Bloodstream infections and antibiotic resistance at a regional hospital, Colombia, 2019-2021 / Infecciones del torrente sanguíneo y resistencia a los antibióticos en un hospital regional en Colombia, 2019-2021 / Infecções de corrente sanguínea e resistência a antibióticos em um hospital regional, Colômbia, 2019-2021

ABSTRACT Objectives. To assess antibiotic susceptibility of World Health Organization (WHO) priority bacteria (Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Salmonella spp., Staphylococcus aureus, and Streptococcus pneumoniae) in blood cultures at the Orinoquía regional hospital in Colombia. Methods. This was cross-sectional study using routine laboratory data for the period 2019-2021. Data on blood samples from patients suspected of a bloodstream infection were examined. We determined: the total number of blood cultures done and the proportion with culture yield; the characteristics of patients with priority bacteria; and the type of bacteria isolated and antibiotic resistance patterns. Results. Of 25 469 blood cultures done, 1628 (6%) yielded bacteria; 774 (48%) of these bacteria were WHO priority pathogens. Most of the priority bacteria isolated (558; 72%) were gram-negative and 216 (28%) were gram-positive organisms. Most patients with priority bacteria (666; 86%) were hospitalized in wards other than the intensive care unit, 427 (55%) were male, and 321 (42%) were ≥ 60 years of age. Of the 216 gram-positive bacteria isolated, 205 (95%) were Staphylococcus aureus. Of the 558 gram-negative priority bacteria isolated, the three most common were Escherichia coli (34%), Klebsiella pneumoniae (28%), and Acinetobacter baumannii (20%). The highest resistance of Staphylococcus aureus was to oxacillin (41%). For gram-negative bacteria, resistance to antibiotics ranged from 4% (amikacin) to 72% (ampicillin). Conclusions. Bacterial yield from blood cultures was low and could be improved. WHO priority bacteria were found in all hospital wards. This calls for rigorous infection prevention and control standards and continued surveillance of antibiotic resistance.

RESUMEN Objetivos. Evaluar la sensibilidad a los antibióticos de las bacterias incluidas en la lista prioritaria de la Organización Mundial de la Salud (OMS) (Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Salmonella spp., Staphylococcus aureus y Streptococcus pneumoniae) en hemocultivos en el Hospital Regional de la Orinoquía en Colombia. Métodos. Se trata de un estudio transversal que empleó datos rutinarios de laboratorio del período comprendido entre los años 2019 y 2021. Se examinaron datos de muestras de sangre de pacientes con presunción clínica de infección del torrente sanguíneo. Se determinó el número total de hemocultivos realizados y la proporción cultivos con resultados, las características de los pacientes con bacterias prioritarias, así como el tipo de bacterias aisladas y los patrones de resistencia a los antibióticos. Resultados. De 25 469 hemocultivos realizados, se aislaron bacterias en 1628 (6%); 774 (48%) con agentes patógenos prioritarios de la OMS. La mayoría de las cepas bacterianas prioritarias aisladas (558; 72%) eran gramnegativas y 216 (28%), organismos grampositivos. La mayoría de los pacientes con bacterias prioritarias (666; 86%) fueron hospitalizados en salas distintas de la unidad de cuidados intensivos, 427 (55%) eran varones y 321 (42%) tenían 60 años o más. De las 216 bacterias grampositivas aisladas, 205 (95%) eran Staphylococcus aureus. De las 558 bacterias prioritarias gramnegativas aisladas, las tres más comunes fueron Escherichia coli (34%), Klebsiella pneumoniae (28%) y Acinetobacter baumannii (20%). La mayor resistencia de Staphylococcus aureus fue a la oxacilina (41%). Entre las bacterias gramnegativas, la resistencia a los antibióticos varió del 4% (amikacina) al 72% (ampicilina). Conclusiones. El aislamiento de bacterias en los hemocultivos fue bajo y podría mejorarse. Se encontraron bacterias de la lista prioritaria de la OMS en todas las salas del hospital, por lo que es necesario aplicar rigurosas normas de prevención y control de infecciones y realizar una vigilancia continua de la resistencia a los antibióticos.

