were evaluated through KM plotter. Then, cBioPortal was utilized to examine the GINS1-related genetic mutations and copy number variations (CNVs), while pathway enrichment analysis was performed using DAVID. Moreover, a correlational analysis between GINS1 expression and CD8+ T immune cells and a the construction of gene-drug interaction network was performed using TIMER, CDT, and Cytoscape. The GINS1 was found down-regulated in a single subtypes of human cancer while commonly up-regulated in 23 different other subtypes. The up-regulation of GINS1 was significantly correlated with the poor overall survival (OS) of Liver Hepatocellular Carcinoma (LIHC), Lung Adenocarcinoma (LUAD), and Kidney renal clear cell carcinoma (KIRC). The GINS1 was also found up-regulated in LIHC, LUAD, and KIRC patients of different clinicopathological features. Pathways enrichment analysis revealed the involvement of GINS1 in two diverse pathways, while few interesting correlations were also documented between GINS1 expression and its promoter methylation level, CD8+ T immune cells level, and CNVs. Moreover, we also predicted few drugs that could be used in the treatment of LIHC, LUAD, and KIRC by regulating the GINS1 expression. The expression profiling of GINS1 in the current study has suggested it a novel shared diagnostic and prognostic biomarker of LIHC, LUAD, and KIRC.

Resumo O câncer é uma doença maligna fatal e sua crescente prevalência mundial exige a descoberta de biomarcadores moleculares mais sensíveis e confiáveis. Investigar o nível de expressão de GINS1 e seu valor prognóstico em cânceres humanos distintos, usando uma série de abordagens in silico em várias camadas, pode ajudar a estabelecê-lo como um potencial biomarcador de diagnóstico e prognóstico compartilhado de diferentes subtipos de câncer. O mRNA de GINS1, a expressão da proteína e a metilação do promotor foram analisados usando UALCAN e Human Protein Atlas (HPA), enquanto a expressão de mRNA foi posteriormente validada via GENT2. Os valores prognósticos potenciais de GINS1 foram avaliados por meio do plotter KM. Em seguida, o cBioPortal foi utilizado para examinar as mutações genéticas relacionadas ao GINS1 e as variações do número de cópias (CNVs), enquanto a análise de enriquecimento da via foi realizada usando DAVID. Além disso, uma análise correlacional entre a expressão de GINS1 e células imunes T CD8 + e a construção de uma rede de interação gene-droga foi realizada usando TIMER, CDT e Cytoscape. O GINS1 foi encontrado regulado negativamente em um único subtipo de câncer humano, enquanto comumente regulado positivamente em 23 outros subtipos diferentes. A regulação positiva de GINS1 foi significativamente correlacionada com a sobrevida global pobre (OS) de Carcinoma Hepatocelular de Fígado (LIHC), Adenocarcinoma de Pulmão (LUAD) e Carcinoma de Células Claras Renais de Rim (KIRC). O GINS1 também foi encontrado regulado positivamente em pacientes LIHC, LUAD e KIRC de diferentes características clínico-patológicas. A análise de enriquecimento de vias revelou o envolvimento de GINS1 em duas vias diversas, enquanto poucas correlações interessantes também foram documentadas entre a expressão de GINS1 e seu nível de metilação do promotor, nível de células imunes T CD8 + e CNVs. Além disso, também previmos poucos medicamentos que poderiam ser usados no tratamento de LIHC, LUAD e KIRC, regulando a expressão de GINS1. O perfil de expressão de GINS1 no estudo atual sugeriu que é um novo biomarcador de diagnóstico e prognóstico compartilhado de LIHC, LUAD e KIRC.

Lernaeid parasites prevalence in commercial freshwater fish species at various fish farms in Pakistan

Abstract Reports abound on Lernaea parasitizing the brood stock, fingerlings, and marketable-sized culturable freshwater fish species in various parts of the world. We investigated seven small-scale aquaculture farms and how the prevailing Lernaea is impacting them. Randomly seven fish farms were selected to determine the prevalence percentage of lernaeid ectoparasites. Relevant information of the fishponds to estimate the various aspects such as effects of water source and quality, feed, stocking density, treatment used, and weight and length of fish, concerned with Lernaea infestation and prevalence was gathered. The results indicated that Catla catla (F. Hamilton, 1822) showed highest prevalence (41.7%) among the seven fish species, whereas Oreochromis niloticus showed zero. Other five fish species Ctenopharyngodon idella, Cirrhinus cirrhosis, Cyprinus carpio, Labeo rohita and Hypophthalmichthys molitrix showed 13.2%, 8.1%, 7.7%, 7.4%, 0.9% prevalence, respectively. In Royal Fish Farm 84.3% lernaeid infestation was observed, while no parasite was observed in the Vicents Chunnian fish farm. The water source, quality, feed, fertilizers, stocking density, water temperature, and potential treatment options displayed varying tendencies among fish farms and prevalence. Depending on the weight and length, the highest prevalence (56.7%, and 66.7%) was observed in 3501-4000 g and 81-90 cm groups. The infestation rate varied in various fish body parts with the dorsal fin the most vulnerable organ and showed 2.3% overall prevalence (while 18.4% contribution within total 12.6% infestation). Out of 147 infected fish samples, 45 were extensively contaminated by Lernaea spread. In conclusion, our findings confirm that Lernaea could pose a considerable threat to marketable fish, and various treatment options should be educated to the farmers to help mitigate the spread and potential losses. Furthermore, Catla catla is more vulnerable to Lernaea infestation (41.7%), so are the fish species being cultured at higher stocking densities.

