Where do we aspire to publish? A position paper on scientific communication in biochemistry and molecular biology

The scientific publication landscape is changing quickly, with an enormous increase in options and models. Articles can be published in a complex variety of journals that differ in their presentation format (online-only or in-print), editorial organizations that maintain them (commercial and/or society-based), editorial handling (academic or professional editors), editorial board composition (academic or professional), payment options to cover editorial costs (open access or pay-to-read), indexation, visibility, branding, and other aspects. Additionally, online submissions of non-revised versions of manuscripts prior to seeking publication in a peer-reviewed journal (a practice known as pre-printing) are a growing trend in biological sciences. In this changing landscape, researchers in biochemistry and molecular biology must re-think their priorities in terms of scientific output dissemination. The evaluation processes and institutional funding for scientific publications should also be revised accordingly. This article presents the results of discussions within the Department of Biochemistry, University of São Paulo, on this subject.

Prevalence of metabolic syndrome and its association with educational inequalities among Brazilian adults: a population-based study

The present study estimated the prevalence of metabolic syndrome (MS) according to the criteria established by the National Cholesterol Education Program-Adult Treatment Panel III (NCEP-ATPIII) and the International Diabetes Federation (IDF) and analyzed the contribution of social factors in an adult urban population in the Southeastern region of Brazil. The sample plan was based on multistage probability sampling according to family head income and educational level. A random sample of 1116 subjects aged 30 to 79 years was studied. Participants answered a questionnaire about socio-demographic variables and medical history. Fasting capillary glucose (FCG), total cholesterol, high-density lipoprotein cholesterol (HDL-C), and triglycerides were determined and all non-diabetic subjects were submitted to the 75-g oral glucose tolerance test. Body mass index (BMI, kg/m²), waist circumference and blood pressure (BP) were determined. Age- and gender-adjusted prevalence of MS was 35.9 and 43.2 percent according to NCEP-ATPIII and IDF criteria, respectively. Substantial agreement was found between NCEP-ATPIII and IDF definitions. Low HDL-C levels and high BP were the most prevalent MS components according to NCEP-ATPIII criteria (76.3 and 59.2 percent, respectively). Considering the diagnostic criteria adopted, 13.5 percent of the subjects had diabetes and 9.7 percent had FCG ≥100 mg/dL. MS prevalence was significantly associated with age, skin color, BMI, and educational level. This cross-sectional population-based study in the Southeastern region of Brazil indicates that MS is highly prevalent and associated with an important social indicator, i.e., educational level. This result suggests that in developing countries health policy planning to reduce the risk of MS, in particular, should consider improvement in education.

Diurnal and seasonal carbon balance of four tropical tree species differing in successional status / Balanço de carbono diurno e sazonal de quatro espécies tropicais arbóreas de diferentes grupos sucessionais

This study addressed some questions about how a suitable leaf carbon balance can be attained for different functional groups of tropical tree species under contrasting forest light environments. The study was carried out in a fragment of semi-deciduous seasonal forest in Narandiba county, São Paulo Estate, Brazil. 10-month-old seedlings of four tropical tree species, Bauhinia forficata Link (Caesalpinioideae) and Guazuma ulmifolia Lam. (Sterculiaceae) as light-demanding pioneer species, and Hymenaea courbaril L. (Caesalpinioideae) and Esenbeckia leiocarpa Engl. (Rutaceae) as late successional species, were grown under gap and understorey conditions. Diurnal courses of net photosynthesis (Pn) and transpiration were recorded with an open system portable infrared gas analyzer in two different seasons. Dark respiration and photorespiration were also evaluated in the same leaves used for Pn measurements after dark adaptation. Our results showed that diurnal-integrated dark respiration (Rdi) of late successional species were similar to pioneer species. On the other hand, photorespiration rates were often higher in pioneer than in late successional species in the gap. However, the relative contribution of these parameters to leaf carbon balance was similar in all species in both environmental conditions. Considering diurnal-integrated values, gross photosynthesis (Pgi) was dramatically higher in gap than in understorey, regardless of species. In both evaluated months, there were no differences among species of different functional groups under shade conditions. The same was observed in May (dry season) under gap conditions. In such light environment, pioneers were distinguished from late successional species in November (wet season), showing that ecophysiological performance can have a straightforward relation to seasonality.