RESUMO Objetivos. Avaliar a suscetibilidade a antibióticos das bactérias consideradas prioritárias pela Organização Mundial da Saúde (OMS) (Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Salmonella spp., Staphylococcus aureus e Streptococcus pneumoniae) em hemoculturas coletadas no hospital regional de Orinoquía na Colômbia. Métodos. Estudo transversal utilizando dados laboratoriais de rotina do período 2019-2021. Foram examinados os dados de amostras de sangue de pacientes com suspeita de infecção de corrente sanguínea. Determinamos o número total de hemoculturas realizadas e a proporção de culturas com rendimento, as características dos pacientes com bactérias prioritárias, e o tipo de bactéria isolada e padrões de resistência a antibióticos. Resultados. Das 25.469 hemoculturas realizadas, 1.628 (6%) foram positivas para bactérias, sendo que 774 (48%) dessas bactérias eram da lista de agentes patogênicos prioritários da OMS. A maioria das bactérias prioritárias isoladas (558; 72%) eram gram-negativas e 216 (28%) eram gram-positivas. A maioria dos pacientes com bactérias prioritárias (666; 86%) estava internada em enfermaria, e não em unidade de terapia intensiva. 427 (55%) eram homens e 321 (42%) tinham ≥ 60 anos de idade. Das 216 bactérias gram-positivas isoladas, 205 (95%) eram Staphylococcus aureus. Das 558 bactérias gram-negativas prioritárias isoladas, as três mais frequentes foram Escherichia coli (34%), Klebsiella pneumoniae (28%) e Acinetobacter baumannii (20%). O Staphylococcus aureus apresentou maior resistência à oxacilina (41%). Entre as bactérias gram-negativas, a resistência aos antibióticos variou entre 4% (amicacina) e 72% (ampicilina). Conclusões. O rendimento bacteriano das hemoculturas foi baixo e pode ser melhorado. As bactérias consideradas prioritárias pela OMS foram encontradas em todas as enfermarias do hospital. Os achados exigem normas rigorosas de prevenção e controle de infecção, e vigilância contínua da resistência bacteriana a antibióticos.

Operational research to strengthen evidence-based interventions to tackle antimicrobial resistance in the Region of the Americas

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High level of infection prevention and control in surveyed hospitals in Colombia, 2021 / Nivel avanzado de prevención y control de infecciones en hospitales de Colombia en el 2021 / Alto nível de prevenção e controle de infecções em hospitais da Colômbia, 2021

ABSTRACT Objective. This study aimed to determine the performance of infection prevention and control (IPC) programs in eight core components in level 2 and level 3 hospitals across all provinces in Colombia. Methods. This cross-sectional study used self-assessed IPC performance data voluntarily reported by hospitals to the Ministry of Health and Social Protection during 2021. Each of the eight core components of the World Health Organization's checklist in the Infection Prevention and Control Assessment Framework contributes a maximum score of 100, and the overall IPC performance score is the sum of these component scores. IPC performance is graded according to the overall score as inadequate (0-200), basic (201-400), intermediate (401-600) or advanced (601-800). Results. Of the 441 level 2 and level 3 hospitals, 267 (61%) reported their IPC performance. The median (interquartile range [IQR]) overall IPC score was 672 (IQR: 578-715). Of the 267 hospitals reporting, 187 (70%) achieved an advanced level of IPC. The median overall IPC score was significantly higher in private hospitals (690, IQR: 598-725) than in public hospitals (629, IQR: 538-683) (P < 0.001). Among the core components, scores were highest for the category assessing IPC guidelines (median score: 97.5) and lowest for the category assessing workload, staffing and bed occupancy (median score: 70). Median overall IPC scores varied across the provinces (P < 0.001). Conclusions. This countrywide assessment showed that 70% of surveyed hospitals achieved a self-reported advanced level of IPC performance, which reflects progress in building health system resilience. Since only 61% of eligible hospitals participated, an important next step is to ensure the participation of all hospitals in future assessments.

