Susceptibility to thiopurine toxicity by TPMT and NUDT15 variants in Colombian children with acute lymphoblastic leukemia / Asociación de variantes genéticas en TPMT y NUDT15 con los eventos de toxicidad durante la terapia de mantenimiento en niños colombianos con Leucemia Linfoide Aguda

Abstract Objective: This study aimed to correlate the genetic profile of the NUDT15 and TPMT genes with the side effects of the treatment of pediatric patients with acute lymphoid leukemia who were undergoing maintenance therapy at a tertiary care hospital in 2017. Methods: This was an analytical, longitudinal, observational study in which the genotypes of the genes of interest were determined by PCR allelic discrimination with TaqMan® probes in patients receiving chemotherapy during the maintenance phase in the Pediatric Hematology and Oncology Unit in 2017. Sociodemographic and clinical data corresponding to the first six months of their maintenance chemotherapy were collected, and the correlation between the genotypes obtained and the development of side effects during the maintenance phase of chemotherapy in these patients was evaluated. Results: Seventy pediatric patients were included in the study. Genetic analyses were carried out of these for NUDT15 and TPMT (rs1800462 and rs1800460) on 68 patients, while for the rs1142345 polymorphism, typing was achieved in 42 patients. 4/68 patients were heterozygous for NUDT15, and the same number of patients were heterozygous for rs1800462 and rs1142345, while for rs1800460, 6 heterozygous patients were identified. No statistically significant association was identified between the genetic variants and the outcomes of interest. Conclusion: Studies with a larger population size are needed and the evaluation of other genetic variants that may influence the development of side effects during maintenance chemotherapy.

Resumen Objetivo: la finalidad de este estudio fue evaluar las asociaciones entre los perfiles de los genes NUDT15 y TPMT con los efectos adversos del tratamiento de mantenimiento en pacientes pediátricos con Leucemia Linfoblástica Aguda atendidos en un hospital de referencia durante el 2017. Métodos: Este fue un estudio observacional analítico, de corte longitudinal en el que los genotipos de los genes de interés fueron determinados mediante PCR de discriminación alélica con sondas TaqMan® en pacientes que estaban recibiendo quimioterapia de mantenimiento en la Unidad de Oncohematología Pediátrica durante el 2017. Los datos clínicos y sociodemográficos correspondientes a los primeros 6 meses de sus tratamientos de mantenimiento fueron colectados, y se evaluó la correlación entre los genotipos identificados y el desarrollo de efectos secundarios en estos pacientes. Resultados: setenta pacientes fueron incluidos en el estudio, de estos, los análisis genéticos para NUDT15 y TPMT (rs1800462 and rs1800460) fueron realizados en 68 pacientes, en tanto que para el polimorfismo rs1142345 se logró la tipificación en 42 pacientes. 4/68 pacientes fueron heterocigotos para NUDT15 y el mismo número de pacientes fueron heterocigotos para rs1800462 and rs1142345, mientras que para rs1800460, 6 pacientes heterocigotos fueron identificados. No se identificaron asociaciones estadísticamente significantes entre las variants genéticas y los resultados clínicos de interés. Conclusiones: Estos hallazgos resaltan la importancia de realizar estudios de este tipo con un mayor número de sujetos de estudio, así como plantean la necesidad de evaluar otras variantes genéticas que podrían tener algún impacto en el desarrollo de efectos secundarios durante la quimioterapia de mantenimiento.

Analysis of the LRRK2 p.G2019S mutation in Colombian Parkinson's Disease Patients / Análisis de la mutación p.G2019S del gen LRRK2 en pacientes colombianos con enfermedad de Parkinson

Introduction: Mutations in the leucine-rich repeat kinase 2 gene (LRRK2 or Dardarin) are considered to be a common cause of autosomal dominant and sporadic Parkinson's disease, but the prevalence of these mutations varies among populations. Objective: To analyzed the frequency of the LRRK2 p.G2019S mutation (c.6055G>A transition) in a sample of Colombian patients. Methods: In the present study we have analyzed the frequency of the LRRK2 p.G2019S mutation in 154 patients with familial or sporadic Parkinson Disease, including early and late onset patients, and 162 normal controls. Results: Our results show occurrence of this mutation in two cases (2/154, 1.3%) with classical Parkinson's signs, and one completely asymptomatic control (1/162, 0.6%). Conclusion: The p.G2019S mutation is not an important causal factor of Parkinson Disease in Colombia having similar frequencies to those reported in other Latin American populations.