Resumo Abundam os relatórios sobre Lernaea parasitando o estoque de cria, alevinos e espécies de peixes de água doce cultiváveis de tamanho comercial em várias partes do mundo. Investigamos sete fazendas de aquicultura de pequena escala e de que maneira a Lernaea predominante está impactando-as. Aleatoriamente, sete fazendas de peixes foram selecionadas para determinar a porcentagem de prevalência de ectoparasitas de Lernaea. Foram recolhidas informações relevantes sobre os viveiros de peixes para estimar os vários aspectos, tais como efeitos da fonte e qualidade da água, alimentação, densidade de povoamento, tratamento utilizado e peso e comprimento dos peixes, relacionados com a infestação e prevalência de Lernaea. Os resultados indicaram que Catla catla (F. Hamilton, 1822) apresentou maior prevalência (41,7%) entre as sete espécies de peixes, enquanto Oreochromis niloticus apresentou zero. Outras cinco espécies de peixes Ctenopharyngodon idella, Cirrhinus cirrhosis, Cyprinus carpio, Labeo rohita e Hypophthalmichthys molitrix apresentaram 13,2%, 8,1%, 7,7%, 7,4%, 0,9% de prevalência, respectivamente. Em Royal Fish Farm, 84,3% de infestação de Lernaea foi observada, enquanto não se observou nenhum parasita na fazenda de peixes Chunnian de Vicent. A fonte de água, qualidade, ração, fertilizantes, densidade de estocagem, temperatura da água e opções de tratamento potenciais exibiram tendências variadas entre as fazendas de peixes e prevalência. Dependendo do peso e comprimento, a maior prevalência (56,7% e 66,7%) foi observada nos grupos de 3501-4000 g e 81-90 cm. A taxa de infestação variou em várias partes do corpo dos peixes, sendo a nadadeira dorsal o órgão mais vulnerável e apresentou 2,3% de prevalência geral (enquanto 18,4% de contribuição dentro do total de 12,6% de infestação). Das 147 amostras de peixes infectados, 45 estavam amplamente contaminadas pela propagação de Lernaea. Em conclusão, nossos resultados confirmam que Lernaea pode representar uma ameaça considerável para peixes comercializáveis, e várias opções de tratamento devem ser educadas para os agricultores para ajudar a mitigar a propagação e as perdas potenciais. Além disso, Catla catla é mais vulnerável à infestação por Lernaea (41,7%), assim como as espécies de peixes sendo cultivadas em densidades de estocagem mais altas.

Impacts of mining on local fauna of wildlife in District Mardan & District Mohmand Khyber Pakhtunkhwa Pakistan

Abstract Mining is vital for human sustenance and a crucial sector in the state economy. However, its impacts on the environment and biodiversity cannot be underestimated. Which are potent to the attract governments attention. Environment and wildlife are subject to the harmful impacts of mining and its related activities. In this study, districts, namely Mardan and Mohmand have been targeted with respect to mining impacts. The assessment was carried out on wildlife adversely affected by the mining sector. The fauna has been keenly observed to bring the calculated risks and threat perception of the regional wildlife. Total 9 species of mammals, 21 species of birds, were recorded in District Mardan. While in District Mohmand 2 species of mammals, 9 species of birds, and 4 species of reptiles were studied. The Study explored that mining primarily responsible for land degradation. Which lead to food and agriculture losses. Several other factors like blasting, pollution, hunting, deforestation, habitat loss was also observed. Deforestation surfaced one of the major causes for extinction of fauna in the said region. preemptive measures are needed to seize the man-made catastrophe.

Resumo A mineração é vital para o sustento humano e um setor crucial na economia do Estado. No entanto, seus impactos sobre o meio ambiente e a biodiversidade não podem ser subestimados, visto serem potentes para atrair a atenção do governo. O meio ambiente e a vida selvagem estão sujeitos aos impactos prejudiciais da mineração e de suas atividades relacionadas. Neste estudo, os distritos, nomeadamente Mardan e Mohmand, foram selecionados no que diz respeito aos impactos da mineração. A avaliação foi realizada em animais selvagens afetados negativamente pelo setor de mineração. A fauna tem sido observada atentamente para trazer os riscos calculados e a percepção de ameaça à vida selvagem regional. Um total de nove espécies de mamíferos, 21 espécies de pássaros, foi registrado no Distrito Mardan. Enquanto no Distrito Mohmand, duas espécies de mamíferos, nove espécies de pássaros e quatro espécies de répteis foram estudadas. O estudo explorou essa mineração que é principalmente responsável pela degradação do solo, acarretando perdas de alimentos e na agricultura. Vários outros fatores como explosões, poluição, caça, desmatamento, perda de habitat também foram observados. O desmatamento veio à tona como uma das principais causas de extinção da fauna da região, e tem-se que medidas preventivas são necessárias para dimensionar a catástrofe provocada pelo homem.

Environmental sustainability assessment of wooden furniture produced in Pakistan

Abstract Life cycle assessment was carried out for a conventional wooden furniture set produced in Mardan division of the Khyber Pakhtunkhwa province of Pakistan during 2018-19. Primary data regarding inputs and outputs were collected through questionnaire surveys from 100 conventional wooden furniture set manufacturers, 50 in district Mardan and 50 in district Swabi. In the present study, cradle-to-gate life cycle assessment approach was applied for a functional unit of one conventional wooden furniture set. Production weighted average data were modelled in the environmental impacts modelling software i.e., SimaPro v.8.5. The results showed that textile used in sofa set, wood preservative for polishing and preventing insects attack and petrol used in generator had the highest contribution to all the environmental impact categories evaluated. Total cumulative energy demand for wooden furniture set manufactured was 30,005 MJ with most of the energy acquired from non-renewable fossil fuel resources.

Resumo A abordagem de avaliação do ciclo de vida foi realizada para um conjunto de móveis de madeira convencional produzido na divisão Mardan da província de Khyber Pakhtunkhwa do Paquistão durante 2018-19. Os dados primários sobre entradas e saídas foram coletados por meio de pesquisas por questionário de 100 fabricantes de conjuntos de móveis de madeira convencionais, 50 no distrito de Mardan e 50 no distrito de Swabi. No presente estudo, a abordagem de avaliação do ciclo de vida do berço ao portão foi aplicada para uma unidade funcional de um conjunto de móveis de madeira convencional. Os dados da média ponderada da produção foram modelados no software de modelagem de impactos ambientais, isto é, SimaPro v.8.5. Os resultados mostraram que os têxteis usados no conjunto de sofás, o preservativo de madeira para polir e prevenir o ataque de insetos e a gasolina usada no gerador tiveram a maior contribuição em todas as categorias de impacto ambiental avaliadas. A demanda total acumulada de energia para o conjunto de móveis de madeira fabricado foi de 30.005 MJ, com a maior parte da energia adquirida de recursos de combustíveis fósseis não renováveis.

