Variability in HIV-1 partial genomic sequences in Costa Rican patients: analysis with different bioinformatics tools / Variabilidad de secuencias genómicas parciales del VIH-1 en pacientes costarricenses: análisis con diferentes herramientas bioinformáticas

OBJECTIVE: To estimate subtype and genomic variability in the HIV pol gene of Costa Rican patients by using different bioinformatics tools and to use this information to establish new policies to better manage these patients. METHODS: A total of 113 pol sequences available from Costa Rican patients under highly active antiretroviral therapy were analyzed by using the Genotyping, REGA, Stanford, and MEGA programs. The pol sequences came from 77 virologic failures (VF) and 36 basal samples (BS). Of the 77 VF, 22 also were sequenced in the env region. RESULTS: No major differences were found among the variables studied. However, there was a tendency for more variability in VF patients with a high baseline viral load. In the pol gene, 75 percent-83 percent of BS and 66 percent-75 percent of VF samples were pure B subtype by Genotyping and REGA, respectively. The other samples presented variations related mainly to circulating recombinant form CRF12 by genotyping or to CRF17 or -29 by phylogenetic analysis or a new possible BD recombinant with all programs. In the Stanford program, all variable samples showed a subtype B with high polymorphism. The variability in the env sequences was lower than that in the pol region. CONCLUSION: The B subtype is predominant in Costa Rican HIV-positive patients. There is high variability within sequences with potential recombination between B and F or D subtypes. The BD recombinant has not been previously reported. This high variability is likely the result of possible recombinant events, nonadherence to antiretroviral therapy, sexual intercourse without protection, and many sexual partners. Similar studies should be done in other countries in the Region, in particular in those places with extensive immigration, in order to decrease the possibility of virus variability as well as the cost of antiretroviral therapy.

OBJETIVOS: Determinar el subtipo y la variabilidad genómica del gen pol del VIH de pacientes costarricenses mediante diferentes herramientas bioinformáticas y el uso de esta información para establecer nuevas políticas para mejorar el diagnóstico y el tratamiento de estos pacientes. MÉTODOS: Se analizaron 113 secuencias del gen pol de pacientes costarricenses bajo tratamiento antirretrovírico de gran actividad mediante cuatro programas: Genotyping, REGA, Stanford y MEGA. Las secuencias pol analizadas provenían de 77 casos considerados fracasos virológicos (FV) y 36 muestras iniciales (MI). También se secuenció la región env de 22 de los 77 FV. RESULTADOS: No se encontraron diferencias importantes entre las variables estudiadas. No obstante, se observó una tendencia a una mayor variabilidad en los pacientes FV que tenían una elevada carga viral inicial. Con respecto al gen pol, 77-83 por ciento de las MI y 66-75 por ciento de las muestras de los FV eran del subtipo B puro según Genotyping y REGA, respectivamente. Las otras muestras presentaron variaciones relacionadas principalmente con la forma recombinante en circulación CRF-12 según Genotyping, con la CRF-17 o la CRF-29 según el análisis filogenético, o una nueva posible forma recombinante BD según todos los programas. Con el programa Stanford, todas las muestras variables reflejaron un subtipo B con elevado polimorfismo. La variabilidad de la secuencia env fue menor que la de la región pol. CONCLUSIONES: El subtipo B fue el predominante en los pacientes positivos al VIH en Costa Rica. Existe una alta variabilidad en las secuencias con una posible recombinación entre los subtipos B, y F o D. La forma recombinante BD no se había notificado antes. Esta elevada variabilidad parece ser el resultado de posibles eventos de recombinación, la falta de adhesión al tratamiento antirretrovírico, las relaciones sexuales sin protección y numerosas parejas sexuales. Se deben emprender estudios similares en otros países de la Región, en particular en los lugares con mucha inmigración, para reducir tanto la posibilidad de que el virus varíe como el costo del tratamiento antirretrovírico.

Development of a Lepto-IgM EIACR test to diagnose leptospirosis disease in Costa Rican patient samples