RESUMEN Objetivo. El objetivo de este estudio es determinar el desempeño de los programas de prevención y control de infecciones (PCI) en relación con ocho componentes básicos en hospitales de nivel 2 y 3 de todas las provincias de Colombia. Métodos. En este estudio transversal se emplearon datos de autoevaluación del desempeño de los programas de PCI informados voluntariamente al Ministerio de Salud y Protección Social por parte de los hospitales durante el 2021. Cada uno de los ocho componentes básicos de la lista de verificación de la Organización Mundial de la Salud incluidos en el Marco de evaluación de prevención y control de infecciones al nivel de establecimientos de atención de salud recibe una puntuación máxima de 100, y la puntuación general del desempeño del programa es la suma de las puntuaciones de estos componentes. Este desempeño se califica según la puntuación general como inadecuado (0-200), básico (201-400), intermedio (401-600) o avanzado (601-800). Resultados. De los 441 hospitales de nivel 2 y nivel 3, 267 (61%) informaron datos sobre su desempeño. La mediana (rango intercuartil [IQR]) de la puntuación general fue de 672 (IQR: 578-715). De los 267 hospitales que proporcionaron información, 187 (70%) alcanzaron el nivel avanzado. La mediana de la puntuación general fue significativamente mayor en los hospitales privados (690, IQR: 598-725) que en los hospitales públicos (629, IQR: 538-683) (p < 0,001). En el caso de los componentes básicos, las puntuaciones más altas fueron para la categoría que evalúa las directrices de PCI (puntuación mediana: 97,5) y más bajas para la categoría que evalúa la carga de trabajo, la dotación de personal y la ocupación de camas (puntuación mediana: 70). La mediana de las puntuaciones generales de PCI varió entre las provincias (p < 0,001). Conclusiones. Esta evaluación a nivel nacional mostró que el 70% de los hospitales encuestados lograron un nivel avanzado autoinformado del desempeño en cuanto a la PCI, lo que refleja el progreso en fortalecimiento de la resiliencia del sistema de salud. Dado que solo participó el 61% de los hospitales que reunían las condiciones, el siguiente paso importante es garantizar la participación de todos los hospitales en futuras evaluaciones.

RESUMO Objetivo. Este estudo teve o objetivo de determinar o desempenho de programas de prevenção e controle de infecções (PCI) quanto a oito componentes centrais em hospitais secundários e terciários de todas as províncias da Colômbia. Métodos. Este estudo transversal utilizou dados de desempenho autoavaliado de PCI enviados voluntariamente pelos hospitais ao Ministério da Saúde e Proteção Social em 2021. Cada um dos oito componentes centrais da lista de verificação na Estrutura de Avaliação de Prevenção e Controle de Infecções da Organização Mundial da Saúde contribui com uma pontuação máxima de 100. A pontuação total de desempenho de PCI é a soma das pontuações nesses componentes. De acordo com a pontuação total, o desempenho de PCI é classificado nas seguintes categorias: inadequado (0-200), básico (201-400), intermediário (401-600) ou avançado (601-800). Resultados. Dos 441 hospitais secundários e terciários, 267 (61%) informaram o desempenho de PCI. A mediana (intervalo interquartil [IIQ]) da pontuação total de PCI foi 672 (IIQ: 578-715). Dos 267 hospitais que disponibilizaram informações, 187 (70%) alcançaram um nível de PCI avançado. A mediana da pontuação total de PCI foi significativamente maior nos hospitais privados (690, IIQ: 598-725) do que nos públicos (629, IIQ: 538-683) (p < 0,001). Entre os componentes centrais, as pontuações mais altas foram observadas na categoria de avaliação das diretrizes de PCI (pontuação mediana: 97,5), ao passo que as mais baixas ocorreram na categoria de avaliação da carga de trabalho, dotação de pessoal e taxa de ocupação de leitos (pontuação mediana: 70). As medianas das pontuações totais de PCI variaram entre províncias (p < 0,001). Conclusões. Esta avaliação nacional mostrou que 70% dos hospitais pesquisados alcançaram um nível avançado de desempenho autorrelatado de PCI, o que demonstra progresso no desenvolvimento de resiliência no sistema de saúde. Como apenas 61% dos hospitais elegíveis participaram, um próximo passo importante é assegurar a participação de todos os hospitais em futuras avaliações.