Analysis of Germin-like protein genes family in Vitis vinifera (VvGLPs) using various in silico approaches

Abstract Germin-like proteins (GLPs) play an important role against various stresses. Vitis vinifera L. genome contains 7 GLPs; many of them are functionally unexplored. However, the computational analysis may provide important new insight into their function. Currently, physicochemical properties, subcellular localization, domain architectures, 3D structures, N-glycosylation & phosphorylation sites, and phylogeney of the VvGLPs were investigated using the latest computational tools. Their functions were predicted using the Search tool for the retrieval of interacting genes/proteins (STRING) and Blast2Go servers. Most of the VvGLPs were extracellular (43%) in nature but also showed periplasmic (29%), plasma membrane (14%), and mitochondrial- or chloroplast-specific (14%) expression. The functional analysis predicted unique enzymatic activities for these proteins including terpene synthase, isoprenoid synthase, lipoxygenase, phosphate permease, receptor kinase, and hydrolases generally mediated by Mn+ cation. VvGLPs showed similarity in the overall structure, shape, and position of the cupin domain. Functionally, VvGLPs control and regulate the production of secondary metabolites to cope with various stresses. Phylogenetically VvGLP1, -3, -4, -5, and VvGLP7 showed greater similarity due to duplication while VvGLP2 and VvGLP6 revealed a distant relationship. Promoter analysis revealed the presence of diverse cis-regulatory elements among which CAAT box, MYB, MYC, unnamed-4 were common to all of them. The analysis will help to utilize VvGLPs and their promoters in future food programs by developing resistant cultivars against various biotic (Erysiphe necator and in Powdery Mildew etc.) and abiotic (Salt, drought, heat, dehydration, etc.) stresses.

Resumo As proteínas do tipo germin (GLPs) desempenham um papel importante contra vários estresses. O genoma de Vitis vinifera L. contém 7 GLPs; muitos deles são funcionalmente inexplorados. No entanto, a análise computacional pode fornecer informações importantes sobre sua função. Atualmente, as propriedades físico-químicas, localização subcelular, arquitetura de domínio, estruturas 3D, sítios de N-glicosilação e fosforilação e estudos filogenéticos dos VvGLPs foram conduzidos usando as ferramentas computacionais mais recentes. Suas funções foram previstas usando a ferramenta Search para recuperação de genes/proteínas em interação (STRING) e servidores Blast2Go. A maioria dos VvGLPs são extracelulares (43%) na natureza, mas também mostraram expressão periplasmática (29%), na membrana plasmática (14%) e específica para mitocôndrias ou cloroplastos (14%). A análise funcional previu atividades enzimáticas únicas para essas proteínas, incluindo terpeno sintase, isoprenoide sintase, lipoxigenase, fosfato permease, receptor quinase e hidrolases geralmente mediadas por cátion Mn +. VvGLPs mostraram similaridade na estrutura geral, forma e posição do domínio cupin. Funcionalmente, os VvGLPs controlam e regulam a produção de metabólitos secundários para lidar com vários estresses. Filogeneticamente, VvGLP1, -3, -4, -5 e VvGLP7 mostraram maior similaridade devido à duplicação, enquanto VvGLP2 e VvGLP6 revelaram uma relação distante. A análise do promotor revelou a presença de diversos elementos cis-reguladores, entre os quais CAAT box, MYB, MYC, sem nome-4, sendo comum a todos eles. A análise ajudará a utilizar VvGLPs e seus promotores em programas alimentares futuros, desenvolvendo cultivares resistentes contra vários estresses bióticos (Erysiphe necator e no oídio, etc.) e abióticos (sal, seca, calor, estresse hídrico, etc.).

A disease predictive model based on epidemiological factors for the management of bacterial leaf blight of rice

Abstract Rice is a widely consumed staple food for a large part of the worlds human population. Approximately 90% of the worlds rice is grown in Asian continent and constitutes a staple food for 2.7 billion people worldwide. Bacterial leaf blight (BLB) caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae is one of the devastating diseases of rice. A field experiment was conducted during the year 2016 and 2017 to investigate the influence of different meteorological parameters on BLB development as well as the computation of a predictive model to forecast the disease well ahead of its appearance in the field. The seasonal dataset of disease incidence and environmental factors was used to assess five rice varieties/ cultivars (Basmati-2000, KSK-434, KSK-133, Super Basmati, and IRRI-9). The accumulated effect of two year environmental data; maximum and minimum temperature, relative humidity, wind speed, and rainfall, was studied and correlated with disease incidence. Average temperature (maximum & minimum) showed a negative significant correlation with BLB disease and all other variables; relative humidity, rainfall, and wind speed had a positive correlation with BLB disease development on individual varieties. Stepwise regression analysis was performed to indicate potentially useful predictor variables and to rule out incompetent parameters. Environmental data from the growing seasons of July to October 2016 and 2017 revealed that, with the exception of the lowest temperature, all environmental factors contributed to disease development throughout the cropping season. A disease prediction multiple regression model was developed based on two-year data (Y = 214.3-3.691 Max T-0.508 Min T + 0.767 RH + 2.521 RF + 5.740 WS), which explained 95% variability. This disease prediction model will not only help farmers in early detection and timely management of bacterial leaf blight disease of rice but may also help reduce input costs and improve product quality and quantity. The model will be both farmer and environmentally friendly.

