Impacto do microbioma na COVID-19 / Impact of the microbiome on COVID-19

Inúmeros estudos demonstram o papel da microbiota intestinal na aquisição e evolução do SARS-CoV-2. Atua diretamente inibindo a replicação viral, assim como indiretamente modulando a resposta imune. Alguns perfis bacterianos já foram associados com uma maior gravidade dos sintomas, baseado na já bem conhecida conexão intestino-pulmão,com a produção de metabólitos bacterianos e componentes da resposta imune. Sem dúvida, o intestino pode ser alvo de futuras intervenções, através de modulação intestinal,propiciando uma nova e promissora abordagem no manejo terapêutico dos pacientes comCOVID-19.

Numerous studies demonstrate the role of the intestinal microbiota in the acquisition and evolution of SARS-CoV-2. It acts directly by inhibiting viral replication, as well as indirectly modulating the immune response. Some bacterial profiles have already been associated with a greater severity of symptoms, based on the well-known intestinelung connection, with the production of bacterial metabolites and components of the immune response. Undoubtedly, the intestine can be the target of future interventions, through intestinal modulation, providing a new and promising approach in the therapeutic management of patients with COVID-19

Molecular epidemiology of heteroresistant vancomycin-intermediate Staphylococcus aureus in Brazil

ABSTRACTTo determine the epidemiological and molecular characteristics of 12 Staphylococcus aureus isolates presenting heteroresistance to vancomycin in laboratories of two cities in Santa Catarina, southern Brazil. Epidemiological data, including the city of isolation, health institution, and date of isolation were considered, as well as the associated clinical specimen. For molecular characterization, we analyzed the staphylococcal cassette chromosome types, the erm gene presence, and the genomic diversity of isolates using pulsed-field gel electrophoresis. The 12 isolates of S. aureus were previously confirmed as heteroresistance to vancomycin using the population analysis profile-area under curve. Regarding genetic variability, two clones were detected: the main one (clone A) composed of four isolates and the clones B, with two isolates. For clone A, two isolates presented identical band patterns and were related to the same hospital, with an interval of 57 days between their isolation. The other isolates of this clone showed no epidemiological link between them because they were isolated in different hospitals and had no temporal relationship. The other clone showed no detectable epidemiological relationship. The heteroresistance to vancomycin recovered in Santa Catarina State from 2009 to 2012 had, in general, heterogeneous genomic patterns based on pulsed-field gel electrophoresis results, which is in accordance with the fact that these isolates had little or no epidemiological relationship among them. Due to the characteristic phenotypic instability and often prolonged vancomycin therapy for selection, clonal spread is not as common as for other resistance mechanisms disseminated through horizontal gene transfer.

Evaluation of mtthods in detecting vancomycin mc among mrsa isolates and the cchanges in accuracy related to different mic values / Avaliação de métodos na detecção da MIC de vancomicina e mudanças na acurácia relacionada a diferentes valores de MIC

INTRODUCTION: Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) presenting reduced susceptibility to vancomycin has been associated to therapeutic failure. Some methods used by clinical laboratories may not be sufficiently accurate to detect this phenotype, compromising results and the outcome of the patient. OBJECTIVES: To evaluate the performance of methods in the detection of vancomycin MIC values among clinical isolates of MRSA. MATERIAL AND METHODS: The Vancomycin Minimal Inhibitory Concentration was determined for 75 MRSA isolates from inpatients of Mãe de Deus Hospital, Porto Alegre, Brazil. The broth microdilution (BM) was used as the gold-standard technique, as well as the following methods: E-test® strips (BioMérieux), M.I.C.E® strips (Oxoid), PROBAC® commercial panel and the automated system MicroScan® (Siemens). Besides, the agar screening test was carried out with 3 µg/mL of vancomycin. RESULTS: All isolates presented MIC ≤ 2 µg/mL for BM. E-test® had higher concordance (40%) in terms of global agreement with the gold standard, and there was not statistical difference among E-test® and broth microdilution results. PROBAC® panels presented MICs, in general, lower than the gold-standard panels (58.66% major errors), while M.I.C.E.® MICs were higher (67.99% minor errors). CONCLUSIONS: For the population of MRSA in question, E-test® presented the best performance, although with a heterogeneous accuracy, depending on MIC values.