Trends of and factors associated with cesarean section related surgical site infections in Guinea

Since the adoption of free obstetric care policy in Guinea in 2011, no study has examined the surgical site infections in maternity facilities. The objective of this study was to assess the trends of and factors associated with surgical site infection following cesarean section in Guinean maternity facilities from 2013 to 2015. This was a retrospective cohort study using routine medical data from ten facilities. Overall, the incidence of surgical site infections following cesarean section showed a declining trend across the three periods (10% in 2013, 7% in 2014 and 5% in 2015, P<0.001). Women who underwent cesarean section in 2014 (AOR: 0.70; 95%CI: 0.57-0.84) and 2015 (AOR: 0.43; 95%CI: 0.34-0.55) were less likely to develop surgical site infections during hospital stay than women operated in 2013. In the contrary, women with comorbidities were more likely to experience surgical site infection (AOR: 1.54; 95% CI: 1.25-1.90) than those who did not have comorbidities. The reductions achieved in 2014 and 2015 (during the Ebola outbreak) should be sustained in the post-Ebola context

Localised transmission hotspots of a typhoid fever outbreak in the Democratic Republic of Congo

Introduction: in a semi-urban setting in the Democratic Republic of Congo, this study aims to understand the dynamic of a typhoid fever (TF) outbreak and to assess: a) the existence of hot spots for TF transmission and b) the difference between typhoid cases identified within those hot spots and the general population in relation to socio-demographic characteristics, sanitation practice, and sources of drinking water.Methods: this was a retrospective analysis of TF outbreaks in 2011 in Kikwit, DRC using microbiological analysis of water sources and a structured interview questionnaire.Results: there were a total of 1430 reported TF cases. The outbreak's epidemic curve shows earliest and highest peak attack rates (AR) in three military camps located in Kikwit (Ebeya 3.2%; Ngubu 3.0%; and Nsinga 2.2%) compared to an average peak AR of 0.6% in other affected areas. A total 320 cases from the military camps and the high burden health areas were interviewed. Typhoid cases in the military camps shared a latrine with more than one family (P<0.02). All tap water sources in both the military camps and general population were found to be highly contaminated with faecal coliforms.Conclusion: the role of military camps in Kikwit as early hotspots of TF transmission was likely associated with lower sanitary and hygiene conditions. The proximity of camps to the general population might have been responsible for disseminating TF to the general population. Mapping of cases during an outbreak could be crucial to identify hot spots for transmission and institute corrective measures

Tuberculosis among indigenous municipalities in Mexico: analysis of case notification and treatment outcomes between 2009 and 2013 / Tuberculosis en municipios con poblaciones indígenas en México: análisis de la notificación de casos y los resultados del tratamiento del 2009 al 2013

ABSTRACT Objective To assess trends in 1) tuberculosis (TB) case notification by year and 2) cumulative treatment outcomes (stratified by type of TB) in relation to the proportion of indigenous population in municipalities in a countrywide study in Mexico for the period 2009–2013. Methods This ecological operational research study used municipality data for the five-year study period. As no single identifier variable existed for indigenous persons, municipalities were categorized into one of three groups based on the proportion of their indigenous population (< 25% (“low”), ≥ 25% to < 50% (“medium”), and ≥ 50% (“high”)). TB case notification rates (CNRs) were standardized to a 100 000 population. Result For the first four years of the study period (2009 through 2012), for all new TB cases reported nationally, the municipalities with a high proportion of indigenous people (≥ 50%) had the highest CNRs (ranging from 20.8 to 17.7 over that period). In 2013, however, the CNR in the high proportion municipalities dropped to 16.7, lower than the CNR for that year in the municipalities with a medium proportion of indigenous people (P < 0.001). In the municipalities with low and medium proportions of indigenous people, the CNR hovered between 15.1 and 17.3 over the study period. For the 96 195 new TB cases reported over the study period, the treatment success rate ranged between 81% and 84% for all three municipality groups. For previously treated TB cases, CNRs ranged between 1.0 and 1.7 for all three groups over the study period. The average proportion of previously treated TB cases (of all TB cases) was 9% for the three groups in 2009 but dropped to 8% by 2013. The cumulative treatment success rate for all previously treated cases (a total of 8 763 for the study period) was 64% in municipalities with a low proportion of indigenous people, 61% in those with a medium proportion, and 69% in those with a high proportion. Conclusions Despite the slightly higher CNR in municipalities with predominantly indigenous populations, there were no stark differences in TB burden across the three municipality groups. The authors were unable to confirm if the relatively low CNRs found in this study were a reflection of good TB program performance or if TB cases were being missed. A survey of TB prevalence in indigenous people, with individualized data, is needed to inform targeted TB control strategies for this group in Mexico.