Introducción: Las mutaciones en el LRRK2 (del inglés gen leucinerich repeat kinase 2) o Dardarina se consideran una causa común de enfermedad de Parkinson autosómica dominante. Sin embargo, la prevalencia de estas mutaciones varia en diferentes poblaciones. Objetivo: Snalizar la frecuencia de la mutación p.G2019S (transición c.6055 G>A) del gen LRRK2en una muestra de pacientes colombianos. Métodos: En el presente estudio analizamos la frecuencia de la mutación en 154 pacientes con enfermedad de Parkinson familiar o esporádica, y 162 controles normales. Resultados: Se determinó la presencia de la mutación en 2 casos de Parkinson (2/154, 1.3%) los cuales presentan los signos clásicos de la enfermedad y en un control completamente asintomático (1/162, 0.6%). Conclusión: La mutación p.G2019S no es un factor causal importante de la Enfermedad de Parkinson en la población Colombiana, y muestra frecuencias similares a las reportadas en otras poblaciones latinoamericanas.

Genotipos frecuentemente asociados a trombofilias / Frequently associated genotypes to thrombophilia

La enfermedad tromboembólica venosa es una entidad patológica importante debido a la morbilidad que causa, por sus complicaciones y por su alta incidencia en el mundo, la cual puede variar desde 1:100 en adultos mayores hasta 1:100.000 en niños. Existen múltiples factores de riesgo tanto genéticos como ambientales asociados a la enfermedad; los más ampliamente estudiados por su incidencia en la población mundial son el factor V de Leiden, la mutación G20210A en el factor II (protrombina) y las mutaciones en la metilen-tetrahidrofolato reductasa C677T y A1298C, que hasta hace poco se consideraban factores de riesgo. En la presente revisión se presenta de forma concisa qué es y cómo se produce un trombo a partir de la enfermedad tromboembólica, cuáles son las principales entidades nosológicas que involucra la enfermedad y los genotipos más frecuentemente asociados a la misma. Se enfatiza en las alteraciones genéticas epidemiológicamente más importantes y se muestran brevemente los estudios realizados en Colombia.

Venous thromboembolism is an important pathological entity that causes high morbidity due either to the disease or its complications. The incidence in the world ranges between 1:100 in adults and 1:100,000 in children. Risk factors for the disease include genetic as well as environmental factors. Among them, factor V Leiden (G1691A), prothrombin (G20210A) and MTHFR C677T and A1298C (which until recently were considered risk factors), have been widely studied given their impact in the world. This review presents in a clear and concise way what a thrombous is and how it is formed; how a clot is able to produce thromboembolic disease; what are the main nosological entities involved, and their main genetic causes. The most epidemiologically important genetic alterations and studies conducted in Colombia will be emphasized.

Geno-geographic origin of Y-specific STR haplotypes in a sample of Caucasian-Mestizo and African-descent male individuals from Colombia / Origen geno-geográfico de haplotipos STR del cromosoma Y en una muestra caucásico-mestiza y afrodescendiente de Colombia

Introduction: Y chromosome STR haplotypes have been widely used in population studies to establish the origin of diverse populations. Objective: We analyzed Y chromosome STR haplotypes (8 loci) in 134 Caucasian-mestizo and 137 African-descent Colombian unrelated individuals to correlate the geographical origin with historical data as well as the genetic relationships and possible admixture patterns. Materials and methods: One hundred samples of African descent and 137 Caucasian-mestizo samples analyzed for Y chromosome STR haplotypes by PCR followed by acrylamide electrophoresis. Results: No evidence of population substructure was found for the African descent. Two point fifty nine per cent of the haplotypes were shared between the two groups with the possible existence of Caucasian gene flow towards Afro-descendants. Conclusion: The Caucasian-Mestizo Colombian population is grouped with other populations of the Iberian Peninsula and Europe, while the Afro-Colombian population is grouped with other African populations reported.