INTRODUÇÃO: Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA) apresentando suscetibilidade reduzida à vancomicina tem sido associado à falha terapêutica. Alguns métodos utilizados por laboratórios clínicos podem não ser suficientemente precisos para detectar este fenótipo, comprometendo os resultados e o desfecho do paciente. OBJETIVOS: Avaliar o desempenho de métodos na detecção dos valores de MIC de vancomicina entre isolados clínicos de MRSA. MATERIAIS E MÉTODOS: Determinamos a Concentração Inibitória Mínima de Vancomicina para 75 MRSA isolados de pacientes do Hospital Mãe de Deus, Porto Alegre, Brasil. Utilizamos a microdiluição em caldo como técnica padrão-ouro e os seguintes métodos: tiras de E-test® (BioMérieux), tiras M.I.C.E® (Oxoid), painel comercial da PROBAC® e sistema automatizado MicroScan® (Siemens). Além disso, foi realizado o teste de triagem em ágar com 3 µg/mL de vancomicina. RESULTADOS: Todos os isolados apresentaram MIC ≤ 2 µg/mL. Não houve diferença estatística entre os resultados do E-test® e da microdiluição em caldo. O painel da PROBAC® apresentou MICs, em geral, menores que o padrão-ouro (58,66% de erros maiores), enquanto que as MICs pelo M.I.C.E.® foram maiores (67,99% de erros menores). CONCLUSÕES: Para nossa população de MRSA, E-test® apresentou o melhor desempenho, embora com uma acurácia heterogênea, dependendo dos valores da MIC.

Staphylococcus lugdunensis: um olhar diferenciado no laboratório clínico / Staphylococcus lugdunensis: a different view in the clinical laboratory

Os estafilococos coagulase negativos (ECNs) são cocos Gram-positivos usualmente considerados contaminantes em laboratórios de microbiologia clínica. Apesar de pertencer a este grupo, Staphylococcus lugdunensis pode causar infecções complicadas, como endocardites, infecções de pele e tecidos moles, osteomielites, entre outras. Além da formação de biofilmes, apresenta patogenicidade similar ao Staphylococcus aureus. É um dos principais agentes causadores de endocardites, com taxa de mortalidade de até 70 por cento. Pode ser confundido com S. aureus quando se utilizam testes rápidos para sua identificação, como a pesquisa de clumping factor, no caso de teste de coagulase em lâmina, ou em testes de aglutinação direta em látex. Pode ser facilmente identificado por meio de provas bioquímicas acessíveis, como a presença de atividade da ornitina descarboxilase e pirrolidonil arilamidase (PYR). Apresenta sensibilidade à maioria dos agentes antimicrobianos, devendo ser pesquisada rotineiramente a presença de betalactamases e do gene mecA por meio de testes com cefalosporina cromogênica e suscetibilidade à cefoxitina, respectivamente. Convém salientar que os critérios interpretativos utilizados para avaliar a sensibilidade à cefoxitina são os mesmos preconizados para S. aureus e diferentes dos utilizados para os outros ECNs. Apesar de incomum, o S. lugdunensis é um patógeno com acentuada virulência que deve ser corretamente identificado, pois raramente poderá ser considerado contaminante quando isolado de sítios estéreis.

Coagulase-negatives staphylococci (CNS) are Gram-positives cocci commonly regarded as contaminants in clinical microbiology laboratories. Despite belonging to this group, Staphylococcus lugdunensis may cause complicated infections such as endocarditis, skin infections and soft tissue, osteomyelitis, among others. Apart from the formation of biofilms, it has pathogenic features similar to Staphylococcus aureus. It may be mistakenly identified as S. aureus when using rapid identification tests, such as clumping factor in slide coagulase or in agglutination latex tests. It is easily identified through available biochemical tests, such as the presence of ornithine decarboxylase and pyrrolidonyl arylamidase (PYR). It presents sensitivity to most antimicrobial agents. Furthermore, the presence of beta-lactamase and mecA gene should be routinely investigated by testing with chromogenic cephalosporin and cefoxitin susceptibility, respectively. It is convenient to highlight that the interpretative criteria used to evaluate cefoxitin sensitivity are the same recommended for S. aureus and different from those used for other CNS. Despite the fact it is atypical, S. lugdunensis is a virulent pathogen, which must be accurately identified insofar as it will rarely be deemed as a contaminant when isolated from sterile sites.

Prevalence of carbapenem resistant Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii in high complexity hospital

Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii are Gram-negative bacilli that in the last decades have become prevalent agents of hospital infection due to high antimicrobial resistance developed by these microorganisms. The present study is a retrospective analysis of all positive cultures for these microorganisms in the period of January 2004 to December 2008. Resistance levels of A. baumannii and P. aeruginosa to carbapenems was high and showed a trend to increase during the period of study. In recent years the increasing incidence and resistance levels of A. baumannii and P. aeruginosa to the antimicrobials used for their treatment in the hospital setting underscores the relevance of infections caused by these bacteria. The selective pressure caused by indiscriminated use of broad-spectrum antibiotics in empirical hospital infections is probably the main reason for such an increase with the consequent impact upon patient morbidity and mortality.