Este estudo considerou algumas questões sobre como um adequado balanço de carbono foliar pode ser obtido por diferentes grupos funcionais de espécies tropicais arbóreas sob contrastantes ambientes luminosos em uma floresta. O estudo foi realizado em um fragmento de floresta estacional semidecidual localizada no município de Narandiba, Estado de São Paulo. Plântulas com dez meses de idade de quatro espécies, Bauhinia forficata Link (Caesalpinioideae) e Guazuma ulmifolia Lam. (Sterculiaceae) como espécies pioneiras, e Hymenaea courbaril L. (Caesalpinioideae) e Esenbeckia leiocarpa Engl. (Rutaceae) como espécies secundárias, cresceram em um ambiente de clareira e um de sub-bosque durante nove meses. Cursos diários da fotossíntese líquida (Pn) e transpiração foram medidos com um medidor portátil de trocas gasosas por infravermelho nas estações seca e chuvosa. A respiração no escuro (Rd) e a fotorrespiração (Pr) foram também avaliadas nas mesmas folhas utilizadas para as medidas de Pn após um período de adaptação ao escuro. Nossos resultados mostraram que a respiração integrada ao longo do dia foi similar entre as espécies dos dois grupos sucessionais. Por outro lado, a fotorrespiração das espécies pioneiras foi freqüentemente maior do que nas espécies secundárias em condições de clareira. Todavia, a contribuição relativa de Pr no balanço de carbono nas folhas foi similar em todas as espécies em ambos os ambientes. Independentemente da espécie, a fotossíntese bruta, considerando os valores integrados ao longo do dia, foi significativamente maior na clareira que no sub-bosque. Nas duas épocas avaliadas, não foram observadas diferenças significativas em nenhum dos parâmetros avaliados entre as espécies crescidas no ambiente de sub-bosque. O mesmo foi observado no mês de maio sob condições de clareira. No mês de novembro, as espécies pioneiras apresentaram uma performance ecofisiológica significativamente distinta das espécies secundárias no ...

Desempenho e consumo de matéria seca de bovinos sob suplementação protéico-energética, durante a época de transição água-seca / Protein and energy supplementation of steers during the transition of the wet to the dry season

Avaliou-se o efeito da suplementação protéico-energética em dois níveis de ingestão diária, 0,17 e 0,37 por cento do peso vivo médio, sobre o no desempenho e consumo de matéria seca por bovinos, em pastagens de Brachiaria brizantha cv. Marandu. Para avaliação do desempenho foram utilizados 42 novilhos (Holandês x Gir - HG), com média de 211kg de peso vivo inicial (PVI) e para a avaliação do consumo de matéria seca total (CMST) e de forragem (CMSF) foram usados 15 novilhos inteiros HG, com 239kg de PVI. Os tratamentos foram: SM - controle; SUP1 - suplementação protéico-energética com ingestão média diária de 0,17 por cento do peso vivo e SUP2 - suplementação protéico-energética com ingestão média diária de 0,37 por cento do peso vivo (PV). Os valores do CMSF foram de 2,6, 2,4 e 2,3 por cento PV, e os de CMST 2,6, 2,6 e 2,6 por cento PV, para SM, SUP1 e SUP2, respectivamente. Esses valores não diferiram entre si (P>0,05). A suplementação protéico-energética proporcionou maior ganho de peso, 0,54, 0,66 e 0,75kg/cabeça/dia para SM, SUP1 e SUP2, respectivamente.