Resumo O arroz é um alimento básico amplamente consumido por grande parte da população humana mundial. Aproximadamente 90% do arroz do mundo é cultivado no continente asiático e constitui um alimento básico para 2,7 bilhões de pessoas em todo o mundo. O crestamento bacteriano das folhas (BLB) causado por Xanthomonas oryzae pv. oryzae é uma das doenças devastadoras do arroz. Um experimento de campo foi realizado durante os anos de 2016 e 2017 para investigar a influência de diferentes parâmetros meteorológicos no desenvolvimento do BLB, bem como o cálculo de um modelo preditivo para prever a doença bem antes de seu aparecimento em campo. O conjunto de dados sazonais de incidência de doenças e fatores ambientais foi usado para avaliar cinco variedades/cultivares de arroz (Basmati-2000, KSK-434, KSK-133, Super Basmati e IRRI-9). O efeito acumulado de dados ambientais de dois anos; temperatura máxima e mínima, umidade relativa do ar, velocidade do vento e precipitação pluviométrica foram estudados e correlacionados com a incidência da doença. A temperatura média (máxima e mínima) apresentou correlação significativa negativa com a doença BLB e todas as outras variáveis; umidade relativa, precipitação e velocidade do vento tiveram uma correlação positiva com o desenvolvimento da doença BLB em variedades individuais. A análise de regressão stepwise foi realizada para indicar variáveis preditoras potencialmente úteis e para descartar parâmetros incompetentes. Os dados ambientais das safras de julho a outubro de 2016 e 2017 revelaram que, com exceção da temperatura mais baixa, todos os fatores ambientais contribuíram para o desenvolvimento da doença ao longo da safra. Um modelo de regressão múltipla de previsão de doença foi desenvolvido com base em dados de dois anos (Y = 214,3-3,691 Max T-0,508 Min T + 0,767 RH + 2,521 RF + 5,740 WS), que explicou 95% de variabilidade. Este modelo de previsão de doenças não só ajudará os agricultores na detecção precoce e gestão atempada da doença bacteriana das folhas do arroz, mas também pode ajudar a reduzir os custos de insumos e melhorar a qualidade e a quantidade do produto. O modelo será agricultor e ambientalmente amigável.

Up-regulation of GINS1 highlighted a good diagnostic and prognostic potential of survival in three different subtypes of human cancer / A regulação positiva de GINS1 destacou um bom potencial diagnóstico e prognóstico de sobrevivência em três subtipos diferentes de câncer humano

Abstract Cancer is a fatal malignancy and its increasing worldwide prevalence demands the discovery of more sensitive and reliable molecular biomarkers. To investigate the GINS1 expression level and its prognostic value in distinct human cancers using a series of multi-layered in silico approach may help to establish it as a potential shared diagnostic and prognostic biomarker of different cancer subtypes. The GINS1 mRNA, protein expression, and promoter methylation were analyzed using UALCAN and Human Protein Atlas (HPA), while mRNA expression was further validated via GENT2. The potential prognostic values of GINS1 were evaluated through KM plotter. Then, cBioPortal was utilized to examine the GINS1-related genetic mutations and copy number variations (CNVs), while pathway enrichment analysis was performed using DAVID. Moreover, a correlational analysis between GINS1 expression and CD8+ T immune cells and a the construction of gene-drug interaction network was performed using TIMER, CDT, and Cytoscape. The GINS1 was found down-regulated in a single subtypes of human cancer while commonly up-regulated in 23 different other subtypes. The up-regulation of GINS1 was significantly correlated with the poor overall survival (OS) of Liver Hepatocellular Carcinoma (LIHC), Lung Adenocarcinoma (LUAD), and Kidney renal clear cell carcinoma (KIRC). The GINS1 was also found up-regulated in LIHC, LUAD, and KIRC patients of different clinicopathological features. Pathways enrichment analysis revealed the involvement of GINS1 in two diverse pathways, while few interesting correlations were also documented between GINS1 expression and its promoter methylation level, CD8+ T immune cells level, and CNVs. Moreover, we also predicted few drugs that could be used in the treatment of LIHC, LUAD, and KIRC by regulating the GINS1 expression. The expression profiling of GINS1 in the current study has suggested it a novel shared diagnostic and prognostic biomarker of LIHC, LUAD, and KIRC.

Resumo O câncer é uma doença maligna fatal e sua crescente prevalência mundial exige a descoberta de biomarcadores moleculares mais sensíveis e confiáveis. Investigar o nível de expressão de GINS1 e seu valor prognóstico em cânceres humanos distintos, usando uma série de abordagens in silico em várias camadas, pode ajudar a estabelecê-lo como um potencial biomarcador de diagnóstico e prognóstico compartilhado de diferentes subtipos de câncer. O mRNA de GINS1, a expressão da proteína e a metilação do promotor foram analisados ​​usando UALCAN e Human Protein Atlas (HPA), enquanto a expressão de mRNA foi posteriormente validada via GENT2. Os valores prognósticos potenciais de GINS1 foram avaliados por meio do plotter KM. Em seguida, o cBioPortal foi utilizado para examinar as mutações genéticas relacionadas ao GINS1 e as variações do número de cópias (CNVs), enquanto a análise de enriquecimento da via foi realizada usando DAVID. Além disso, uma análise correlacional entre a expressão de GINS1 e células imunes T CD8 + e a construção de uma rede de interação gene-droga foi realizada usando TIMER, CDT e Cytoscape. O GINS1 foi encontrado regulado negativamente em um único subtipo de câncer humano, enquanto comumente regulado positivamente em 23 outros subtipos diferentes. A regulação positiva de GINS1 foi significativamente correlacionada com a sobrevida global pobre (OS) de Carcinoma Hepatocelular de Fígado (LIHC), Adenocarcinoma de Pulmão (LUAD) e Carcinoma de Células Claras Renais de Rim (KIRC). O GINS1 também foi encontrado regulado positivamente em pacientes LIHC, LUAD e KIRC de diferentes características clínico-patológicas. A análise de enriquecimento de vias revelou o envolvimento de GINS1 em duas vias diversas, enquanto poucas correlações interessantes também foram documentadas entre a expressão de GINS1 e seu nível de metilação do promotor, nível de células imunes T CD8 + e CNVs. Além disso, também previmos poucos medicamentos que poderiam ser usados ​​no tratamento de LIHC, LUAD e KIRC, regulando a expressão de GINS1. O perfil de expressão de GINS1 no estudo atual sugeriu que é um novo biomarcador de diagnóstico e prognóstico compartilhado de LIHC, LUAD e KIRC.

Impacts of mining on local fauna of wildlife in District Mardan & District Mohmand Khyber Pakhtunkhwa Pakistan / Impactos da mineração na fauna local da vida selvagem nos Distritos de Mardan e de Mohmand, Khyber Pakhtunkhwa, Paquistão

Abstract Mining is vital for human sustenance and a crucial sector in the state economy. However, its impacts on the environment and biodiversity cannot be underestimated. Which are potent to the attract government's attention. Environment and wildlife are subject to the harmful impacts of mining and its related activities. In this study, districts, namely Mardan and Mohmand have been targeted with respect to mining impacts. The assessment was carried out on wildlife adversely affected by the mining sector. The fauna has been keenly observed to bring the calculated risks and threat perception of the regional wildlife. Total 9 species of mammals, 21 species of birds, were recorded in District Mardan. While in District Mohmand 2 species of mammals, 9 species of birds, and 4 species of reptiles were studied. The Study explored that mining primarily responsible for land degradation. Which lead to food and agriculture losses. Several other factors like blasting, pollution, hunting, deforestation, habitat loss was also observed. Deforestation surfaced one of the major causes for extinction of fauna in the said region. preemptive measures are needed to seize the man-made catastrophe.