Leptospirosis es una enfermedad febril endémica en Costa Rica que puede ser mal diagnosticada, ya que sus manifestaciones varían desde síntomas similares a gripe, hasta enfermedades severas que afectan órganos vitales como el riñón, hígado o pulmón. Por ello es importante un diagnóstico específico y temprano. El propósito de este estudio fue desarrollar un ELISA anti-IgM (Lepto-IgM EIACR) y compararlo con Lepto-Dipstick IgM (Lepto-DS IgM) y PanBio-EIA IgM utilizando como prueba de referencia la Microaglutinación MAT. Se usó el suero de 736 donadores de sangre como control negativo para determinar la especificidad del ensayo (97,1 po rciento, CI (96-98). Pruebas de reacción cruzada fueron analizadas en 268 muestras de pacientes distribuidos en 6 enfermedades. Dengue y Sarampión mostraron los valores más altos de reactividad (16 por ciento) y Rubeola el más bajo (3 por ciento). La sensibilidad de Lepto- IgM EIACR fue 90,9 por ciento (CI (81-100), mientras que Lepto-DS IgM alcanz¢ un 48,5 porciento (CI (31-66), la cual se calculó a partir de 33 sueros pareados de 96, que fueron enviados para el diagnóstico de Leptospira sp. Las serovariedades más prevalentes detectadas por MAT en estas muestras fueron: Hebdomadis 14,7 por ciento, Hardjo 11,8 por ciento, Pomona 8,8 por ciento e Icterohaemorrhagiae 5,9 por ciento. Adicionalmente, de 59 muestras agudas de pacientes febriles que fueron inicialmente analizadas por PanBio-EIA IgM, 21 resultaron positivas, de éstas, Lepto-IgM EIACR y Lepto-DS IgM, detectaron el 80,9 por ciento y 33,3 por ciento respectivamente. Los resultados de la evaluación indican que Lepto-IgM EIACR podría ser una buena alternativa para detectar leptospirosis aguda en Costa Rica.

Study of antiretroviral mutants in HIV patients with treatment failures and the effect of risk factors in the virological failures

En Costa Rica no se tiene información a cerca de genotipos de resistencia para los tratamientos anti-retrovirales disponibles y la influencia de diferentes factores de riego en la falla virológica (FV) de pacientes VIH positivos previo o durante su tratamiento.Ochenta y nueve muestras, 72 FV y 17 basales, fueron analizadas con Trugene o LIPA para la detección de mutantes de resistencia en la transcriptasa reversa (TR) y en la proteasa (PT) del VIH.Se seleccionaron sesenta y ocho controles y se recolectó información relevante en un cuestionario. La mala adherencia, la presencia de mutaciones y el número de cambios de tratamiento fueron los únicos factores con significancia encontrados. (p = 0.03, 0.04 and 0.04 respectively). De 66 muestras secuenciadas, 78%, 50% y 50% mostraron resistencia a los inhibidores análogos y no análogos de nucleótidos para la TR y la PT respectivamente. La mutaciones más frecuentes fueron M41L, M184V, y T215FY en la TR y L62PI, L10FIRV y M36I en la PT. La adherencia fue el factor más importante relacionado con la respuesta al tratamiento. Las mutaciones encontradas en la TR estaban relacionadas al tratamiento mientras que las de la PT fueron mutaciones secundarias que propician la aparición de las mutaciones asociadas a resistencia en esa región. Este estudio revela la necesidad de detectar mutantes de resistencia en pacientes con FV y de estudiar las muestras basales. Además la importancia de reforzar la adherencia en los pacientes para una mejor respuesta al tratamiento.

Determination of human cytomegalovirus genetic diversity in different patient populations in Costa Rica

La seroprevalencia de citomegalovirus es mayor del 95 por cento en la población adulta de Costa Rica; la infección primaria ocurre muy temprano en la vida y es la infección congénita más frecuente en recién nacidos. El objetivo de este trabajo fue determinar la variabilidad genética y los genotipos del gene gB del citomegalovirus humano. Se recolectaron muestras de sangre de mujeres embarazadas, alcohólicos, pacientes con SIDA, niños con trastornos hemato-oncológicos, donadores de sangre y se incluyeron aislamientos de citomegalovirus de neonatos con enfermedad congénita. Se utilizó un sistema de PCR semi-anidado para obtener una banda de 293-296 pares de bases, la cual fue analizada por la técnica de Polimorfismo conformacional de banda simple (PCBS) y secuenciada para determinar los patrones genéticos polimórficos y los genotipos, respectivamente. La mayor diversidad polimórfica se encontró en los pacientes con SIDA con 14 patrones diferentes mientras que en los niños con trastornos hemato-oncológicos se demostró el mismo patrón en el 56 por cento de los casos, sugiriendo una posible infección nosocomial en este grupo. En los neonatos se encontraron tres genotipos (gB1, gB2, gB3) mientras que en los pacientes con SIDA y en los donadores de sangre solo se demostró el gB2. En las muestras analizadas se determinaron los genotipos gB1, gB2 y gB3 y el gB2 se determinó en el 73 por cento de los casos, no se detectaron infecciones mixtas. Los resultados de este trabajo indican que la técnica del PCBS puede ser una herramienta importante para detectar el citomegalovirus humano en infecciones intrahospitalarias y se sugiere la importancia de incluir poblaciones de estudio adicionales para determinar mejor la diversidad genética y su prevalencia.