Quando e como valorizar culturas de urina polimicrobianas no laboratório de microbiologia clínica / When and how to enhance polymicrobial urine cultures at the laboratory of clinical microbiology

INTRODUÇÃO: Na maioria dos laboratórios de Microbiologia considera-se contaminação uma cultura de urina com mais de um morfotipo colonial, ignorando-se o desenvolvimento ou solicitando-se novo material. Raramente o isolado é considerado significativo. OBJETIVOS: Com a finalidade de estudar as infecções urinárias polimicrobianas, no período de agosto de 2003 a janeiro de 2004, na cidade de Tubarão, Santa Catarina, foram selecionadas 117 amostras de urina de pacientes internados no Hospital Nossa Senhora da Conceição, de ambos os sexos, com idades que variavam de 14 a 98 anos. MÉTODOS: Realizou-se uma análise minuciosa dos prontuários dos pacientes. Procedeu-se o Gram da gota de urina não centrifugada e a cultura com alça calibrada de 1 ou 10 μl em ágar CLED (cistina-lactose deficiente em eletrólitos). Todas as culturas foram repetidas com nova coleta de urina com supervisão direta. Os clínicos aguardaram a segunda coleta (confirmatória) para iniciar a antibioticoterapia. Descartaram-se os pacientes que iniciaram a antibioticoterapia imediatamente após a primeira coleta ou que estavam utilizando antimicrobianos. RESULTADOS: Obteve-se o total de seis (12,8 por cento) culturas polimicrobianas confirmadas, em um universo de 47 amostras com crescimento bacteriano estudadas. Os resultados foram compatíveis com as indicações clínicas. CONCLUSÃO: É importante ressaltar a correlação entre os achados laboratoriais e as indicações clínicas dos pacientes. Recomenda-se avaliar criteriosamente isolados polimicrobianos em amostras de urina, sejam ambulatoriais ou hospitalares.

INTRODUCTION: In most microbiology laboratories, a urine culture is regarded as contaminated when there is more than one colonial morphotype, thus either it is ignored or a new sample is requested. The isolate is rarely considered significant. OBJECTIVES: In order to study the polymicrobial urinary tract infections, 117 urine samples were selected from inpatients of both genders aged from 14 to 98 years old at Nossa Senhora da Conceição Hospital, Tubarão city, Santa Catarina, Brazil, from August 2003 to January 2004. METHODS: A detailed analysis of patients' records was carried out. Gram test of non-centrifuged urine drop and culture with calibrated loop of 1 or 10 microliters in CLED agar were performed. All cultures were repeated with new urine collection under direct supervision. Physicians waited for the second collection (confirmatory test) to initiate antibiotic therapy. Patients that had started antibiotic therapy immediately after the first collection or those that were using antibiotics were discarded. RESULTS: Six polymicrobial cultures were confirmed from a total of 47 samples with bacterial growth. The results were consistent with clinical indications. CONCLUSION: It is important to emphasize the correlation between laboratory findings and patients' clinical indications. It is recommended that polymicrobial isolates in urine samples from both out-patients and inpatients should be thoroughly investigated.

A Gardnerella vaginalis e as infecções do trato urinário / The Gardnerella vaginalis and the urinary tract infections

As infecções do trato urinário (ITUs) estão entre as mais frequentes nos seres humanos. São causadas por grande variedade de uropatógenos habituais, porém podem ser provocadas por alguns micro-organismos fastidiosos, como a Gardnerella vaginalis, que é uma bactéria anaeróbia facultativa, observada sob a forma de cocobacilos Gram-variáveis. Ela habita a mucosa vaginal e eventualmente pode ocasionar ITUs. O isolamento pode ser realizado em amostras de urina utilizando o ágar CNA (colistina e ácido nalidíxico), com incubação de 48 a 72 horas em atmosfera rica em CO2. O exame de Gram de urina não centrifugada pode auxiliar o microbiologista na identificação das amostras nas quais uma bactéria fastidiosa seja o agente causal, já que a visualização de inúmeras células epiteliais, a ausência de leucócitos e a presença de mais de um tipo morfológico sugerem contaminação da amostra. Como estudos comprovam a incidência de G. vaginalis entre os agentes causadores de ITUs, o isolamento em uroculturas não deve ser desprezado. A interpretação clínica do crescimento da G. vaginalis é de difícil avaliação, sendo imprescindível a troca de informações entre o laboratório de microbiologia clínica e a equipe médica, investigando a presença de sinais e sintomas que possam estar associados à ITU.

Urinary tract infections are among the most recurrent in human beings. They are caused by a wide variety of usual uropathogens, although they may be caused by some fastidious micro-organisms, such as Gardnerella vaginalis. It is a facultative anaerobe, found in the form of Gram-variable coccobacilli. It inhabits the vaginal mucosa and occasionally may cause urinary tract infections. The isolation may be performed on urine samples using CNA agar, incubated for 48-72 hours in atmosphere rich in CO2. The Gram examination of non-centrifuged urine may aid the microbiologist in identifying samples in which a fastidious bacterium is the causative agent, since the visualization of numerous epithelial cells, the absence of leukocytes and the presence of more than one morphological type suggest sample contamination. As studies show the Gardnerella vaginalis incidence among the causative agents of urinary tract infections, the isolation in urine cultures can not be overlooked. The clinical interpretation of the Gardnerella vaginalis growth is difficult to assess, thus being essential the information exchange between the clinical microbiology laboratory and medical staff in order to investigate the presence of signs and symptoms that may be associated with urinary tract infections.