Web-tools for the genomic analysis of the 2022 Monkeypox virus global outbreak / Herramientas web para el análisis genómico del virus de la viruela símica durante el brote mundial de 2022

Abstract The resources and platforms available on the internet for collecting and sharing information and performing genomic sequence analysis have made it possible to follow closely the evolution the evolution of SARS-CoV-2. However, the current monkeypox outbreak in the world brings us back to the need to use these resources to appraise the extent of this outbreak. The objective of this work was an analysis of the information presented so far in the genomic database GISAID EpiPox™, using various tools available on the web. The results indicate that the monkeypox outbreak is referred as MPXV clade II B.1 lineage and sub-lineages, isolated from male patients mainly from the European and American continents. In the current scenario, the access to genomic sequences, epidemiological information, and tools available to the scientific community is of great importance for global public health in order to follow the evolution of pathogens.

Resumen Los recursos y plataformas disponibles en Internet para recopilar, compartir información y realizar análisis de secuencias genómicas han permitido seguir de cerca la evolución del SARS-CoV-2. El actual brote global de viruela del mono en el mundo, requiere de nuevo utilizar estos recursos para conocer el alcance de este brote. El objetivo de este trabajo fue un análisis de la información presentada hasta el momento en la base de datos genómica EpiPox™ de GISAID, utilizando diversas herramientas disponibles en la web. Los resultados indican que el brote de la viruela del mono o símica está referido al linaje y sub-linajes B.1 del clado II de MPXV, aislado principalmente de pacientes hombres de Europa y América. En el escenario actual, el acceso a las secuencias genómicas, la información epidemiológica, y las herramientas disponibles para la comunidad científica son de gran importancia para la salud pública mundial con el fin de seguir la evolución de los patógenos.

Sub-lineages of the Omicron variant of SARS-CoV-2: characteristic mutations and their relation to epidemiological behavior / Sub-linajes de la variante Ómicron del SARS-CoV-2: mutaciones características y su relación con el comportamiento epidemiológico

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of SARS-CoV-2, the coronavirus responsible for COVID-19, emerges, causing immediate concern, due to the explosive increase in cases in South Africa and a large number of mutations. This study describes the characteristic mutations of the Omicron variant in the Spike protein, and the behavior of the successive epidemic waves associated to the sub-lineages throughout the world. The mutations in the Spike protein described are related to the virus ability to evade the protection elicited by current vaccines, as well as with possible reduced susceptibility to host proteases for priming of the fusion process, and how this might be related to changes in tropism, a replication enhanced in nasal epithelial cells, and reduced in pulmonary tissue; traits probably associated with the apparent reduced severity of Omicron compared to other variants.

Resumen A finales de 2021 surge la variante Omicron del SARS-CoV-2, el coronavirus responsable de la COVID-19, causando preocupación inmediata, debido al aumento explosivo de casos en Suráfrica, y a su gran cantidad de mutaciones. Este estudio describe las mutaciones características de la variante Ómicron en la proteína de la Espiga (S) y el comportamiento de las sucesivas olas epidémicas asociadas a la circulación de sus sub-linajes en todo el mundo. Las mutaciones en la proteína S descritas están relacionadas con su capacidad para evadir la protección provocada por las vacunas actuales, así como su posible susceptibilidad reducida a las proteasas del hospedero para la preparación del proceso de fusión. Se infiere cómo esto podría estar relacionado con su cambio en el tropismo, con una replicación mayor en las células epiteliales nasales y menor en el tejido pulmonar, rasgos probablemente asociados a su aparente menor gravedad en comparación con otras variantes.

Detection of the Omicron variant of SARSCoV-2 by restriction analysis targeting the mutations K417N and N440K of the spike protein / Detección de la Variante Ómicron del SARS-CoV-2 por análisis de restricción de dos mutaciones de la proteína de la espiga

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of concern (VOC) emerges in South Africa. This variant caused immediate concern, due to the explosive increase in cases associated with it and the large number of mutations it exhibits. In this study, the restriction sites that allow detecting the mutations K417N and N440K in the Spike gene are described. This analysis allows us to propose a rapid method for the identification of cases infected with the Omicron variant. We show that the proposed methodology can contribute to provide more information on the prevalence and rapid detection of cases of this new VOC.