RESUMEN Objetivo Evaluar las tendencias en la notificación de casos de tuberculosis por año y los desenlaces terapéuticos acumulados (estratificados por tipo de tuberculosis), con respecto a la proporción de la población indígena de los municipios, en una investigación de ámbito nacional en México del 2009 al 2013. Métodos Estudio ecológico de investigación operativa en el que se utilizaron datos de los municipios correspondientes al período quinquenal definido. Dado que no existía una variable única de identificación de las personas indígenas, los municipios se clasificaron en tres grupos en función de la proporción de su población indígena (“baja”, menos de 25%; “intermedia”, de 25% a menos de 50%; y “alta”, 50% o más). Las tasas de notificación de casos de tuberculosis se normalizaron por 100 000 habitantes. Resultados Durante los primeros cuatro años del período del estudio (del 2009 al 2012), los municipios con una alta proporción de indígenas presentaron las más altas tasas de notificación de todos los casos nuevos de tuberculosis (de 20,8 a 17,7 en este período). En el 2013, sin embargo, la tasa de notificación en los municipios con una alta proporción disminuyó a 16,7 casos por 100 000 habitantes y fue más baja que la tasa de los municipios con una proporción intermedia de indígenas (P < 0,001). En los municipios con una proporción baja e intermedia, la tasa de notificación de casos osciló entre 15,1 y 17,3 por 100 000 habitantes durante el período del estudio. En los 96 195 casos nuevos de tuberculosis notificados durante todo el período, la tasa de éxito del tratamiento fluctuó entre 81% y 84% en los tres grupos de municipios. En los casos de tuberculosis anteriormente tratados, las tasas de notificación oscilaron entre 1,0 y 1,7 en los tres grupos durante el período estudiado. El promedio de la proporción de casos de tuberculosis anteriormente tratados (con respecto a todos los casos de tuberculosis) fue 9% en los tres grupos en el 2009 pero disminuyó a 8% en el 2013. La tasa acumulada de éxito terapéutico en todos los casos anteriormente tratados (de un total de 8 763 durante el período del estudio) fue 64% en los municipios con una baja proporción de población indígena, 61% en los municipios con una proporción intermedia y 69% en los municipios donde la proporción era alta. Conclusiones Pese a una tasa de notificación de casos discretamente superior en los municipios con poblaciones predominantemente indígenas, no se encontraron diferencias considerables de la carga de morbilidad por tuberculosis en los tres grupos de municipios. Los autores no pudieron verificar si las tasas de notificación relativamente bajas observadas en el presente estudio correspondían a un buen desempeño del programa contra la tuberculosis o se debía a los casos de tuberculosis pasados por alto. Es preciso realizar una encuesta de prevalencia de tuberculosis en las poblaciones indígenas que aporte datos individualizados, con el propósito de fundamentar las estrategias de control de la tuberculosis que se dirigen a este grupo de la población en México.