Seroprevalencia de los virus de las hepatitis A y B en grupos etarios de Costa Rica / Seroprevalence of viral hepatitis A y b in age groups of Costa Rica

Justificación y Objetivos: Debido a la persistencia de casos y brotes de hepatitis viral A y B en el país, junto a la observación de un aumento importante de infecciones por el tipo A en la población de adultos, se planteó la necesidad de establecer la prevalencia de estos dos tipos de hepatitis en diferentes grupos etarios en nuestro país. Métodos: La seroprevalencia de los virus de la hepatitis A (VHA) y de hepatitis B (VHB), fueron investigadas en 873 muestras de niños pre-escolares menores de 7 años de la encuesta nacional de nutrición en 1996; 614 niños escolares de 9 a 15 años de una encuesta de nutrición de la Universidad de Costa Rica realizada en 1997 y 996 muestras de adultos, estudiantes y funcionarios de esta misma universidad recolectadas en 1994. Las muestras se realizaron por anticuerpos totales contra el VHA (anti-VHA total), VHB antígeno de superficie (HBsAg) y anticuerpos totales contra la proteína del núcleo o "core" (anti-HBc total). Resultados: Se encontró un 6.8 por ciento, 13.2 por ciento y 71.7 por ciento de anti-VHA total en los preescolares, escolares y adultos, respectivamente, con una creciente prevalencia en relación con la edad. La prevalencia de estos anticuerpos en los escolares estuvo asociada con la escolaridad de los padres y su condición socioeconómica; siendo mayor cuando los padres tenían un menor nivel de escolaridad (24 por ciento con secundaria incompleta versus 7.6 por ciento con nivel educativo superior) y entre padres sin capacitación técnica o profesionales (16 por ciento versus 8.7 por ciento en los padres con estudios superiores). También se encontró una diferencia en la prevalencia de anti-VHA entre estudiantes de escuelas públicas (19.5 por ciento) versus privadas (6.9 por ciento). En los preescolares, el único grupo con representación estadística geográfica; la provincia de Guanacaste presentó un riesgo de 2 a 3 veces mayor de tener anticuerpos contra el VHA (21 por ciento) que los niños procedentes de otras provincias, lo cual es concordante con los datos relacionados con condiciones socioeconómicas más bajas, falta de agua potable, letrinización y hacinamiento en las áreas rurales. En cuanto a los marcadores de VHB, se encontró una prevalencia de 0.5 por ciento, 0.2 por ciento y 0.2 por ciento para HBsAg y 2.8 por ciento, 0.3 por ciento y 4.0 por ciento para el anti-HBc total en preescolares, escolares y adultos, respectivamente...

Prevalencia de marcadores de la hepatitis B en Zarcero / Prevalence of the hepatitis B in Zarcero

Se realiza una investigación en 105 pacientes cuyo lugar de nacimiento y residencia es el distrito de Zarcero con el objetivo fundamental de conocer la incidencia de positividad de marcadores contral la hepatitis B en el mes de agosto de 1994. Los pacientes que se sangraron para estas determinaciones realizadas por medio de EIA en los laboratorios de ICMRT-LSU fueron quienes consultaron al servicio de endoscopía digestiva. De los 105 pacientes, el 6,8 por ciento mencionaron antecedentes de transfusión y un 5,6 por ciento antecedentes de hepatitis, un 15 por ciento se declaró alcohólico. Dos terceras partes de los pacientes fueron mujeres y un 58 por ciento comprendidos entre las edades de 40 a 84 años. De los 105 pacientes el 0 por ciento mostró positividad para el HBsAg

Prevalencia de anticuerpos Anti Chagas y Anti HTLV-1 en un grupo de donantes del Banco de Sangre del Hospital Nacional de Niños, en 1994 / Prevalence of antibodies of anti Chagas and anti HTLV-1 in the donors group of blood bank of Hospital Nacional de Niños, in 1994

Se realizó el presente estudio para establecer la seroprevalencia de anticuerpos, en donantes de sangre, contra los patógenos Trypanosoma cruzi y el virus linfotrópico T humano 1, que no se tamizan de forma rutinaria en los bancos de sangre de Costa Rica. Se buscaron anticuerpos IgG contra Trypanosoma cruzi por un método de RIA, desarrollado en el ICMRT, y basado en el principio de la detección de anticuerpos específicos, obteniéndose 14 positivos en 1.000 muestras de suero. Como prueba confirmatoria se realizó un Western Blot, usando un T. cruzi procesado en Honduras y otro de Costa Rica, mostrando un 0,4 por ciento de positividad y un 0,5 por ciento de indeterminados. Se muestra patrón de bandas obtenido para las muestras positivas. Se tamizaron 662 sueros de donadores en busca de anticuerpos contra HTLV-1 por medio de un método de aglutinación pasiva de partículas de gel sensibilizadas, obteniéndose 9 aglutinaciones dudosas, que se verifican por Western Blot y que dieron 0,3 por ciento indeterminado por presencia de la banda P21. Se discute la importancia de realizar estas determinaciones de rutina en los bancos de sangre nacionales.