Resumo A mineração é vital para o sustento humano e um setor crucial na economia do Estado. No entanto, seus impactos sobre o meio ambiente e a biodiversidade não podem ser subestimados, visto serem potentes para atrair a atenção do governo. O meio ambiente e a vida selvagem estão sujeitos aos impactos prejudiciais da mineração e de suas atividades relacionadas. Neste estudo, os distritos, nomeadamente Mardan e Mohmand, foram selecionados ​​no que diz respeito aos impactos da mineração. A avaliação foi realizada em animais selvagens afetados negativamente pelo setor de mineração. A fauna tem sido observada atentamente para trazer os riscos calculados e a percepção de ameaça à vida selvagem regional. Um total de nove espécies de mamíferos, 21 espécies de pássaros, foi registrado no Distrito Mardan. Enquanto no Distrito Mohmand, duas espécies de mamíferos, nove espécies de pássaros e quatro espécies de répteis foram estudadas. O estudo explorou essa mineração que é principalmente responsável pela degradação do solo, acarretando perdas de alimentos e na agricultura. Vários outros fatores como explosões, poluição, caça, desmatamento, perda de habitat também foram observados. O desmatamento veio à tona como uma das principais causas de extinção da fauna da região, e tem-se que medidas preventivas são necessárias para dimensionar a catástrofe provocada pelo homem.

Environmental sustainability assessment of wooden furniture produced in Pakistan / Avaliação da sustentabilidade ambiental de móveis de madeira produzidos no Paquistão

Abstract Life cycle assessment was carried out for a conventional wooden furniture set produced in Mardan division of the Khyber Pakhtunkhwa province of Pakistan during 2018-19. Primary data regarding inputs and outputs were collected through questionnaire surveys from 100 conventional wooden furniture set manufacturers, 50 in district Mardan and 50 in district Swabi. In the present study, cradle-to-gate life cycle assessment approach was applied for a functional unit of one conventional wooden furniture set. Production weighted average data were modelled in the environmental impacts modelling software i.e., SimaPro v.8.5. The results showed that textile used in sofa set, wood preservative for polishing and preventing insects attack and petrol used in generator had the highest contribution to all the environmental impact categories evaluated. Total cumulative energy demand for wooden furniture set manufactured was 30,005 MJ with most of the energy acquired from non-renewable fossil fuel resources.

Resumo A abordagem de avaliação do ciclo de vida foi realizada para um conjunto de móveis de madeira convencional produzido na divisão Mardan da província de Khyber Pakhtunkhwa do Paquistão durante 2018-19. Os dados primários sobre entradas e saídas foram coletados por meio de pesquisas por questionário de 100 fabricantes de conjuntos de móveis de madeira convencionais, 50 no distrito de Mardan e 50 no distrito de Swabi. No presente estudo, a abordagem de avaliação do ciclo de vida do berço ao portão foi aplicada para uma unidade funcional de um conjunto de móveis de madeira convencional. Os dados da média ponderada da produção foram modelados no software de modelagem de impactos ambientais, isto é, SimaPro v.8.5. Os resultados mostraram que os têxteis usados ​​no conjunto de sofás, o preservativo de madeira para polir e prevenir o ataque de insetos e a gasolina usada no gerador tiveram a maior contribuição em todas as categorias de impacto ambiental avaliadas. A demanda total acumulada de energia para o conjunto de móveis de madeira fabricado foi de 30.005 MJ, com a maior parte da energia adquirida de recursos de combustíveis fósseis não renováveis.

Genomic characterization of Puccinia triticina using molecular marker technology / Caracterização genômica de Puccinia triticina usando tecnologia de marcadores moleculares

Leaf rust, caused by Puccinia triticina, is the most common rust disease of wheat. The fungus is an obligate parasite capable of producing infectious urediniospores. To study the genetic structure of the leaf rust population 20 RAPD primers were evaluated on 15 isolates samples collected in Pakistan. A total of 105 RAPD fragments were amplified with an average of 7 fragments per primer. The number of amplified fragments varied from 1 to 12. GL Decamer L-07 and GL Decamer L-01 amplified the highest number of bands (twelve) and primer GL Decamer A-03 amplified the lowest number of bands i.e one. Results showed that almost all investigated isolates were genetically different that confirms high genetic diversity within the leaf rust population. Rust spores can follow the migration pattern in short and long distances to neighbor areas. Results indicated that the greatest variability was revealed by 74.9% of genetic differentiation within leaf rust populations. These results suggested that each population was not completely identical and high gene flow has occurred among the leaf rust population of different areas. The highest differentiation and genetic distance among the Pakistani leaf rust populations were detected between the leaf rust population in NARC isolate (NARC-4) and AARI-11and the highest similarity was observed between NARC isolates (NARC-4) and (NARC-5). The present study showed the leaf rust population in Pakistan is highly dynamic and variable.

A ferrugem da folha, causada por Puccinia triticina, é a ferrugem mais comum do trigo. O fungo é um parasita obrigatório, capaz de produzir urediniósporos infecciosos. Para estudar a estrutura genética da população de ferrugem da folha, 20 primers RAPD foram avaliados em 15 amostras de isolados coletadas no Paquistão. Um total de 105 fragmentos RAPD foram amplificados com uma média de 7 fragmentos por primer. O número de fragmentos amplificados variou de 1 a 12. GL Decamer L-07 e GL Decamer L-01 amplificaram o maior número de bandas (doze), e o primer GL Decamer A-03 amplificou o menor número de bandas, ou seja, um. Os resultados mostraram que quase todos os isolados investigados eram geneticamente diferentes, o que confirma a alta diversidade genética na população de ferrugem da folha. Os esporos de ferrugem podem seguir o padrão de migração em distâncias curtas e longas para áreas vizinhas. Os resultados indicaram que a maior variabilidade foi revelada por 74,9% da diferenciação genética nas populações de ferrugem. Esses resultados sugeriram que cada população não era completamente idêntica e um alto fluxo gênico ocorreu entre a população de ferrugem da folha de diferentes áreas. A maior diferenciação e distância genética entre as populações de ferrugem da folha do Paquistão foram detectadas entre a população de ferrugem da folha no isolado NARC (NARC-4) e AARI-11 e a maior similaridade foi observada entre os isolados NARC (NARC-4) e (NARC-5). O presente estudo mostrou que a população de ferrugem da folha no Paquistão é altamente dinâmica e variável.