The effect of two levels of daily intake (0.17 percent and 0.37 percent of live weight) of protein and energy supplementation on weight gain and on dry matter intake of bulls grazing Brachiaria Brizantha cv. Marandu grass was evaluated. Forty two bulls (Holstein x Gir - HG), averaging 211kg initial LW, were used in the performance trial, and 15 HG steers, averaging 239kg initial LW, for evaluation of total dry matter intake (TDMI) and forage dry matter intake (FDMI). The treatments were: MS - mineral supplementation, SUP1 - protein and energy supplementation with an average daily intake of 0.17 percent of the live body weight, and SUP2 - protein and energy supplementation with an average daily intake of 0.37 percent of the live body weight. The average FDMI intakes were 2.6, 2.4, and 2.3 percent of the LW, for MS, SUP1 and SUP2, respectively. The average TDMI intakes were 2.6, 2.6, and 2.6 percent for MS, SUP1, and SUP2, respectively. Protein and energy supplementation increased weight gain from 0.54kg/day in the MS treatment to 0.66 and 0.75kg/day for SUP1 and SUP2, respectively.

Functional groups of forest succession as dissipative structures: an applied study

Este estudo testou a hipótese de que maior eficiência dissipativa de espécies arbóreas tropicais poderia apresentar vantagem ecológica no processo de sucessão florestal. Medidas diárias de trocas gasosas de uma espécie pioneira (Guazuma ulmifolia) e de uma espécie secundária tardia (Cariniana legalis) foram realizadas em plantas irrigadas e com deficiência hídrica. Análises da conectância da rede de trocas gasosas (Cg) e da autonomia (At) da planta em relação ao ambiente foram realizadas com o objetivo de verificar mudanças metabólicas na rede em resposta à deficiência hídrica. Como estimativa global da dissipação de calor latente, foi avaliada a capacidade de manutenção e resfriamento da temperatura foliar diante das mudanças na temperatura do ar (deltaT = TºC ar - TºC folha). As mudanças observadas nos parâmetros sistêmicos (Cg e At) e fisiológicos em resposta à perturbação ambiental, associadas à discrepante taxa de crescimento entre as espécies, sugeriram que a formação inicial do dossel de uma clareira por espécies pioneiras poderia ser resultado das maiores taxas de fotossíntese dessas espécies, e não necessariamente decorrentes do fato de as espécies secundárias tardias não suportarem o ambiente heterogêneo da clareira. Nossos resultados indicam que os maiores valores de assimilação de CO2 das espécies pioneiras são conseqüência da maior eficiência da estrutura dissipativa como um todo, envolvendo os processos de degradação e dissipação de energia, desde que não haja restrição hídrica. Como resultado prático, nosso estudo sugere a análise de DT para avaliar a eficiência da estrutura dissipativa e auxiliar na caracterização dos grupos funcionais.

Monoartrite de joelho como manifestação isolada de paracoccidioidomicose / Monoarthritis of the knee as an isolated manifestation of paracoccidioidomycosis

Artrite como manifestação isolada de paracoccidioidomicose, tem sido raramente descrita na literatura médica. O presente relato, descreve mulher de 46 anos de idade, com monoartrite crônica do joelho em tratamento com anti-inflamatórios não hormonais durante 4 anos, cujo diagnóstico definitivo foi obtido apenas por biópsia da membrana sinovial, que revelou uma inflamação crônica granulomatosa de tipo tuberculóide, com abundantes elementos leveduriformes do Paracoccidioides brasiliensis. A terapêutica específica (iniciada com ketoconazol e seguida por cotrimoxazol) levou à completa recuperação funcional da articulação acometida. Não se detectou a presença de outros sítios acometidos pela doença, apesar da utilização de vários métodos propedêuticos, incluindo tomografia axial computadorizada do tórax e abdome. Os autores chamam a atenção para a raridade do caso e discutem os possíveis fenômenos fisiopatológicos responsáveis por esta monoartrite fúngica.

Osteoarthritis in paracoccidioidomycosis has been rarely reported. The present case describes a 36-[quot ]year[quot ]-old woman, with chronic monoarthritis in the knee lasting 4 years. The diagnosis was achieved only after synovial biopsy, by anatomopathological examination showing granulomatous reaction with a large number of the characteristic [quot ]pilot wheel[quot ]Paracoccidioides brasiliensis yeast cells. Specific therapy, initially with ketoconazole and followed by cotrimoxazole led to complete functional recovery of the compromised joint. No other affected site was detected by various propaedeutic methods, including computed axial tomography of the thorax and abdomen. The authors emphasize the rarity of the case and discuss its possible pathophysiology.