Introducción. Los haplotipos STR de cromosoma Y han sido ampliamente utilizados en estudios de poblaciones para establecer el origen de diversas poblaciones. Objetivo. Se analizaron haplotipos STR del cromosoma Y (8 loci ) en 134 afrodescendientes y caucásico-mestizos no relacionados de Colombia, para correlacionar el origen geográfico con los datos históricos, así como las relaciones genéticas y posibles patrones de mezcla. Materiales y métodos. Se analizaron los haplotipos STR del cromosoma Y mediante PCR seguidas de electroforesis en acrilamida, de 134 muestras de afrodescendientes y 137 muestras de caucásicos mestizos. Resultados. No se encontró evidencia de subestructuración de la población afrodescendiente. El 2,59 % de los haplotipos eran compartidos en los dos grupos analizados, con la posible existencia de flujo génico de caucásico-mestizos hacia los afrodescendientes. Conclusión. La población caucásico-mestiza colombiana se agrupa con otras poblaciones de la península Ibérica y Europa, mientras que la población afrodescendiente colombiana se agrupa con otras poblaciones africanas reportadas.

Identification of three new mutations in the RB1 gene in patients with sporadic retinoblastoma in Colombia / Identificación de tres nuevas mutaciones en el gen RB1 en pacientes con retinoblastoma esporádico en Colombia

Introduction. Retinoblastoma is a childhood cancer of the retina originated by altered or null retinoblastoma protein (pRb) expression. Genetic alterations in both RB1 alleles in the retinal cells are required for the development of retinoblastoma. In the sporadic form, non-hereditary RB1 gene mutations take place in a single retinoblast cell, and are therefore only present in tumor DNA (somatic mutations). Sporadic retinoblastoma is primarily unilateral, lacks family history and has no risk of transmission to descendants. Genetic tests for detection of RB1 mutation has improved the identification of carriers and facilitated accurate genetic counseling. Objective. To identify mutations in the RB1 gene in Colombian patients with sporadic retinoblastoma by PCR-SSCP followed by sequence. Materials and methods. Four patients with sporadic retinoblastoma were analyzed by PCR-SSCP, followed by DNA sequencing to identify variations in the RB1 gene. Results. We identified five variations in RB1 gene: three new mutations (one germline and two somatic mutations), one new polymorphism and one already reported somatic mutation. Four mutations were found in three patients with unilateral retinoblastoma and one mutation was found in a patient with bilateral retinoblastoma. One of these was a germline mutation in a sporadic unilateral retinoblastoma that was not present in the parents or three siblings analyzed. Conclusions. Our results emphasize the importance of identifying mutations for genetic counseling and clinical management of sporadic retinoblastoma patients. Description of a new RB1 gene variant is interesting since there have been a small number of polymorphisms reported for this gene.

Introducción. El retinoblastoma es un cáncer pediátrico de la retina originado por la expresión alterada o ausente de la proteína del retinoblastoma (pRb). Se requiere la alteración genética de ambos alelos RB1 en las células de la retina para el desarrollo del retinoblastoma. En la forma esporádica, las mutaciones no hereditarias del gen RB1 ocurren en un solo retinoblasto y están presentes sólo en el ADN del tumor (mutaciones somáticas). El retinoblastoma esporádico es generalmente unilateral, no tiene historia familiar y no tiene riesgo de transmisión a la descendencia. Las pruebas genéticas para la detección de mutaciones en RB1 han mejorado la identificación de portadores y han facilitado la precisión de la asesoría genética. Objetivo. Detectar mutaciones en el gen RB1 en pacientes colombianos con retinoblastoma esporádico mediante PCR-SSCP seguido de secuenciación. Materiales y métodos. Se analizaron cuatro pacientes con retinoblastoma esporádico para la detección de variaciones en el gen RB1 mediante PCR-SSCP, seguida de secuenciación. Resultados. Se identificaron cinco variaciones del gen RB1 : tres mutaciones nuevas (una de línea germinal y dos somáticas), un polimorfismo nuevo y una mutación somática ya reportada. Las cuatro mutaciones se encontraron en tres pacientes con retinoblastoma unilateral y uno con bilateral. La mutación germinal se detectó en un paciente con compromiso unilateral y no se encontró en los padres ni en los tres hermanos analizados. Conclusión. Estos resultados enfatizan la importancia, para asesoría genética y manejo clínico, de identificar mutaciones del gen RB1 en pacientes con retinoblastoma esporádico. La descripción de una nueva variante en RB1 es interesante, dado el muy bajo número de polimorfismos reportados para este gen.