Trends in tuberculosis notification and treatment outcomes in prisons: a country-wide assessment in El Salvador from 2000 at 2014 / Tendencias de la notificación de la tuberculosis y el resultado del tratamiento antituberculoso en prisiones: evaluación nacional en El Salvador del 2009 al 2014

ABSTRACT Objective To describe trends in tuberculosis (TB) notification and treatment outcomes in 25 prisons in El Salvador from 2009–2014 and to determine if a set of interventions introduced in 2011 affected TB case finding and management. Methods This was operational research that utilized a retrospective cohort study of program data from 2009–2014. The package of interventions introduced in 2011 provides staff training, engages inmates in TB case finding, and offers diagnosis through mobile X-ray and Xpert® MTB/RIF. Results Case notification rates per 100 000 prisoners tripled, from 532 in 2009 to 1 688 in 2014—about 50 times that of the general population. Individual data were analyzed for 1 177 patients who started TB treatment, among whom 1 056 (89.7%) cases were bacteriologically-confirmed: 966 (92%) were diagnosed through smear microscopy; 42 (4%) with Xpert® MTB/RIF; and 48 (5%) through cultures. Cumulative treatment success and cure rates were over 95% and 90%, respectively. However, among 113 patients with previously-treated TB, drug sensitivity testing results were available for only 53 (47.%). One patient was diagnosed with mono-drug resistant TB. Conclusions These findings show that TB notification increased exponentially since introduction of the intervention package and that excellent treatment outcomes were sustained. Both are of vital relevance to countries striving for TB elimination. Notification might be improved further by providing systematic TB screening upon prison entry and periodically thereafter. Furthermore, previously-treated TB patients should receive prioritized screening for drug resistance.

RESUMEN Objetivo Describir las tendencias de la notificación de casos de tuberculosis y los desenlaces terapéuticos en 25 prisiones de El Salvador del 2009 al 2014 y determinar si un conjunto de intervenciones introducidas en el 2011 ha modificado la búsqueda de casos y el tratamiento de la enfermedad. Métodos Investigación operativa con un estudio retrospectivo de cohortes a partir de los datos del programa del 2009 al 2014. El conjunto de intervenciones introducidas en el 2011 aportaba capacitación de personal, fomentaba la participación de los presidiarios en la búsqueda de casos de tuberculosis y ofrecía medios diagnósticos como la radiografía móvil y la prueba Xpert MTB/RIF ®. Resultados La tasa de notificación de casos se triplicó de 532 por 100 000 reclusos en el 2009 a 1 688 en el 2014, una tasa alrededor de 50 veces más alta que en la población general. Se analizaron los datos individuales de 1 177 pacientes que comenzaron el tratamiento antituberculoso, de los cuales 1 056 (89,7%) obtuvieron confirmación bacteriológica: se diagnosticaron 966 casos (92%) mediante baciloscopia, 42 casos (4%) con la prueba Xpert MTB/RIF ®, y 48 casos (5%) mediante cultivo. La tasa acumulada de éxito terapéutico fue 95% y la de curación fue 90%. Sin embargo, solo en 53 de los 113 pacientes (47%) con antecedente de tratamiento antituberculoso se contaba con resultados de las pruebas de sensibilidad a los medicamentos. En un paciente se diagnosticó tuberculosis monorresistente. Conclusiones Los resultados del presente estudio revelan que desde la introducción del módulo de intervenciones, la notificación de la tuberculosis ha aumentado de manera exponencial y se han mantenido excelentes desenlaces terapéuticos. Ambos aspectos son de gran importancia en los países que se esfuerzan por alcanzar la eliminación de la tuberculosis. Si la detección sistemática de la tuberculosis se lleva a cabo en el momento de la entrada en prisión y en adelante de manera periódica es posible mejorar aún más la notificación. Además, en los pacientes previamente tratados se debe priorizar la detección sistemática de farmacorresistencia.

Ethics approval: a challenge for public health researchers in India.

There is increasing impetus, interest and opportunity for people working in public health programmes in India to carry out operational research (OR) around relevant programme issues and then publish that in peer-reviewed publications. These published researches are valuable in analysing, documenting and advocating for locally generated evidence to inform policy and practice. Ethics review and approval is an essential step in the process of OR but is often viewed as a barrier rather than a prerequisite of good practice in OR. Journals and peer reviewers are also increasingly requiring approvals from local institutional ethics committees (IECs).