A disease predictive model based on epidemiological factors for the management of bacterial leaf blight of rice / Um modelo preditivo de doenças baseado em fatores epidemiológicos para o manejo da queima bacteriana das folhas do arroz

Rice is a widely consumed staple food for a large part of the world's human population. Approximately 90% of the world's rice is grown in Asian continent and constitutes a staple food for 2.7 billion people worldwide. Bacterial leaf blight (BLB) caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae is one of the devastating diseases of rice. A field experiment was conducted during the year 2016 and 2017 to investigate the influence of different meteorological parameters on BLB development as well as the computation of a predictive model to forecast the disease well ahead of its appearance in the field. The seasonal dataset of disease incidence and environmental factors was used to assess five rice varieties/ cultivars (Basmati-2000, KSK-434, KSK-133, Super Basmati, and IRRI-9). The accumulated effect of two year environmental data; maximum and minimum temperature, relative humidity, wind speed, and rainfall, was studied and correlated with disease incidence. Average temperature (maximum & minimum) showed a negative significant correlation with BLB disease and all other variables; relative humidity, rainfall, and wind speed had a positive correlation with BLB disease development on individual varieties. Stepwise regression analysis was performed to indicate potentially useful predictor variables and to rule out incompetent parameters. Environmental data from the growing seasons of July to October 2016 and 2017 revealed that, with the exception of the lowest temperature, all environmental factors contributed to disease development throughout the cropping season. A disease prediction multiple regression model was developed based on two-year data (Y = 214.3-3.691 Max T-0.508 Min T + 0.767 RH + 2.521 RF + 5.740 WS), which explained 95% variability. This disease prediction model will not only help farmers in early detection and timely management of bacterial leaf blight disease of rice but may also help reduce input costs and improve product quality and quantity. The model will be both farmer and environmentally friendly.

O arroz é um alimento básico amplamente consumido por grande parte da população humana mundial. Aproximadamente 90% do arroz do mundo é cultivado no continente asiático e constitui um alimento básico para 2,7 bilhões de pessoas em todo o mundo. O crestamento bacteriano das folhas (BLB) causado por Xanthomonas oryzae pv. oryzae é uma das doenças devastadoras do arroz. Um experimento de campo foi realizado durante os anos de 2016 e 2017 para investigar a influência de diferentes parâmetros meteorológicos no desenvolvimento do BLB, bem como o cálculo de um modelo preditivo para prever a doença bem antes de seu aparecimento em campo. O conjunto de dados sazonais de incidência de doenças e fatores ambientais foi usado para avaliar cinco variedades/cultivares de arroz (Basmati-2000, KSK-434, KSK-133, Super Basmati e IRRI-9). O efeito acumulado de dados ambientais de dois anos; temperatura máxima e mínima, umidade relativa do ar, velocidade do vento e precipitação pluviométrica foram estudados e correlacionados com a incidência da doença. A temperatura média (máxima e mínima) apresentou correlação significativa negativa com a doença BLB e todas as outras variáveis; umidade relativa, precipitação e velocidade do vento tiveram uma correlação positiva com o desenvolvimento da doença BLB em variedades individuais. A análise de regressão stepwise foi realizada para indicar variáveis preditoras potencialmente úteis e para descartar parâmetros incompetentes. Os dados ambientais das safras de julho a outubro de 2016 e 2017 revelaram que, com exceção da temperatura mais baixa, todos os fatores ambientais contribuíram para o desenvolvimento da doença ao longo da safra. Um modelo de regressão múltipla de previsão de doença foi desenvolvido com base em dados de dois anos (Y = 214,3-3,691 Max T-0,508 Min T + 0,767 RH + 2,521 RF + 5,740 WS), que explicou 95% de variabilidade. Este modelo de previsão de doenças não só ajudará os agricultores na detecção precoce e gestão atempada da doença bacteriana das folhas do arroz, mas também pode ajudar a reduzir os custos de insumos e melhorar a qualidade e a quantidade do produto. O modelo será agricultor e ambientalmente amigável.

Analysis of Germin-like protein genes family in Vitis vinifera (VvGLPs) using various in silico approaches / Análise da família de genes de proteínas semelhantes a germin em Vitis vinifera (VvGLPs) usando várias abordagens in silico

Germin-like proteins (GLPs) play an important role against various stresses. Vitis vinifera L. genome contains 7 GLPs; many of them are functionally unexplored. However, the computational analysis may provide important new insight into their function. Currently, physicochemical properties, subcellular localization, domain architectures, 3D structures, N-glycosylation & phosphorylation sites, and phylogeney of the VvGLPs were investigated using the latest computational tools. Their functions were predicted using the Search tool for the retrieval of interacting genes/proteins (STRING) and Blast2Go servers. Most of the VvGLPs were extracellular (43%) in nature but also showed periplasmic (29%), plasma membrane (14%), and mitochondrial- or chloroplast-specific (14%) expression. The functional analysis predicted unique enzymatic activities for these proteins including terpene synthase, isoprenoid synthase, lipoxygenase, phosphate permease, receptor kinase, and hydrolases generally mediated by Mn+ cation. VvGLPs showed similarity in the overall structure, shape, and position of the cupin domain. Functionally, VvGLPs control and regulate the production of secondary metabolites to cope with various stresses. Phylogenetically VvGLP1, -3, -4, -5, and VvGLP7 showed greater similarity due to duplication while VvGLP2 and VvGLP6 revealed a distant relationship. Promoter analysis revealed the presence of diverse cis-regulatory elements among which CAAT box, MYB, MYC, unnamed-4 were common to all of them. The analysis will help to utilize VvGLPs and their promoters in future food programs by developing resistant cultivars against various biotic (Erysiphe necator and in Powdery Mildew etc.) and abiotic (Salt, drought, heat, dehydration, etc.) stresses.