Origen parental, estado de no disyunción y recombinación meiótica del cromosoma 21 extra en el síndrome de Down: estudio en una muestra de población colombiana / Parental origin, nondisjunction, and recombination of the extra chromosome 21 in Down syndrome: a study in a sample of the Colombian population

Introduction. Free trisomy 21 is responsible for 95 por ciento of Down syndrome cases. Advanced maternal age and susceptible recombination patterns are recognized risk factors associated to Down syndrome. Maternal origin of trisomy occurs in approximately 90 por ciento of cases; paternal and mitotic origin share the remaining 10 por ciento. However, the recombination events that serve as a risk factors for trisomy 21 have not been carefully characterized. Objective. To analyze and validate observations in a sample of Colombian trysonomy 21 cases. Materials and methods. Twenty-two Colombian families were selected, each with one affected Down syndrome (free trisomy 21) child. Microsatellite polymorphisms were used as DNA markers to determine the parental/stage origin of non-disjunction and recombination events. Nonparametric tests were used to compare our results with those reported. Multiple correspondence analysis was used to outline different groups and their associations. Results. Distribution of trisomy 21 was 90.9 por ciento maternal, 4.5 por ciento paternal and 4.5 por ciento from mitotic origin, similar to distributions reported previously. However, we found differences in the frequency of maternal meiotic stage errors between the present study (46.1 por ciento meiosis I and 53.9 por ciento meiosis II) compared to those reported previously (70 por ciento meiosis I and 30 por ciento meiosis II). Multiple correspondence analyses showed association of either local recombination events or absence of recombination with specific non-disjunction stages. Conclusions. Recombination patterns found in this study support the hypothesis that susceptible chiasmate configurations are associated to maternal meiosis I and meiosis II errors. Nondisjunction frequencies between maternal meiotic stages need to be clarified in our population.

Introducción. La trisomía 21 libre es responsable del 95% de los casos de síndrome de Down. La edad materna y la recombinación son los principales factores de riesgo asociados con la concepción de estos individuos. El origen materno de la trisomía ocurre en el 90% de los casos, mientras que los casos de origen paterno y mitótico comparten un 10%. Por otra parte, la recombinación como factor de riesgo para la trisomía 21 no ha sido comprobada completamente. Objetivo. Analizar y validar estas observaciones en una muestra colombiana de casos con trisomía 21 libre. Materiales y métodos. Se estudiaron 22 afectados con síndrome de Down (trisomía libre) y sus respectivos padres. Se usaron marcadores microsatélites de ADN para determinar el origen en los progenitores, el estado de no disyunción y los eventos de recombinación. Por medio de pruebas no paramétricas se compararon los resultados con los reportados en la literatura. Se realizó análisis de correspondencias múltiples para reconocer los diferentes grupos y sus asociaciones. Resultados. La distribución de la trisomía 21 fue 90,9% materna, 4,5% paterna y 4,5% mitótica, similar a las reportadas previamente. Sin embargo, existen diferencias en la frecuencia de errores del estado meiótico para origen materno (46,1% meiosis I y 53,9% meiosis II) comparada con la de los reportados previamente (70% meiosis I y 30% meiosis II). El análisis de correspondencias múltiples mostró asociación entre eventos de recombinación local y ausencia de recombinación con estados de no disyunción específicos. Conclusiones. Las configuraciones quiasmáticas susceptibles están asociadas de manera específica a errores en la meiosis I y la meiosis II materna. Es necesario clasificar la frecuencia de no disyunción en estados meióticos maternos en nuestra población.

Factores genéticos, clínicos y ambientales asociados al desarrollo de demencias, movimientos anormales y depresión en población de adultos mayores / Genetic, clinical and environmental factors associated with the development of dementia, abnormal movements and depression in older adult population / Genetic, clinical factors and environmental partners to the development of demencias, abnormal movements and depression in population of major adults