Resumen Para finales de 2021 surge la variante de preocupación (VOC por sus siglas en inglés) Ómicron en Sudáfrica. Esta variante causó de forma inmediata preocupación, debido al aumento explosivo de casos asociados a ella y al gran número de mutaciones que exhibe. En este estudio, se describen los sitios de restricción que permiten detectar dos de estas mutaciones en el gen de la espiga, las mutaciones K417N y N440K. Este análisis permite proponer un método rápido para la identificación de casos infectados con la variante Ómicron. Mostramos que la metodología propuesta puede contribuir a proporcionar más información sobre la prevalencia y a detectar rápidamente los casos de esta nueva VOC.

Desempeño de métodos moleculares para la identificación de subtipos poco comunes del virus de la hepatitis C, genotipo 2 / Performance of molecular methods for identification of unusual subtypes of hepatitis C virus genotype 2

Resumen Introducción. El virus de la hepatitis C (HCV) presenta una gran variabilidad genética, con siete genotipos y numerosos subtipos. La determinación del tipo viral ha sido fundamental para la escogencia y la duración del tratamiento antiviral adecuado. En Venezuela, el genotipo 2 del HCV es relativamente diverso, siendo particularmente prevalente el subtipo 2j. Objetivo. Evaluar el desempeño de las metodologías para la determinación del genotipo del HCV, particularmente para la identificación del subtipo 2j. Materiales y métodos. Se determinaron el genotipo y el subtipo del HCV mediante la técnica de hibridación inversa LiPA (Line Probe Assay) y secuenciación de las regiones genómicas 5'NC y NS5B del virus. Resultados. En 65 muestras analizadas, la metodología basada en la amplificación de la región 5'NC mostró mayor sensibilidad (100 %), en comparación con la técnica LiPA (91 %) y la secuenciación de la región NS5B (77 %). La determinación de genotipo, tomando como método de referencia la secuenciación de NS5B, mostró un alto grado de concordancia para la secuenciación de la región 5´NC y la hibridación inversa LiPA, con 100 % en la asignación de genotipos, comparado con 70 % y 66 % para los subtipos, respectivamente. La secuenciación de la región NS5B permitió identificar los subtipos 2j y 2s, los cuales no fueron detectados por las otras metodologías. No se observó un patrón característico para las muestras subtipo 2j en la hibridación inversa LiPA. Conclusión. Aunque es la metodología con menor sensibilidad, la secuenciación de la región NS5B es una herramienta poderosa para la correcta discriminación de los distintos subtipos circulantes del HCV, lo cual reviste importancia epidemiológica.

Abstract Introduction: Hepatitis C virus (HCV) displays high genetic variability, with seven genotypes and numerous subtypes. The determination of the viral type has been essential for the selection and timing of antiviral treatment. In Venezuela, HCV genotype 2 is relatively diverse, being particularly prevalent subtype 2j. Objective: To evaluate the performance of methodologies for genotyping HCV, particularly for identification of subtype 2j. Materials and methods: HCV genotype and subtype were determined by reverse hybridization technique (LiPA) and sequencing of the HCV 5'UTR and NS5B regions. Results: A total of 65 samples from HCV-infected patients were analyzed. PCR amplifications of the 5'UTR region exhibited the highest sensitivity (100% vs 91% for LiPA and 77% for NS5B). Genotype determination, taking as reference test NS5B, showed 100% concordance with the other methods, and 67% and 59% for subtypes with 5´NC and LiPA, respectively. NS5B sequencing allowed the identification of subtypes 2j and 2s, which were not detected by the other methods. A specific LiPA pattern was not observed for HCV subtype 2j. Conclusion: Although being the methodology with lowest sensitivity for amplification of HCV RNA, sequencing NS5B region remains a powerful tool for correct discrimination of the different HCV subtypes, which is of epidemiological relevance.

Caracterización molecular del virus de la Hepatitis C en pacientes remitidos al Laboratorio Regional de Salud Pública del Hospital Universitario “Antonio Patricio de Alcalá”, Cumaná, Venezuela / Molecular characterization of hepatitis C virus in patients referred to a reference laboratory of public health, University Hospital “Antonio Patricio de Alcalá”, Cumaná, Venezuela