As proteínas do tipo germin (GLPs) desempenham um papel importante contra vários estresses. O genoma de Vitis vinifera L. contém 7 GLPs; muitos deles são funcionalmente inexplorados. No entanto, a análise computacional pode fornecer informações importantes sobre sua função. Atualmente, as propriedades físico-químicas, localização subcelular, arquitetura de domínio, estruturas 3D, sítios de N-glicosilação e fosforilação e estudos filogenéticos dos VvGLPs foram conduzidos usando as ferramentas computacionais mais recentes. Suas funções foram previstas usando a ferramenta Search para recuperação de genes/proteínas em interação (STRING) e servidores Blast2Go. A maioria dos VvGLPs são extracelulares (43%) na natureza, mas também mostraram expressão periplasmática (29%), na membrana plasmática (14%) e específica para mitocôndrias ou cloroplastos (14%). A análise funcional previu atividades enzimáticas únicas para essas proteínas, incluindo terpeno sintase, isoprenoide sintase, lipoxigenase, fosfato permease, receptor quinase e hidrolases geralmente mediadas por cátion Mn +. VvGLPs mostraram similaridade na estrutura geral, forma e posição do domínio cupin. Funcionalmente, os VvGLPs controlam e regulam a produção de metabólitos secundários para lidar com vários estresses. Filogeneticamente, VvGLP1, -3, -4, -5 e VvGLP7 mostraram maior similaridade devido à duplicação, enquanto VvGLP2 e VvGLP6 revelaram uma relação distante. A análise do promotor revelou a presença de diversos elementos cis-reguladores, entre os quais CAAT box, MYB, MYC, sem nome-4, sendo comum a todos eles. A análise ajudará a utilizar VvGLPs e seus promotores em programas alimentares futuros, desenvolvendo cultivares resistentes contra vários estresses bióticos (Erysiphe necator e no oídio, etc.) e abióticos (sal, seca, calor, estresse hídrico, etc.).

Forest yield prediction under different climate change scenarios using data intelligent models in Pakistan / Previsão de produção florestal em diferentes cenários de mudanças climáticas usando modelos inteligentes de dados no Paquistão

Abstract This study aimed to develop and evaluate data driven models for prediction of forest yield under different climate change scenarios in the Gallies forest division of district Abbottabad, Pakistan. The Random Forest (RF) and Kernel Ridge Regression (KRR) models were developed and evaluated using yield data of two species (Blue pine and Silver fir) as an objective variable and climate data (temperature, humidity, rainfall and wind speed) as predictive variables. Prediction accuracy of both the models were assessed by means of root mean squared error (RMSE), mean absolute error (MAE), correlation coefficient (r), relative root mean squared error (RRMSE), Legates-McCabe's (LM), Willmott's index (WI) and Nash-Sutcliffe (NSE) metrics. Overall, the RF model outperformed the KRR model due to its higher accuracy in forecasting of forest yield. The study strongly recommends that RF model should be applied in other regions of the country for prediction of forest growth and yield, which may help in the management and future planning of forest productivity in Pakistan.

Resumo Este estudo teve como objetivo desenvolver e avaliar modelos baseados em dados para previsão da produção florestal em diferentes cenários de mudanças climáticas na divisão florestal Gallies do distrito de Abbottabad, Paquistão. Os modelos Random Forest (RF) e Kernel Ridge Regression (KRR) foram desenvolvidos e avaliados usando dados de produção de duas espécies (pinheiro-azul e abeto-prateado) como uma variável objetiva e dados climáticos (temperatura, umidade, precipitação e velocidade do vento) como preditivos variáveis. A precisão da previsão de ambos os modelos foi avaliada por meio de erro quadrático médio (RMSE), erro absoluto médio (MAE), coeficiente de correlação (r), erro quadrático médio relativo (RRMSE), Legates-McCabe's (LM), índice de Willmott (WI) e métricas Nash-Sutcliffe (NSE). No geral, o modelo RF superou o modelo KRR devido à sua maior precisão na previsão do rendimento florestal. O estudo recomenda fortemente que o modelo RF seja aplicado em outras regiões do país para previsão do crescimento e produtividade florestal, o que pode ajudar no manejo e planejamento futuro da produtividade florestal no Paquistão.

Development of chitosan based microencapsulated spray dried powder of tuna fish oil: oil load impact and oxidative stability / Desenvolvimento de pó microencapsulado por pulverização de óleo de atum à base de quitosana: impacto da carga de óleo e estabilidade oxidativa

Abstract The impact of fish oil concentration on the oxidative stability of microcapsules through the spray drying process using chitosan and maltodextrin as wall material was studied. Emulsions were prepared with different Tuna fish oil (TFO) content (TFO-10%, TFO20%, TF030% TF0-40%) while wall material concentration was kept constant. Microencapsulated powder resulting from emulsion prepared with high fish oil load have high moisture content, wettability, total oil and low encapsulation efficiency, hygroscopicity and bulk tapped density. Oxidative stability was evaluated periodically by placing microcapsules at room temperature. Microcapsules prepared with TFO-10% presented high oxidative stability in terms of peroxide value (2.94±0.04) and anisidine value (1.54±0.02) after 30 days of storage. It was concluded that optimal amounts of fish oil for microencapsulation are 10% and 20% using chitosan and maltodextrin that extended its shelf life during study period.

Resumo Foi estudado o impacto da concentração de óleo de peixe na estabilidade oxidativa de microcápsulas por meio do processo de secagem por atomização, utilizando quitosana e maltodextrina como material de parede. As emulsões foram preparadas com diferentes teores de óleo de atum (TFO) (TFO-10%, TFO20%, TF030% TF0-40%), enquanto a concentração de material de parede foi mantida constante. O pó microencapsulado resultante da emulsão preparada com alta carga de óleo de peixe tem alto teor de umidade, molhabilidade e óleo total e baixa eficiência de encapsulação, higroscopicidade e densidade extraída a granel. A estabilidade oxidativa foi avaliada periodicamente colocando microcápsulas à temperatura ambiente. As microcápsulas preparadas com TFO-10% apresentaram alta estabilidade oxidativa em termos de valor de peróxido (2,94 ± 0,04) e valor de anisidina (1,54 ± 0,02) após 30 dias de armazenamento. Concluiu-se que as quantidades ideais de óleo de peixe para microencapsulação são de 10% e 20% usando quitosana e maltodextrina que prolongaram sua vida útil durante o período de estudo.