Respuesta inmune humoral contra la vacuna del virus de hepatitis B H-B-Vax en el personal hospitalario / Immuno-Humoral response to Hepatitis B H-B-Vax vaccine in health care workers

Se hizo un estudio con 201 individuos sanos, trabajadores en el campo de la salud, para evaluar un programa de vacunación por hepatitis B en un hospital metropolitano. Para evaluar el contacto previo con el virus se hizo en forma concomitante a la primera dosis un examen serológico, encontrando una prevalencia de 12,4 por ciento de hepatitis B. De los 176 seronegativos, 68 completaron el esquema de tres dosis, a los 0,1 y 4 ó 6 meses. Un control efectuado a los 7 meses de la administración de la primera dosis reveló que 88,2 por ciento tenía niveles protectores (>10 mlU/ml) de anti-HBs, algunos alcanzando hasta 19.000 mlU/ml. A los tres años se controlan 11 que quedaron con el esquema incompleto (1 ó 2 dosis), y 9 de ellos presentaron niveles de 50 a 1041 mlU/ml, proporcional al número de dosis recibidas. Se reveló una respuesta protectora adecuada con el esquema de tres dosis, aunque 11,8 por ciento de los vacunados no respondieron. Se recomienda la administración de la vacuna a todo personal hospitalario con el esquema de tres dosis

Prevalencia de anticuerpos contra el virus de la hepatitis C y otros marcadores virales en donantes de sangre voluntários de la Cruz Roja HYondureña / Prevalence of Hepatitis C virus and other virals markers in volunteer blood donors of the Cruz Roja Hondureña

Se evaluaron 973 donantes voluntarios del Centro Nacional de Sangre en Tegucigalpa, por la presencia de anticuerpos contra el virus de la Hepatitis C (Anti-VHC); anticuerpos contra el núcleo del virus de la Hepatitis B (Anti-HBc), contra el antígeno de superficie (Anti-HBc), contra el Antígeno de Superficie (Anti-HBs) y se verificaron determinaciones de los valores de la enzima Alanina-animotransferasa (A.L.T.). Los resultados encontrados fueron los siguientes: a) La prevalencia de Anti.VHC fué de 0.82% sin diferencias significativas en cuanto a sexo o edad. b) La prevalencia de niveles elevados de A.L.T. fue de 18.19% c) La seroprevalencia anti-VHC fué más alta en los donantes con A.L.T. elevado 1.12% y especialmente en el grupo con valores de A.L.T. muy elevado, 3.75%. d) Se encontraron niveles elevados de A.L.T. en el 25% de los donantes positivo por el anti-VHC. e) El 53.6% de dos donantes anti-HBc positivos tenían anticuerpos contra el antígeno de superficie (Anti-HBs)

Respuesta inmunehumoral contra la vacuna del virus de hepatitis B H-B-VAX en el personal hospitalario / Inmunehumoral response againt hepatitis B vaccines H-B-VAX in the hospital personnel

Se hizo un estudio con 201 individuos sanos, trabajadores en el campo de la salud, para evaluar un programa de vacunación por hepatitis B en un hospital metropolitano. Para evaluar el contacto previo con el virus se hizo en forma concomitante a la primera dosis un examen serológico, encontrando una prevalencia de 12,4 por ciento de hepatitis B. De los 176 seronegativos, 68 complementaron el esquema de tres dosis, a los 0,1 y 4 ó 6 meses. Un control efectuado a los 7 meses de la administración de la primera dosis reveló que 88, 2 por ciento tenía niveles protectores (>10 mlU/ml) de anti-HBs, algunos alcanzando hasta 19.000 mlU/ml. A los tres años se controlaron 11 que quedaron con el esquema incompleto (1 ó 2 dosis), y 9 de ellos presentaron niveles de 50 a 1041 mlU/ml, proporcional al número de dosis recibidas. Se reveló una respuesta protectora adecuada con el esquema de tres dosis, aunque 11, 8 por ciento de los vacunados no respondieron. Se recomienda la administración de la vacuna a todo personal hospitalario con el esquema de tres dosis (Rev. Cost. Cienc. Méd. 1988; 9(4): 41-7)