La Organización Mundial de la Salud estima que aproximadamente 170 millones de personas están crónicamente infectadas por el virus de la hepatitis C (VHC). En este estudio se evaluó la presencia de anticuerpos contra el VHC en pacientes remitidos durante enero de 2010 a febrero de 2013, al Laboratorio Regional de Salud Pública del Hospital Universitario “Antonio Patricio de Alcalᔠen Cumaná, Venezuela. La presencia de anticuerpos se hizo mediante dos ensayos de ELISA y se determinaron los genotipos circulantes a través de análisis filogenéticos de fragmentos de genoma viral amplificados por la región 5’ no codificante (5’NC) y región no estructural 5b (NS5b) usando la transcripción reversa y reacción en cadena de la polimerasa en dos rondas (RT-PCR). Se encontró una prevalencia de anticuerpos contra el VHC del 0,57 % (17/3005), siendo el grupo etario mayor de 41 años el más afectado (0,9 %). Un total de 16 muestras resultaron positivas para la presencia del ARN viral por RT-PCR en la región 5´NC (16/17, 94 %). El análisis filogenético de la región 5´NC permitió identificar la circulación del genotipo 2 y 1 y de un genotipo 3 y uno 4. Mediante análisis filogenéticos de la región NS5b, se observó la presencia de diversos subtipos dentro del genotipo 2 (2a, 2j y 2s), lo que concuerda con estudios anteriores que muestran que este genotipo es relativamente diverso en nuestro país.

The World Health Organization estimates that approximately 170 million people are chronically infected with hepatitis C virus (HCV). This study evaluated the presence of antibodies against HCV by two immunoassays. HCV genotypes were analyzed by phylogenetic analysis of viral genome fragments amplified from the 5 ‘non-coding (5’NC) region and non-structural region 5b (NS5b), using reverse transcription and nested polymerase chain reaction (RT-PCR), in patients referred from January 2010 to February 2013 to the Reference Laboratory of Public Health, University Hospital “Antonio Patricio de Alcalá”. The prevalence of anti-HCV antibodies was 0.57% (17/3005), being the group of patients older than 41 years the most affected (0.9%). A total of 16 samples were found positive for HCV RNA by RT-PCR in the 5’NC region (16/17, 94%). Phylogenetic analysis of the 5´NC region allowed to identify the circulation of genotypes 2 and 1, and one genotype 3 and one 4. By phylogenetic analysis of the NS5b region, diverse subtypes of HCV genotype 2 were identified (2a, 2j and 2s). This finding is in accordance with previous studies that indicate that this genotype is relatively diverse in our country.

Infección por el virus de la hepatitis C (HCV) en pacientes hemodializados seronegativos para anticuerpos anti-HCV / Hepatitis C virus (HCV) infection in hemodialysed patients seronegative for anti-HCV antibodies

La infección por el virus de la hepatitis C (HCV) es común en pacientes hemodializados. Se evaluaron 43 sueros de pacientes de la Unidad de Diálisis “Dr. José Maza Carvajal” del Servicio Autónomo del Hospital Universitario “Antonio Patricio de Alcalᔠ(SAHUAPA), en Cumaná, estado Sucre. Se determinaron anticuerpos IgG séricos contra el HCV (anti-HCV) utilizando tres técnicas inmunoenzimáticas. Para amplificar la región 5’ no codificante (5’NC) se usó la técnica de transcripción reversa de la reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR), en muestras positivas y negativas para anti-HCV. La presencia de anticuerpos y RNA del HCV fue de 9,3% y la presencia de RNA del HCV en pacientes con anti-HCV negativos fue de 42%, lo cual representó una frecuencia de infección activa de 51%. Análisis filogenéticos de la región 5’NC evidenciaron que el genotipo 2 fue el más prevalente, en particular el subtipo 2b, seguido por el genotipo 1, mientras que en siete muestras no se logró identificar el subtipo. La presencia de un alto número de pacientes seronegativos e infectados con el HCV puede deberse al estado de inmunocompromiso de estos pacientes; de allí la importancia de la determinación de la viremia.

Hepatitis C virus infection is common in hemodialysed patients. Sera from 43 patients from the Dialysis Unit “Dr. José Maza Carvajal” of the University Hospital “Antonio Patricio de Alcalá”, in Cumana, Sucre state, were evaluated. Antibodies against HCV (anti-HCV) were determined using three immunosorbent assays. The 5 ‘non-coding (5’NC) HCV region was amplified by RT-PCR in all samples. The presence of antibodies and HCV RNA was 9.3% and of HCV RNA in seronegative sera 42%, which represents a frequency of infection of 51%. Phylogenetic analysis of the 5’NC region showed that genotype 2 was the most frequently found, particularly due to subtype 2b, followed by genotype 1, while seven subtypes could not be determined. The presence of a high number of seronegative HCV-infected hemodialysed patients might be due to the immunocompromised condition of these patients; hence the importance of determining the viremia.