Effect of Antiretroviral Therapy on Neutrophil Oxidative Burst in Children

Objective To ascertain the efect of human immunodefciency virus (HIV) infection, as well as, antiretroviral therapy (ART) on neutrophil oxidative burst in children. Methods Fifty-fve children living with HIV infection (30 receiving ART for?2 y, 25 treatment-naïve) and 30 healthy controls, aged 18 mo–18 y, were assessed for hemogram and neutrophil oxidative burst. The treatment-naïve children were followed up and the above tests were repeated after 6 mo of ART. Results Mean (SD) serum MPO activity at 6 mo after ART [32.1 (±19.9) U/L] was comparable to that at disease onset [17.2 (±23.0) U/L], although it was signifcantly higher compared to that in children on ART?2 y [13.3 (±15.8) U/L] and controls [12.1 (±11.9) U/L]. Median fuorescence intensity (MFI) of unstimulated DHR was highest at 6 mo after ART and in the treatment-naïve group, which was signifcantly higher than in the controls, as well as, children receiving ART?2 y. Stimulation index was highest in the control group [442.4 (341.9–562.9)], which was comparable to that in children on ART?2 y [304.2 (153.2–664.8)], but was signifcantly higher than the treatment-naïve cohort [266.1 (148.2–339.4)] and children on ART for 6 mo [318.8 (154.9–395.6)]. Conclusion A hyperinfammatory state caused by an increased serum myeloperoxidase enzyme activity and increased basal neutrophil oxidative burst was seen in untreated HIV infection and during initial 6 mo of ART. ART given for?2 y normalized the impaired neutrophilic phagocytic functions.

Bi-directional screening for COVID-19, tuberculosis and diabetes in flu, DOTS and NCD clinics in a rural hospital in Northern India

Introduction: To assess the status of bi-directional screening for COVID-19, tuberculosis and diabetes among people attending Non-communicable Disease (NCD), Directly Observed Treatment Short-course (DOTS), and flu clinics of a secondary care hospital in rural northern India. Material and Methods: A cross?sectional, analytical study was conducted among the eligible (aged ?18 years) population who attended the study clinics in a rural sub-district hospital. In the flu clinic, consecutive patients were assessed for screening for TB (symptom-based) and diabetes (random blood sugar) and status of referral to DOTS and NCD clinics. Similarly, the screening for diabetes and COVID-19, Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) in the DOTS clinic, and TB and COVID-19 in the NCD clinic were assessed. The independent association of factors with COVID-19 positivity were assessed by calculating the adjusted prevalence ratios (aPR) at 95% confidence interval (CI). Results: Of the 405 people assessed, 279 (68.9%), 102 (25.2%), and 24 (5.9%) were from flu, NCD, and DOTS clinics, respectively. 26 (25.5%) and 22 (91.7%) of NCD and DOTS clinic patients underwent RT-PCR for COVID-19. TB screening in NCD and flu clinics was done among 4 (3.9%) and 7 (12.5%), respectively. A total of 23 (9.0%) were found positive for COVID-19, and no factors other than the presence of COVID-19 symptoms (aPR: 2.89; 95% CI: 1.33–6.29) had any independent association with COVID-19 positive status. Conclusion: The low screening for TB in NCD and flu clinics indicates the need to strengthen the implementation the TB-DM and TB-COVID-19 bidirectional screening. Similarly, the low screening or testing for COVID-19 in the NCD clinic can be improved by the implementation of systematic screening strategies like TB-DM bidirectional screening.

An Incidental Finding Of Button Battery In The Nose Without Any Complication- A Case Report Of A Rare Presentation

Aim And Background-A foreign body in nose presents with unilateral purulent nasal discharge, nasal obstruction and nasal bleed.We present a case in which a button battery remained uncomplicated in the nasal cavity for a year. However, if it is found, it should be removed as early as possible. A 6-year-old female child presented with aCase Description – one-year history of foul-smelling, left-sided nasal discharge. During anterior rhinoscopy, a black, rigid mass was observed. A circular foreign object was found in the floor of the left nasal cavity during a CT (computed tomography) scan of the Nose and PNS (paranasal sinuses). General anesthesia was used during the diagnostic nasal endoscopy on the child. A foreign body was visualized and removed using a curved curette. The nasal mucosa was normal on follow-up, and there was no septal perforation. A detailed history, assessment and radiological examination plays aConclusion- key role in management of foreign bodies.We report that a button battery was left in the nose for a long time without causing any problems. There were no complications from an unnoticed button battery in theClinical Significance: nose for a year. However, if it is found, it should be removed.

Status of universal drug-susceptibility testing among sputum smear-positive tuberculosis patients diagnosed at a tertiary care centre

Background & objectives: This study was aimed at estimating the proportion among sputum smear-positive tuberculosis (TB) patients diagnosed at a tertiary care centre in India, who did not undergo universal drug-susceptibility testing (UDST), assessing the sociodemographic and morbidity-related factors associated with it, ascertaining the reasons for not getting tested and estimating the proportion with any drug resistance (DR). Methods: TB Notification Register and TB Laboratory Register, maintained in Designated Microscopy Centre and Intermediate Research Laboratory, respectively were used to obtain the patient details and information regarding UDST and DR-TB status. Under UDST, the TB patients had undergone rapid molecular tests to check for any DR. TB patients who dropped out of this strategy (those who did not submit a sputum sample for DR testing even after being instructed) were telephonically contacted and asked regarding reasons for not getting themselves tested. Results: Of the 215 patients, 74 [34.4%, 95% confidence interval (CI): 28.1-41.2] did not undergo UDST. Of these 74 participants, 60 per cent reported the reason that they were not informed regarding the drug-susceptibility test. Among the 141 patients who underwent UDST, six (4.3%, 95% CI: 1.58-9.03) had DR. Non-UDST patients were significantly more in percentage among TB patients who were aged <30 years (adjusted prevalence ratio 2.36; 95% CI: 1.19-4.68) compared to >60 years. Interpretation & conclusions: The present findings point towards a need to sensitize healthcare workers and TB patients to improve UDST.