Objetivo: Identificar factores de riesgo, genéticos, clínicos y ambientales, para el desarrollo de demencias, movimientos anormales y trastornos afectivos, en población adulta mayor de tres barrios de la Localidad Cuarta de Bogotá. Metodología: Estudio Piloto, analítico de tipo transversal, diseñado para la identificación clínica y de factores de riesgo en una muestra intencional con participación voluntaria de 250 individuos, realizado en dos etapas: primera, de tamización, con base en diagnóstico interdisciplinario (Medicina, Enfermería y Psicología); segunda, de confirmación diagnóstica por especialistas (Neurología y Psiquiatría). Diferentes instrumentos neuropsicológicos, pruebas de genética molecular y bioquímicas fueron realizadas a los participantes. Resultados: Se estudiaron individuos de ambos sexos con edad promedio de 68,3 años, y algunos de sus familiares. El 65,5% de la población de estudio está afectada por alguna de las entidades valoradas, con una mayor frecuencia de los trastornos afectivos (35,0%), seguida por alteración de las funciones cognitivas (23,3%). Los estudios genéticos permitieron identificar varios polimorfismos en genes que pueden estar influyendo en la aparición de estas enfermedades. Conclusiones: Estudio poblacional interdisciplinario en una de las localidades de Bogotá, D.C de estratos uno y dos para identificar trastornos cognitivos, afectivos y de movimientos anormales, con instrumentos clínicos y de biología molecular, lo que permite avanzar en la caracterización de perfiles genéticos de nuestra población y sus aplicaciones en programas de Salud Pública.

Objective:To identify genetic, clinical, and environmental risk factors for the development of dementias, abnormal movements, and affective disorders in the senior citizen population of three neighborhoods in Bogotá’s Fourth Locality.Methodology: Pilot Study, transversal analytic, designed for the identification of clinical and risk factors in an intentional sample with the voluntary participation of 250 individuals, realized in two stages: first sifting, based in interdisciplinary diagnostics (Medicine, Nursing, Psychology); second, diagnostic confirmation by specialists (Neurology and Psychiatry). Different neuropsychological instruments, molecular and biochemical genetic tests were used on the participants.Results Individuals of both sexes with an pproximate age of 68.3 years were studied, and some of their relatives. 65.5% of the study population is affected by some of the valued entities, with the greatest frequency of affective disorders (35,0%), followed by alteration of the cognitive functions (23,3%). The genetic studies identified various polymorphisms in genes that could be influencing the appearance of these illnesses.Conclusions Populational interdisciplinary study in one of the localities of Bogotá, D.C. in two stages to identify cognitive and affective disorders and abnormal movements, with clinical instruments and molecular biology, which permits an advance in the characterization of genetic profiles for our population and their application in Public Health programs.Key wordsMental health, neuropsychiatric illness, senior citizen, genetic factors, environmental factors, Public Health.

Tumores gástricos malignos en el Hospital San Juan de Dios y la Clínica Carlos Lleras Restrepo de Bogotá / Malignant gastric tumors in Hospital San Juan de Dios and Clinica Carlos Lleras Restrepo

Se revisaron 9.349 informes de estudios de especímenes quirúrgicos del archivo del Departamento de Patología del Hospital San Juan de Dios y la Clínica Carlos Lleras Restrepo de Bogotá en el tiempo comprendido entre enero 1 de 1999 y mayo 31 de 2000. Se seleccionaron los especímenes con diagnóstico de tumores gástricos que correspondieron al 8,61 por ciento de los casos; 2,41 por ciento fueron tumores benignos y 6,2 por ciento malignos De éstos 91,67 por ciento fueron adenocarcinomas, 2,78 por ciento linfomas, 1,85 por ciento tumores carcinoides y 1,85 por ciento leiomiosarcomas. Hubo predominio de los adenocarcinomas, los cuales se subclasificaron como de tipo intestinal diruso. Los adenocarcinomas se presentaron más frecuentemente en la sexta y séptima décadas, predominando en el género masculino. El adenocarcinoma de tipo intestinal prevaleció sobre el difuso, presentándose más frecuentemente en hombres, en la sexta y séptima década, encontrándose una estrecha relación de éste con la gastritis crónica atrófica multifocal

La inmunogenetica en medicina clinica: parte II. Bases de la inmunogenetica actual y su aplicabilidad en la clinica / Immunogenetics in clinical medicine part II. Bases of current immunogenetics and its clinical applications

The immune system is an important part of general health maintenance mechanisms. For this purpose, it requires a very refined network of regulatory steps that allow for recognition, processing, amplification and or suppression of the immune response. This review discusses in detail this refined and sophisticated system

La inmunogenetica en medicina clinica / Immunogenetics in clinical medicine

Esta revision,relata la historia de la inmunogenetica y describe sus contribuciones y aplicaciones practicas en medicina clinica.